恐らく10時からなのではないかなと思っています。少なくとも時間を変更したいという話は聞いておりませんが…
2021年度の研究室セミナーですが、4月5日(月)の午前10時から下記のZoom URLで行います。必修科目の単位となりますので、研究室セミナーには毎週必ず出席し、積極的に質問をしてください。
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/j/95884856106?pwd=QXU0ZmliY2h2N0hsOEZlT1E1ckxEZz09
セミナーのスケジュールとしては、下記になります。
https://docs.google.com/spreadsheets/d/1LFirPrcNmndWd7IC9My1BIuLzcwBSeOudfqj1VGrYCk/edit?usp=sharing
The lab seminar for the year 2021 will be held on Monday, April 5 at 10:00 a.m. at the following Zoom URL. Please be sure to attend the lab seminar every week and actively ask questions.
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/j/95884856106?pwd=QXU0ZmliY2h2N0hsOEZlT1E1ckxEZz09
The following is the schedule for the seminar.
https://docs.google.com/spreadsheets/d/1LFirPrcNmndWd7IC9My1BIuLzcwBSeOudfqj1VGrYCk/edit?usp=sharing
本日説明予定の研究室コンピュータ説明資料です。
https://1drv.ms/p/s!ApyvSGepW4Lkg8UrQ4iMRlbhyvbzMg?e=nPv9fa
My e-mail address is akyoshita@g.ecc.u-tokyo.ac.jp
Management system files
This is Publication and Conference list.
https://docs.google.com/spreadsheets/d/1nglpYTF_z5Um2qLqsbTpWZjEd-YnnLGuLGW4bWU64J4/edit#gid=0
2019年で更新が止まっていました。
ラボのサーバの使い方を一通り説明したいので、来週、再来週で時間の良い日を下記に登録してください。
I would like to explain how to use the lab server, so please register below for a good time next week or the week after.
https://chouseisan.com/s?h=67723437ac714f94b796f0c026138081
まず対面でサーバへのログイン方法を説明をしたあと、別の日にオンラインでCLCの使い方、Blastの使い方などを簡単にやっておくつもりです。
M1の方も、CLCの使い方などは去年していなかったと思うので、もし聞いたほうが良さそうであれば参加してください。
I'm going to explain how to log in to the server in room 311, and then do a quick online tutorial on how to use CLC and Blast another day.
I don't think M1 students learned how to use CLC last year, so please join us if you think it's worth listening.
新入生は「動物実験講習/遺伝子組換え講習」を必ず受講してください。これを受けていないと実験が出来ません。
https://drive.google.com/file/d/1IvukOX3jd5KaNI_K9TUgSuen_HLnLgGW/view?usp=drivesdk
日程調整の結果、14日(水)の15:00からサーバへの接続の方法を説明したいと思います。311に集合してください。まずは研究室のPCから接続してもらいますが、自分のPCでも作業することがありそうな人でノートPCを持っている人は持ってきてください。
As a result of the schedule adjustment, I will explain how to connect to the laboratory servers on Wednesday the 14th at 3:00 p.m. Please come to room 311. I will ask you to connect from lab Windows PC first, but if you will work on your own PC as well and have a laptop, please bring it.
その次の週の21日(水)の14:00からCLCとBLASTを使って、バクテリアゲノムのアセンブルと目的遺伝子配列の抽出等を行ってもらいます。(こちらはZoomで)
The next week, on Wednesday the 21st, we will start assembling bacterial genomes and extracting target gene sequences using CLC and BLAST at 14:00 by zoom.
論文紹介を15時から行わせていただきたいです。お手数をおかけしてしまい申し訳ございません。
また、産業医の巡回もあるため、合間にやらせていただきたく思います。
よろしくお願いします。
いつものセミナーのURLに行けば良いのでしょうか?
