annotation~BRAKER2

BRAKER gene prediction pipeline with RNA-seq data. Please download GeneMark-ES/ET/EP binary and license from http://exon.gatech.edu/GeneMark/license_download.cgi before using this pipeline.

input_1:paired-end FASTQ(.gz) files

input_1/S_l1_1.fq.gz

input_1/S_l1_2.fq.gz

input_2:reference genome file

input_2/parasite.fa

>contig_26
TTTGATTTAGTTTATCAAATACCTTATACTAAACCTGATATGTAATATAACCCCCTGAAATACCAATTTATCAAAACAGTTAAAATCTTTTAATGTTTTAGTAAAACTACCAGACTTTCTGGCACTACTCCTGTCTGATCTCATTGAACTTCTGTCTTTCTTTCCCATCTCTCTACTTGATCTGTTACTATTGGATTGTGCACTAGCTCGTTGCCTCAATTTGATATTATGGTTATCTTTCTCCTCCTCTACCATAACAATATCAATTTATCACACACTTTCCTTCTACTCGCTCTTAGAGTCACTCTCTATGATTTGTCTGAACAGAGGTATTCTCTTGGCCTCCTTTAGAAATAGCTCTCCGTGGTTAAAGTACAATGAAATTGTATCCCAACCTTCGGATCATCCTGAGCCCAGAGTAACTATTTTTGTTGCATTTTCACAGTGCTATTTTTGTCGATGTTATAGTTGGAAATGTATTTCCGTCCTGCTCTTGTTTTTTCTGTTCTTTCCACAACTTTTTTTAGACTCTAAACCAAAATAAATTGTGATAATCTTTTCTTTTGGGATAAATATTATCGGTTCTGATTTGTTGCCTTAAAATTTAATATGGTTCCCTTTAAAGTAGTTTATTTATATTTTTTTTTTGTATTTTGATTTGATTTTTTTTGGAAATTCAATATTTTGGAGAAAAATAATTTAAAATCTTTTGTCTCTCAATTTTGAAGATTTTCATAAATTTTCTGACTATAAATTTATAAAATTTACTTTACAGTTGTATTTGTAAACAAAATAAATGTTTTTAAGAATATTTATATTCATTTGAAAATATCAAATCAATTAAATTCTAGTAATTTAATACTTTTTTCAACTGAATGAAAAAAAATTGTTAAAAATTTATAATTCTATAATTTTTAACCTATAAACATTGACACACTTAACACTAACTGTTTTACCTTTGATTTTCAAAGTGCATTTATCATGCAAATTACTTTGTTCGGGGAAGTGTTAAGAAATATTGGCCATTCACGGCACAAATTAGAGGCATGACAGTGGATGAAGCAGAAACACAACTGAAATTCCAGCAAAAGTCTTTTGCTCACACCATAAAACAACTTATTACAGAGGCAGCTGATCTGGCAGTTAAAGATTACAATGTGGAATTTAGATCCGAGCTGTGGATAGGTAACACTTAAAACTTACCTCTTTAAAATGTTAGAGAGAATGTTTGTGACCAAAGCAGGTAGTTTGAAAGGTCTGAGGAAAATGAGATTGAATATTGTGTGTCCCAAAACAAGATATAGTCATTTGTTTGTAAAACTTACCGAAGGCAATAAACCTGAAAATTATTATGAGGTTGAGCCAACTAGATACGAATTGGCAGAAAAATACTTTGACAAACTTTACAGAAGAAGAATTGAGGAAGGTTTATAAAATTGTATTGATAATTGAATATATTTACATTTTCATTATAATATAATACTTCGAAAGTGGATAATAGAATATTCCTAAAATTGAATATCAAACCACAAATTTAATCAACAAATATTAAATACTTTGTTTGTTTGTTTTATTCCATGGATAAATAGAGGATTTTTCTTAGAATTATTTATAGAAATATTTTTATTTTAAATAATATAATTTATATCAAATTACCGAAATATTGAAAGATACAAAGTTTATTTCATTATTTTCTTTTAAAAATTATTTCATTCAGTTTTGCTTTAAACAGAAATAACTTTTCAAAATCTACATTTATCACAATTTACCTCTTCTATCCTTACACATGAGACATGTCAAACTTAAAAATAGTTCATTGTTGTACATTTTAAAAAATTATAAATTTTTTTGTTTAAAATAAATATTTCTGAGGTTTAACTTCATAGAAAATAATAAGTTGATCAGGAAAGAAATATTTGGATCATCAAATAGAGGACCATAAAGGAAATTATTATTCCTTCCAGACATCATAATAGACCACCCTATATCCTATGTTCAAATTTACTTCATCTATGATCTTGGGACTGTCGGGAGTTGTAAATATTTATAAGATTTCCTTCACTGCTTTGTATATAATTTATTTGTATAATTTTATGTATATCAATTATTATTTTTAAGTAAAACAGTTAGGATTTAGTTTATAGAGAGAACTGGGAGGCGTTGGACAAAAAGGAGAAGTGAAAAGGAAATAGAAATATTCCTCATGAACTTAAGTCCTTGATCCTGTTATTGTAGAGTCTCATTAAACATGAAATTTGAATAAAGACATATTTGATCGAAAAGATAGAGCTGGAAATATTTTAAGGACCAAAATAACTAAACTCCAGTGCTAAACCTTTTTTTGGATGAATTGATTTAAAAAGATAATTCTAATCCCATTCACTTAGATTCAACAAAAATCCTTAAGACCAAAGATTTTTTGGCTCCAAGGACTTTTACGAAGAGAAGAGATAAAAAGAAAAAAATTCTAAATCTAAAAATTGGGAACAGAAGAGACTTTTCAAAAAGTAGAACGATTCAGCACTAAATGGATGATACTGTCCCTAACTCTTCGGTACAAAATGGTTTCTAAAATACAAAATTCAGAGACGAGGCACAAAAACTTCTATGTAAAAAAAAATATTTTGTAGTTGAATTAAATTTGGACACTTATTCCCCATGCCTGATCATTTTGGGTCTCGTTCCAATGAGGTGAAGGAGGAGGTGGTGCGGTTGGCTATAGTGAAGCCTGACCTGTGCAAACCAAACAAATGCAAGGGAGAGTGTGCTGCTATATGTCCTGTGAACAGGAGTAGGCCAGGAAATCTTATGAGCACTGGAAACAGTGGAGGTATATCTAGAAAATTATATATTTTTTGTTGCTTTTATTTTAAATTTGTGCGAGTGTTGGGGAACTGATGGGGTATCTAAAAATGATTTTCCTTAATCAAATTGAATGTATTCATGTATCTGTAGGTTTGGCTAAAAAATTATGACCATAAGTAAACAA

