assemble~hifiasm

input_1:HiFi reads (FASTQ)

input_1/Q23_duplex.fq.gz

input_1/Q28_single.fq.gz

input_1/Q29_single.fq.gz

input_1/Q30_single.fq.gz

input_1/Q27_single.fq.gz

input_1/Q38_single.fq.gz

input_1/Q25_single.fq.gz

input_1/Q21_single.fq.gz

input_1/Q27_duplex.fq.gz

input_1/Q31_single.fq.gz

input_1/Q36_duplex.fq.gz

input_1/Q24_duplex.fq.gz

input_1/Q22_duplex.fq.gz

input_1/Q26_duplex.fq.gz

input_1/Q26_single.fq.gz

input_1/Q34_duplex.fq.gz

input_1/Q32_duplex.fq.gz

input_1/Q44_single.fq.gz

input_1/Q40_single.fq.gz

input_1/Q36_single.fq.gz

input_1/Q28_duplex.fq.gz

input_1/Q33_single.fq.gz

input_1/Q37_single.fq.gz

input_1/Q42_single.fq.gz

input_1/Q20_duplex.fq.gz

input_1/Q21_duplex.fq.gz

input_1/Q35_duplex.fq.gz

input_1/Q32_single.fq.gz

input_1/Q20_single.fq.gz

input_1/Q23_single.fq.gz

input_1/Q31_duplex.fq.gz

input_1/Q24_single.fq.gz

input_1/Q35_single.fq.gz

input_1/Q43_single.fq.gz

input_1/Q33_duplex.fq.gz

input_1/Q22_single.fq.gz

input_1/Q34_single.fq.gz

input_1/Q45_single.fq.gz

input_1/Q25_duplex.fq.gz

input_1/Q29_duplex.fq.gz

input_1/Q41_single.fq.gz

input_1/Q30_duplex.fq.gz

input_1/Q39_single.fq.gz

input_2:Ultra-long Oxford Nanopore reads (FASTQ)

input_2/Q11_duplex.fq.gz

input_2/Q13_duplex.fq.gz

input_2/Q19_duplex.fq.gz

input_2/Q19_single.fq.gz

input_2/Q16_single.fq.gz

input_2/Q14_single.fq.gz

input_2/Q14_duplex.fq.gz

input_2/Q8_single.fq.gz

input_2/Q10_single.fq.gz

input_2/Q17_single.fq.gz

input_2/Q12_single.fq.gz

input_2/Q11_single.fq.gz

input_2/Q16_duplex.fq.gz

input_2/Q15_single.fq.gz

input_2/Q12_duplex.fq.gz

input_2/Q17_duplex.fq.gz

input_2/Q15_duplex.fq.gz

input_2/Q9_single.fq.gz

input_2/Q13_single.fq.gz

input_2/Q18_duplex.fq.gz

input_2/Q18_single.fq.gz

input_3:Paired-end Hi-C reads (FASTQ)

Command

Output

output.bp.p_ctg.gfa.fa

>ptg000001l
CATGTTTCTGTTGTTGGTGTCTTTGGTTCATCAAAAACCGATATTAACCCGTCAACTGACAGTGGTTCGTACTGTTTTCGCATTTATCGTGAAACGCTTTCGCGTTTTTCGTGCGCCGCTTCATTCAGGTATGTTTTTGAGAGCTTGGTATAACTTGGCTTTGATGTTTTGATTTAACTAGAATATGTTATTCATTCCTGTTTTAACTTACACTGGGTGTTAACATCTATGTTTGACGGTATATATAGTTAGTTTCCTTTCATGCTGTTTTTGAGTATCGATAATCAAGTCTTCTTGAGTTTCTTGTGATTTTGAACCAGCATACCCATCTTGGATAGTGTTTCTTTTTTTGTTTTTTCCTTCGATGTAGTAAAGAGTATATAAGTATATAATAGAGAACACCTAGGTCGTGGTTAGTCCTTTCACATCTACAAACATTTTTAGAATTCAACAAGAAAATTACAAAACGTTTTTTTTTGTTTTAGATCAGGCTGCAACATATTACTCTTTAAAGTTGAAAAAAGTCATACACATCATTTTACTAAATCCGGAGTTATATAAATAAACCAAGTCTTCTACTACAAGTGTAAACTTAACTTTATAGTATAATGTTCAGTGTAAACTATCCTTATACTATGCTGTTGAATATCAAATACCTCTTTTTTTTCACGTTTCTATTTATTTGGTATATATATATTCTTTTTAATTATATACTTGTGTATGTTTTTCAGAACTTGATTTGTAATTTTTCTTCCTCATTCTGATGAAGTCATTTGTAATTACGAAACTTGTCAATGTAAAAAAAAAAATGAAACAAGTTGCGTTATTTTTAAACATAATCTTAAACTTTGTGCTGCTAAATGTGTTGTCTACTTCGTTCAGTTGTATTAAAAAATTGGGTGTTTAACCAACGAGTCTTTGGGACCCATAGAGTTTTCGCATTTATCGTGAAACGCTTTCGCGTTTTTGGTGCCGCGGCTTCATCGATCCAAATGCTTAAAGCTAGCGCATTTCTTAAAGATTACCTCCACCAGTTTCACAAGTTTGTCTTAAATGATTCCATGATAAATGCAATAAAAGAAAATAAAGCTTCTTTTCTTAAAAATAAAACTCTCTATAATGAATAAAACAGCCAAAAACTTTCCAAAACATTACTTTTCCCTCATAGCTACACATCCACCATCTTCGAGTAAACCACGACTTGGTAAAATATAGTCTTTACGCAGCAATCATATCCTTGGTAGAACAAGGCGAATATTTTGAGTATATGTTGAGCAATATTCTTGATTTAGTAATAGCTCTTTAAGGGAGAGTTTCTCTTGTGTGAACTAAAAAAAACCTTATTTTAAAGTTTATAAATGTAATTTTCGGAAACGTTGACCAAAAGTTTGTCGGCGACATGTTTTCCCGCTTTTTTTAGCAAGCAAGAATAACCAATGTAACTCTGGTTGATTCAGACCATAACCATAATGTATGAGGTTGTTCATCTGACGGTTTAAGACCATCTAGAGTTTTCATTCGAAATGCTTATAAAAATATTTGAATAAACGAGGCAACCGATGAAATTTTTCTTGATCTCCCAAACAAAATTAAGAGCTTTTCCTATAAAAGAACGACTGGTCTGAAACTGTAAGATGAACTATATACGCCGTGAATTTCCCTAGCCTCTGGATAAATATATATATATATATATATATATATATATATAACAATATATATAACAAGCGCCTCTTATATATAACATTAATAACTTCTTATTCATTCGCGTGTAGATTAAATTTCTATTGTCTTTACTGTCAGACACAAAACCGTTTTTCTCAACGGCTAGTCTGGACAAATTTGAACATTTATGGTATTAATTTAGACTTTGCAAGACAGAAAAAAAAAAAGAATTCATTTCGAATCTTACAAAACCAGGACATACAAACGGATTCTGGTAATTCTACTGAATCAGGGCTGTAGTCAAGCTTAAATCCCTCCTTATCATCTTTGGTTTATATGATTGTTCAATTTGAAGACACACAGACAAAATCAAATGTTTTATTAAGGAAACTACATTTCGATATCAATTTAGTCTCAGCGGTTTTCCTTATGATTGAATCAAAAACATGGTGCTGATAATATAAAAAGGTTCTACTGTGTAGATCTGTAACTACATGAAAAGATCAAACGTTGTGTCAATTTTCAACACTAAAGTGATAATATAAAAAGGCTCTACTGTGTAGATCTGTAACTTCATGAAAAGATCAAACGTTGTGTCAATTTTCAACACTAAAGTGATAATATAAAAAGGCTCTACTGTGTAGATCTGTAACTTCATGAAAAGATCAAACGTTGTGTCAATTTTCCACACTAAAGTGATAAACAATGACACAGACAATTTACAATATACATTACCATCATTAAACATCTGATCAAACTTGGACACTCTTCAACTTTTGCATGGGTTACAGACAAATTTAGAAATAACTTTGTTTTCAACGTTTTTCTGCTCTGAAGGATAAACTGTAATAAGAAAGCTTACATTTTATGGAAATCACAAACATTCTTTCAGACATGTTAAACACTTGTAAAATCACATTTTTTCAGACATGTTTATAAGACAACACTTAAAAAGTCGTGTGTTGTGGGAAACATCAATCATGCACACCACACAAGTTGCATGGCTGATTAGGATTGATTAGCATAAGTGTTTTTGTTAGTTGCATGCTTTCTAGGGAAACATATGGTCAGAGGCGGATCCAGGAGTGTAGCAAAATTTGTGGAGGAGAGAATAAATAAATTGCCGAAATCCCAAAGGTCTTTAACTATTGAAGTTAATAAAAACTAAAAAATACTGCCGTAGAGTTAGCATTATTTAACTCTCCTCCACAGATTTTGCTACACTGCTGGATCCGCCTCTGATGGTTTACCTAAAGATGGCACACGTGGATCATTCACTTTTCCAAATGGCGGCGAGTCATGATGATCTTGTTGCTTTTAATATTT

