WGS~genotyping-by-GATK

input_1:paired-end FASTQ(.gz) files

input_1/DRR030431_1.fastq.gz

input_1/DRR030431_2.fastq.gz

input_1/DRR030432_1.fastq.gz

input_1/DRR030432_2.fastq.gz

input_1/DRR030433_1.fastq.gz

input_1/DRR030433_2.fastq.gz

input_1/DRR030434_1.fastq.gz

input_1/DRR030434_2.fastq.gz

input_1/DRR030435_1.fastq.gz

input_1/DRR030435_2.fastq.gz

input_1/DRR030436_1.fastq.gz

input_1/DRR030436_2.fastq.gz

input_1/DRR030437_1.fastq.gz

input_1/DRR030437_2.fastq.gz

input_1/DRR030438_1.fastq.gz

input_1/DRR030438_2.fastq.gz

input_1/DRR030439_1.fastq.gz

input_1/DRR030439_2.fastq.gz

input_1/DRR030440_1.fastq.gz

input_1/DRR030440_2.fastq.gz

input_1/DRR030441_1.fastq.gz

input_1/DRR030441_2.fastq.gz

input_1/DRR030442_1.fastq.gz

input_1/DRR030442_2.fastq.gz

input_2:reference genome file

input_2/Bomo_genome_assembly.minus.scaf034.scaf395.plus.NC_002355.re.fa

>Bomo_Chr1
CTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAAC
CTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAAC
CTAACCTAATAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACC
TAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTACCTTAACCTAACTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCT
AACCTAACCTAAACCAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCT
AACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCT
AACCTTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCT
AACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAAAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAAC
CTAACCTAACCTAACCTAACCTAACTAACCTAACCTACCTAACCTAACCTAAACCTAACCTAACCTAACC

Option

Output

all.re.vcf

##fileformat=VCFv4.2
##ALT=<ID=NON_REF,Description="Represents any possible alternative allele at this location">
##FILTER=<ID=LowQual,Description="Low quality">
##FILTER=<ID=PASS,Description="All filters passed">
##FORMAT=<ID=AD,Number=R,Type=Integer,Description="Allelic depths for the ref and alt alleles in the order listed">
##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Approximate read depth (reads with MQ=255 or with bad mates are filtered)">
##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Integer,Description="Genotype Quality">
##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
##FORMAT=<ID=MIN_DP,Number=1,Type=Integer,Description="Minimum DP observed within the GVCF block">
##FORMAT=<ID=PGT,Number=1,Type=String,Description="Physical phasing haplotype information, describing how the alternate alleles are phased in relation to one another">