input_2/parasite.fa.ref.fa

>contig_26
TTTGATTTAGTTTATCAAATACCTTATACTAAACCTGATATGTAATATAACCCCCTGAAATACCAATTTATCAAAACAGTTAAAATCTTTTAATGTTTTAGTAAAACTACCAGACTTTCTGGCACTACTCCTGTCTGATCTCATTGAACTTCTGTCTTTCTTTCCCATCTCTCTACTTGATCTGTTACTATTGGATTGTGCACTAGCTCGTTGCCTCAATTTGATATTATGGTTATCTTTCTCCTCCTCTACCATAACAATATCAATTTATCACACACTTTCCTTCTACTCGCTCTTAGAGTCACTCTCTATGATTTGTCTGAACAGAGGTATTCTCTTGGCCTCCTTTAGAAATAGCTCTCCGTGGTTAAAGTACAATGAAATTGTATCCCAACCTTCGGATCATCCTGAGCCCAGAGTAACTATTTTTGTTGCATTTTCACAGTGCTATTTTTGTCGATGTTATAGTTGGAAATGTATTTCCGTCCTGCTCTTGTTTTTTCTGTTCTTTCCACAACTTTTTTTAGACTCTAAACCAAAATAAATTGTGATAATCTTTTCTTTTGGGATAAATATTATCGGTTCTGATTTGTTGCCTTAAAATTTAATATGGTTCCCTTTAAAGTAGTTTATTTATATTTTTTTTTTGTATTTTGATTTGATTTTTTTTGGAAATTCAATATTTTGGAGAAAAATAATTTAAAATCTTTTGTCTCTCAATTTTGAAGATTTTCATAAATTTTCTGACTATAAATTTATAAAATTTACTTTACAGTTGTATTTGTAAACAAAATAAATGTTTTTAAGAATATTTATATTCATTTGAAAATATCAAATCAATTAAATTCTAGTAATTTAATACTTTTTTCAACTGAATGAAAAAAAATTGTTAAAAATTTATAATTCTATAATTTTTAACCTATAAACATTGACACACTTAACACTAACTGTTTTACCTTTGATTTTCAAAGTGCATTTATCATGCAAATTACTTTGTTCGGGGAAGTGTTAAGAAATATTGGCCATTCACGGCACAAATTAGAGGCATGACAGTGGATGAAGCAGAAACACAACTGAAATTCCAGCAAAAGTCTTTTGCTCACACCATAAAACAACTTATTACAGAGGCAGCTGATCTGGCAGTTAAAGATTACAATGTGGAATTTAGATCCGAGCTGTGGATAGGTAACACTTAAAACTTACCTCTTTAAAATGTTAGAGAGAATGTTTGTGACCAAAGCAGGTAGTTTGAAAGGTCTGAGGAAAATGAGATTGAATATTGTGTGTCCCAAAACAAGATATAGTCATTTGTTTGTAAAACTTACCGAAGGCAATAAACCTGAAAATTATTATGAGGTTGAGCCAACTAGATACGAATTGGCAGAAAAATACTTTGACAAACTTTACAGAAGAAGAATTGAGGAAGGTTTATAAAATTGTATTGATAATTGAATATATTTACATTTTCATTATAATATAATACTTCGAAAGTGGATAATAGAATATTCCTAAAATTGAATATCAAACCACAAATTTAATCAACAAATATTAAATACTTTGTTTGTTTGTTTTATTCCATGGATAAATAGAGGATTTTTCTTAGAATTATTTATAGAAATATTTTTATTTTAAATAATATAATTTATATCAAATTACCGAAATATTGAAAGATACAAAGTTTATTTCATTATTTTCTTTTAAAAATTATTTCATTCAGTTTTGCTTTAAACAGAAATAACTTTTCAAAATCTACATTTATCACAATTTACCTCTTCTATCCTTACACATGAGACATGTCAAACTTAAAAATAGTTCATTGTTGTACATTTTAAAAAATTATAAATTTTTTTGTTTAAAATAAATATTTCTGAGGTTTAACTTCATAGAAAATAATAAGTTGATCAGGAAAGAAATATTTGGATCATCAAATAGAGGACCATAAAGGAAATTATTATTCCTTCCAGACATCATAATAGACCACCCTATATCCTATGTTCAAATTTACTTCATCTATGATCTTGGGACTGTCGGGAGTTGTAAATATTTATAAGATTTCCTTCACTGCTTTGTATATAATTTATTTGTATAATTTTATGTATATCAATTATTATTTTTAAGTAAAACAGTTAGGATTTAGTTTATAGAGAGAACTGGGAGGCGTTGGACAAAAAGGAGAAGTGAAAAGGAAATAGAAATATTCCTCATGAACTTAAGTCCTTGATCCTGTTATTGTAGAGTCTCATTAAACATGAAATTTGAATAAAGACATATTTGATCGAAAAGATAGAGCTGGAAATATTTTAAGGACCAAAATAACTAAACTCCAGTGCTAAACCTTTTTTTGGATGAATTGATTTAAAAAGATAATTCTAATCCCATTCACTTAGATTCAACAAAAATCCTTAAGACCAAAGATTTTTTGGCTCCAAGGACTTTTACGAAGAGAAGAGATAAAAAGAAAAAAATTCTAAATCTAAAAATTGGGAACAGAAGAGACTTTTCAAAAAGTAGAACGATTCAGCACTAAATGGATGATACTGTCCCTAACTCTTCGGTACAAAATGGTTTCTAAAATACAAAATTCAGAGACGAGGCACAAAAACTTCTATGTAAAAAAAAATATTTTGTAGTTGAATTAAATTTGGACACTTATTCCCCATGCCTGATCATTTTGGGTCTCGTTCCAATGAGGTGAAGGAGGAGGTGGTGCGGTTGGCTATAGTGAAGCCTGACCTGTGCAAACCAAACAAATGCAAGGGAGAGTGTGCTGCTATATGTCCTGTGAACAGGAGTAGGCCAGGAAATCTTATGAGCACTGGAAACAGTGGAGGTATATCTAGAAAATTATATATTTTTTGTTGCTTTTATTTTAAATTTGTGCGAGTGTTGGGGAACTGATGGGGTATCTAAAAATGATTTTCCTTAATCAAATTGAATGTATTCATGTATCTGTAGGTTTGGCTAAAAAATTATGACCATAAGTAAACAA