Log

pp assemble~hifiasm -c 16 -m 64 -n input_2/ input_1/
PID: 734437
pp runtime error.
Checking the realpath of input files.
0 input_1/
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q23_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q28_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q29_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q30_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q27_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q38_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q25_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q21_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q27_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q31_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q36_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q24_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q22_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q26_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q26_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q34_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q32_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q44_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q40_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q36_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q28_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q33_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q37_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q42_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q20_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q21_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q35_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q32_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q20_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q23_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q31_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q24_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q35_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q43_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q33_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q22_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q34_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q45_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q25_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q29_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q41_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q30_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q39_single.fq.gz
0 input_2/
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_2/Q11_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_2/Q13_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_2/Q19_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_2/Q19_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_2/Q16_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_2/Q14_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_2/Q14_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_2/Q8_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_2/Q10_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_2/Q17_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_2/Q12_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_2/Q11_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_2/Q16_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_2/Q15_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_2/Q12_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_2/Q17_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_2/Q15_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_2/Q9_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_2/Q13_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_2/Q18_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_2/Q18_single.fq.gz
0 
/home/yoshitake.kazutoshi/work -> /data/yoshitake.kazutoshi/work
/home/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev -> /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev
/home/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake -> /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake
/home/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test -> /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test
/home/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm -> /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm
/suikou/files/m64k/backup/2023-09-29_Shimomura-Nanopore/Tima_sp/dorado/fastq-qsplit
/data/yoshitake.kazutoshi/work
/data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev
/data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake
/data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test
/data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm
centos:centos6 quay.io/biocontainers/hifiasm:0.19.7--h43eeafb_0
using docker
++ docker pull quay.io/biocontainers/hifiasm:0.19.7--h43eeafb_0
0.19.7--h43eeafb_0: Pulling from biocontainers/hifiasm
642efca944a0: Pulling fs layer
bd9ddc54bea9: Pulling fs layer
5b029adb8f13: Pulling fs layer
bd9ddc54bea9: Verifying Checksum
bd9ddc54bea9: Download complete
642efca944a0: Download complete
642efca944a0: Pull complete
bd9ddc54bea9: Pull complete
5b029adb8f13: Verifying Checksum
5b029adb8f13: Download complete
5b029adb8f13: Pull complete
Digest: sha256:acb8bf9fe27d3ac3d7c02e6d5ea2df14229ea05b3809d230e157198b68e3ef55
Status: Downloaded newer image for quay.io/biocontainers/hifiasm:0.19.7--h43eeafb_0
quay.io/biocontainers/hifiasm:0.19.7--h43eeafb_0
++ set +ex
+ set -o pipefail
+ input_hifi=
+ read i
++ find input_1//
++ egrep '[.]f((ast|)(q|a)|na|sa)(|[.]gz)$'
+ '[' '' = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz,input_1//Q23_single.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz,input_1//Q23_single.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz,input_1//Q23_single.fq.gz,input_1//Q31_duplex.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz,input_1//Q23_single.fq.gz,input_1//Q31_duplex.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz,input_1//Q23_single.fq.gz,input_1//Q31_duplex.fq.gz,input_1//Q24_single.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz,input_1//Q23_single.fq.gz,input_1//Q31_duplex.fq.gz,input_1//Q24_single.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz,input_1//Q23_single.fq.gz,input_1//Q31_duplex.fq.gz,input_1//Q24_single.fq.gz,input_1//Q35_single.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz,input_1//Q23_single.fq.gz,input_1//Q31_duplex.fq.gz,input_1//Q24_single.fq.gz,input_1//Q35_single.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz,input_1//Q23_single.fq.gz,input_1//Q31_duplex.fq.gz,input_1//Q24_single.fq.gz,input_1//Q35_single.fq.gz,input_1//Q43_single.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz,input_1//Q23_single.fq.gz,input_1//Q31_duplex.fq.gz,input_1//Q24_single.fq.gz,input_1//Q35_single.fq.gz,input_1//Q43_single.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz,input_1//Q23_single.fq.gz,input_1//Q31_duplex.fq.gz,input_1//Q24_single.fq.gz,input_1//Q35_single.fq.gz,input_1//Q43_single.fq.gz,input_1//Q33_duplex.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz,input_1//Q23_single.fq.gz,input_1//Q31_duplex.fq.gz,input_1//Q24_single.fq.gz,input_1//Q35_single.fq.gz,input_1//Q43_single.fq.gz,input_1//Q33_duplex.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz,input_1//Q23_single.fq.gz,input_1//Q31_duplex.fq.gz,input_1//Q24_single.fq.gz,input_1//Q35_single.fq.gz,input_1//Q43_single.fq.gz,input_1//Q33_duplex.fq.gz,input_1//Q22_single.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz,input_1//Q23_single.fq.gz,input_1//Q31_duplex.fq.gz,input_1//Q24_single.fq.gz,input_1//Q35_single.fq.gz,input_1//Q43_single.fq.gz,input_1//Q33_duplex.fq.gz,input_1//Q22_single.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz,input_1//Q23_single.fq.gz,input_1//Q31_duplex.fq.gz,input_1//Q24_single.fq.gz,input_1//Q35_single.fq.gz,input_1//Q43_single.fq.gz,input_1//Q33_duplex.fq.gz,input_1//Q22_single.fq.gz,input_1//Q34_single.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz,input_1//Q23_single.fq.gz,input_1//Q31_duplex.fq.gz,input_1//Q24_single.fq.gz,input_1//Q35_single.fq.gz,input_1//Q43_single.fq.gz,input_1//Q33_duplex.fq.gz,input_1//Q22_single.fq.gz,input_1//Q34_single.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz,input_1//Q23_single.fq.gz,input_1//Q31_duplex.fq.gz,input_1//Q24_single.fq.gz,input_1//Q35_single.fq.gz,input_1//Q43_single.fq.gz,input_1//Q33_duplex.fq.gz,input_1//Q22_single.fq.gz,input_1//Q34_single.fq.gz,input_1//Q45_single.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz,input_1//Q23_single.fq.gz,input_1//Q31_duplex.fq.gz,input_1//Q24_single.fq.gz,input_1//Q35_single.fq.gz,input_1//Q43_single.fq.gz,input_1//Q33_duplex.fq.gz,input_1//Q22_single.fq.gz,input_1//Q34_single.fq.gz,input_1//Q45_single.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz,input_1//Q23_single.fq.gz,input_1//Q31_duplex.fq.gz,input_1//Q24_single.fq.gz,input_1//Q35_single.fq.gz,input_1//Q43_single.fq.gz,input_1//Q33_duplex.fq.gz,input_1//Q22_single.fq.gz,input_1//Q34_single.fq.gz,input_1//Q45_single.fq.gz,input_1//Q25_duplex.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz,input_1//Q23_single.fq.gz,input_1//Q31_duplex.fq.gz,input_1//Q24_single.fq.gz,input_1//Q35_single.fq.gz,input_1//Q43_single.fq.gz,input_1//Q33_duplex.fq.gz,input_1//Q22_single.fq.gz,input_1//Q34_single.fq.gz,input_1//Q45_single.fq.gz,input_1//Q25_duplex.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz,input_1//Q23_single.fq.gz,input_1//Q31_duplex.fq.gz,input_1//Q24_single.fq.gz,input_1//Q35_single.fq.gz,input_1//Q43_single.fq.gz,input_1//Q33_duplex.fq.gz,input_1//Q22_single.fq.gz,input_1//Q34_single.fq.gz,input_1//Q45_single.fq.gz,input_1//Q25_duplex.fq.gz,input_1//Q29_duplex.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz,input_1//Q23_single.fq.gz,input_1//Q31_duplex.fq.gz,input_1//Q24_single.fq.gz,input_1//Q35_single.fq.gz,input_1//Q43_single.fq.gz,input_1//Q33_duplex.fq.gz,input_1//Q22_single.fq.gz,input_1//Q34_single.fq.gz,input_1//Q45_single.fq.gz,input_1//Q25_duplex.fq.gz,input_1//Q29_duplex.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz,input_1//Q23_single.fq.gz,input_1//Q31_duplex.fq.gz,input_1//Q24_single.fq.gz,input_1//Q35_single.fq.gz,input_1//Q43_single.fq.gz,input_1//Q33_duplex.fq.gz,input_1//Q22_single.fq.gz,input_1//Q34_single.fq.gz,input_1//Q45_single.fq.gz,input_1//Q25_duplex.fq.gz,input_1//Q29_duplex.fq.gz,input_1//Q41_single.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz,input_1//Q23_single.fq.gz,input_1//Q31_duplex.fq.gz,input_1//Q24_single.fq.gz,input_1//Q35_single.fq.gz,input_1//Q43_single.fq.gz,input_1//Q33_duplex.fq.gz,input_1//Q22_single.fq.gz,input_1//Q34_single.fq.gz,input_1//Q45_single.fq.gz,input_1//Q25_duplex.fq.gz,input_1//Q29_duplex.fq.gz,input_1//Q41_single.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz,input_1//Q23_single.fq.gz,input_1//Q31_duplex.fq.gz,input_1//Q24_single.fq.gz,input_1//Q35_single.fq.gz,input_1//Q43_single.fq.gz,input_1//Q33_duplex.fq.gz,input_1//Q22_single.fq.gz,input_1//Q34_single.fq.gz,input_1//Q45_single.fq.gz,input_1//Q25_duplex.fq.gz,input_1//Q29_duplex.fq.gz,input_1//Q41_single.fq.gz,input_1//Q30_duplex.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz,input_1//Q23_single.fq.gz,input_1//Q31_duplex.fq.gz,input_1//Q24_single.fq.gz,input_1//Q35_single.fq.gz,input_1//Q43_single.fq.gz,input_1//Q33_duplex.fq.gz,input_1//Q22_single.fq.gz,input_1//Q34_single.fq.gz,input_1//Q45_single.fq.gz,input_1//Q25_duplex.fq.gz,input_1//Q29_duplex.fq.gz,input_1//Q41_single.fq.gz,input_1//Q30_duplex.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz,input_1//Q23_single.fq.gz,input_1//Q31_duplex.fq.gz,input_1//Q24_single.fq.gz,input_1//Q35_single.fq.gz,input_1//Q43_single.fq.gz,input_1//Q33_duplex.fq.gz,input_1//Q22_single.fq.gz,input_1//Q34_single.fq.gz,input_1//Q45_single.fq.gz,input_1//Q25_duplex.fq.gz,input_1//Q29_duplex.fq.gz,input_1//Q41_single.fq.gz,input_1//Q30_duplex.fq.gz,input_1//Q39_single.fq.gz
+ read i
+ input_nanopore=
+ read i
++ find input_2//
++ egrep '[.]f((ast|)(q|a)|na|sa)(|[.]gz)$'
+ '[' '' = '' ']'
+ input_nanopore='--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz'
+ read i
+ '[' '--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz' = '' ']'
+ input_nanopore='--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz'
+ read i
+ '[' '--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz' = '' ']'
+ input_nanopore='--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz'
+ read i
+ '[' '--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz' = '' ']'
+ input_nanopore='--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz'
+ read i
+ '[' '--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz' = '' ']'
+ input_nanopore='--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz'
+ read i
+ '[' '--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz' = '' ']'
+ input_nanopore='--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz'
+ read i
+ '[' '--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz' = '' ']'
+ input_nanopore='--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz'
+ read i
+ '[' '--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz' = '' ']'
+ input_nanopore='--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz'
+ read i
+ '[' '--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz' = '' ']'
+ input_nanopore='--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz'
+ read i
+ '[' '--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz' = '' ']'
+ input_nanopore='--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz'
+ read i
+ '[' '--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz' = '' ']'
+ input_nanopore='--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz'
+ read i
+ '[' '--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz' = '' ']'
+ input_nanopore='--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz,input_2//Q11_single.fq.gz'
+ read i
+ '[' '--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz,input_2//Q11_single.fq.gz' = '' ']'
+ input_nanopore='--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz,input_2//Q11_single.fq.gz,input_2//Q16_duplex.fq.gz'
+ read i
+ '[' '--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz,input_2//Q11_single.fq.gz,input_2//Q16_duplex.fq.gz' = '' ']'
+ input_nanopore='--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz,input_2//Q11_single.fq.gz,input_2//Q16_duplex.fq.gz,input_2//Q15_single.fq.gz'
+ read i
+ '[' '--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz,input_2//Q11_single.fq.gz,input_2//Q16_duplex.fq.gz,input_2//Q15_single.fq.gz' = '' ']'
+ input_nanopore='--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz,input_2//Q11_single.fq.gz,input_2//Q16_duplex.fq.gz,input_2//Q15_single.fq.gz,input_2//Q12_duplex.fq.gz'
+ read i
+ '[' '--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz,input_2//Q11_single.fq.gz,input_2//Q16_duplex.fq.gz,input_2//Q15_single.fq.gz,input_2//Q12_duplex.fq.gz' = '' ']'
+ input_nanopore='--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz,input_2//Q11_single.fq.gz,input_2//Q16_duplex.fq.gz,input_2//Q15_single.fq.gz,input_2//Q12_duplex.fq.gz,input_2//Q17_duplex.fq.gz'
+ read i
+ '[' '--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz,input_2//Q11_single.fq.gz,input_2//Q16_duplex.fq.gz,input_2//Q15_single.fq.gz,input_2//Q12_duplex.fq.gz,input_2//Q17_duplex.fq.gz' = '' ']'
+ input_nanopore='--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz,input_2//Q11_single.fq.gz,input_2//Q16_duplex.fq.gz,input_2//Q15_single.fq.gz,input_2//Q12_duplex.fq.gz,input_2//Q17_duplex.fq.gz,input_2//Q15_duplex.fq.gz'
+ read i
+ '[' '--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz,input_2//Q11_single.fq.gz,input_2//Q16_duplex.fq.gz,input_2//Q15_single.fq.gz,input_2//Q12_duplex.fq.gz,input_2//Q17_duplex.fq.gz,input_2//Q15_duplex.fq.gz' = '' ']'
+ input_nanopore='--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz,input_2//Q11_single.fq.gz,input_2//Q16_duplex.fq.gz,input_2//Q15_single.fq.gz,input_2//Q12_duplex.fq.gz,input_2//Q17_duplex.fq.gz,input_2//Q15_duplex.fq.gz,input_2//Q9_single.fq.gz'
+ read i
+ '[' '--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz,input_2//Q11_single.fq.gz,input_2//Q16_duplex.fq.gz,input_2//Q15_single.fq.gz,input_2//Q12_duplex.fq.gz,input_2//Q17_duplex.fq.gz,input_2//Q15_duplex.fq.gz,input_2//Q9_single.fq.gz' = '' ']'
+ input_nanopore='--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz,input_2//Q11_single.fq.gz,input_2//Q16_duplex.fq.gz,input_2//Q15_single.fq.gz,input_2//Q12_duplex.fq.gz,input_2//Q17_duplex.fq.gz,input_2//Q15_duplex.fq.gz,input_2//Q9_single.fq.gz,input_2//Q13_single.fq.gz'
+ read i
+ '[' '--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz,input_2//Q11_single.fq.gz,input_2//Q16_duplex.fq.gz,input_2//Q15_single.fq.gz,input_2//Q12_duplex.fq.gz,input_2//Q17_duplex.fq.gz,input_2//Q15_duplex.fq.gz,input_2//Q9_single.fq.gz,input_2//Q13_single.fq.gz' = '' ']'
+ input_nanopore='--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz,input_2//Q11_single.fq.gz,input_2//Q16_duplex.fq.gz,input_2//Q15_single.fq.gz,input_2//Q12_duplex.fq.gz,input_2//Q17_duplex.fq.gz,input_2//Q15_duplex.fq.gz,input_2//Q9_single.fq.gz,input_2//Q13_single.fq.gz,input_2//Q18_duplex.fq.gz'
+ read i
+ '[' '--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz,input_2//Q11_single.fq.gz,input_2//Q16_duplex.fq.gz,input_2//Q15_single.fq.gz,input_2//Q12_duplex.fq.gz,input_2//Q17_duplex.fq.gz,input_2//Q15_duplex.fq.gz,input_2//Q9_single.fq.gz,input_2//Q13_single.fq.gz,input_2//Q18_duplex.fq.gz' = '' ']'
+ input_nanopore='--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz,input_2//Q11_single.fq.gz,input_2//Q16_duplex.fq.gz,input_2//Q15_single.fq.gz,input_2//Q12_duplex.fq.gz,input_2//Q17_duplex.fq.gz,input_2//Q15_duplex.fq.gz,input_2//Q9_single.fq.gz,input_2//Q13_single.fq.gz,input_2//Q18_duplex.fq.gz,input_2//Q18_single.fq.gz'
+ read i
+ input_hic=
/data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/PortablePipeline/PortablePipeline/scripts/assemble~hifiasm: 行 96: 予期しないトークン `done' 周辺に構文エラーがあります
PID: 741346
pp runtime error.
Checking the realpath of input files.
0 input_1/
