##blast
```
makeblastdb -in dm6.fa -dbtype nucl

blastn -outfmt 6 -db dm6.fa -query read.fa

#low complexity な配列もヒットさせたり、ナノポアのようにクオリティの低いリードもマッチさせたい場合
blastn -outfmt 6 -num_threads 4 -word_size 10 -dust no -db dm6.fa -query read.fa
```
##last
```
lastdb dm6.fa dm6.fa

lastal -f BlastTab+ dm6.fa read.fa

#10回以上のリピートにもヒットさせたくて、初期ヒットの上限を1万個まで上げる場合
lastal -m 10000 -P 4 -f BlastTab+ dm6.fa read.fa
```
##bwa
```
bwa index dm6.fa

bwa mem dm6.fa read.fq 
```
##bowtie2
```
bowtie2-build dm6.fa dm6.fa

bowtie2 -x dm6.fa -U read.fq

#ローカルアライメントモードでヒットした箇所全てを出力する場合
bowtie2 -a --local -p 4 -x dm6.fa -U read.fq
```
##tophat2
```
bowtie2-build dm6.fa dm6.fa

tophat2 dm6.fa read.fq
```
##hisat2
```
hisat2-build dm6.fa dm6.fa

hisat2 -x dm6.fa -U read.fq
```
##minimap2
```
minimap2 -a -x map-ont dm6.fa read.fq
```
##minialign
```
minialign -xont dm6.fa read.fq
```