Pipeline to analyze Nanopore sequenced data with UMI for HaCeD-Seq. Adapter and primer sequences must be specified as 5’->3’ orientation as follows. Forward_adapter (Foward_UMI) Foward_primer (D-loop) Reverse_primer (Reverse_UMI) Reverse_primer 5’---------->3’ 5’-------->3’ 3’<---------5’ 3’<---------5’
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Reads Cluster ID_Number of UMI Species Top hit similarity to MitoFISH Alignment length Mismatchs Gap length Sequence
39 37_1 Gnathostomata;Teleostomi;Euteleostomi;Actinopterygii;Actinopteri;Neopterygii;Teleostei;Osteoglossocephalai;Clupeocephala;Euteleosteomorpha;Neoteleostei;Eurypterygia;Ctenosquamata;Acanthomorphata;Euacanthomorphacea;Percomorphaceae;Carangaria;Carangiformes;Carangidae;Trachurus;Trachurus japonicus 99.349 1076 6 1 ACCGGATGCCGGAGGTTAAAATCCTCCCTACTGCTCAGAAAAAGGAGACTCTAACTCCTGCCCCTAACTCCCAAAGCTAGGATTCTAACATTAAACTATTCTCTGCCATTTCACAGCGCATATATAATATTTTAGTTTTTTAAAGACATATATGTACTATTACCATATATATATTGTATGACATAACACTACATGCTATAATAACATGTATGTATTATCACCATTAGTTGGAATTAACCACTCAGGTTATACACACCCATATAACAGTACATGGGCCCAAATTTATTAACCAAAGAACTGAACTTAAATTAAAATATCCAATATGCATCTCCCAGTCCAACCTGCAAAGGTCAATGTTATACCAAGTAACCCTCATCTCGTTCAATTGATAGAAATTAATGTAGTAAGAGCCTACCAACCGGTGATAACTAAGTGATAACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAAAAATCGTGGGGGTTTCACTTAGTGAACTATTCCTGGCATTTGGTTCCTACTTCAGGGCCATTGATTGCTTTATTCCCCGCACTTTCATCGACGCTTACATAAGTTAATGGTGGGAATACATACTCCTCGTTACCCAGCATGCCGGGCGTTCTTTCCAGCGGGTAAGGGGTTCTCTTTTTTGTCTTCCTTTCACTTGACATTTCAGAGTGCGCACGGTATATAACTAATAAGGTAGAACATTTCCTTGCCCGCCGTAAATAGTATTCATGGTGATAAGATATTGTAATCGATAACCACATATTAGGATATCAAGAGCATAAGGTGTAACTACTTCTCCTAACATATCTAAGATTCCCCCCCTTGGCTTTTACGCGTAAAACCCCCCTACCCCCTAAACTCCTAAGATCGCTGTCATTCCTGAAAACCCCCCGGAAACAGGAAAGCCTCTAGAAGTTTTTTTTTATCCCAAAGTGCATGTATATAAATTATTATAATATTTCACATGCTAGCGTAGCTTAATTAAAGCATAACACTGAAGATGTTAAGATGGGCCCTAGAAAGCCCCGCAAGCACAAAGGTTTGGTCCTGACTTTACTGTCAGCTTTAGCTAGAT
43 36_1 Gnathostomata;Teleostomi;Euteleostomi;Actinopterygii;Actinopteri;Neopterygii;Teleostei;Osteoglossocephalai;Clupeocephala;Euteleosteomorpha;Neoteleostei;Eurypterygia;Ctenosquamata;Acanthomorphata;Euacanthomorphacea;Percomorphaceae;Carangaria;Carangiformes;Carangidae;Trachurus;Trachurus japonicus 99.442 1076 6 0 ACCGGATGCCGGAGGTTAAAATCCTCCCTACTGCTCAGAAAAAGGAGACTCTAACTCCTGCCCCTAACTCCCAAAGCTAGGATTCTAACATTAAACTATTCTCTGCCATTTCACAGCGCATATATAATATTTTAGTTTTTTAAAGACATATATGTACTATTACCATATATATATTGTATGACATAACACTACATGCTATAATAACATGTATGTATTATCACCATTAGTTGGAATTAACCACTCAGGTTATACACACCCATATAACAGTACATGGGCCCAAATTTATTAACCAAAGAACTGAACTTAAATTAAAATATCCAATATGCATCTCCCAGTCCAACCTGCAAAGGTCAATGTTATACCAAGTAACCCTCATCTCGTTCAATTGATAGAAATTAATGTAGTAAGAGCCTACCAACCGGTGATAACTAAGTGATAACGGTTATTGAAGGTGAGGGACAAAAATCGTGGGGGTTTCACTTAGTGAACTATTCCTGGCATTTGGTTCCTACTTCAGGGCCATTGATTGCTTTATTCCCCGCACTTTCATCGACGCTTACATAAGTTAATGGTGGGAATACATACTCCTCGTTACCCAGCATGCCGGGCGTTCTTTCCAGCGGGTAAGGGGTTCTCTTTTTTGTCTTCCTTTCACTTGACATTTCAGAGTGCGCACGGTATATAACTAATAAGGTAGAACATTTCCTTGCCCGCCGTAAATAGTATTCATGGTGATAAGATATTGTAATCGATAACCACATATTAGGATATCAAGAGCATAAGGTGTAACTACTTCTCCTAACATATCTAAGATTCCCCCCTCTTGGCTTTTACGCGTAAAACCCCCCTACCCCCTAAACTCCTAAGATCGCTGTCATTCCTGAAAACCCCCCGGAAACAGGAAAGCCTCTAGAAGTTTTTTTTTATCCCAAAGTGCATGTATATAAATTATTATAATATTTCACATGCTAGCGTAGCTTAATTAAAGCATAACACTGAAGATGTTAAGATGGGCCCTAGAAAGCCCCGCAAGCACAAAGGTTTGGTCCTGACTTTACTGTCAGCTTTAGCTAGAT
29 31_1 Gnathostomata;Teleostomi;Euteleostomi;Actinopterygii;Actinopteri;Neopterygii;Teleo