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q23_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q28_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q29_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q30_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q27_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q38_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q25_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q21_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q27_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q31_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q36_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q24_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q22_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q26_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q26_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q34_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q32_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q44_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q40_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q36_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q28_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q33_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q37_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q42_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q20_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q21_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q35_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q32_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q20_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q23_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q31_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q24_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q35_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q43_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q33_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q22_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q34_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q45_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q25_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q29_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q41_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q30_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q39_single.fq.gz
0 input_2/
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_2/Q11_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_2/Q13_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_2/Q19_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_2/Q19_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_2/Q16_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_2/Q14_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_2/Q14_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_2/Q8_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_2/Q10_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_2/Q17_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_2/Q12_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_2/Q11_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_2/Q16_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_2/Q15_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_2/Q12_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_2/Q17_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_2/Q15_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_2/Q9_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_2/Q13_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_2/Q18_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_2/Q18_single.fq.gz
0 
/home/yoshitake.kazutoshi/work -> /data/yoshitake.kazutoshi/work
/home/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev -> /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev
/home/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake -> /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake
/home/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test -> /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test
/home/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm -> /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm
/suikou/files/m64k/backup/2023-09-29_Shimomura-Nanopore/Tima_sp/dorado/fastq-qsplit
/data/yoshitake.kazutoshi/work
/data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev
/data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake
/data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test
/data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm
centos:centos6 quay.io/biocontainers/hifiasm:0.19.7--h43eeafb_0
using docker
+ set -o pipefail
+ input_hifi=
+ read i
++ find input_1//
++ egrep '[.]f((ast|)(q|a)|na|sa)(|[.]gz)$'
+ '[' '' = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz,input_1//Q23_single.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz,input_1//Q23_single.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz,input_1//Q23_single.fq.gz,input_1//Q31_duplex.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz,input_1//Q23_single.fq.gz,input_1//Q31_duplex.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz,input_1//Q23_single.fq.gz,input_1//Q31_duplex.fq.gz,input_1//Q24_single.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz,input_1//Q23_single.fq.gz,input_1//Q31_duplex.fq.gz,input_1//Q24_single.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz,input_1//Q23_single.fq.gz,input_1//Q31_duplex.fq.gz,input_1//Q24_single.fq.gz,input_1//Q35_single.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz,input_1//Q23_single.fq.gz,input_1//Q31_duplex.fq.gz,input_1//Q24_single.fq.gz,input_1//Q35_single.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz,input_1//Q23_single.fq.gz,input_1//Q31_duplex.fq.gz,input_1//Q24_single.fq.gz,input_1//Q35_single.fq.gz,input_1//Q43_single.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz,input_1//Q23_single.fq.gz,input_1//Q31_duplex.fq.gz,input_1//Q24_single.fq.gz,input_1//Q35_single.fq.gz,input_1//Q43_single.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz,input_1//Q23_single.fq.gz,input_1//Q31_duplex.fq.gz,input_1//Q24_single.fq.gz,input_1//Q35_single.fq.gz,input_1//Q43_single.fq.gz,input_1//Q33_duplex.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz,input_1//Q23_single.fq.gz,input_1//Q31_duplex.fq.gz,input_1//Q24_single.fq.gz,input_1//Q35_single.fq.gz,input_1//Q43_single.fq.gz,input_1//Q33_duplex.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz,input_1//Q23_single.fq.gz,input_1//Q31_duplex.fq.gz,input_1//Q24_single.fq.gz,input_1//Q35_single.fq.gz,input_1//Q43_single.fq.gz,input_1//Q33_duplex.fq.gz,input_1//Q22_single.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz,input_1//Q23_single.fq.gz,input_1//Q31_duplex.fq.gz,input_1//Q24_single.fq.gz,input_1//Q35_single.fq.gz,input_1//Q43_single.fq.gz,input_1//Q33_duplex.fq.gz,input_1//Q22_single.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz,input_1//Q23_single.fq.gz,input_1//Q31_duplex.fq.gz,input_1//Q24_single.fq.gz,input_1//Q35_single.fq.gz,input_1//Q43_single.fq.gz,input_1//Q33_duplex.fq.gz,input_1//Q22_single.fq.gz,input_1//Q34_single.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz,input_1//Q23_single.fq.gz,input_1//Q31_duplex.fq.gz,input_1//Q24_single.fq.gz,input_1//Q35_single.fq.gz,input_1//Q43_single.fq.gz,input_1//Q33_duplex.fq.gz,input_1//Q22_single.fq.gz,input_1//Q34_single.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz,input_1//Q23_single.fq.gz,input_1//Q31_duplex.fq.gz,input_1//Q24_single.fq.gz,input_1//Q35_single.fq.gz,input_1//Q43_single.fq.gz,input_1//Q33_duplex.fq.gz,input_1//Q22_single.fq.gz,input_1//Q34_single.fq.gz,input_1//Q45_single.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz,input_1//Q23_single.fq.gz,input_1//Q31_duplex.fq.gz,input_1//Q24_single.fq.gz,input_1//Q35_single.fq.gz,input_1//Q43_single.fq.gz,input_1//Q33_duplex.fq.gz,input_1//Q22_single.fq.gz,input_1//Q34_single.fq.gz,input_1//Q45_single.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz,input_1//Q23_single.fq.gz,input_1//Q31_duplex.fq.gz,input_1//Q24_single.fq.gz,input_1//Q35_single.fq.gz,input_1//Q43_single.fq.gz,input_1//Q33_duplex.fq.gz,input_1//Q22_single.fq.gz,input_1//Q34_single.fq.gz,input_1//Q45_single.fq.gz,input_1//Q25_duplex.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz,input_1//Q23_single.fq.gz,input_1//Q31_duplex.fq.gz,input_1//Q24_single.fq.gz,input_1//Q35_single.fq.gz,input_1//Q43_single.fq.gz,input_1//Q33_duplex.fq.gz,input_1//Q22_single.fq.gz,input_1//Q34_single.fq.gz,input_1//Q45_single.fq.gz,input_1//Q25_duplex.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz,input_1//Q23_single.fq.gz,input_1//Q31_duplex.fq.gz,input_1//Q24_single.fq.gz,input_1//Q35_single.fq.gz,input_1//Q43_single.fq.gz,input_1//Q33_duplex.fq.gz,input_1//Q22_single.fq.gz,input_1//Q34_single.fq.gz,input_1//Q45_single.fq.gz,input_1//Q25_duplex.fq.gz,input_1//Q29_duplex.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz,input_1//Q23_single.fq.gz,input_1//Q31_duplex.fq.gz,input_1//Q24_single.fq.gz,input_1//Q35_single.fq.gz,input_1//Q43_single.fq.gz,input_1//Q33_duplex.fq.gz,input_1//Q22_single.fq.gz,input_1//Q34_single.fq.gz,input_1//Q45_single.fq.gz,input_1//Q25_duplex.fq.gz,input_1//Q29_duplex.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz,input_1//Q23_single.fq.gz,input_1//Q31_duplex.fq.gz,input_1//Q24_single.fq.gz,input_1//Q35_single.fq.gz,input_1//Q43_single.fq.gz,input_1//Q33_duplex.fq.gz,input_1//Q22_single.fq.gz,input_1//Q34_single.fq.gz,input_1//Q45_single.fq.gz,input_1//Q25_duplex.fq.gz,input_1//Q29_duplex.fq.gz,input_1//Q41_single.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz,input_1//Q23_single.fq.gz,input_1//Q31_duplex.fq.gz,input_1//Q24_single.fq.gz,input_1//Q35_single.fq.gz,input_1//Q43_single.fq.gz,input_1//Q33_duplex.fq.gz,input_1//Q22_single.fq.gz,input_1//Q34_single.fq.gz,input_1//Q45_single.fq.gz,input_1//Q25_duplex.fq.gz,input_1//Q29_duplex.fq.gz,input_1//Q41_single.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz,input_1//Q23_single.fq.gz,input_1//Q31_duplex.fq.gz,input_1//Q24_single.fq.gz,input_1//Q35_single.fq.gz,input_1//Q43_single.fq.gz,input_1//Q33_duplex.fq.gz,input_1//Q22_single.fq.gz,input_1//Q34_single.fq.gz,input_1//Q45_single.fq.gz,input_1//Q25_duplex.fq.gz,input_1//Q29_duplex.fq.gz,input_1//Q41_single.fq.gz,input_1//Q30_duplex.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz,input_1//Q23_single.fq.gz,input_1//Q31_duplex.fq.gz,input_1//Q24_single.fq.gz,input_1//Q35_single.fq.gz,input_1//Q43_single.fq.gz,input_1//Q33_duplex.fq.gz,input_1//Q22_single.fq.gz,input_1//Q34_single.fq.gz,input_1//Q45_single.fq.gz,input_1//Q25_duplex.fq.gz,input_1//Q29_duplex.fq.gz,input_1//Q41_single.fq.gz,input_1//Q30_duplex.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz,input_1//Q23_single.fq.gz,input_1//Q31_duplex.fq.gz,input_1//Q24_single.fq.gz,input_1//Q35_single.fq.gz,input_1//Q43_single.fq.gz,input_1//Q33_duplex.fq.gz,input_1//Q22_single.fq.gz,input_1//Q34_single.fq.gz,input_1//Q45_single.fq.gz,input_1//Q25_duplex.fq.gz,input_1//Q29_duplex.fq.gz,input_1//Q41_single.fq.gz,input_1//Q30_duplex.fq.gz,input_1//Q39_single.fq.gz
+ read i
+ echo HiFi reads: input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz,input_1//Q23_single.fq.gz,input_1//Q31_duplex.fq.gz,input_1//Q24_single.fq.gz,input_1//Q35_single.fq.gz,input_1//Q43_single.fq.gz,input_1//Q33_duplex.fq.gz,input_1//Q22_single.fq.gz,input_1//Q34_single.fq.gz,input_1//Q45_single.fq.gz,input_1//Q25_duplex.fq.gz,input_1//Q29_duplex.fq.gz,input_1//Q41_single.fq.gz,input_1//Q30_duplex.fq.gz,input_1//Q39_single.fq.gz
HiFi reads: input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz,input_1//Q23_single.fq.gz,input_1//Q31_duplex.fq.gz,input_1//Q24_single.fq.gz,input_1//Q35_single.fq.gz,input_1//Q43_single.fq.gz,input_1//Q33_duplex.fq.gz,input_1//Q22_single.fq.gz,input_1//Q34_single.fq.gz,input_1//Q45_single.fq.gz,input_1//Q25_duplex.fq.gz,input_1//Q29_duplex.fq.gz,input_1//Q41_single.fq.gz,input_1//Q30_duplex.fq.gz,input_1//Q39_single.fq.gz
+ input_nanopore=
+ read i
++ find input_2//
++ egrep '[.]f((ast|)(q|a)|na|sa)(|[.]gz)$'
+ '[' '' = '' ']'
+ input_nanopore='--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz'
+ read i
+ '[' '--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz' = '' ']'
+ input_nanopore='--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz'
+ read i
+ '[' '--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz' = '' ']'
+ input_nanopore='--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz'
+ read i
+ '[' '--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz' = '' ']'
+ input_nanopore='--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz'
+ read i
+ '[' '--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz' = '' ']'
+ input_nanopore='--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz'
+ read i
+ '[' '--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz' = '' ']'
+ input_nanopore='--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz'
+ read i
+ '[' '--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz' = '' ']'
+ input_nanopore='--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz'
+ read i
+ '[' '--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz' = '' ']'
+ input_nanopore='--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz'
+ read i
+ '[' '--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz' = '' ']'
+ input_nanopore='--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz'
+ read i
+ '[' '--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz' = '' ']'
+ input_nanopore='--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz'
+ read i
+ '[' '--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz' = '' ']'
+ input_nanopore='--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz'
+ read i
+ '[' '--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz' = '' ']'
+ input_nanopore='--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz,input_2//Q11_single.fq.gz'
+ read i
+ '[' '--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz,input_2//Q11_single.fq.gz' = '' ']'
+ input_nanopore='--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz,input_2//Q11_single.fq.gz,input_2//Q16_duplex.fq.gz'
+ read i
+ '[' '--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz,input_2//Q11_single.fq.gz,input_2//Q16_duplex.fq.gz' = '' ']'
+ input_nanopore='--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz,input_2//Q11_single.fq.gz,input_2//Q16_duplex.fq.gz,input_2//Q15_single.fq.gz'
+ read i
+ '[' '--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz,input_2//Q11_single.fq.gz,input_2//Q16_duplex.fq.gz,input_2//Q15_single.fq.gz' = '' ']'
+ input_nanopore='--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz,input_2//Q11_single.fq.gz,input_2//Q16_duplex.fq.gz,input_2//Q15_single.fq.gz,input_2//Q12_duplex.fq.gz'
+ read i
+ '[' '--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz,input_2//Q11_single.fq.gz,input_2//Q16_duplex.fq.gz,input_2//Q15_single.fq.gz,input_2//Q12_duplex.fq.gz' = '' ']'
+ input_nanopore='--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz,input_2//Q11_single.fq.gz,input_2//Q16_duplex.fq.gz,input_2//Q15_single.fq.gz,input_2//Q12_duplex.fq.gz,input_2//Q17_duplex.fq.gz'
+ read i
+ '[' '--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz,input_2//Q11_single.fq.gz,input_2//Q16_duplex.fq.gz,input_2//Q15_single.fq.gz,input_2//Q12_duplex.fq.gz,input_2//Q17_duplex.fq.gz' = '' ']'
+ input_nanopore='--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz,input_2//Q11_single.fq.gz,input_2//Q16_duplex.fq.gz,input_2//Q15_single.fq.gz,input_2//Q12_duplex.fq.gz,input_2//Q17_duplex.fq.gz,input_2//Q15_duplex.fq.gz'
+ read i
+ '[' '--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz,input_2//Q11_single.fq.gz,input_2//Q16_duplex.fq.gz,input_2//Q15_single.fq.gz,input_2//Q12_duplex.fq.gz,input_2//Q17_duplex.fq.gz,input_2//Q15_duplex.fq.gz' = '' ']'
+ input_nanopore='--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz,input_2//Q11_single.fq.gz,input_2//Q16_duplex.fq.gz,input_2//Q15_single.fq.gz,input_2//Q12_duplex.fq.gz,input_2//Q17_duplex.fq.gz,input_2//Q15_duplex.fq.gz,input_2//Q9_single.fq.gz'
+ read i
+ '[' '--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz,input_2//Q11_single.fq.gz,input_2//Q16_duplex.fq.gz,input_2//Q15_single.fq.gz,input_2//Q12_duplex.fq.gz,input_2//Q17_duplex.fq.gz,input_2//Q15_duplex.fq.gz,input_2//Q9_single.fq.gz' = '' ']'
+ input_nanopore='--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz,input_2//Q11_single.fq.gz,input_2//Q16_duplex.fq.gz,input_2//Q15_single.fq.gz,input_2//Q12_duplex.fq.gz,input_2//Q17_duplex.fq.gz,input_2//Q15_duplex.fq.gz,input_2//Q9_single.fq.gz,input_2//Q13_single.fq.gz'
+ read i
+ '[' '--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz,input_2//Q11_single.fq.gz,input_2//Q16_duplex.fq.gz,input_2//Q15_single.fq.gz,input_2//Q12_duplex.fq.gz,input_2//Q17_duplex.fq.gz,input_2//Q15_duplex.fq.gz,input_2//Q9_single.fq.gz,input_2//Q13_single.fq.gz' = '' ']'
+ input_nanopore='--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz,input_2//Q11_single.fq.gz,input_2//Q16_duplex.fq.gz,input_2//Q15_single.fq.gz,input_2//Q12_duplex.fq.gz,input_2//Q17_duplex.fq.gz,input_2//Q15_duplex.fq.gz,input_2//Q9_single.fq.gz,input_2//Q13_single.fq.gz,input_2//Q18_duplex.fq.gz'
+ read i
+ '[' '--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz,input_2//Q11_single.fq.gz,input_2//Q16_duplex.fq.gz,input_2//Q15_single.fq.gz,input_2//Q12_duplex.fq.gz,input_2//Q17_duplex.fq.gz,input_2//Q15_duplex.fq.gz,input_2//Q9_single.fq.gz,input_2//Q13_single.fq.gz,input_2//Q18_duplex.fq.gz' = '' ']'
+ input_nanopore='--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz,input_2//Q11_single.fq.gz,input_2//Q16_duplex.fq.gz,input_2//Q15_single.fq.gz,input_2//Q12_duplex.fq.gz,input_2//Q17_duplex.fq.gz,input_2//Q15_duplex.fq.gz,input_2//Q9_single.fq.gz,input_2//Q13_single.fq.gz,input_2//Q18_duplex.fq.gz,input_2//Q18_single.fq.gz'
+ read i
+ echo Nanopore reads: '--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz,input_2//Q11_single.fq.gz,input_2//Q16_duplex.fq.gz,input_2//Q15_single.fq.gz,input_2//Q12_duplex.fq.gz,input_2//Q17_duplex.fq.gz,input_2//Q15_duplex.fq.gz,input_2//Q9_single.fq.gz,input_2//Q13_single.fq.gz,input_2//Q18_duplex.fq.gz,input_2//Q18_single.fq.gz'
Nanopore reads: --ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz,input_2//Q11_single.fq.gz,input_2//Q16_duplex.fq.gz,input_2//Q15_single.fq.gz,input_2//Q12_duplex.fq.gz,input_2//Q17_duplex.fq.gz,input_2//Q15_duplex.fq.gz,input_2//Q9_single.fq.gz,input_2//Q13_single.fq.gz,input_2//Q18_duplex.fq.gz,input_2//Q18_single.fq.gz
+ input_hic=
+ echo aa
aa
+ echo ''
+ cat -A
$
+ echo aa
aa
/data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/PortablePipeline/PortablePipeline/scripts/assemble~hifiasm: 行 103: 予期しないトークン `done' 周辺に構文エラーがあります
PID: 743662
pp runtime error.
Checking the realpath of input files.
0 input_1/
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q23_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q28_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q29_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q30_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q27_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q38_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q25_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q21_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q27_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q31_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q36_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q24_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q22_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q26_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q26_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q34_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q32_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q44_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q40_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q36_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q28_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q33_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q37_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q42_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q20_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q21_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q35_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q32_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q20_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q23_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q31_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q24_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q35_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q43_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q33_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q22_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q34_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q45_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q25_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q29_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q41_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q30_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q39_single.fq.gz