input_3:GeneMark-ES/ET/EP LINUX 64 binary

input_3/gmes_linux_64.tar.gz

input_4:GeneMark-ES/ET/EP LINUX 64 license

input_4/gm_key_64.gz

Option

-c 8 -m 30 input_1/ input_2/parasite.fa input_3/gmes_linux_64.tar.gz input_4/gm_key_64.gz

Output

braker/braker.gtf

contig_15040	AUGUSTUS	stop_codon	2286	2288	.	-	0	transcript_id "file_1_file_1_g1891.t1"; gene_id "file_1_file_1_g1891";
contig_15040	AUGUSTUS	CDS	2286	2563	0.84	-	2	transcript_id "file_1_file_1_g1891.t1"; gene_id "file_1_file_1_g1891";
contig_15040	AUGUSTUS	exon	2286	2563	.	-	.	transcript_id "file_1_file_1_g1891.t1"; gene_id "file_1_file_1_g1891";
contig_15040	AUGUSTUS	intron	2564	2598	1	-	.	transcript_id "file_1_file_1_g1891.t1"; gene_id "file_1_file_1_g1891";
contig_15040	AUGUSTUS	CDS	2599	2689	0.99	-	0	transcript_id "file_1_file_1_g1891.t1"; gene_id "file_1_file_1_g1891";
contig_15040	AUGUSTUS	exon	2599	2689	.	-	.	transcript_id "file_1_file_1_g1891.t1"; gene_id "file_1_file_1_g1891";
contig_15040	AUGUSTUS	intron	2690	2724	0.99	-	.	transcript_id "file_1_file_1_g1891.t1"; gene_id "file_1_file_1_g1891";
contig_15040	AUGUSTUS	CDS	2725	2749	0.99	-	1	transcript_id "file_1_file_1_g1891.t1"; gene_id "file_1_file_1_g1891";
contig_15040	AUGUSTUS	exon	2725	2749	.	-	.	transcript_id "file_1_file_1_g1891.t1"; gene_id "file_1_file_1_g1891";
contig_15040	AUGUSTUS	intron	2750	3118	1	-	.	transcript_id "file_1_file_1_g1891.t1"; gene_id "file_1_file_1_g1891";

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