RNA-seq~SNPcall-STAR-GATK

input_1:paired-end FASTQ(.gz) files

input_1/DRR030431_1.fastq.gz

input_1/DRR030431_2.fastq.gz

input_1/DRR030432_1.fastq.gz

input_1/DRR030432_2.fastq.gz

input_1/DRR030433_1.fastq.gz

input_1/DRR030433_2.fastq.gz

input_1/DRR030434_1.fastq.gz

input_1/DRR030434_2.fastq.gz

input_1/DRR030435_1.fastq.gz

input_1/DRR030435_2.fastq.gz

input_1/DRR030436_1.fastq.gz

input_1/DRR030436_2.fastq.gz

input_1/DRR030437_1.fastq.gz

input_1/DRR030437_2.fastq.gz

input_1/DRR030438_1.fastq.gz

input_1/DRR030438_2.fastq.gz

input_1/DRR030439_1.fastq.gz

input_1/DRR030439_2.fastq.gz

input_1/DRR030440_1.fastq.gz

input_1/DRR030440_2.fastq.gz

input_1/DRR030441_1.fastq.gz

input_1/DRR030441_2.fastq.gz

input_1/DRR030442_1.fastq.gz

input_1/DRR030442_2.fastq.gz

input_2:reference genome file

input_2/Bomo_genome_assembly.minus.scaf034.scaf395.plus.NC_002355.re.fa

>Bomo_Chr1
CTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAAC
CTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAAC
CTAACCTAATAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACC
TAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTACCTTAACCTAACTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCT
AACCTAACCTAAACCAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCT
AACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCT
AACCTTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCT
AACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAAAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAACCTAAC
CTAACCTAACCTAACCTAACCTAACTAACCTAACCTACCTAACCTAACCTAAACCTAACCTAACCTAACC

input_3:STAR index [optional]

Option

Output

output.xlsx

sample-relation.pdf