0 input_2/
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_2/Q11_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_2/Q13_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_2/Q19_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_2/Q19_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_2/Q16_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_2/Q14_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_2/Q14_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_2/Q8_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_2/Q10_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_2/Q17_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_2/Q12_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_2/Q11_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_2/Q16_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_2/Q15_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_2/Q12_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_2/Q17_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_2/Q15_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_2/Q9_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_2/Q13_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_2/Q18_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_2/Q18_single.fq.gz
0 
/home/yoshitake.kazutoshi/work -> /data/yoshitake.kazutoshi/work
/home/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev -> /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev
/home/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake -> /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake
/home/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test -> /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test
/home/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm -> /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm
/suikou/files/m64k/backup/2023-09-29_Shimomura-Nanopore/Tima_sp/dorado/fastq-qsplit
/data/yoshitake.kazutoshi/work
/data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev
/data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake
/data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test
/data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm
centos:centos6 quay.io/biocontainers/hifiasm:0.19.7--h43eeafb_0
using docker
+ set -o pipefail
+ input_hifi=
+ read i
++ find input_1//
++ egrep '[.]f((ast|)(q|a)|na|sa)(|[.]gz)$'
+ '[' '' = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz,input_1//Q23_single.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz,input_1//Q23_single.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz,input_1//Q23_single.fq.gz,input_1//Q31_duplex.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz,input_1//Q23_single.fq.gz,input_1//Q31_duplex.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz,input_1//Q23_single.fq.gz,input_1//Q31_duplex.fq.gz,input_1//Q24_single.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz,input_1//Q23_single.fq.gz,input_1//Q31_duplex.fq.gz,input_1//Q24_single.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz,input_1//Q23_single.fq.gz,input_1//Q31_duplex.fq.gz,input_1//Q24_single.fq.gz,input_1//Q35_single.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz,input_1//Q23_single.fq.gz,input_1//Q31_duplex.fq.gz,input_1//Q24_single.fq.gz,input_1//Q35_single.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz,input_1//Q23_single.fq.gz,input_1//Q31_duplex.fq.gz,input_1//Q24_single.fq.gz,input_1//Q35_single.fq.gz,input_1//Q43_single.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz,input_1//Q23_single.fq.gz,input_1//Q31_duplex.fq.gz,input_1//Q24_single.fq.gz,input_1//Q35_single.fq.gz,input_1//Q43_single.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz,input_1//Q23_single.fq.gz,input_1//Q31_duplex.fq.gz,input_1//Q24_single.fq.gz,input_1//Q35_single.fq.gz,input_1//Q43_single.fq.gz,input_1//Q33_duplex.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz,input_1//Q23_single.fq.gz,input_1//Q31_duplex.fq.gz,input_1//Q24_single.fq.gz,input_1//Q35_single.fq.gz,input_1//Q43_single.fq.gz,input_1//Q33_duplex.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz,input_1//Q23_single.fq.gz,input_1//Q31_duplex.fq.gz,input_1//Q24_single.fq.gz,input_1//Q35_single.fq.gz,input_1//Q43_single.fq.gz,input_1//Q33_duplex.fq.gz,input_1//Q22_single.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz,input_1//Q23_single.fq.gz,input_1//Q31_duplex.fq.gz,input_1//Q24_single.fq.gz,input_1//Q35_single.fq.gz,input_1//Q43_single.fq.gz,input_1//Q33_duplex.fq.gz,input_1//Q22_single.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz,input_1//Q23_single.fq.gz,input_1//Q31_duplex.fq.gz,input_1//Q24_single.fq.gz,input_1//Q35_single.fq.gz,input_1//Q43_single.fq.gz,input_1//Q33_duplex.fq.gz,input_1//Q22_single.fq.gz,input_1//Q34_single.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz,input_1//Q23_single.fq.gz,input_1//Q31_duplex.fq.gz,input_1//Q24_single.fq.gz,input_1//Q35_single.fq.gz,input_1//Q43_single.fq.gz,input_1//Q33_duplex.fq.gz,input_1//Q22_single.fq.gz,input_1//Q34_single.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz,input_1//Q23_single.fq.gz,input_1//Q31_duplex.fq.gz,input_1//Q24_single.fq.gz,input_1//Q35_single.fq.gz,input_1//Q43_single.fq.gz,input_1//Q33_duplex.fq.gz,input_1//Q22_single.fq.gz,input_1//Q34_single.fq.gz,input_1//Q45_single.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz,input_1//Q23_single.fq.gz,input_1//Q31_duplex.fq.gz,input_1//Q24_single.fq.gz,input_1//Q35_single.fq.gz,input_1//Q43_single.fq.gz,input_1//Q33_duplex.fq.gz,input_1//Q22_single.fq.gz,input_1//Q34_single.fq.gz,input_1//Q45_single.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz,input_1//Q23_single.fq.gz,input_1//Q31_duplex.fq.gz,input_1//Q24_single.fq.gz,input_1//Q35_single.fq.gz,input_1//Q43_single.fq.gz,input_1//Q33_duplex.fq.gz,input_1//Q22_single.fq.gz,input_1//Q34_single.fq.gz,input_1//Q45_single.fq.gz,input_1//Q25_duplex.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz,input_1//Q23_single.fq.gz,input_1//Q31_duplex.fq.gz,input_1//Q24_single.fq.gz,input_1//Q35_single.fq.gz,input_1//Q43_single.fq.gz,input_1//Q33_duplex.fq.gz,input_1//Q22_single.fq.gz,input_1//Q34_single.fq.gz,input_1//Q45_single.fq.gz,input_1//Q25_duplex.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz,input_1//Q23_single.fq.gz,input_1//Q31_duplex.fq.gz,input_1//Q24_single.fq.gz,input_1//Q35_single.fq.gz,input_1//Q43_single.fq.gz,input_1//Q33_duplex.fq.gz,input_1//Q22_single.fq.gz,input_1//Q34_single.fq.gz,input_1//Q45_single.fq.gz,input_1//Q25_duplex.fq.gz,input_1//Q29_duplex.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz,input_1//Q23_single.fq.gz,input_1//Q31_duplex.fq.gz,input_1//Q24_single.fq.gz,input_1//Q35_single.fq.gz,input_1//Q43_single.fq.gz,input_1//Q33_duplex.fq.gz,input_1//Q22_single.fq.gz,input_1//Q34_single.fq.gz,input_1//Q45_single.fq.gz,input_1//Q25_duplex.fq.gz,input_1//Q29_duplex.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz,input_1//Q23_single.fq.gz,input_1//Q31_duplex.fq.gz,input_1//Q24_single.fq.gz,input_1//Q35_single.fq.gz,input_1//Q43_single.fq.gz,input_1//Q33_duplex.fq.gz,input_1//Q22_single.fq.gz,input_1//Q34_single.fq.gz,input_1//Q45_single.fq.gz,input_1//Q25_duplex.fq.gz,input_1//Q29_duplex.fq.gz,input_1//Q41_single.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz,input_1//Q23_single.fq.gz,input_1//Q31_duplex.fq.gz,input_1//Q24_single.fq.gz,input_1//Q35_single.fq.gz,input_1//Q43_single.fq.gz,input_1//Q33_duplex.fq.gz,input_1//Q22_single.fq.gz,input_1//Q34_single.fq.gz,input_1//Q45_single.fq.gz,input_1//Q25_duplex.fq.gz,input_1//Q29_duplex.fq.gz,input_1//Q41_single.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz,input_1//Q23_single.fq.gz,input_1//Q31_duplex.fq.gz,input_1//Q24_single.fq.gz,input_1//Q35_single.fq.gz,input_1//Q43_single.fq.gz,input_1//Q33_duplex.fq.gz,input_1//Q22_single.fq.gz,input_1//Q34_single.fq.gz,input_1//Q45_single.fq.gz,input_1//Q25_duplex.fq.gz,input_1//Q29_duplex.fq.gz,input_1//Q41_single.fq.gz,input_1//Q30_duplex.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz,input_1//Q23_single.fq.gz,input_1//Q31_duplex.fq.gz,input_1//Q24_single.fq.gz,input_1//Q35_single.fq.gz,input_1//Q43_single.fq.gz,input_1//Q33_duplex.fq.gz,input_1//Q22_single.fq.gz,input_1//Q34_single.fq.gz,input_1//Q45_single.fq.gz,input_1//Q25_duplex.fq.gz,input_1//Q29_duplex.fq.gz,input_1//Q41_single.fq.gz,input_1//Q30_duplex.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz,input_1//Q23_single.fq.gz,input_1//Q31_duplex.fq.gz,input_1//Q24_single.fq.gz,input_1//Q35_single.fq.gz,input_1//Q43_single.fq.gz,input_1//Q33_duplex.fq.gz,input_1//Q22_single.fq.gz,input_1//Q34_single.fq.gz,input_1//Q45_single.fq.gz,input_1//Q25_duplex.fq.gz,input_1//Q29_duplex.fq.gz,input_1//Q41_single.fq.gz,input_1//Q30_duplex.fq.gz,input_1//Q39_single.fq.gz
+ read i
+ echo HiFi reads: input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz,input_1//Q23_single.fq.gz,input_1//Q31_duplex.fq.gz,input_1//Q24_single.fq.gz,input_1//Q35_single.fq.gz,input_1//Q43_single.fq.gz,input_1//Q33_duplex.fq.gz,input_1//Q22_single.fq.gz,input_1//Q34_single.fq.gz,input_1//Q45_single.fq.gz,input_1//Q25_duplex.fq.gz,input_1//Q29_duplex.fq.gz,input_1//Q41_single.fq.gz,input_1//Q30_duplex.fq.gz,input_1//Q39_single.fq.gz
HiFi reads: input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz,input_1//Q23_single.fq.gz,input_1//Q31_duplex.fq.gz,input_1//Q24_single.fq.gz,input_1//Q35_single.fq.gz,input_1//Q43_single.fq.gz,input_1//Q33_duplex.fq.gz,input_1//Q22_single.fq.gz,input_1//Q34_single.fq.gz,input_1//Q45_single.fq.gz,input_1//Q25_duplex.fq.gz,input_1//Q29_duplex.fq.gz,input_1//Q41_single.fq.gz,input_1//Q30_duplex.fq.gz,input_1//Q39_single.fq.gz
+ input_nanopore=
+ read i
++ find input_2//
++ egrep '[.]f((ast|)(q|a)|na|sa)(|[.]gz)$'
+ '[' '' = '' ']'
+ input_nanopore='--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz'
+ read i
+ '[' '--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz' = '' ']'
+ input_nanopore='--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz'
+ read i
+ '[' '--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz' = '' ']'
+ input_nanopore='--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz'
+ read i
+ '[' '--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz' = '' ']'
+ input_nanopore='--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz'
+ read i
+ '[' '--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz' = '' ']'
+ input_nanopore='--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz'
+ read i
+ '[' '--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz' = '' ']'
+ input_nanopore='--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz'
+ read i
+ '[' '--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz' = '' ']'
+ input_nanopore='--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz'
+ read i
+ '[' '--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz' = '' ']'
+ input_nanopore='--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz'
+ read i
+ '[' '--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz' = '' ']'
+ input_nanopore='--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz'
+ read i
+ '[' '--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz' = '' ']'
+ input_nanopore='--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz'
+ read i
+ '[' '--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz' = '' ']'
+ input_nanopore='--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz'
+ read i
+ '[' '--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz' = '' ']'
+ input_nanopore='--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz,input_2//Q11_single.fq.gz'
+ read i
+ '[' '--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz,input_2//Q11_single.fq.gz' = '' ']'
+ input_nanopore='--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz,input_2//Q11_single.fq.gz,input_2//Q16_duplex.fq.gz'
+ read i
+ '[' '--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz,input_2//Q11_single.fq.gz,input_2//Q16_duplex.fq.gz' = '' ']'
+ input_nanopore='--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz,input_2//Q11_single.fq.gz,input_2//Q16_duplex.fq.gz,input_2//Q15_single.fq.gz'
+ read i
+ '[' '--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz,input_2//Q11_single.fq.gz,input_2//Q16_duplex.fq.gz,input_2//Q15_single.fq.gz' = '' ']'
+ input_nanopore='--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz,input_2//Q11_single.fq.gz,input_2//Q16_duplex.fq.gz,input_2//Q15_single.fq.gz,input_2//Q12_duplex.fq.gz'
+ read i
+ '[' '--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz,input_2//Q11_single.fq.gz,input_2//Q16_duplex.fq.gz,input_2//Q15_single.fq.gz,input_2//Q12_duplex.fq.gz' = '' ']'
+ input_nanopore='--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz,input_2//Q11_single.fq.gz,input_2//Q16_duplex.fq.gz,input_2//Q15_single.fq.gz,input_2//Q12_duplex.fq.gz,input_2//Q17_duplex.fq.gz'
+ read i
+ '[' '--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz,input_2//Q11_single.fq.gz,input_2//Q16_duplex.fq.gz,input_2//Q15_single.fq.gz,input_2//Q12_duplex.fq.gz,input_2//Q17_duplex.fq.gz' = '' ']'
+ input_nanopore='--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz,input_2//Q11_single.fq.gz,input_2//Q16_duplex.fq.gz,input_2//Q15_single.fq.gz,input_2//Q12_duplex.fq.gz,input_2//Q17_duplex.fq.gz,input_2//Q15_duplex.fq.gz'
+ read i
+ '[' '--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz,input_2//Q11_single.fq.gz,input_2//Q16_duplex.fq.gz,input_2//Q15_single.fq.gz,input_2//Q12_duplex.fq.gz,input_2//Q17_duplex.fq.gz,input_2//Q15_duplex.fq.gz' = '' ']'
+ input_nanopore='--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz,input_2//Q11_single.fq.gz,input_2//Q16_duplex.fq.gz,input_2//Q15_single.fq.gz,input_2//Q12_duplex.fq.gz,input_2//Q17_duplex.fq.gz,input_2//Q15_duplex.fq.gz,input_2//Q9_single.fq.gz'
+ read i
+ '[' '--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz,input_2//Q11_single.fq.gz,input_2//Q16_duplex.fq.gz,input_2//Q15_single.fq.gz,input_2//Q12_duplex.fq.gz,input_2//Q17_duplex.fq.gz,input_2//Q15_duplex.fq.gz,input_2//Q9_single.fq.gz' = '' ']'
+ input_nanopore='--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz,input_2//Q11_single.fq.gz,input_2//Q16_duplex.fq.gz,input_2//Q15_single.fq.gz,input_2//Q12_duplex.fq.gz,input_2//Q17_duplex.fq.gz,input_2//Q15_duplex.fq.gz,input_2//Q9_single.fq.gz,input_2//Q13_single.fq.gz'
+ read i
+ '[' '--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz,input_2//Q11_single.fq.gz,input_2//Q16_duplex.fq.gz,input_2//Q15_single.fq.gz,input_2//Q12_duplex.fq.gz,input_2//Q17_duplex.fq.gz,input_2//Q15_duplex.fq.gz,input_2//Q9_single.fq.gz,input_2//Q13_single.fq.gz' = '' ']'
+ input_nanopore='--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz,input_2//Q11_single.fq.gz,input_2//Q16_duplex.fq.gz,input_2//Q15_single.fq.gz,input_2//Q12_duplex.fq.gz,input_2//Q17_duplex.fq.gz,input_2//Q15_duplex.fq.gz,input_2//Q9_single.fq.gz,input_2//Q13_single.fq.gz,input_2//Q18_duplex.fq.gz'
+ read i
+ '[' '--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz,input_2//Q11_single.fq.gz,input_2//Q16_duplex.fq.gz,input_2//Q15_single.fq.gz,input_2//Q12_duplex.fq.gz,input_2//Q17_duplex.fq.gz,input_2//Q15_duplex.fq.gz,input_2//Q9_single.fq.gz,input_2//Q13_single.fq.gz,input_2//Q18_duplex.fq.gz' = '' ']'
+ input_nanopore='--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz,input_2//Q11_single.fq.gz,input_2//Q16_duplex.fq.gz,input_2//Q15_single.fq.gz,input_2//Q12_duplex.fq.gz,input_2//Q17_duplex.fq.gz,input_2//Q15_duplex.fq.gz,input_2//Q9_single.fq.gz,input_2//Q13_single.fq.gz,input_2//Q18_duplex.fq.gz,input_2//Q18_single.fq.gz'
+ read i
+ echo Nanopore reads: '--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz,input_2//Q11_single.fq.gz,input_2//Q16_duplex.fq.gz,input_2//Q15_single.fq.gz,input_2//Q12_duplex.fq.gz,input_2//Q17_duplex.fq.gz,input_2//Q15_duplex.fq.gz,input_2//Q9_single.fq.gz,input_2//Q13_single.fq.gz,input_2//Q18_duplex.fq.gz,input_2//Q18_single.fq.gz'
Nanopore reads: --ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz,input_2//Q11_single.fq.gz,input_2//Q16_duplex.fq.gz,input_2//Q15_single.fq.gz,input_2//Q12_duplex.fq.gz,input_2//Q17_duplex.fq.gz,input_2//Q15_duplex.fq.gz,input_2//Q9_single.fq.gz,input_2//Q13_single.fq.gz,input_2//Q18_duplex.fq.gz,input_2//Q18_single.fq.gz
+ input_hic=
+ echo aa
aa
+ echo ''
+ cat -A
$
+ echo aa
aa
+ '[' '' '!=' '' ']'
+ FUNC_RUN_DOCKER quay.io/biocontainers/hifiasm:0.19.7--h43eeafb_0 hifiasm -o output -t 16 --ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz,input_2//Q11_single.fq.gz,input_2//Q16_duplex.fq.gz,input_2//Q15_single.fq.gz,input_2//Q12_duplex.fq.gz,input_2//Q17_duplex.fq.gz,input_2//Q15_duplex.fq.gz,input_2//Q9_single.fq.gz,input_2//Q13_single.fq.gz,input_2//Q18_duplex.fq.gz,input_2//Q18_single.fq.gz input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz,input_1//Q23_single.fq.gz,input_1//Q31_duplex.fq.gz,input_1//Q24_single.fq.gz,input_1//Q35_single.fq.gz,input_1//Q43_single.fq.gz,input_1//Q33_duplex.fq.gz,input_1//Q22_single.fq.gz,input_1//Q34_single.fq.gz,input_1//Q45_single.fq.gz,input_1//Q25_duplex.fq.gz,input_1//Q29_duplex.fq.gz,input_1//Q41_single.fq.gz,input_1//Q30_duplex.fq.gz,input_1//Q39_single.fq.gz
+ PP_RUN_IMAGE=quay.io/biocontainers/hifiasm:0.19.7--h43eeafb_0
+ shift
+ PP_RUN_DOCKER_CMD=("${@}")
++ date +%Y%m%d_%H%M%S_%3N
+ PPDOCNAME=pp20231020_161936_586_29057
+ echo pp20231020_161936_586_29057
++ id -u
++ id -g
+ docker run --name pp20231020_161936_586_29057 -v /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm:/data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm -w /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm -v /suikou/files/m64k/backup/2023-09-29_Shimomura-Nanopore/Tima_sp/dorado/fastq-qsplit:/suikou/files/m64k/backup/2023-09-29_Shimomura-Nanopore/Tima_sp/dorado/fastq-qsplit -v /data/yoshitake.kazutoshi/work:/data/yoshitake.kazutoshi/work -v /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev:/data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev -v /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake:/data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake -v /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test:/data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test -v /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm:/data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm -u 2007:600 -i --rm quay.io/biocontainers/hifiasm:0.19.7--h43eeafb_0 hifiasm -o output -t 16 --ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz,input_2//Q11_single.fq.gz,input_2//Q16_duplex.fq.gz,input_2//Q15_single.fq.gz,input_2//Q12_duplex.fq.gz,input_2//Q17_duplex.fq.gz,input_2//Q15_duplex.fq.gz,input_2//Q9_single.fq.gz,input_2//Q13_single.fq.gz,input_2//Q18_duplex.fq.gz,input_2//Q18_single.fq.gz input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz,input_1//Q23_single.fq.gz,input_1//Q31_duplex.fq.gz,input_1//Q24_single.fq.gz,input_1//Q35_single.fq.gz,input_1//Q43_single.fq.gz,input_1//Q33_duplex.fq.gz,input_1//Q22_single.fq.gz,input_1//Q34_single.fq.gz,input_1//Q45_single.fq.gz,input_1//Q25_duplex.fq.gz,input_1//Q29_duplex.fq.gz,input_1//Q41_single.fq.gz,input_1//Q30_duplex.fq.gz,input_1//Q39_single.fq.gz
