assemble~megahit

Megahit: an ultra-fast single-node solution for large and complex metagenomics assembly via succinct de bruijn graph

input_1:paired-end FASTQ

input_1/kh005_1.fastq.gz

input_1/kh005_2.fastq.gz

input_2:single-end FASTQ

Option

-c 8 -m 100 input_1/

Output

megahit_out/final.contigs.fa

>k141_460180 flag=1 multi=3.0000 len=446
AAAGCAGACCAGTAGGTGCTATTATTCACAAAGCGACAAACTGATTTGTCACTGACAATAAGGATCCATGTGGCACCTTGTCACTACTTTAATTAGTGATACTGCAAGCACACCACCGAGCATCATTGACGATGATGATGGTCTCTGAATGACCCCCAAACACTTGCTTTTCATATTTTCCTGATCTTTTTAAACTTTTAATTTTTTGCCAATAGTCACAAACTAAACTCAAATTTGAAACAGGGGCGGGGAAATATGGTGACTGGTCCCACCTTGTCAACTCATGTTGCGTCAAGTTTAACATACAGCCTGAAGAACACCGGAAGTACGTGAGGTGGCTTTCATACGTTAGACTTCATTAAAGTGTCTTAAATGTACCAGACAAGACACACTCACGTTTATCTGCACCTGTCTCTTATACACATCTGATGCTGCCGACGAGCGAT
>k141_276108 flag=1 multi=3.0000 len=434
ATGCTCATGTTAAGCTGGATTATCATACTGTATGATATAGGCCTCGGCTACACCTACACACGGCATTGCTAATATGTTAGGCTTAAACATTAAAGGAGGGAGATATAATATTTACTATTATTTGGAATTAAAGGAATTAAGAGATATGGACTCTTGGCAAGGCCAACCGCAATCAATGCAAATATTGTATTCTGAAATATACGACAATAATAAAGGATCTTTACTAAAAGACAGGTTATTTCATAATGATGCTGTAGAAATTCTGTCATTTTTTGCAGTAAGACTATGGGACCCACATTTACTGCGACGTAAAGCATATTCTGAGTTTACGTAGGCCTAATGTGAACCAGGAAATGCGTGTAAATCTTATAAAATGTGTAATTTAAAGTGACTTTAACTGTATTTTCCCTCTTTATAGGCTAATAGCCTACACG
>k141_184072 flag=1 multi=3.0000 len=574
CCAGGAAGCGTTGATTTGTTGATTTGCAGGTCAAATTAAATCTAAATGTTTGTGTCACTTTGGGAGAAACAAAGAATTTTAGATGTTAATTAATTGATGGAACAATTCTGATAATCAACTCATTAAGCAAAGCCAAACATAAATCCTGTTCCAGCTTCTCCAATGTGACACTTTTCTTGCTTTTCTCCGACAAAGTAAGAAACCTGAAGATGAGGAAACTGCTTTTACAGAATCGATTCATTTAATCCACGTTCACACACGTGATTAACCCGAACATCTCATCGCTTTCACTGGCAGTGGAAATGTTCTCCACTGTCGCTCTGACAACAGCAGGAATGGCGACGGCGAAGGTGCGACACATAAATCAGCCACCAGATTTGAGCTGTGAACTGTGAGCACCCATGAGGGAATCTGGTGACCTTATCAGCAGAGCATAGCAGAGGAATATTAAACTGTCTCATTGTCCTGGCAGTTCACTTTATTTCTTACAGTTTATTGATATAAACATGCATCAGTTTGTGGTTTACAGCACAGAAATCAGGCTTTGGATACACACACAATACTTGTTAGTAGA
>k141_276109 flag=1 multi=1.0000 len=308
AGGAATTAACCAACTATTTATTATTTATTGAGAGATTTGATTTTTCAATTAATAGAATATTTTCATTTTATCTATTATTAAATTTTTATGTTCCGTTTCTATCGAAATTTTCTTAAAAATTTTAGTTAGTCCACATAAAATATTGAAATTTTGTGCCCATTTGAATAAGTTGAAAAAAGATTTAGTATCGTATTTACCTCACCTAGGTGCTTACATACTCGTACTTAATTATCGTTTCCAACAATATCCTTTGAGTCCCTTAATATCAATTTAACACTATGCCAGTCGTTATTGTCCCGGACGCCCGG
>k141_0 flag=1 multi=3.0000 len=707
AGAAAAAAAAAATATTTCTGGGAGATTTTCAGGTCCGTCAATGTTGTTTTTCAGGTGGAGTGGATAAAACAGTTGATTGGATGGATATTAAATTCTAACAGGCCACTTGAGGTCAGGAAAATTAATCTGAGGCCATAAAAACGTCTGAACTCAACCATTAGGGACATAAAACAGCATCCTCTCCAGCAGCAACTCTGTTGTTTCAGTAAGGGAAGGAAACGGTCCGCTGAGGTTTTGTAAAAAAAAAGGCCGTCCCTGCGTTTTAAACCATGAAGAAAGATAGCATCTCACAGCAGTCAAATTGAATAACACACTGCGAGCTGGCGAGAATAACAGACACTCCCATGTGTGTTTTCCAATTCTCCGCTCGGCCTGGGTTTCTGCTTTATCGGCATCTGCGGTAGGGTGTGAGGTGAAGACTTCAGCCATTTCAAGTCTGTCTGTCTTTCATCTCGGGGACATATGGGATCTAGCATTACAGCTGCTGCTGTCGCCGTTACTGTAGCAACCTTTCATACATTGGCCTGTTGTGATGAAACTCGCATTCACACATAAAGCTGAAGATCCAACGTGAGCGCAAGCTCATGAAAACACTGTCCAGATCAGCAGGAAACTGACTTCCATAGAGATTCACACAGCAGAAAACTAGATGCGCCTTCTGCTGTGTCCGTACAGCACCGGTGGAAGACGGAAGGCATAGGATACCC

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