genotyping by bcftools mpileup (This script is intended to analyze less than 10 samples).
>Bomo_Chr1
CTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAAC
CTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAAC
CTAACCTAATAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACC
TAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTACCTTAACCTAACTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCT
AACCTAACCTAAACCAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCT
AACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCT
AACCTTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCT
AACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAAAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAAC
CTAACCTAACCTAACCTAACCTAACTAACCTAACCTACCTAACCTAACCTAAACCTAACCTAACCTAACC
-c "4" -m "32" -g "--annotate AD,DP,INFO/AD" -b "-vm -f GQ"
##fileformat=VCFv4.2
##FILTER=<ID=PASS,Description="All filters passed">
##bcftoolsVersion=1.9+htslib-1.9
##bcftoolsCommand=mpileup -Ou --annotate AD,DP,INFO/AD -f input_2/Bomo_genome_assembly.minus.scaf034.scaf395.plus.NC_002355.re.fa input_1/SRR4425244_1.fastq.bam input_1/SRR4425245_1.fastq.bam input_1/SRR4425248_1.fastq.bam input_1/SRR4425249_1.fastq.bam input_1/SRR4425250_1.fastq.bam input_1/SRR4425251_1.fastq.bam
##reference=file://input_2/Bomo_genome_assembly.minus.scaf034.scaf395.plus.NC_002355.re.fa
##contig=<ID=Bomo_Chr1,length=20666287>
##contig=<ID=Bomo_Chr2,length=8396445>
##contig=<ID=Bomo_Chr3,length=15212953>
##contig=<ID=Bomo_Chr4,length=18737234>
##contig=<ID=Bomo_Chr5,length=19061979>