[ERROR] Cannot find the input read file: input_1//Q23_duplex.fq.gz,input_1//Q28_single.fq.gz,input_1//Q29_single.fq.gz,input_1//Q30_single.fq.gz,input_1//Q27_single.fq.gz,input_1//Q38_single.fq.gz,input_1//Q25_single.fq.gz,input_1//Q21_single.fq.gz,input_1//Q27_duplex.fq.gz,input_1//Q31_single.fq.gz,input_1//Q36_duplex.fq.gz,input_1//Q24_duplex.fq.gz,input_1//Q22_duplex.fq.gz,input_1//Q26_duplex.fq.gz,input_1//Q26_single.fq.gz,input_1//Q34_duplex.fq.gz,input_1//Q32_duplex.fq.gz,input_1//Q44_single.fq.gz,input_1//Q40_single.fq.gz,input_1//Q36_single.fq.gz,input_1//Q28_duplex.fq.gz,input_1//Q33_single.fq.gz,input_1//Q37_single.fq.gz,input_1//Q42_single.fq.gz,input_1//Q20_duplex.fq.gz,input_1//Q21_duplex.fq.gz,input_1//Q35_duplex.fq.gz,input_1//Q32_single.fq.gz,input_1//Q20_single.fq.gz,input_1//Q23_single.fq.gz,input_1//Q31_duplex.fq.gz,input_1//Q24_single.fq.gz,input_1//Q35_single.fq.gz,input_1//Q43_single.fq.gz,input_1//Q33_duplex.fq.gz,input_1//Q22_single.fq.gz,input_1//Q34_single.fq.gz,input_1//Q45_single.fq.gz,input_1//Q25_duplex.fq.gz,input_1//Q29_duplex.fq.gz,input_1//Q41_single.fq.gz,input_1//Q30_duplex.fq.gz,input_1//Q39_single.fq.gz
+ post_processing
+ '[' 1 = 1 ']'
+ rm -f /home/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/pp-singularity-flag
+ '[' '' = y ']'
+ echo 0
+ exit
PID: 750821
Checking the realpath of input files.
0 input_1/
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q23_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q28_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q29_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q30_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q27_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q38_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q25_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q21_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q27_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q31_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q36_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q24_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q22_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q26_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q26_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q34_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q32_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q44_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q40_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q36_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q28_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q33_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q37_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q42_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q20_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q21_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q35_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q32_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q20_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q23_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q31_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q24_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q35_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q43_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q33_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q22_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q34_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q45_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q25_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q29_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q41_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q30_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_1/Q39_single.fq.gz
0 input_2/
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_2/Q11_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_2/Q13_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_2/Q19_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_2/Q19_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_2/Q16_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_2/Q14_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_2/Q14_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_2/Q8_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_2/Q10_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_2/Q17_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_2/Q12_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_2/Q11_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_2/Q16_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_2/Q15_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_2/Q12_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_2/Q17_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_2/Q15_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_2/Q9_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_2/Q13_single.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_2/Q18_duplex.fq.gz
1 /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/input_2/Q18_single.fq.gz
0 
/home/yoshitake.kazutoshi/work -> /data/yoshitake.kazutoshi/work
/home/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev -> /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev
/home/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake -> /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake
/home/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test -> /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test
/home/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm -> /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm
/suikou/files/m64k/backup/2023-09-29_Shimomura-Nanopore/Tima_sp/dorado/fastq-qsplit
/data/yoshitake.kazutoshi/work
/data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev
/data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake
/data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test
/data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm
centos:centos6 quay.io/biocontainers/hifiasm:0.19.7--h43eeafb_0
using docker
+ set -o pipefail
+ input_hifi=
+ read i
++ egrep '[.]f((ast|)(q|a)|na|sa)(|[.]gz)$'
++ find input_1//
+ '[' '' = '' ']'
+ input_hifi=input_1//Q23_duplex.fq.gz
+ read i
+ '[' input_1//Q23_duplex.fq.gz = '' ']'
+ input_hifi='input_1//Q23_duplex.fq.gz input_1//Q28_single.fq.gz'
+ read i
+ '[' 'input_1//Q23_duplex.fq.gz input_1//Q28_single.fq.gz' = '' ']'
+ input_hifi='input_1//Q23_duplex.fq.gz input_1//Q28_single.fq.gz input_1//Q29_single.fq.gz'
+ read i
+ '[' 'input_1//Q23_duplex.fq.gz input_1//Q28_single.fq.gz input_1//Q29_single.fq.gz' = '' ']'
+ input_hifi='input_1//Q23_duplex.fq.gz input_1//Q28_single.fq.gz input_1//Q29_single.fq.gz input_1//Q30_single.fq.gz'
+ read i
+ '[' 'input_1//Q23_duplex.fq.gz input_1//Q28_single.fq.gz input_1//Q29_single.fq.gz input_1//Q30_single.fq.gz' = '' ']'
+ input_hifi='input_1//Q23_duplex.fq.gz input_1//Q28_single.fq.gz input_1//Q29_single.fq.gz input_1//Q30_single.fq.gz input_1//Q27_single.fq.gz'
+ read i
+ '[' 'input_1//Q23_duplex.fq.gz input_1//Q28_single.fq.gz input_1//Q29_single.fq.gz input_1//Q30_single.fq.gz input_1//Q27_single.fq.gz' = '' ']'
+ input_hifi='input_1//Q23_duplex.fq.gz input_1//Q28_single.fq.gz input_1//Q29_single.fq.gz input_1//Q30_single.fq.gz input_1//Q27_single.fq.gz input_1//Q38_single.fq.gz'
+ read i
+ '[' 'input_1//Q23_duplex.fq.gz input_1//Q28_single.fq.gz input_1//Q29_single.fq.gz input_1//Q30_single.fq.gz input_1//Q27_single.fq.gz input_1//Q38_single.fq.gz' = '' ']'
+ input_hifi='input_1//Q23_duplex.fq.gz input_1//Q28_single.fq.gz input_1//Q29_single.fq.gz input_1//Q30_single.fq.gz input_1//Q27_single.fq.gz input_1//Q38_single.fq.gz input_1//Q25_single.fq.gz'
+ read i
+ '[' 'input_1//Q23_duplex.fq.gz input_1//Q28_single.fq.gz input_1//Q29_single.fq.gz input_1//Q30_single.fq.gz input_1//Q27_single.fq.gz input_1//Q38_single.fq.gz input_1//Q25_single.fq.gz' = '' ']'
+ input_hifi='input_1//Q23_duplex.fq.gz input_1//Q28_single.fq.gz input_1//Q29_single.fq.gz input_1//Q30_single.fq.gz input_1//Q27_single.fq.gz input_1//Q38_single.fq.gz input_1//Q25_single.fq.gz input_1//Q21_single.fq.gz'
+ read i
+ '[' 'input_1//Q23_duplex.fq.gz input_1//Q28_single.fq.gz input_1//Q29_single.fq.gz input_1//Q30_single.fq.gz input_1//Q27_single.fq.gz input_1//Q38_single.fq.gz input_1//Q25_single.fq.gz input_1//Q21_single.fq.gz' = '' ']'
+ input_hifi='input_1//Q23_duplex.fq.gz input_1//Q28_single.fq.gz input_1//Q29_single.fq.gz input_1//Q30_single.fq.gz input_1//Q27_single.fq.gz input_1//Q38_single.fq.gz input_1//Q25_single.fq.gz input_1//Q21_single.fq.gz input_1//Q27_duplex.fq.gz'
+ read i
+ '[' 'input_1//Q23_duplex.fq.gz input_1//Q28_single.fq.gz input_1//Q29_single.fq.gz input_1//Q30_single.fq.gz input_1//Q27_single.fq.gz input_1//Q38_single.fq.gz input_1//Q25_single.fq.gz input_1//Q21_single.fq.gz input_1//Q27_duplex.fq.gz' = '' ']'
+ input_hifi='input_1//Q23_duplex.fq.gz input_1//Q28_single.fq.gz input_1//Q29_single.fq.gz input_1//Q30_single.fq.gz input_1//Q27_single.fq.gz input_1//Q38_single.fq.gz input_1//Q25_single.fq.gz input_1//Q21_single.fq.gz input_1//Q27_duplex.fq.gz input_1//Q31_single.fq.gz'
+ read i
+ '[' 'input_1//Q23_duplex.fq.gz input_1//Q28_single.fq.gz input_1//Q29_single.fq.gz input_1//Q30_single.fq.gz input_1//Q27_single.fq.gz input_1//Q38_single.fq.gz input_1//Q25_single.fq.gz input_1//Q21_single.fq.gz input_1//Q27_duplex.fq.gz input_1//Q31_single.fq.gz' = '' ']'
+ input_hifi='input_1//Q23_duplex.fq.gz input_1//Q28_single.fq.gz input_1//Q29_single.fq.gz input_1//Q30_single.fq.gz input_1//Q27_single.fq.gz input_1//Q38_single.fq.gz input_1//Q25_single.fq.gz input_1//Q21_single.fq.gz input_1//Q27_duplex.fq.gz input_1//Q31_single.fq.gz input_1//Q36_duplex.fq.gz'
+ read i
+ '[' 'input_1//Q23_duplex.fq.gz input_1//Q28_single.fq.gz input_1//Q29_single.fq.gz input_1//Q30_single.fq.gz input_1//Q27_single.fq.gz input_1//Q38_single.fq.gz input_1//Q25_single.fq.gz input_1//Q21_single.fq.gz input_1//Q27_duplex.fq.gz input_1//Q31_single.fq.gz input_1//Q36_duplex.fq.gz' = '' ']'
+ input_hifi='input_1//Q23_duplex.fq.gz input_1//Q28_single.fq.gz input_1//Q29_single.fq.gz input_1//Q30_single.fq.gz input_1//Q27_single.fq.gz input_1//Q38_single.fq.gz input_1//Q25_single.fq.gz input_1//Q21_single.fq.gz input_1//Q27_duplex.fq.gz input_1//Q31_single.fq.gz input_1//Q36_duplex.fq.gz input_1//Q24_duplex.fq.gz'
+ read i
+ '[' 'input_1//Q23_duplex.fq.gz input_1//Q28_single.fq.gz input_1//Q29_single.fq.gz input_1//Q30_single.fq.gz input_1//Q27_single.fq.gz input_1//Q38_single.fq.gz input_1//Q25_single.fq.gz input_1//Q21_single.fq.gz input_1//Q27_duplex.fq.gz input_1//Q31_single.fq.gz input_1//Q36_duplex.fq.gz input_1//Q24_duplex.fq.gz' = '' ']'
+ input_hifi='input_1//Q23_duplex.fq.gz input_1//Q28_single.fq.gz input_1//Q29_single.fq.gz input_1//Q30_single.fq.gz input_1//Q27_single.fq.gz input_1//Q38_single.fq.gz input_1//Q25_single.fq.gz input_1//Q21_single.fq.gz input_1//Q27_duplex.fq.gz input_1//Q31_single.fq.gz input_1//Q36_duplex.fq.gz input_1//Q24_duplex.fq.gz input_1//Q22_duplex.fq.gz'
+ read i
+ '[' 'input_1//Q23_duplex.fq.gz input_1//Q28_single.fq.gz input_1//Q29_single.fq.gz input_1//Q30_single.fq.gz input_1//Q27_single.fq.gz input_1//Q38_single.fq.gz input_1//Q25_single.fq.gz input_1//Q21_single.fq.gz input_1//Q27_duplex.fq.gz input_1//Q31_single.fq.gz input_1//Q36_duplex.fq.gz input_1//Q24_duplex.fq.gz input_1//Q22_duplex.fq.gz' = '' ']'
+ input_hifi='input_1//Q23_duplex.fq.gz input_1//Q28_single.fq.gz input_1//Q29_single.fq.gz input_1//Q30_single.fq.gz input_1//Q27_single.fq.gz input_1//Q38_single.fq.gz input_1//Q25_single.fq.gz input_1//Q21_single.fq.gz input_1//Q27_duplex.fq.gz input_1//Q31_single.fq.gz input_1//Q36_duplex.fq.gz input_1//Q24_duplex.fq.gz input_1//Q22_duplex.fq.gz input_1//Q26_duplex.fq.gz'
+ read i
+ '[' 'input_1//Q23_duplex.fq.gz input_1//Q28_single.fq.gz input_1//Q29_single.fq.gz input_1//Q30_single.fq.gz input_1//Q27_single.fq.gz input_1//Q38_single.fq.gz input_1//Q25_single.fq.gz input_1//Q21_single.fq.gz input_1//Q27_duplex.fq.gz input_1//Q31_single.fq.gz input_1//Q36_duplex.fq.gz input_1//Q24_duplex.fq.gz input_1//Q22_duplex.fq.gz input_1//Q26_duplex.fq.gz' = '' ']'
+ input_hifi='input_1//Q23_duplex.fq.gz input_1//Q28_single.fq.gz input_1//Q29_single.fq.gz input_1//Q30_single.fq.gz input_1//Q27_single.fq.gz input_1//Q38_single.fq.gz input_1//Q25_single.fq.gz input_1//Q21_single.fq.gz input_1//Q27_duplex.fq.gz input_1//Q31_single.fq.gz input_1//Q36_duplex.fq.gz input_1//Q24_duplex.fq.gz input_1//Q22_duplex.fq.gz input_1//Q26_duplex.fq.gz input_1//Q26_single.fq.gz'
+ read i
+ '[' 'input_1//Q23_duplex.fq.gz input_1//Q28_single.fq.gz input_1//Q29_single.fq.gz input_1//Q30_single.fq.gz input_1//Q27_single.fq.gz input_1//Q38_single.fq.gz input_1//Q25_single.fq.gz input_1//Q21_single.fq.gz input_1//Q27_duplex.fq.gz input_1//Q31_single.fq.gz input_1//Q36_duplex.fq.gz input_1//Q24_duplex.fq.gz input_1//Q22_duplex.fq.gz input_1//Q26_duplex.fq.gz input_1//Q26_single.fq.gz' = '' ']'
+ input_hifi='input_1//Q23_duplex.fq.gz input_1//Q28_single.fq.gz input_1//Q29_single.fq.gz input_1//Q30_single.fq.gz input_1//Q27_single.fq.gz input_1//Q38_single.fq.gz input_1//Q25_single.fq.gz input_1//Q21_single.fq.gz input_1//Q27_duplex.fq.gz input_1//Q31_single.fq.gz input_1//Q36_duplex.fq.gz input_1//Q24_duplex.fq.gz input_1//Q22_duplex.fq.gz input_1//Q26_duplex.fq.gz input_1//Q26_single.fq.gz input_1//Q34_duplex.fq.gz'
+ read i
+ '[' 'input_1//Q23_duplex.fq.gz input_1//Q28_single.fq.gz input_1//Q29_single.fq.gz input_1//Q30_single.fq.gz input_1//Q27_single.fq.gz input_1//Q38_single.fq.gz input_1//Q25_single.fq.gz input_1//Q21_single.fq.gz input_1//Q27_duplex.fq.gz input_1//Q31_single.fq.gz input_1//Q36_duplex.fq.gz input_1//Q24_duplex.fq.gz input_1//Q22_duplex.fq.gz input_1//Q26_duplex.fq.gz input_1//Q26_single.fq.gz input_1//Q34_duplex.fq.gz' = '' ']'
+ input_hifi='input_1//Q23_duplex.fq.gz input_1//Q28_single.fq.gz input_1//Q29_single.fq.gz input_1//Q30_single.fq.gz input_1//Q27_single.fq.gz input_1//Q38_single.fq.gz input_1//Q25_single.fq.gz input_1//Q21_single.fq.gz input_1//Q27_duplex.fq.gz input_1//Q31_single.fq.gz input_1//Q36_duplex.fq.gz input_1//Q24_duplex.fq.gz input_1//Q22_duplex.fq.gz input_1//Q26_duplex.fq.gz input_1//Q26_single.fq.gz input_1//Q34_duplex.fq.gz input_1//Q32_duplex.fq.gz'
+ read i
+ '[' 'input_1//Q23_duplex.fq.gz input_1//Q28_single.fq.gz input_1//Q29_single.fq.gz input_1//Q30_single.fq.gz input_1//Q27_single.fq.gz input_1//Q38_single.fq.gz input_1//Q25_single.fq.gz input_1//Q21_single.fq.gz input_1//Q27_duplex.fq.gz input_1//Q31_single.fq.gz input_1//Q36_duplex.fq.gz input_1//Q24_duplex.fq.gz input_1//Q22_duplex.fq.gz input_1//Q26_duplex.fq.gz input_1//Q26_single.fq.gz input_1//Q34_duplex.fq.gz input_1//Q32_duplex.fq.gz' = '' ']'
+ input_hifi='input_1//Q23_duplex.fq.gz input_1//Q28_single.fq.gz input_1//Q29_single.fq.gz input_1//Q30_single.fq.gz input_1//Q27_single.fq.gz input_1//Q38_single.fq.gz input_1//Q25_single.fq.gz input_1//Q21_single.fq.gz input_1//Q27_duplex.fq.gz input_1//Q31_single.fq.gz input_1//Q36_duplex.fq.gz input_1//Q24_duplex.fq.gz input_1//Q22_duplex.fq.gz input_1//Q26_duplex.fq.gz input_1//Q26_single.fq.gz input_1//Q34_duplex.fq.gz input_1//Q32_duplex.fq.gz input_1//Q44_single.fq.gz'
+ read i
+ '[' 'input_1//Q23_duplex.fq.gz input_1//Q28_single.fq.gz input_1//Q29_single.fq.gz input_1//Q30_single.fq.gz input_1//Q27_single.fq.gz input_1//Q38_single.fq.gz input_1//Q25_single.fq.gz input_1//Q21_single.fq.gz input_1//Q27_duplex.fq.gz input_1//Q31_single.fq.gz input_1//Q36_duplex.fq.gz input_1//Q24_duplex.fq.gz input_1//Q22_duplex.fq.gz input_1//Q26_duplex.fq.gz input_1//Q26_single.fq.gz input_1//Q34_duplex.fq.gz input_1//Q32_duplex.fq.gz input_1//Q44_single.fq.gz' = '' ']'
+ input_hifi='input_1//Q23_duplex.fq.gz input_1//Q28_single.fq.gz input_1//Q29_single.fq.gz input_1//Q30_single.fq.gz input_1//Q27_single.fq.gz input_1//Q38_single.fq.gz input_1//Q25_single.fq.gz input_1//Q21_single.fq.gz input_1//Q27_duplex.fq.gz input_1//Q31_single.fq.gz input_1//Q36_duplex.fq.gz input_1//Q24_duplex.fq.gz input_1//Q22_duplex.fq.gz input_1//Q26_duplex.fq.gz input_1//Q26_single.fq.gz input_1//Q34_duplex.fq.gz input_1//Q32_duplex.fq.gz input_1//Q44_single.fq.gz input_1//Q40_single.fq.gz'
+ read i
+ '[' 'input_1//Q23_duplex.fq.gz input_1//Q28_single.fq.gz input_1//Q29_single.fq.gz input_1//Q30_single.fq.gz input_1//Q27_single.fq.gz input_1//Q38_single.fq.gz input_1//Q25_single.fq.gz input_1//Q21_single.fq.gz input_1//Q27_duplex.fq.gz input_1//Q31_single.fq.gz input_1//Q36_duplex.fq.gz input_1//Q24_duplex.fq.gz input_1//Q22_duplex.fq.gz input_1//Q26_duplex.fq.gz input_1//Q26_single.fq.gz input_1//Q34_duplex.fq.gz input_1//Q32_duplex.fq.gz input_1//Q44_single.fq.gz input_1//Q40_single.fq.gz' = '' ']'
+ input_hifi='input_1//Q23_duplex.fq.gz input_1//Q28_single.fq.gz input_1//Q29_single.fq.gz input_1//Q30_single.fq.gz input_1//Q27_single.fq.gz input_1//Q38_single.fq.gz input_1//Q25_single.fq.gz input_1//Q21_single.fq.gz input_1//Q27_duplex.fq.gz input_1//Q31_single.fq.gz input_1//Q36_duplex.fq.gz input_1//Q24_duplex.fq.gz input_1//Q22_duplex.fq.gz input_1//Q26_duplex.fq.gz input_1//Q26_single.fq.gz input_1//Q34_duplex.fq.gz input_1//Q32_duplex.fq.gz input_1//Q44_single.fq.gz input_1//Q40_single.fq.gz input_1//Q36_single.fq.gz'
+ read i
+ '[' 'input_1//Q23_duplex.fq.gz input_1//Q28_single.fq.gz input_1//Q29_single.fq.gz input_1//Q30_single.fq.gz input_1//Q27_single.fq.gz input_1//Q38_single.fq.gz input_1//Q25_single.fq.gz input_1//Q21_single.fq.gz input_1//Q27_duplex.fq.gz input_1//Q31_single.fq.gz input_1//Q36_duplex.fq.gz input_1//Q24_duplex.fq.gz input_1//Q22_duplex.fq.gz input_1//Q26_duplex.fq.gz input_1//Q26_single.fq.gz input_1//Q34_duplex.fq.gz input_1//Q32_duplex.fq.gz input_1//Q44_single.fq.gz input_1//Q40_single.fq.gz input_1//Q36_single.fq.gz' = '' ']'
+ input_hifi='input_1//Q23_duplex.fq.gz input_1//Q28_single.fq.gz input_1//Q29_single.fq.gz input_1//Q30_single.fq.gz input_1//Q27_single.fq.gz input_1//Q38_single.fq.gz input_1//Q25_single.fq.gz input_1//Q21_single.fq.gz input_1//Q27_duplex.fq.gz input_1//Q31_single.fq.gz input_1//Q36_duplex.fq.gz input_1//Q24_duplex.fq.gz input_1//Q22_duplex.fq.gz input_1//Q26_duplex.fq.gz input_1//Q26_single.fq.gz input_1//Q34_duplex.fq.gz input_1//Q32_duplex.fq.gz input_1//Q44_single.fq.gz input_1//Q40_single.fq.gz input_1//Q36_single.fq.gz input_1//Q28_duplex.fq.gz'
+ read i
+ '[' 'input_1//Q23_duplex.fq.gz input_1//Q28_single.fq.gz input_1//Q29_single.fq.gz input_1//Q30_single.fq.gz input_1//Q27_single.fq.gz input_1//Q38_single.fq.gz input_1//Q25_single.fq.gz input_1//Q21_single.fq.gz input_1//Q27_duplex.fq.gz input_1//Q31_single.fq.gz input_1//Q36_duplex.fq.gz input_1//Q24_duplex.fq.gz input_1//Q22_duplex.fq.gz input_1//Q26_duplex.fq.gz input_1//Q26_single.fq.gz input_1//Q34_duplex.fq.gz input_1//Q32_duplex.fq.gz input_1//Q44_single.fq.gz input_1//Q40_single.fq.gz input_1//Q36_single.fq.gz input_1//Q28_duplex.fq.gz' = '' ']'
+ input_hifi='input_1//Q23_duplex.fq.gz input_1//Q28_single.fq.gz input_1//Q29_single.fq.gz input_1//Q30_single.fq.gz input_1//Q27_single.fq.gz input_1//Q38_single.fq.gz input_1//Q25_single.fq.gz input_1//Q21_single.fq.gz input_1//Q27_duplex.fq.gz input_1//Q31_single.fq.gz input_1//Q36_duplex.fq.gz input_1//Q24_duplex.fq.gz input_1//Q22_duplex.fq.gz input_1//Q26_duplex.fq.gz input_1//Q26_single.fq.gz input_1//Q34_duplex.fq.gz input_1//Q32_duplex.fq.gz input_1//Q44_single.fq.gz input_1//Q40_single.fq.gz input_1//Q36_single.fq.gz input_1//Q28_duplex.fq.gz input_1//Q33_single.fq.gz'
+ read i
+ '[' 'input_1//Q23_duplex.fq.gz input_1//Q28_single.fq.gz input_1//Q29_single.fq.gz input_1//Q30_single.fq.gz input_1//Q27_single.fq.gz input_1//Q38_single.fq.gz input_1//Q25_single.fq.gz input_1//Q21_single.fq.gz input_1//Q27_duplex.fq.gz input_1//Q31_single.fq.gz input_1//Q36_duplex.fq.gz input_1//Q24_duplex.fq.gz input_1//Q22_duplex.fq.gz input_1//Q26_duplex.fq.gz input_1//Q26_single.fq.gz input_1//Q34_duplex.fq.gz input_1//Q32_duplex.fq.gz input_1//Q44_single.fq.gz input_1//Q40_single.fq.gz input_1//Q36_single.fq.gz input_1//Q28_duplex.fq.gz input_1//Q33_single.fq.gz' = '' ']'
+ input_hifi='input_1//Q23_duplex.fq.gz input_1//Q28_single.fq.gz input_1//Q29_single.fq.gz input_1//Q30_single.fq.gz input_1//Q27_single.fq.gz input_1//Q38_single.fq.gz input_1//Q25_single.fq.gz input_1//Q21_single.fq.gz input_1//Q27_duplex.fq.gz input_1//Q31_single.fq.gz input_1//Q36_duplex.fq.gz input_1//Q24_duplex.fq.gz input_1//Q22_duplex.fq.gz input_1//Q26_duplex.fq.gz input_1//Q26_single.fq.gz input_1//Q34_duplex.fq.gz input_1//Q32_duplex.fq.gz input_1//Q44_single.fq.gz input_1//Q40_single.fq.gz input_1//Q36_single.fq.gz input_1//Q28_duplex.fq.gz input_1//Q33_single.fq.gz input_1//Q37_single.fq.gz'
+ read i
+ '[' 'input_1//Q23_duplex.fq.gz input_1//Q28_single.fq.gz input_1//Q29_single.fq.gz input_1//Q30_single.fq.gz input_1//Q27_single.fq.gz input_1//Q38_single.fq.gz input_1//Q25_single.fq.gz input_1//Q21_single.fq.gz input_1//Q27_duplex.fq.gz input_1//Q31_single.fq.gz input_1//Q36_duplex.fq.gz input_1//Q24_duplex.fq.gz input_1//Q22_duplex.fq.gz input_1//Q26_duplex.fq.gz input_1//Q26_single.fq.gz input_1//Q34_duplex.fq.gz input_1//Q32_duplex.fq.gz input_1//Q44_single.fq.gz input_1//Q40_single.fq.gz input_1//Q36_single.fq.gz input_1//Q28_duplex.fq.gz input_1//Q33_single.fq.gz input_1//Q37_single.fq.gz' = '' ']'
+ input_hifi='input_1//Q23_duplex.fq.gz input_1//Q28_single.fq.gz input_1//Q29_single.fq.gz input_1//Q30_single.fq.gz input_1//Q27_single.fq.gz input_1//Q38_single.fq.gz input_1//Q25_single.fq.gz input_1//Q21_single.fq.gz input_1//Q27_duplex.fq.gz input_1//Q31_single.fq.gz input_1//Q36_duplex.fq.gz input_1//Q24_duplex.fq.gz input_1//Q22_duplex.fq.gz input_1//Q26_duplex.fq.gz input_1//Q26_single.fq.gz input_1//Q34_duplex.fq.gz input_1//Q32_duplex.fq.gz input_1//Q44_single.fq.gz input_1//Q40_single.fq.gz input_1//Q36_single.fq.gz input_1//Q28_duplex.fq.gz input_1//Q33_single.fq.gz input_1//Q37_single.fq.gz input_1//Q42_single.fq.gz'
+ read i
+ '[' 'input_1//Q23_duplex.fq.gz input_1//Q28_single.fq.gz input_1//Q29_single.fq.gz input_1//Q30_single.fq.gz input_1//Q27_single.fq.gz input_1//Q38_single.fq.gz input_1//Q25_single.fq.gz input_1//Q21_single.fq.gz input_1//Q27_duplex.fq.gz input_1//Q31_single.fq.gz input_1//Q36_duplex.fq.gz input_1//Q24_duplex.fq.gz input_1//Q22_duplex.fq.gz input_1//Q26_duplex.fq.gz input_1//Q26_single.fq.gz input_1//Q34_duplex.fq.gz input_1//Q32_duplex.fq.gz input_1//Q44_single.fq.gz input_1//Q40_single.fq.gz input_1//Q36_single.fq.gz input_1//Q28_duplex.fq.gz input_1//Q33_single.fq.gz input_1//Q37_single.fq.gz input_1//Q42_single.fq.gz' = '' ']'
+ input_hifi='input_1//Q23_duplex.fq.gz input_1//Q28_single.fq.gz input_1//Q29_single.fq.gz input_1//Q30_single.fq.gz input_1//Q27_single.fq.gz input_1//Q38_single.fq.gz input_1//Q25_single.fq.gz input_1//Q21_single.fq.gz input_1//Q27_duplex.fq.gz input_1//Q31_single.fq.gz input_1//Q36_duplex.fq.gz input_1//Q24_duplex.fq.gz input_1//Q22_duplex.fq.gz input_1//Q26_duplex.fq.gz input_1//Q26_single.fq.gz input_1//Q34_duplex.fq.gz input_1//Q32_duplex.fq.gz input_1//Q44_single.fq.gz input_1//Q40_single.fq.gz input_1//Q36_single.fq.gz input_1//Q28_duplex.fq.gz input_1//Q33_single.fq.gz input_1//Q37_single.fq.gz input_1//Q42_single.fq.gz input_1//Q20_duplex.fq.gz'
+ read i
+ '[' 'input_1//Q23_duplex.fq.gz input_1//Q28_single.fq.gz input_1//Q29_single.fq.gz input_1//Q30_single.fq.gz input_1//Q27_single.fq.gz input_1//Q38_single.fq.gz input_1//Q25_single.fq.gz input_1//Q21_single.fq.gz input_1//Q27_duplex.fq.gz input_1//Q31_single.fq.gz input_1//Q36_duplex.fq.gz input_1//Q24_duplex.fq.gz input_1//Q22_duplex.fq.gz input_1//Q26_duplex.fq.gz input_1//Q26_single.fq.gz input_1//Q34_duplex.fq.gz input_1//Q32_duplex.fq.gz input_1//Q44_single.fq.gz input_1//Q40_single.fq.gz input_1//Q36_single.fq.gz input_1//Q28_duplex.fq.gz input_1//Q33_single.fq.gz input_1//Q37_single.fq.gz input_1//Q42_single.fq.gz input_1//Q20_duplex.fq.gz' = '' ']'
+ input_hifi='input_1//Q23_duplex.fq.gz input_1//Q28_single.fq.gz input_1//Q29_single.fq.gz input_1//Q30_single.fq.gz input_1//Q27_single.fq.gz input_1//Q38_single.fq.gz input_1//Q25_single.fq.gz input_1//Q21_single.fq.gz input_1//Q27_duplex.fq.gz input_1//Q31_single.fq.gz input_1//Q36_duplex.fq.gz input_1//Q24_duplex.fq.gz input_1//Q22_duplex.fq.gz input_1//Q26_duplex.fq.gz input_1//Q26_single.fq.gz input_1//Q34_duplex.fq.gz input_1//Q32_duplex.fq.gz input_1//Q44_single.fq.gz input_1//Q40_single.fq.gz input_1//Q36_single.fq.gz input_1//Q28_duplex.fq.gz input_1//Q33_single.fq.gz input_1//Q37_single.fq.gz input_1//Q42_single.fq.gz input_1//Q20_duplex.fq.gz input_1//Q21_duplex.fq.gz'
+ read i
+ '[' 'input_1//Q23_duplex.fq.gz input_1//Q28_single.fq.gz input_1//Q29_single.fq.gz input_1//Q30_single.fq.gz input_1//Q27_single.fq.gz input_1//Q38_single.fq.gz input_1//Q25_single.fq.gz input_1//Q21_single.fq.gz input_1//Q27_duplex.fq.gz input_1//Q31_single.fq.gz input_1//Q36_duplex.fq.gz input_1//Q24_duplex.fq.gz input_1//Q22_duplex.fq.gz input_1//Q26_duplex.fq.gz input_1//Q26_single.fq.gz input_1//Q34_duplex.fq.gz input_1//Q32_duplex.fq.gz input_1//Q44_single.fq.gz input_1//Q40_single.fq.gz input_1//Q36_single.fq.gz input_1//Q28_duplex.fq.gz input_1//Q33_single.fq.gz input_1//Q37_single.fq.gz input_1//Q42_single.fq.gz input_1//Q20_duplex.fq.gz input_1//Q21_duplex.fq.gz' = '' ']'
+ input_hifi='input_1//Q23_duplex.fq.gz input_1//Q28_single.fq.gz input_1//Q29_single.fq.gz input_1//Q30_single.fq.gz input_1//Q27_single.fq.gz input_1//Q38_single.fq.gz input_1//Q25_single.fq.gz input_1//Q21_single.fq.gz input_1//Q27_duplex.fq.gz input_1//Q31_single.fq.gz input_1//Q36_duplex.fq.gz input_1//Q24_duplex.fq.gz input_1//Q22_duplex.fq.gz input_1//Q26_duplex.fq.gz input_1//Q26_single.fq.gz input_1//Q34_duplex.fq.gz input_1//Q32_duplex.fq.gz input_1//Q44_single.fq.gz input_1//Q40_single.fq.gz input_1//Q36_single.fq.gz input_1//Q28_duplex.fq.gz input_1//Q33_single.fq.gz input_1//Q37_single.fq.gz input_1//Q42_single.fq.gz input_1//Q20_duplex.fq.gz input_1//Q21_duplex.fq.gz input_1//Q35_duplex.fq.gz'
+ read i
+ '[' 'input_1//Q23_duplex.fq.gz input_1//Q28_single.fq.gz input_1//Q29_single.fq.gz input_1//Q30_single.fq.gz input_1//Q27_single.fq.gz input_1//Q38_single.fq.gz input_1//Q25_single.fq.gz input_1//Q21_single.fq.gz input_1//Q27_duplex.fq.gz input_1//Q31_single.fq.gz input_1//Q36_duplex.fq.gz input_1//Q24_duplex.fq.gz input_1//Q22_duplex.fq.gz input_1//Q26_duplex.fq.gz input_1//Q26_single.fq.gz input_1//Q34_duplex.fq.gz input_1//Q32_duplex.fq.gz input_1//Q44_single.fq.gz input_1//Q40_single.fq.gz input_1//Q36_single.fq.gz input_1//Q28_duplex.fq.gz input_1//Q33_single.fq.gz input_1//Q37_single.fq.gz input_1//Q42_single.fq.gz input_1//Q20_duplex.fq.gz input_1//Q21_duplex.fq.gz input_1//Q35_duplex.fq.gz' = '' ']'
+ input_hifi='input_1//Q23_duplex.fq.gz input_1//Q28_single.fq.gz input_1//Q29_single.fq.gz input_1//Q30_single.fq.gz input_1//Q27_single.fq.gz input_1//Q38_single.fq.gz input_1//Q25_single.fq.gz input_1//Q21_single.fq.gz input_1//Q27_duplex.fq.gz input_1//Q31_single.fq.gz input_1//Q36_duplex.fq.gz input_1//Q24_duplex.fq.gz input_1//Q22_duplex.fq.gz input_1//Q26_duplex.fq.gz input_1//Q26_single.fq.gz input_1//Q34_duplex.fq.gz input_1//Q32_duplex.fq.gz input_1//Q44_single.fq.gz input_1//Q40_single.fq.gz input_1//Q36_single.fq.gz input_1//Q28_duplex.fq.gz input_1//Q33_single.fq.gz input_1//Q37_single.fq.gz input_1//Q42_single.fq.gz input_1//Q20_duplex.fq.gz input_1//Q21_duplex.fq.gz input_1//Q35_duplex.fq.gz input_1//Q32_single.fq.gz'
+ read i
+ '[' 'input_1//Q23_duplex.fq.gz input_1//Q28_single.fq.gz input_1//Q29_single.fq.gz input_1//Q30_single.fq.gz input_1//Q27_single.fq.gz input_1//Q38_single.fq.gz input_1//Q25_single.fq.gz input_1//Q21_single.fq.gz input_1//Q27_duplex.fq.gz input_1//Q31_single.fq.gz input_1//Q36_duplex.fq.gz input_1//Q24_duplex.fq.gz input_1//Q22_duplex.fq.gz input_1//Q26_duplex.fq.gz input_1//Q26_single.fq.gz input_1//Q34_duplex.fq.gz input_1//Q32_duplex.fq.gz input_1//Q44_single.fq.gz input_1//Q40_single.fq.gz input_1//Q36_single.fq.gz input_1//Q28_duplex.fq.gz input_1//Q33_single.fq.gz input_1//Q37_single.fq.gz input_1//Q42_single.fq.gz input_1//Q20_duplex.fq.gz input_1//Q21_duplex.fq.gz input_1//Q35_duplex.fq.gz input_1//Q32_single.fq.gz' = '' ']'
+ input_hifi='input_1//Q23_duplex.fq.gz input_1//Q28_single.fq.gz input_1//Q29_single.fq.gz input_1//Q30_single.fq.gz input_1//Q27_single.fq.gz input_1//Q38_single.fq.gz input_1//Q25_single.fq.gz input_1//Q21_single.fq.gz input_1//Q27_duplex.fq.gz input_1//Q31_single.fq.gz input_1//Q36_duplex.fq.gz input_1//Q24_duplex.fq.gz input_1//Q22_duplex.fq.gz input_1//Q26_duplex.fq.gz input_1//Q26_single.fq.gz input_1//Q34_duplex.fq.gz input_1//Q32_duplex.fq.gz input_1//Q44_single.fq.gz input_1//Q40_single.fq.gz input_1//Q36_single.fq.gz input_1//Q28_duplex.fq.gz input_1//Q33_single.fq.gz input_1//Q37_single.fq.gz input_1//Q42_single.fq.gz input_1//Q20_duplex.fq.gz input_1//Q21_duplex.fq.gz input_1//Q35_duplex.fq.gz input_1//Q32_single.fq.gz input_1//Q20_single.fq.gz'
+ read i
+ '[' 'input_1//Q23_duplex.fq.gz input_1//Q28_single.fq.gz input_1//Q29_single.fq.gz input_1//Q30_single.fq.gz input_1//Q27_single.fq.gz input_1//Q38_single.fq.gz input_1//Q25_single.fq.gz input_1//Q21_single.fq.gz input_1//Q27_duplex.fq.gz input_1//Q31_single.fq.gz input_1//Q36_duplex.fq.gz input_1//Q24_duplex.fq.gz input_1//Q22_duplex.fq.gz input_1//Q26_duplex.fq.gz input_1//Q26_single.fq.gz input_1//Q34_duplex.fq.gz input_1//Q32_duplex.fq.gz input_1//Q44_single.fq.gz input_1//Q40_single.fq.gz input_1//Q36_single.fq.gz input_1//Q28_duplex.fq.gz input_1//Q33_single.fq.gz input_1//Q37_single.fq.gz input_1//Q42_single.fq.gz input_1//Q20_duplex.fq.gz input_1//Q21_duplex.fq.gz input_1//Q35_duplex.fq.gz input_1//Q32_single.fq.gz input_1//Q20_single.fq.gz' = '' ']'
+ input_hifi='input_1//Q23_duplex.fq.gz input_1//Q28_single.fq.gz input_1//Q29_single.fq.gz input_1//Q30_single.fq.gz input_1//Q27_single.fq.gz input_1//Q38_single.fq.gz input_1//Q25_single.fq.gz input_1//Q21_single.fq.gz input_1//Q27_duplex.fq.gz input_1//Q31_single.fq.gz input_1//Q36_duplex.fq.gz input_1//Q24_duplex.fq.gz input_1//Q22_duplex.fq.gz input_1//Q26_duplex.fq.gz input_1//Q26_single.fq.gz input_1//Q34_duplex.fq.gz input_1//Q32_duplex.fq.gz input_1//Q44_single.fq.gz input_1//Q40_single.fq.gz input_1//Q36_single.fq.gz input_1//Q28_duplex.fq.gz input_1//Q33_single.fq.gz input_1//Q37_single.fq.gz input_1//Q42_single.fq.gz input_1//Q20_duplex.fq.gz input_1//Q21_duplex.fq.gz input_1//Q35_duplex.fq.gz input_1//Q32_single.fq.gz input_1//Q20_single.fq.gz input_1//Q23_single.fq.gz'
+ read i
+ '[' 'input_1//Q23_duplex.fq.gz input_1//Q28_single.fq.gz input_1//Q29_single.fq.gz input_1//Q30_single.fq.gz input_1//Q27_single.fq.gz input_1//Q38_single.fq.gz input_1//Q25_single.fq.gz input_1//Q21_single.fq.gz input_1//Q27_duplex.fq.gz input_1//Q31_single.fq.gz input_1//Q36_duplex.fq.gz input_1//Q24_duplex.fq.gz input_1//Q22_duplex.fq.gz input_1//Q26_duplex.fq.gz input_1//Q26_single.fq.gz input_1//Q34_duplex.fq.gz input_1//Q32_duplex.fq.gz input_1//Q44_single.fq.gz input_1//Q40_single.fq.gz input_1//Q36_single.fq.gz input_1//Q28_duplex.fq.gz input_1//Q33_single.fq.gz input_1//Q37_single.fq.gz input_1//Q42_single.fq.gz input_1//Q20_duplex.fq.gz input_1//Q21_duplex.fq.gz input_1//Q35_duplex.fq.gz input_1//Q32_single.fq.gz input_1//Q20_single.fq.gz input_1//Q23_single.fq.gz' = '' ']'
+ input_hifi='input_1//Q23_duplex.fq.gz input_1//Q28_single.fq.gz input_1//Q29_single.fq.gz input_1//Q30_single.fq.gz input_1//Q27_single.fq.gz input_1//Q38_single.fq.gz input_1//Q25_single.fq.gz input_1//Q21_single.fq.gz input_1//Q27_duplex.fq.gz input_1//Q31_single.fq.gz input_1//Q36_duplex.fq.gz input_1//Q24_duplex.fq.gz input_1//Q22_duplex.fq.gz input_1//Q26_duplex.fq.gz input_1//Q26_single.fq.gz input_1//Q34_duplex.fq.gz input_1//Q32_duplex.fq.gz input_1//Q44_single.fq.gz input_1//Q40_single.fq.gz input_1//Q36_single.fq.gz input_1//Q28_duplex.fq.gz input_1//Q33_single.fq.gz input_1//Q37_single.fq.gz input_1//Q42_single.fq.gz input_1//Q20_duplex.fq.gz input_1//Q21_duplex.fq.gz input_1//Q35_duplex.fq.gz input_1//Q32_single.fq.gz input_1//Q20_single.fq.gz input_1//Q23_single.fq.gz input_1//Q31_duplex.fq.gz'
+ read i
+ '[' 'input_1//Q23_duplex.fq.gz input_1//Q28_single.fq.gz input_1//Q29_single.fq.gz input_1//Q30_single.fq.gz input_1//Q27_single.fq.gz input_1//Q38_single.fq.gz input_1//Q25_single.fq.gz input_1//Q21_single.fq.gz input_1//Q27_duplex.fq.gz input_1//Q31_single.fq.gz input_1//Q36_duplex.fq.gz input_1//Q24_duplex.fq.gz input_1//Q22_duplex.fq.gz input_1//Q26_duplex.fq.gz input_1//Q26_single.fq.gz input_1//Q34_duplex.fq.gz input_1//Q32_duplex.fq.gz input_1//Q44_single.fq.gz input_1//Q40_single.fq.gz input_1//Q36_single.fq.gz input_1//Q28_duplex.fq.gz input_1//Q33_single.fq.gz input_1//Q37_single.fq.gz input_1//Q42_single.fq.gz input_1//Q20_duplex.fq.gz input_1//Q21_duplex.fq.gz input_1//Q35_duplex.fq.gz input_1//Q32_single.fq.gz input_1//Q20_single.fq.gz input_1//Q23_single.fq.gz input_1//Q31_duplex.fq.gz' = '' ']'
+ input_hifi='input_1//Q23_duplex.fq.gz input_1//Q28_single.fq.gz input_1//Q29_single.fq.gz input_1//Q30_single.fq.gz input_1//Q27_single.fq.gz input_1//Q38_single.fq.gz input_1//Q25_single.fq.gz input_1//Q21_single.fq.gz input_1//Q27_duplex.fq.gz input_1//Q31_single.fq.gz input_1//Q36_duplex.fq.gz input_1//Q24_duplex.fq.gz input_1//Q22_duplex.fq.gz input_1//Q26_duplex.fq.gz input_1//Q26_single.fq.gz input_1//Q34_duplex.fq.gz input_1//Q32_duplex.fq.gz input_1//Q44_single.fq.gz input_1//Q40_single.fq.gz input_1//Q36_single.fq.gz input_1//Q28_duplex.fq.gz input_1//Q33_single.fq.gz input_1//Q37_single.fq.gz input_1//Q42_single.fq.gz input_1//Q20_duplex.fq.gz input_1//Q21_duplex.fq.gz input_1//Q35_duplex.fq.gz input_1//Q32_single.fq.gz input_1//Q20_single.fq.gz input_1//Q23_single.fq.gz input_1//Q31_duplex.fq.gz input_1//Q24_single.fq.gz'
+ read i
+ '[' 'input_1//Q23_duplex.fq.gz input_1//Q28_single.fq.gz input_1//Q29_single.fq.gz input_1//Q30_single.fq.gz input_1//Q27_single.fq.gz input_1//Q38_single.fq.gz input_1//Q25_single.fq.gz input_1//Q21_single.fq.gz input_1//Q27_duplex.fq.gz input_1//Q31_single.fq.gz input_1//Q36_duplex.fq.gz input_1//Q24_duplex.fq.gz input_1//Q22_duplex.fq.gz input_1//Q26_duplex.fq.gz input_1//Q26_single.fq.gz input_1//Q34_duplex.fq.gz input_1//Q32_duplex.fq.gz input_1//Q44_single.fq.gz input_1//Q40_single.fq.gz input_1//Q36_single.fq.gz input_1//Q28_duplex.fq.gz input_1//Q33_single.fq.gz input_1//Q37_single.fq.gz input_1//Q42_single.fq.gz input_1//Q20_duplex.fq.gz input_1//Q21_duplex.fq.gz input_1//Q35_duplex.fq.gz input_1//Q32_single.fq.gz input_1//Q20_single.fq.gz input_1//Q23_single.fq.gz input_1//Q31_duplex.fq.gz input_1//Q24_single.fq.gz' = '' ']'
+ input_hifi='input_1//Q23_duplex.fq.gz input_1//Q28_single.fq.gz input_1//Q29_single.fq.gz input_1//Q30_single.fq.gz input_1//Q27_single.fq.gz input_1//Q38_single.fq.gz input_1//Q25_single.fq.gz input_1//Q21_single.fq.gz input_1//Q27_duplex.fq.gz input_1//Q31_single.fq.gz input_1//Q36_duplex.fq.gz input_1//Q24_duplex.fq.gz input_1//Q22_duplex.fq.gz input_1//Q26_duplex.fq.gz input_1//Q26_single.fq.gz input_1//Q34_duplex.fq.gz input_1//Q32_duplex.fq.gz input_1//Q44_single.fq.gz input_1//Q40_single.fq.gz input_1//Q36_single.fq.gz input_1//Q28_duplex.fq.gz input_1//Q33_single.fq.gz input_1//Q37_single.fq.gz input_1//Q42_single.fq.gz input_1//Q20_duplex.fq.gz input_1//Q21_duplex.fq.gz input_1//Q35_duplex.fq.gz input_1//Q32_single.fq.gz input_1//Q20_single.fq.gz input_1//Q23_single.fq.gz input_1//Q31_duplex.fq.gz input_1//Q24_single.fq.gz input_1//Q35_single.fq.gz'
+ read i
+ '[' 'input_1//Q23_duplex.fq.gz input_1//Q28_single.fq.gz input_1//Q29_single.fq.gz input_1//Q30_single.fq.gz input_1//Q27_single.fq.gz input_1//Q38_single.fq.gz input_1//Q25_single.fq.gz input_1//Q21_single.fq.gz input_1//Q27_duplex.fq.gz input_1//Q31_single.fq.gz input_1//Q36_duplex.fq.gz input_1//Q24_duplex.fq.gz input_1//Q22_duplex.fq.gz input_1//Q26_duplex.fq.gz input_1//Q26_single.fq.gz input_1//Q34_duplex.fq.gz input_1//Q32_duplex.fq.gz input_1//Q44_single.fq.gz input_1//Q40_single.fq.gz input_1//Q36_single.fq.gz input_1//Q28_duplex.fq.gz input_1//Q33_single.fq.gz input_1//Q37_single.fq.gz input_1//Q42_single.fq.gz input_1//Q20_duplex.fq.gz input_1//Q21_duplex.fq.gz input_1//Q35_duplex.fq.gz input_1//Q32_single.fq.gz input_1//Q20_single.fq.gz input_1//Q23_single.fq.gz input_1//Q31_duplex.fq.gz input_1//Q24_single.fq.gz input_1//Q35_single.fq.gz' = '' ']'
+ input_hifi='input_1//Q23_duplex.fq.gz input_1//Q28_single.fq.gz input_1//Q29_single.fq.gz input_1//Q30_single.fq.gz input_1//Q27_single.fq.gz input_1//Q38_single.fq.gz input_1//Q25_single.fq.gz input_1//Q21_single.fq.gz input_1//Q27_duplex.fq.gz input_1//Q31_single.fq.gz input_1//Q36_duplex.fq.gz input_1//Q24_duplex.fq.gz input_1//Q22_duplex.fq.gz input_1//Q26_duplex.fq.gz input_1//Q26_single.fq.gz input_1//Q34_duplex.fq.gz input_1//Q32_duplex.fq.gz input_1//Q44_single.fq.gz input_1//Q40_single.fq.gz input_1//Q36_single.fq.gz input_1//Q28_duplex.fq.gz input_1//Q33_single.fq.gz input_1//Q37_single.fq.gz input_1//Q42_single.fq.gz input_1//Q20_duplex.fq.gz input_1//Q21_duplex.fq.gz input_1//Q35_duplex.fq.gz input_1//Q32_single.fq.gz input_1//Q20_single.fq.gz input_1//Q23_single.fq.gz input_1//Q31_duplex.fq.gz input_1//Q24_single.fq.gz input_1//Q35_single.fq.gz input_1//Q43_single.fq.gz'
+ read i
+ '[' 'input_1//Q23_duplex.fq.gz input_1//Q28_single.fq.gz input_1//Q29_single.fq.gz input_1//Q30_single.fq.gz input_1//Q27_single.fq.gz input_1//Q38_single.fq.gz input_1//Q25_single.fq.gz input_1//Q21_single.fq.gz input_1//Q27_duplex.fq.gz input_1//Q31_single.fq.gz input_1//Q36_duplex.fq.gz input_1//Q24_duplex.fq.gz input_1//Q22_duplex.fq.gz input_1//Q26_duplex.fq.gz input_1//Q26_single.fq.gz input_1//Q34_duplex.fq.gz input_1//Q32_duplex.fq.gz input_1//Q44_single.fq.gz input_1//Q40_single.fq.gz input_1//Q36_single.fq.gz input_1//Q28_duplex.fq.gz input_1//Q33_single.fq.gz input_1//Q37_single.fq.gz input_1//Q42_single.fq.gz input_1//Q20_duplex.fq.gz input_1//Q21_duplex.fq.gz input_1//Q35_duplex.fq.gz input_1//Q32_single.fq.gz input_1//Q20_single.fq.gz input_1//Q23_single.fq.gz input_1//Q31_duplex.fq.gz input_1//Q24_single.fq.gz input_1//Q35_single.fq.gz input_1//Q43_single.fq.gz' = '' ']'
+ input_hifi='input_1//Q23_duplex.fq.gz input_1//Q28_single.fq.gz input_1//Q29_single.fq.gz input_1//Q30_single.fq.gz input_1//Q27_single.fq.gz input_1//Q38_single.fq.gz input_1//Q25_single.fq.gz input_1//Q21_single.fq.gz input_1//Q27_duplex.fq.gz input_1//Q31_single.fq.gz input_1//Q36_duplex.fq.gz input_1//Q24_duplex.fq.gz input_1//Q22_duplex.fq.gz input_1//Q26_duplex.fq.gz input_1//Q26_single.fq.gz input_1//Q34_duplex.fq.gz input_1//Q32_duplex.fq.gz input_1//Q44_single.fq.gz input_1//Q40_single.fq.gz input_1//Q36_single.fq.gz input_1//Q28_duplex.fq.gz input_1//Q33_single.fq.gz input_1//Q37_single.fq.gz input_1//Q42_single.fq.gz input_1//Q20_duplex.fq.gz input_1//Q21_duplex.fq.gz input_1//Q35_duplex.fq.gz input_1//Q32_single.fq.gz input_1//Q20_single.fq.gz input_1//Q23_single.fq.gz input_1//Q31_duplex.fq.gz input_1//Q24_single.fq.gz input_1//Q35_single.fq.gz input_1//Q43_single.fq.gz input_1//Q33_duplex.fq.gz'
+ read i
+ '[' 'input_1//Q23_duplex.fq.gz input_1//Q28_single.fq.gz input_1//Q29_single.fq.gz input_1//Q30_single.fq.gz input_1//Q27_single.fq.gz input_1//Q38_single.fq.gz input_1//Q25_single.fq.gz input_1//Q21_single.fq.gz input_1//Q27_duplex.fq.gz input_1//Q31_single.fq.gz input_1//Q36_duplex.fq.gz input_1//Q24_duplex.fq.gz input_1//Q22_duplex.fq.gz input_1//Q26_duplex.fq.gz input_1//Q26_single.fq.gz input_1//Q34_duplex.fq.gz input_1//Q32_duplex.fq.gz input_1//Q44_single.fq.gz input_1//Q40_single.fq.gz input_1//Q36_single.fq.gz input_1//Q28_duplex.fq.gz input_1//Q33_single.fq.gz input_1//Q37_single.fq.gz input_1//Q42_single.fq.gz input_1//Q20_duplex.fq.gz input_1//Q21_duplex.fq.gz input_1//Q35_duplex.fq.gz input_1//Q32_single.fq.gz input_1//Q20_single.fq.gz input_1//Q23_single.fq.gz input_1//Q31_duplex.fq.gz input_1//Q24_single.fq.gz input_1//Q35_single.fq.gz input_1//Q43_single.fq.gz input_1//Q33_duplex.fq.gz' = '' ']'
+ input_hifi='input_1//Q23_duplex.fq.gz input_1//Q28_single.fq.gz input_1//Q29_single.fq.gz input_1//Q30_single.fq.gz input_1//Q27_single.fq.gz input_1//Q38_single.fq.gz input_1//Q25_single.fq.gz input_1//Q21_single.fq.gz input_1//Q27_duplex.fq.gz input_1//Q31_single.fq.gz input_1//Q36_duplex.fq.gz input_1//Q24_duplex.fq.gz input_1//Q22_duplex.fq.gz input_1//Q26_duplex.fq.gz input_1//Q26_single.fq.gz input_1//Q34_duplex.fq.gz input_1//Q32_duplex.fq.gz input_1//Q44_single.fq.gz input_1//Q40_single.fq.gz input_1//Q36_single.fq.gz input_1//Q28_duplex.fq.gz input_1//Q33_single.fq.gz input_1//Q37_single.fq.gz input_1//Q42_single.fq.gz input_1//Q20_duplex.fq.gz input_1//Q21_duplex.fq.gz input_1//Q35_duplex.fq.gz input_1//Q32_single.fq.gz input_1//Q20_single.fq.gz input_1//Q23_single.fq.gz input_1//Q31_duplex.fq.gz input_1//Q24_single.fq.gz input_1//Q35_single.fq.gz input_1//Q43_single.fq.gz input_1//Q33_duplex.fq.gz input_1//Q22_single.fq.gz'
+ read i
+ '[' 'input_1//Q23_duplex.fq.gz input_1//Q28_single.fq.gz input_1//Q29_single.fq.gz input_1//Q30_single.fq.gz input_1//Q27_single.fq.gz input_1//Q38_single.fq.gz input_1//Q25_single.fq.gz input_1//Q21_single.fq.gz input_1//Q27_duplex.fq.gz input_1//Q31_single.fq.gz input_1//Q36_duplex.fq.gz input_1//Q24_duplex.fq.gz input_1//Q22_duplex.fq.gz input_1//Q26_duplex.fq.gz input_1//Q26_single.fq.gz input_1//Q34_duplex.fq.gz input_1//Q32_duplex.fq.gz input_1//Q44_single.fq.gz input_1//Q40_single.fq.gz input_1//Q36_single.fq.gz input_1//Q28_duplex.fq.gz input_1//Q33_single.fq.gz input_1//Q37_single.fq.gz input_1//Q42_single.fq.gz input_1//Q20_duplex.fq.gz input_1//Q21_duplex.fq.gz input_1//Q35_duplex.fq.gz input_1//Q32_single.fq.gz input_1//Q20_single.fq.gz input_1//Q23_single.fq.gz input_1//Q31_duplex.fq.gz input_1//Q24_single.fq.gz input_1//Q35_single.fq.gz input_1//Q43_single.fq.gz input_1//Q33_duplex.fq.gz input_1//Q22_single.fq.gz' = '' ']'
+ input_hifi='input_1//Q23_duplex.fq.gz input_1//Q28_single.fq.gz input_1//Q29_single.fq.gz input_1//Q30_single.fq.gz input_1//Q27_single.fq.gz input_1//Q38_single.fq.gz input_1//Q25_single.fq.gz input_1//Q21_single.fq.gz input_1//Q27_duplex.fq.gz input_1//Q31_single.fq.gz input_1//Q36_duplex.fq.gz input_1//Q24_duplex.fq.gz input_1//Q22_duplex.fq.gz input_1//Q26_duplex.fq.gz input_1//Q26_single.fq.gz input_1//Q34_duplex.fq.gz input_1//Q32_duplex.fq.gz input_1//Q44_single.fq.gz input_1//Q40_single.fq.gz input_1//Q36_single.fq.gz input_1//Q28_duplex.fq.gz input_1//Q33_single.fq.gz input_1//Q37_single.fq.gz input_1//Q42_single.fq.gz input_1//Q20_duplex.fq.gz input_1//Q21_duplex.fq.gz input_1//Q35_duplex.fq.gz input_1//Q32_single.fq.gz input_1//Q20_single.fq.gz input_1//Q23_single.fq.gz input_1//Q31_duplex.fq.gz input_1//Q24_single.fq.gz input_1//Q35_single.fq.gz input_1//Q43_single.fq.gz input_1//Q33_duplex.fq.gz input_1//Q22_single.fq.gz input_1//Q34_single.fq.gz'
+ read i
+ '[' 'input_1//Q23_duplex.fq.gz input_1//Q28_single.fq.gz input_1//Q29_single.fq.gz input_1//Q30_single.fq.gz input_1//Q27_single.fq.gz input_1//Q38_single.fq.gz input_1//Q25_single.fq.gz input_1//Q21_single.fq.gz input_1//Q27_duplex.fq.gz input_1//Q31_single.fq.gz input_1//Q36_duplex.fq.gz input_1//Q24_duplex.fq.gz input_1//Q22_duplex.fq.gz input_1//Q26_duplex.fq.gz input_1//Q26_single.fq.gz input_1//Q34_duplex.fq.gz input_1//Q32_duplex.fq.gz input_1//Q44_single.fq.gz input_1//Q40_single.fq.gz input_1//Q36_single.fq.gz input_1//Q28_duplex.fq.gz input_1//Q33_single.fq.gz input_1//Q37_single.fq.gz input_1//Q42_single.fq.gz input_1//Q20_duplex.fq.gz input_1//Q21_duplex.fq.gz input_1//Q35_duplex.fq.gz input_1//Q32_single.fq.gz input_1//Q20_single.fq.gz input_1//Q23_single.fq.gz input_1//Q31_duplex.fq.gz input_1//Q24_single.fq.gz input_1//Q35_single.fq.gz input_1//Q43_single.fq.gz input_1//Q33_duplex.fq.gz input_1//Q22_single.fq.gz input_1//Q34_single.fq.gz' = '' ']'
+ input_hifi='input_1//Q23_duplex.fq.gz input_1//Q28_single.fq.gz input_1//Q29_single.fq.gz input_1//Q30_single.fq.gz input_1//Q27_single.fq.gz input_1//Q38_single.fq.gz input_1//Q25_single.fq.gz input_1//Q21_single.fq.gz input_1//Q27_duplex.fq.gz input_1//Q31_single.fq.gz input_1//Q36_duplex.fq.gz input_1//Q24_duplex.fq.gz input_1//Q22_duplex.fq.gz input_1//Q26_duplex.fq.gz input_1//Q26_single.fq.gz input_1//Q34_duplex.fq.gz input_1//Q32_duplex.fq.gz input_1//Q44_single.fq.gz input_1//Q40_single.fq.gz input_1//Q36_single.fq.gz input_1//Q28_duplex.fq.gz input_1//Q33_single.fq.gz input_1//Q37_single.fq.gz input_1//Q42_single.fq.gz input_1//Q20_duplex.fq.gz input_1//Q21_duplex.fq.gz input_1//Q35_duplex.fq.gz input_1//Q32_single.fq.gz input_1//Q20_single.fq.gz input_1//Q23_single.fq.gz input_1//Q31_duplex.fq.gz input_1//Q24_single.fq.gz input_1//Q35_single.fq.gz input_1//Q43_single.fq.gz input_1//Q33_duplex.fq.gz input_1//Q22_single.fq.gz input_1//Q34_single.fq.gz input_1//Q45_single.fq.gz'
+ read i
+ '[' 'input_1//Q23_duplex.fq.gz input_1//Q28_single.fq.gz input_1//Q29_single.fq.gz input_1//Q30_single.fq.gz input_1//Q27_single.fq.gz input_1//Q38_single.fq.gz input_1//Q25_single.fq.gz input_1//Q21_single.fq.gz input_1//Q27_duplex.fq.gz input_1//Q31_single.fq.gz input_1//Q36_duplex.fq.gz input_1//Q24_duplex.fq.gz input_1//Q22_duplex.fq.gz input_1//Q26_duplex.fq.gz input_1//Q26_single.fq.gz input_1//Q34_duplex.fq.gz input_1//Q32_duplex.fq.gz input_1//Q44_single.fq.gz input_1//Q40_single.fq.gz input_1//Q36_single.fq.gz input_1//Q28_duplex.fq.gz input_1//Q33_single.fq.gz input_1//Q37_single.fq.gz input_1//Q42_single.fq.gz input_1//Q20_duplex.fq.gz input_1//Q21_duplex.fq.gz input_1//Q35_duplex.fq.gz input_1//Q32_single.fq.gz input_1//Q20_single.fq.gz input_1//Q23_single.fq.gz input_1//Q31_duplex.fq.gz input_1//Q24_single.fq.gz input_1//Q35_single.fq.gz input_1//Q43_single.fq.gz input_1//Q33_duplex.fq.gz input_1//Q22_single.fq.gz input_1//Q34_single.fq.gz input_1//Q45_single.fq.gz' = '' ']'
+ input_hifi='input_1//Q23_duplex.fq.gz input_1//Q28_single.fq.gz input_1//Q29_single.fq.gz input_1//Q30_single.fq.gz input_1//Q27_single.fq.gz input_1//Q38_single.fq.gz input_1//Q25_single.fq.gz input_1//Q21_single.fq.gz input_1//Q27_duplex.fq.gz input_1//Q31_single.fq.gz input_1//Q36_duplex.fq.gz input_1//Q24_duplex.fq.gz input_1//Q22_duplex.fq.gz input_1//Q26_duplex.fq.gz input_1//Q26_single.fq.gz input_1//Q34_duplex.fq.gz input_1//Q32_duplex.fq.gz input_1//Q44_single.fq.gz input_1//Q40_single.fq.gz input_1//Q36_single.fq.gz input_1//Q28_duplex.fq.gz input_1//Q33_single.fq.gz input_1//Q37_single.fq.gz input_1//Q42_single.fq.gz input_1//Q20_duplex.fq.gz input_1//Q21_duplex.fq.gz input_1//Q35_duplex.fq.gz input_1//Q32_single.fq.gz input_1//Q20_single.fq.gz input_1//Q23_single.fq.gz input_1//Q31_duplex.fq.gz input_1//Q24_single.fq.gz input_1//Q35_single.fq.gz input_1//Q43_single.fq.gz input_1//Q33_duplex.fq.gz input_1//Q22_single.fq.gz input_1//Q34_single.fq.gz input_1//Q45_single.fq.gz input_1//Q25_duplex.fq.gz'
+ read i
+ '[' 'input_1//Q23_duplex.fq.gz input_1//Q28_single.fq.gz input_1//Q29_single.fq.gz input_1//Q30_single.fq.gz input_1//Q27_single.fq.gz input_1//Q38_single.fq.gz input_1//Q25_single.fq.gz input_1//Q21_single.fq.gz input_1//Q27_duplex.fq.gz input_1//Q31_single.fq.gz input_1//Q36_duplex.fq.gz input_1//Q24_duplex.fq.gz input_1//Q22_duplex.fq.gz input_1//Q26_duplex.fq.gz input_1//Q26_single.fq.gz input_1//Q34_duplex.fq.gz input_1//Q32_duplex.fq.gz input_1//Q44_single.fq.gz input_1//Q40_single.fq.gz input_1//Q36_single.fq.gz input_1//Q28_duplex.fq.gz input_1//Q33_single.fq.gz input_1//Q37_single.fq.gz input_1//Q42_single.fq.gz input_1//Q20_duplex.fq.gz input_1//Q21_duplex.fq.gz input_1//Q35_duplex.fq.gz input_1//Q32_single.fq.gz input_1//Q20_single.fq.gz input_1//Q23_single.fq.gz input_1//Q31_duplex.fq.gz input_1//Q24_single.fq.gz input_1//Q35_single.fq.gz input_1//Q43_single.fq.gz input_1//Q33_duplex.fq.gz input_1//Q22_single.fq.gz input_1//Q34_single.fq.gz input_1//Q45_single.fq.gz input_1//Q25_duplex.fq.gz' = '' ']'
+ input_hifi='input_1//Q23_duplex.fq.gz input_1//Q28_single.fq.gz input_1//Q29_single.fq.gz input_1//Q30_single.fq.gz input_1//Q27_single.fq.gz input_1//Q38_single.fq.gz input_1//Q25_single.fq.gz input_1//Q21_single.fq.gz input_1//Q27_duplex.fq.gz input_1//Q31_single.fq.gz input_1//Q36_duplex.fq.gz input_1//Q24_duplex.fq.gz input_1//Q22_duplex.fq.gz input_1//Q26_duplex.fq.gz input_1//Q26_single.fq.gz input_1//Q34_duplex.fq.gz input_1//Q32_duplex.fq.gz input_1//Q44_single.fq.gz input_1//Q40_single.fq.gz input_1//Q36_single.fq.gz input_1//Q28_duplex.fq.gz input_1//Q33_single.fq.gz input_1//Q37_single.fq.gz input_1//Q42_single.fq.gz input_1//Q20_duplex.fq.gz input_1//Q21_duplex.fq.gz input_1//Q35_duplex.fq.gz input_1//Q32_single.fq.gz input_1//Q20_single.fq.gz input_1//Q23_single.fq.gz input_1//Q31_duplex.fq.gz input_1//Q24_single.fq.gz input_1//Q35_single.fq.gz input_1//Q43_single.fq.gz input_1//Q33_duplex.fq.gz input_1//Q22_single.fq.gz input_1//Q34_single.fq.gz input_1//Q45_single.fq.gz input_1//Q25_duplex.fq.gz input_1//Q29_duplex.fq.gz'
+ read i
+ '[' 'input_1//Q23_duplex.fq.gz input_1//Q28_single.fq.gz input_1//Q29_single.fq.gz input_1//Q30_single.fq.gz input_1//Q27_single.fq.gz input_1//Q38_single.fq.gz input_1//Q25_single.fq.gz input_1//Q21_single.fq.gz input_1//Q27_duplex.fq.gz input_1//Q31_single.fq.gz input_1//Q36_duplex.fq.gz input_1//Q24_duplex.fq.gz input_1//Q22_duplex.fq.gz input_1//Q26_duplex.fq.gz input_1//Q26_single.fq.gz input_1//Q34_duplex.fq.gz input_1//Q32_duplex.fq.gz input_1//Q44_single.fq.gz input_1//Q40_single.fq.gz input_1//Q36_single.fq.gz input_1//Q28_duplex.fq.gz input_1//Q33_single.fq.gz input_1//Q37_single.fq.gz input_1//Q42_single.fq.gz input_1//Q20_duplex.fq.gz input_1//Q21_duplex.fq.gz input_1//Q35_duplex.fq.gz input_1//Q32_single.fq.gz input_1//Q20_single.fq.gz input_1//Q23_single.fq.gz input_1//Q31_duplex.fq.gz input_1//Q24_single.fq.gz input_1//Q35_single.fq.gz input_1//Q43_single.fq.gz input_1//Q33_duplex.fq.gz input_1//Q22_single.fq.gz input_1//Q34_single.fq.gz input_1//Q45_single.fq.gz input_1//Q25_duplex.fq.gz input_1//Q29_duplex.fq.gz' = '' ']'
+ input_hifi='input_1//Q23_duplex.fq.gz input_1//Q28_single.fq.gz input_1//Q29_single.fq.gz input_1//Q30_single.fq.gz input_1//Q27_single.fq.gz input_1//Q38_single.fq.gz input_1//Q25_single.fq.gz input_1//Q21_single.fq.gz input_1//Q27_duplex.fq.gz input_1//Q31_single.fq.gz input_1//Q36_duplex.fq.gz input_1//Q24_duplex.fq.gz input_1//Q22_duplex.fq.gz input_1//Q26_duplex.fq.gz input_1//Q26_single.fq.gz input_1//Q34_duplex.fq.gz input_1//Q32_duplex.fq.gz input_1//Q44_single.fq.gz input_1//Q40_single.fq.gz input_1//Q36_single.fq.gz input_1//Q28_duplex.fq.gz input_1//Q33_single.fq.gz input_1//Q37_single.fq.gz input_1//Q42_single.fq.gz input_1//Q20_duplex.fq.gz input_1//Q21_duplex.fq.gz input_1//Q35_duplex.fq.gz input_1//Q32_single.fq.gz input_1//Q20_single.fq.gz input_1//Q23_single.fq.gz input_1//Q31_duplex.fq.gz input_1//Q24_single.fq.gz input_1//Q35_single.fq.gz input_1//Q43_single.fq.gz input_1//Q33_duplex.fq.gz input_1//Q22_single.fq.gz input_1//Q34_single.fq.gz input_1//Q45_single.fq.gz input_1//Q25_duplex.fq.gz input_1//Q29_duplex.fq.gz input_1//Q41_single.fq.gz'
+ read i
+ '[' 'input_1//Q23_duplex.fq.gz input_1//Q28_single.fq.gz input_1//Q29_single.fq.gz input_1//Q30_single.fq.gz input_1//Q27_single.fq.gz input_1//Q38_single.fq.gz input_1//Q25_single.fq.gz input_1//Q21_single.fq.gz input_1//Q27_duplex.fq.gz input_1//Q31_single.fq.gz input_1//Q36_duplex.fq.gz input_1//Q24_duplex.fq.gz input_1//Q22_duplex.fq.gz input_1//Q26_duplex.fq.gz input_1//Q26_single.fq.gz input_1//Q34_duplex.fq.gz input_1//Q32_duplex.fq.gz input_1//Q44_single.fq.gz input_1//Q40_single.fq.gz input_1//Q36_single.fq.gz input_1//Q28_duplex.fq.gz input_1//Q33_single.fq.gz input_1//Q37_single.fq.gz input_1//Q42_single.fq.gz input_1//Q20_duplex.fq.gz input_1//Q21_duplex.fq.gz input_1//Q35_duplex.fq.gz input_1//Q32_single.fq.gz input_1//Q20_single.fq.gz input_1//Q23_single.fq.gz input_1//Q31_duplex.fq.gz input_1//Q24_single.fq.gz input_1//Q35_single.fq.gz input_1//Q43_single.fq.gz input_1//Q33_duplex.fq.gz input_1//Q22_single.fq.gz input_1//Q34_single.fq.gz input_1//Q45_single.fq.gz input_1//Q25_duplex.fq.gz input_1//Q29_duplex.fq.gz input_1//Q41_single.fq.gz' = '' ']'
+ input_hifi='input_1//Q23_duplex.fq.gz input_1//Q28_single.fq.gz input_1//Q29_single.fq.gz input_1//Q30_single.fq.gz input_1//Q27_single.fq.gz input_1//Q38_single.fq.gz input_1//Q25_single.fq.gz input_1//Q21_single.fq.gz input_1//Q27_duplex.fq.gz input_1//Q31_single.fq.gz input_1//Q36_duplex.fq.gz input_1//Q24_duplex.fq.gz input_1//Q22_duplex.fq.gz input_1//Q26_duplex.fq.gz input_1//Q26_single.fq.gz input_1//Q34_duplex.fq.gz input_1//Q32_duplex.fq.gz input_1//Q44_single.fq.gz input_1//Q40_single.fq.gz input_1//Q36_single.fq.gz input_1//Q28_duplex.fq.gz input_1//Q33_single.fq.gz input_1//Q37_single.fq.gz input_1//Q42_single.fq.gz input_1//Q20_duplex.fq.gz input_1//Q21_duplex.fq.gz input_1//Q35_duplex.fq.gz input_1//Q32_single.fq.gz input_1//Q20_single.fq.gz input_1//Q23_single.fq.gz input_1//Q31_duplex.fq.gz input_1//Q24_single.fq.gz input_1//Q35_single.fq.gz input_1//Q43_single.fq.gz input_1//Q33_duplex.fq.gz input_1//Q22_single.fq.gz input_1//Q34_single.fq.gz input_1//Q45_single.fq.gz input_1//Q25_duplex.fq.gz input_1//Q29_duplex.fq.gz input_1//Q41_single.fq.gz input_1//Q30_duplex.fq.gz'
+ read i
+ '[' 'input_1//Q23_duplex.fq.gz input_1//Q28_single.fq.gz input_1//Q29_single.fq.gz input_1//Q30_single.fq.gz input_1//Q27_single.fq.gz input_1//Q38_single.fq.gz input_1//Q25_single.fq.gz input_1//Q21_single.fq.gz input_1//Q27_duplex.fq.gz input_1//Q31_single.fq.gz input_1//Q36_duplex.fq.gz input_1//Q24_duplex.fq.gz input_1//Q22_duplex.fq.gz input_1//Q26_duplex.fq.gz input_1//Q26_single.fq.gz input_1//Q34_duplex.fq.gz input_1//Q32_duplex.fq.gz input_1//Q44_single.fq.gz input_1//Q40_single.fq.gz input_1//Q36_single.fq.gz input_1//Q28_duplex.fq.gz input_1//Q33_single.fq.gz input_1//Q37_single.fq.gz input_1//Q42_single.fq.gz input_1//Q20_duplex.fq.gz input_1//Q21_duplex.fq.gz input_1//Q35_duplex.fq.gz input_1//Q32_single.fq.gz input_1//Q20_single.fq.gz input_1//Q23_single.fq.gz input_1//Q31_duplex.fq.gz input_1//Q24_single.fq.gz input_1//Q35_single.fq.gz input_1//Q43_single.fq.gz input_1//Q33_duplex.fq.gz input_1//Q22_single.fq.gz input_1//Q34_single.fq.gz input_1//Q45_single.fq.gz input_1//Q25_duplex.fq.gz input_1//Q29_duplex.fq.gz input_1//Q41_single.fq.gz input_1//Q30_duplex.fq.gz' = '' ']'
+ input_hifi='input_1//Q23_duplex.fq.gz input_1//Q28_single.fq.gz input_1//Q29_single.fq.gz input_1//Q30_single.fq.gz input_1//Q27_single.fq.gz input_1//Q38_single.fq.gz input_1//Q25_single.fq.gz input_1//Q21_single.fq.gz input_1//Q27_duplex.fq.gz input_1//Q31_single.fq.gz input_1//Q36_duplex.fq.gz input_1//Q24_duplex.fq.gz input_1//Q22_duplex.fq.gz input_1//Q26_duplex.fq.gz input_1//Q26_single.fq.gz input_1//Q34_duplex.fq.gz input_1//Q32_duplex.fq.gz input_1//Q44_single.fq.gz input_1//Q40_single.fq.gz input_1//Q36_single.fq.gz input_1//Q28_duplex.fq.gz input_1//Q33_single.fq.gz input_1//Q37_single.fq.gz input_1//Q42_single.fq.gz input_1//Q20_duplex.fq.gz input_1//Q21_duplex.fq.gz input_1//Q35_duplex.fq.gz input_1//Q32_single.fq.gz input_1//Q20_single.fq.gz input_1//Q23_single.fq.gz input_1//Q31_duplex.fq.gz input_1//Q24_single.fq.gz input_1//Q35_single.fq.gz input_1//Q43_single.fq.gz input_1//Q33_duplex.fq.gz input_1//Q22_single.fq.gz input_1//Q34_single.fq.gz input_1//Q45_single.fq.gz input_1//Q25_duplex.fq.gz input_1//Q29_duplex.fq.gz input_1//Q41_single.fq.gz input_1//Q30_duplex.fq.gz input_1//Q39_single.fq.gz'
+ read i
+ echo HiFi reads: 'input_1//Q23_duplex.fq.gz input_1//Q28_single.fq.gz input_1//Q29_single.fq.gz input_1//Q30_single.fq.gz input_1//Q27_single.fq.gz input_1//Q38_single.fq.gz input_1//Q25_single.fq.gz input_1//Q21_single.fq.gz input_1//Q27_duplex.fq.gz input_1//Q31_single.fq.gz input_1//Q36_duplex.fq.gz input_1//Q24_duplex.fq.gz input_1//Q22_duplex.fq.gz input_1//Q26_duplex.fq.gz input_1//Q26_single.fq.gz input_1//Q34_duplex.fq.gz input_1//Q32_duplex.fq.gz input_1//Q44_single.fq.gz input_1//Q40_single.fq.gz input_1//Q36_single.fq.gz input_1//Q28_duplex.fq.gz input_1//Q33_single.fq.gz input_1//Q37_single.fq.gz input_1//Q42_single.fq.gz input_1//Q20_duplex.fq.gz input_1//Q21_duplex.fq.gz input_1//Q35_duplex.fq.gz input_1//Q32_single.fq.gz input_1//Q20_single.fq.gz input_1//Q23_single.fq.gz input_1//Q31_duplex.fq.gz input_1//Q24_single.fq.gz input_1//Q35_single.fq.gz input_1//Q43_single.fq.gz input_1//Q33_duplex.fq.gz input_1//Q22_single.fq.gz input_1//Q34_single.fq.gz input_1//Q45_single.fq.gz input_1//Q25_duplex.fq.gz input_1//Q29_duplex.fq.gz input_1//Q41_single.fq.gz input_1//Q30_duplex.fq.gz input_1//Q39_single.fq.gz'
HiFi reads: input_1//Q23_duplex.fq.gz input_1//Q28_single.fq.gz input_1//Q29_single.fq.gz input_1//Q30_single.fq.gz input_1//Q27_single.fq.gz input_1//Q38_single.fq.gz input_1//Q25_single.fq.gz input_1//Q21_single.fq.gz input_1//Q27_duplex.fq.gz input_1//Q31_single.fq.gz input_1//Q36_duplex.fq.gz input_1//Q24_duplex.fq.gz input_1//Q22_duplex.fq.gz input_1//Q26_duplex.fq.gz input_1//Q26_single.fq.gz input_1//Q34_duplex.fq.gz input_1//Q32_duplex.fq.gz input_1//Q44_single.fq.gz input_1//Q40_single.fq.gz input_1//Q36_single.fq.gz input_1//Q28_duplex.fq.gz input_1//Q33_single.fq.gz input_1//Q37_single.fq.gz input_1//Q42_single.fq.gz input_1//Q20_duplex.fq.gz input_1//Q21_duplex.fq.gz input_1//Q35_duplex.fq.gz input_1//Q32_single.fq.gz input_1//Q20_single.fq.gz input_1//Q23_single.fq.gz input_1//Q31_duplex.fq.gz input_1//Q24_single.fq.gz input_1//Q35_single.fq.gz input_1//Q43_single.fq.gz input_1//Q33_duplex.fq.gz input_1//Q22_single.fq.gz input_1//Q34_single.fq.gz input_1//Q45_single.fq.gz input_1//Q25_duplex.fq.gz input_1//Q29_duplex.fq.gz input_1//Q41_single.fq.gz input_1//Q30_duplex.fq.gz input_1//Q39_single.fq.gz
+ input_nanopore=
+ read i
++ find input_2//
++ egrep '[.]f((ast|)(q|a)|na|sa)(|[.]gz)$'
+ '[' '' = '' ']'
+ input_nanopore='--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz'
+ read i
+ '[' '--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz' = '' ']'
+ input_nanopore='--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz'
+ read i
+ '[' '--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz' = '' ']'
+ input_nanopore='--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz'
+ read i
+ '[' '--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz' = '' ']'
+ input_nanopore='--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz'
+ read i
+ '[' '--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz' = '' ']'
+ input_nanopore='--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz'
+ read i
+ '[' '--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz' = '' ']'
+ input_nanopore='--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz'
+ read i
+ '[' '--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz' = '' ']'
+ input_nanopore='--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz'
+ read i
+ '[' '--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz' = '' ']'
+ input_nanopore='--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz'
+ read i
+ '[' '--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz' = '' ']'
+ input_nanopore='--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz'
+ read i
+ '[' '--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz' = '' ']'
+ input_nanopore='--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz'
+ read i
+ '[' '--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz' = '' ']'
+ input_nanopore='--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz'
+ read i
+ '[' '--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz' = '' ']'
+ input_nanopore='--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz,input_2//Q11_single.fq.gz'
+ read i
+ '[' '--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz,input_2//Q11_single.fq.gz' = '' ']'
+ input_nanopore='--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz,input_2//Q11_single.fq.gz,input_2//Q16_duplex.fq.gz'
+ read i
+ '[' '--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz,input_2//Q11_single.fq.gz,input_2//Q16_duplex.fq.gz' = '' ']'
+ input_nanopore='--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz,input_2//Q11_single.fq.gz,input_2//Q16_duplex.fq.gz,input_2//Q15_single.fq.gz'
+ read i
+ '[' '--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz,input_2//Q11_single.fq.gz,input_2//Q16_duplex.fq.gz,input_2//Q15_single.fq.gz' = '' ']'
+ input_nanopore='--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz,input_2//Q11_single.fq.gz,input_2//Q16_duplex.fq.gz,input_2//Q15_single.fq.gz,input_2//Q12_duplex.fq.gz'
+ read i
+ '[' '--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz,input_2//Q11_single.fq.gz,input_2//Q16_duplex.fq.gz,input_2//Q15_single.fq.gz,input_2//Q12_duplex.fq.gz' = '' ']'
+ input_nanopore='--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz,input_2//Q11_single.fq.gz,input_2//Q16_duplex.fq.gz,input_2//Q15_single.fq.gz,input_2//Q12_duplex.fq.gz,input_2//Q17_duplex.fq.gz'
+ read i
+ '[' '--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz,input_2//Q11_single.fq.gz,input_2//Q16_duplex.fq.gz,input_2//Q15_single.fq.gz,input_2//Q12_duplex.fq.gz,input_2//Q17_duplex.fq.gz' = '' ']'
+ input_nanopore='--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz,input_2//Q11_single.fq.gz,input_2//Q16_duplex.fq.gz,input_2//Q15_single.fq.gz,input_2//Q12_duplex.fq.gz,input_2//Q17_duplex.fq.gz,input_2//Q15_duplex.fq.gz'
+ read i
+ '[' '--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz,input_2//Q11_single.fq.gz,input_2//Q16_duplex.fq.gz,input_2//Q15_single.fq.gz,input_2//Q12_duplex.fq.gz,input_2//Q17_duplex.fq.gz,input_2//Q15_duplex.fq.gz' = '' ']'
+ input_nanopore='--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz,input_2//Q11_single.fq.gz,input_2//Q16_duplex.fq.gz,input_2//Q15_single.fq.gz,input_2//Q12_duplex.fq.gz,input_2//Q17_duplex.fq.gz,input_2//Q15_duplex.fq.gz,input_2//Q9_single.fq.gz'
+ read i
+ '[' '--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz,input_2//Q11_single.fq.gz,input_2//Q16_duplex.fq.gz,input_2//Q15_single.fq.gz,input_2//Q12_duplex.fq.gz,input_2//Q17_duplex.fq.gz,input_2//Q15_duplex.fq.gz,input_2//Q9_single.fq.gz' = '' ']'
+ input_nanopore='--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz,input_2//Q11_single.fq.gz,input_2//Q16_duplex.fq.gz,input_2//Q15_single.fq.gz,input_2//Q12_duplex.fq.gz,input_2//Q17_duplex.fq.gz,input_2//Q15_duplex.fq.gz,input_2//Q9_single.fq.gz,input_2//Q13_single.fq.gz'
+ read i
+ '[' '--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz,input_2//Q11_single.fq.gz,input_2//Q16_duplex.fq.gz,input_2//Q15_single.fq.gz,input_2//Q12_duplex.fq.gz,input_2//Q17_duplex.fq.gz,input_2//Q15_duplex.fq.gz,input_2//Q9_single.fq.gz,input_2//Q13_single.fq.gz' = '' ']'
+ input_nanopore='--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz,input_2//Q11_single.fq.gz,input_2//Q16_duplex.fq.gz,input_2//Q15_single.fq.gz,input_2//Q12_duplex.fq.gz,input_2//Q17_duplex.fq.gz,input_2//Q15_duplex.fq.gz,input_2//Q9_single.fq.gz,input_2//Q13_single.fq.gz,input_2//Q18_duplex.fq.gz'
+ read i
+ '[' '--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz,input_2//Q11_single.fq.gz,input_2//Q16_duplex.fq.gz,input_2//Q15_single.fq.gz,input_2//Q12_duplex.fq.gz,input_2//Q17_duplex.fq.gz,input_2//Q15_duplex.fq.gz,input_2//Q9_single.fq.gz,input_2//Q13_single.fq.gz,input_2//Q18_duplex.fq.gz' = '' ']'
+ input_nanopore='--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz,input_2//Q11_single.fq.gz,input_2//Q16_duplex.fq.gz,input_2//Q15_single.fq.gz,input_2//Q12_duplex.fq.gz,input_2//Q17_duplex.fq.gz,input_2//Q15_duplex.fq.gz,input_2//Q9_single.fq.gz,input_2//Q13_single.fq.gz,input_2//Q18_duplex.fq.gz,input_2//Q18_single.fq.gz'
+ read i
+ echo Nanopore reads: '--ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz,input_2//Q11_single.fq.gz,input_2//Q16_duplex.fq.gz,input_2//Q15_single.fq.gz,input_2//Q12_duplex.fq.gz,input_2//Q17_duplex.fq.gz,input_2//Q15_duplex.fq.gz,input_2//Q9_single.fq.gz,input_2//Q13_single.fq.gz,input_2//Q18_duplex.fq.gz,input_2//Q18_single.fq.gz'
Nanopore reads: --ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz,input_2//Q11_single.fq.gz,input_2//Q16_duplex.fq.gz,input_2//Q15_single.fq.gz,input_2//Q12_duplex.fq.gz,input_2//Q17_duplex.fq.gz,input_2//Q15_duplex.fq.gz,input_2//Q9_single.fq.gz,input_2//Q13_single.fq.gz,input_2//Q18_duplex.fq.gz,input_2//Q18_single.fq.gz
+ input_hic=
+ echo aa
aa
+ echo ''
+ cat -A
$
+ echo aa
aa
+ '[' '' '!=' '' ']'
+ FUNC_RUN_DOCKER quay.io/biocontainers/hifiasm:0.19.7--h43eeafb_0 hifiasm -o output -t 16 --ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz,input_2//Q11_single.fq.gz,input_2//Q16_duplex.fq.gz,input_2//Q15_single.fq.gz,input_2//Q12_duplex.fq.gz,input_2//Q17_duplex.fq.gz,input_2//Q15_duplex.fq.gz,input_2//Q9_single.fq.gz,input_2//Q13_single.fq.gz,input_2//Q18_duplex.fq.gz,input_2//Q18_single.fq.gz input_1//Q23_duplex.fq.gz input_1//Q28_single.fq.gz input_1//Q29_single.fq.gz input_1//Q30_single.fq.gz input_1//Q27_single.fq.gz input_1//Q38_single.fq.gz input_1//Q25_single.fq.gz input_1//Q21_single.fq.gz input_1//Q27_duplex.fq.gz input_1//Q31_single.fq.gz input_1//Q36_duplex.fq.gz input_1//Q24_duplex.fq.gz input_1//Q22_duplex.fq.gz input_1//Q26_duplex.fq.gz input_1//Q26_single.fq.gz input_1//Q34_duplex.fq.gz input_1//Q32_duplex.fq.gz input_1//Q44_single.fq.gz input_1//Q40_single.fq.gz input_1//Q36_single.fq.gz input_1//Q28_duplex.fq.gz input_1//Q33_single.fq.gz input_1//Q37_single.fq.gz input_1//Q42_single.fq.gz input_1//Q20_duplex.fq.gz input_1//Q21_duplex.fq.gz input_1//Q35_duplex.fq.gz input_1//Q32_single.fq.gz input_1//Q20_single.fq.gz input_1//Q23_single.fq.gz input_1//Q31_duplex.fq.gz input_1//Q24_single.fq.gz input_1//Q35_single.fq.gz input_1//Q43_single.fq.gz input_1//Q33_duplex.fq.gz input_1//Q22_single.fq.gz input_1//Q34_single.fq.gz input_1//Q45_single.fq.gz input_1//Q25_duplex.fq.gz input_1//Q29_duplex.fq.gz input_1//Q41_single.fq.gz input_1//Q30_duplex.fq.gz input_1//Q39_single.fq.gz
+ PP_RUN_IMAGE=quay.io/biocontainers/hifiasm:0.19.7--h43eeafb_0
+ shift
+ PP_RUN_DOCKER_CMD=("${@}")
++ date +%Y%m%d_%H%M%S_%3N
+ PPDOCNAME=pp20231020_162428_947_23194
+ echo pp20231020_162428_947_23194
++ id -u
++ id -g
+ docker run --name pp20231020_162428_947_23194 -v /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm:/data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm -w /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm -v /suikou/files/m64k/backup/2023-09-29_Shimomura-Nanopore/Tima_sp/dorado/fastq-qsplit:/suikou/files/m64k/backup/2023-09-29_Shimomura-Nanopore/Tima_sp/dorado/fastq-qsplit -v /data/yoshitake.kazutoshi/work:/data/yoshitake.kazutoshi/work -v /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev:/data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev -v /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake:/data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake -v /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test:/data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test -v /data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm:/data/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm -u 2007:600 -i --rm quay.io/biocontainers/hifiasm:0.19.7--h43eeafb_0 hifiasm -o output -t 16 --ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz,input_2//Q11_single.fq.gz,input_2//Q16_duplex.fq.gz,input_2//Q15_single.fq.gz,input_2//Q12_duplex.fq.gz,input_2//Q17_duplex.fq.gz,input_2//Q15_duplex.fq.gz,input_2//Q9_single.fq.gz,input_2//Q13_single.fq.gz,input_2//Q18_duplex.fq.gz,input_2//Q18_single.fq.gz input_1//Q23_duplex.fq.gz input_1//Q28_single.fq.gz input_1//Q29_single.fq.gz input_1//Q30_single.fq.gz input_1//Q27_single.fq.gz input_1//Q38_single.fq.gz input_1//Q25_single.fq.gz input_1//Q21_single.fq.gz input_1//Q27_duplex.fq.gz input_1//Q31_single.fq.gz input_1//Q36_duplex.fq.gz input_1//Q24_duplex.fq.gz input_1//Q22_duplex.fq.gz input_1//Q26_duplex.fq.gz input_1//Q26_single.fq.gz input_1//Q34_duplex.fq.gz input_1//Q32_duplex.fq.gz input_1//Q44_single.fq.gz input_1//Q40_single.fq.gz input_1//Q36_single.fq.gz input_1//Q28_duplex.fq.gz input_1//Q33_single.fq.gz input_1//Q37_single.fq.gz input_1//Q42_single.fq.gz input_1//Q20_duplex.fq.gz input_1//Q21_duplex.fq.gz input_1//Q35_duplex.fq.gz input_1//Q32_single.fq.gz input_1//Q20_single.fq.gz input_1//Q23_single.fq.gz input_1//Q31_duplex.fq.gz input_1//Q24_single.fq.gz input_1//Q35_single.fq.gz input_1//Q43_single.fq.gz input_1//Q33_duplex.fq.gz input_1//Q22_single.fq.gz input_1//Q34_single.fq.gz input_1//Q45_single.fq.gz input_1//Q25_duplex.fq.gz input_1//Q29_duplex.fq.gz input_1//Q41_single.fq.gz input_1//Q30_duplex.fq.gz input_1//Q39_single.fq.gz
Reads has been loaded.
Loading ma_hit_ts from disk... 
ma_hit_ts has been read.
Loading ma_hit_ts from disk... 
ma_hit_ts has been read.
[M::ha_assemble::0.030*1.13] ==> loaded corrected reads and overlaps from disk
[M::ha_opt_update_cov_min] updated max_n_chain to 100
[M::ul_load::] ==> UL
[M::ha_opt_update_cov] updated max_n_chain to 100
[M::append_inexact_edges] # inserted inexact edges: 116
[M::gen_cov_track::] # bases: 3897093
[M::dedup_HiFis::] # unitigs: 812, # edges: 144, # cc_num: 8
[M::ha_ct_shrink::4.423*1.07] ==> counted 323 distinct minimizer k-mers
[M::ha_ft_ul_gen::4.424*1.07@16.065GB] ==> filtered out 323 k-mers occurring 100 or more times
[M::yak_count] collected 476840 minimizers
[M::ha_pt_ul_gen::4.476*1.15] ==> counted 417935 distinct minimizer k-mers
[M::ha_ct_shrink::4.479*1.16] ==> counted 417935 distinct minimizer k-mers
[M::yak_count] collected 476840 minimizers
[M::ha_pt_ul_gen::4.548*1.24] ==> indexed 476840 positions
[M::uidx_l_build] Index has been built.
[M::uidx_write] Index has been written.
[M::scall_ul_pipeline::1245.781] ==> Qualification
[M::scall_ul_pipeline::] ==> # reads: 6631406, # bases: 0
[M::scall_ul_pipeline::] ==> # fully covered reads: 66578
[M::write_all_ul_t] Index has been written.
[M::print_ovlp_src_bl_stat::] ==> # HiFi reads:826, # covered HiFi reads:816, # chained HiFi reads:75
[M::print_ovlp_src_bl_stat::] ==> # passed UL reads:6631406, # fully corrected UL reads:61073, # almost fully corrected UL reads:1979, # UL reads have primary chains:87819
[M::ha_opt_update_cov] updated max_n_chain to 100
[M::work_ul_gchains_consensus::] # try:2861, # done:2193
[M::clean_contain_g0::] # discard cread::10
[M::update_sg_uo::] ==> # gfa reads:60, # covered gfa reads:59
[M::ul_refine_alignment::] ==> UL refinement...
[M::ha_opt_update_cov] updated max_n_chain to 100
[M::gen_cov_track::] # bases: 109243
[M::work_ul_gchains::] # try:15298, # done:1886
[M::update_sg_uo::] ==> # gfa reads:37, # covered gfa reads:37
[M::ha_opt_update_cov] updated max_n_chain to 100
[M::work_ul_gchains_consensus::] # try:229, # done:13
[M::clean_contain_g0::] # discard cread::0
[M::update_sg_uo::] ==> # gfa reads:37, # covered gfa reads:37
[M::ul_refine_alignment::] ==> UL refinement...
[M::ha_opt_update_cov] updated max_n_chain to 100
[M::gen_cov_track::] # bases: 109243
[M::work_ul_gchains::] # try:9301, # done:77
[M::update_sg_uo::] ==> # gfa reads:37, # covered gfa reads:37
[M::ha_opt_update_cov] updated max_n_chain to 100
[M::work_ul_gchains_consensus::] # try:215, # done:0
[M::clean_contain_g0::] # discard cread::0
[M::update_sg_uo::] ==> # gfa reads:37, # covered gfa reads:37
[M::ul_refine_alignment::] ==> UL refinement...
[M::ha_opt_update_cov] updated max_n_chain to 100
[M::gen_cov_track::] # bases: 109243
[M::work_ul_gchains::] # try:9292, # done:75
[M::update_sg_uo::] ==> # gfa reads:37, # covered gfa reads:37
[M::ha_opt_update_cov] updated max_n_chain to 100
[M::work_ul_gchains_consensus::] # try:214, # done:0
[M::clean_contain_g0::] # discard cread::0
[M::update_sg_uo::] ==> # gfa reads:37, # covered gfa reads:37
[M::ul_refine_alignment::] ==> UL refinement...
[M::ha_opt_update_cov] updated max_n_chain to 100
[M::gen_cov_track::] # bases: 109243
[M::work_ul_gchains::] # try:9289, # done:74
[M::update_sg_uo::] ==> # gfa reads:37, # covered gfa reads:37
[M::ha_opt_update_cov] updated max_n_chain to 100
[M::work_ul_gchains_consensus::] # try:214, # done:0
[M::clean_contain_g0::] # discard cread::0
[M::update_sg_uo::] ==> # gfa reads:37, # covered gfa reads:37
[M::ha_opt_update_cov] updated max_n_chain to 100
[M::work_ul_gchains_consensus::] # try:214, # done:0
[M::clean_contain_g0::] # discard cread::0
[M::update_sg_uo::] ==> # gfa reads:37, # covered gfa reads:37
[M::purge_dups] homozygous read coverage threshold: 12
[M::purge_dups] purge duplication coverage threshold: 15
Writing raw unitig GFA to disk... 
[M::update_sg_uo::] ==> # gfa reads:37, # covered gfa reads:37
[M::ul_realignment::] ==> starting UL
[M::ha_opt_update_cov] updated max_n_chain to 100
[M::gen_cov_track::] # bases: 109363
[M::ha_ct_shrink::1260.408*11.96] ==> counted 169 distinct minimizer k-mers
[M::ha_ft_ul_gen::1260.735*11.96@23.324GB] ==> filtered out 169 k-mers occurring 32 or more times
[M::yak_count] collected 15129 minimizers
[M::ha_pt_ul_gen::1260.746*11.96] ==> counted 8217 distinct minimizer k-mers
[M::ha_ct_shrink::1260.747*11.96] ==> counted 8217 distinct minimizer k-mers
[M::yak_count] collected 15129 minimizers
[M::ha_pt_ul_gen::1260.756*11.96] ==> indexed 15129 positions
[M::uidx_l_build] Index has been built.
[M::uidx_write] Index has been written.
[M::ha_opt_update_cov] updated max_n_chain to 100
[M::cal_graph_ovlp_binning::0.076] ==> Qualification
[M::write_emask_t] Index has been written.
[M::rescall_ul_pipeline::467.949] ==> Qualification
[M::rescall_ul_pipeline::] ==> # reads: 6631406, # bases: 0, # fully corrected reads: 69445
[M::write_all_ul_t] Index has been written.
[M::print_integert_ovlp_stat::] # UL reads::2493, # UL ovlps::1008670
[M::print_integert_ovlp_stat::] # UL reads::178, # UL ovlps::3384
[M::load_all_ul_t] Index has been loaded.
+[M::realloc_rdb_adv] rid_n0::826, rid_n::828
-[M::realloc_rdb_adv] rid_n0::826, rid_n::828
+[M::update_paf] dn::826
[M::renew_ng] nocc::828, ng->n_seq::828, sg->n_seq::826
[M::purge_dups] homozygous read coverage threshold: 12
[M::purge_dups] purge duplication coverage threshold: 15
Writing processed unitig GFA to disk... 
[M::purge_dups] homozygous read coverage threshold: 12
[M::purge_dups] purge duplication coverage threshold: 15
[M::mc_solve:: # edges: 0]
[M::mc_solve_core_adv::0.000] ==> Partition
[M::adjust_utg_by_primary] primary contig coverage range: [10, infinity]
Writing output.bp.p_ctg.gfa to disk... 
[M::reduce_hamming_error_adv::0.000] # inserted edges: 0, # fixed bubbles: 0
[M::adjust_utg_by_trio] primary contig coverage range: [10, infinity]
[M::clean_trio_untig_graph] # adjusted arcs::0
[M::adjust_utg_by_trio] primary contig coverage range: [10, infinity]
[M::clean_trio_untig_graph] # adjusted arcs::0
[M::output_trio_graph_joint] dedup_base::0, miss_base::0
Writing output.bp.hap1.p_ctg.gfa to disk... 
Writing output.bp.hap2.p_ctg.gfa to disk... 
Inconsistency threshold for low-quality regions in BED files: 70%
[M::main] Version: 0.19.7-r598
[M::main] CMD: hifiasm -o output -t 16 --ul input_2//Q11_duplex.fq.gz,input_2//Q13_duplex.fq.gz,input_2//Q19_duplex.fq.gz,input_2//Q19_single.fq.gz,input_2//Q16_single.fq.gz,input_2//Q14_single.fq.gz,input_2//Q14_duplex.fq.gz,input_2//Q8_single.fq.gz,input_2//Q10_single.fq.gz,input_2//Q17_single.fq.gz,input_2//Q12_single.fq.gz,input_2//Q11_single.fq.gz,input_2//Q16_duplex.fq.gz,input_2//Q15_single.fq.gz,input_2//Q12_duplex.fq.gz,input_2//Q17_duplex.fq.gz,input_2//Q15_duplex.fq.gz,input_2//Q9_single.fq.gz,input_2//Q13_single.fq.gz,input_2//Q18_duplex.fq.gz,input_2//Q18_single.fq.gz input_1//Q23_duplex.fq.gz input_1//Q28_single.fq.gz input_1//Q29_single.fq.gz input_1//Q30_single.fq.gz input_1//Q27_single.fq.gz input_1//Q38_single.fq.gz input_1//Q25_single.fq.gz input_1//Q21_single.fq.gz input_1//Q27_duplex.fq.gz input_1//Q31_single.fq.gz input_1//Q36_duplex.fq.gz input_1//Q24_duplex.fq.gz input_1//Q22_duplex.fq.gz input_1//Q26_duplex.fq.gz input_1//Q26_single.fq.gz input_1//Q34_duplex.fq.gz input_1//Q32_duplex.fq.gz input_1//Q44_single.fq.gz input_1//Q40_single.fq.gz input_1//Q36_single.fq.gz input_1//Q28_duplex.fq.gz input_1//Q33_single.fq.gz input_1//Q37_single.fq.gz input_1//Q42_single.fq.gz input_1//Q20_duplex.fq.gz input_1//Q21_duplex.fq.gz input_1//Q35_duplex.fq.gz input_1//Q32_single.fq.gz input_1//Q20_single.fq.gz input_1//Q23_single.fq.gz input_1//Q31_duplex.fq.gz input_1//Q24_single.fq.gz input_1//Q35_single.fq.gz input_1//Q43_single.fq.gz input_1//Q33_duplex.fq.gz input_1//Q22_single.fq.gz input_1//Q34_single.fq.gz input_1//Q45_single.fq.gz input_1//Q25_duplex.fq.gz input_1//Q29_duplex.fq.gz input_1//Q41_single.fq.gz input_1//Q30_duplex.fq.gz input_1//Q39_single.fq.gz
[M::main] Real time: 1751.335 sec; CPU: 19412.325 sec; Peak RSS: 23.324 GB
+ post_processing
+ '[' 1 = 1 ']'
+ rm -f /home/yoshitake.kazutoshi/work/pp-dev/yoshitake/test/assemble~hifiasm/pp-singularity-flag
+ '[' '' = y ']'
+ echo 0
+ exit
PID: 757121