はい、よろしくお願いします。
お時間のある方は参加してください。今6名です。
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/j/95884856106?pwd=QXU0ZmliY2h2N0hsOEZlT1E1ckxEZz09
藤澤くんは月曜日の午前中は必修の授業があるそうなので、セミナーをオンデマンドで視聴してもらおうかなと思います。また、2か月に一度は日時を決めてプログレス発表を行うそうです。
4月26日のセミナー記録:
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/rec/share/PuRY_8qqHNci_8P1E61rnAAJcpt9hSdsopjnMrzI2HwvpAJ9PFDXaJFcTE8h_6lt._AuAW5CUM6djMAg5?startTime=1619397633000
B4, M1の方へ
来週月曜日の14:00から、データベース等のWEBアプリを作るためのプログラミング勉強会を始めます。
内容は去年とほぼ同じで、HTMLの基礎、CSS, ユーザ側のJavascriptといったところを一通り行ってから、サーバ側のJavascriptとしてNodeJSを勉強する予定です。
ZoomのURLはセミナーと同じURLを使う予定です。
昨年の内容:
http://www.suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp/yosh/doku.php?id=nodejs%E3%82%A6%E3%82%A7%E3%83%96%E3%82%A2%E3%83%97%E3%83%AA%E3%82%B1%E3%83%BC%E3%82%B7%E3%83%A7%E3%83%B3%E9%96%8B%E7%99%BA_2020
今年の最終課題として考えているのは、下記のBlastサーバのインターフェースは私が適当に作ったものですが、
http://suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp/upload_sequenceserver/
削除機能がなかったりするので、削除機能をつけたものを作ることにしようかなと思っています。
無事に最後まで辿り着けば、そういったWEBアプリを作れるようになっているはず…
本日のセミナーの録画配信です。
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/rec/share/wP8_usrY0QX-XMrNaye4PCE3I83W2cgaN-QLi_HPltFFZ7fniC2_aOjph6YH7kMm.SAYyaDLN4aiqV5TE
本日のプログラミング勉強会のムービーは下記になります。
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/rec/share/SopXasTuA_qrfzSoghELqF7cCQOUasFfTWsj8Ehf2NGIK99KqOt3xgbkp3olMyVn.FS7Umq1e0bF9sxA9
昨年度挫折した人は3回目くらいから参加してくれるとちょうど良いかもしれません。
次回は5月17日(月)14:00から開始予定です。
本日14:00から第三回目のプログラミング勉強会を行います。本日はフォーム、CSSの練習をします。
要望があったので、これまでのWEB開発トレーニングのムービーを公開します。
1回目:https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/rec/share/SopXasTuA_qrfzSoghELqF7cCQOUasFfTWsj8Ehf2NGIK99KqOt3xgbkp3olMyVn.FS7Umq1e0bF9sxA9
2回目:https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/rec/share/r29EczmCOuLycnjhWEV-1AuOzS2cdU3HHMdcn1Dy6SwzJHIk16zTnw6yXtekbgng.UhG5sIiqmajYEz2l
3回目:https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/rec/share/cSaFH2eNfu5f6tspo6S93YRt8E_p80gcP-n2KEn3-GiDbWXZYf4zSPSEpaWTJx12.i1XFSAiyI-7yFItq?startTime=1621400012000
WEBアプリケーション開発トレーニング始めます
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/j/95884856106?pwd=QXU0ZmliY2h2N0hsOEZlT1E1ckxEZz09
WEBアプリケーション開発トレーニング始めます
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/j/95884856106?pwd=QXU0ZmliY2h2N0hsOEZlT1E1ckxEZz09
本日のトレーニングの記録です。
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/rec/share/61iCSL3bbQCJa-DvcWXteoD7I4JMVlwx6HHefVH1FcggQrTj0OAru3M_90uFigDg.DTp4nFOsU4YCD3ep
最後の課題の「querySelectorAllでliをすべて列挙し、偶数番目の項目に対してのみ背景色を黄色にする。 .style.backgroundColorを使用。 偶数かどうかは、演算子「% (剰余算、余り)」を使う。」
が出来たら、答えのjavascript部分を私まで送ってください。
参加できず申し訳ありません。
確認させていただきます。
WEBアプリケーション開発トレーニングについて、残りは5回ほどになる予定で、下記の日程を予定しています。
5月31日(月)
6月7日(月)
6月9日(水)
6月14日(月)
6月16日(水)
6月2日(水)はナノポアのLondon Calling 2021 collectionのウェビナーがあるためお休みです。
本日のトレーニングの記録です。
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/rec/share/q5zw1uKZ-1O8ng5bMw76WiVKrVPE28iWlNIkcHf8orrRilu1_kchtasEFHMOaELk.umkNPY26YcC2F5dt
次回は、6月7日(月)の14:00からの予定です。
次回はNodeJSというJavascript実行エンジンを使いますので、下記のWEBサイトにアクセスして、バージョン「14.17.0 LTS」をインストールしておいてください。
https://nodejs.org/ja/
先ほどご質問頂いた抗生物質試験の体重の件ですが、飼育前のコントロール区と2W後のヒラムシ(両試験区)には有意差がありますが、2W後の通常区と抗生物質試験区では有意差はありませんでした。
今日はNodeJSを使うので、下記のWEBサイトにアクセスしてバージョン14.17.0 LTSをインストールしておいてください。
https://nodejs.org/ja/
厳密にバージョンが一致していなくても大丈夫です。
すみません、15分ほど遅れます。
本日のトレーニングの記録です。
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/rec/share/RjF8-D5pers1rhFN2FCq9FCID-p5uZPSBt9E1MN8RvcpLhv3PJJKbggrW4wk6qQ.oNb_AZbNOeRmmbek
本日14:00から8回目のWEB開発トレーニングを行います。
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/j/95884856106?pwd=QXU0ZmliY2h2N0hsOEZlT1E1ckxEZz09
資料
http://www.suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp/yosh/doku.php?id=nodejs%E3%82%A6%E3%82%A7%E3%83%96%E3%82%A2%E3%83%97%E3%83%AA%E3%82%B1%E3%83%BC%E3%82%B7%E3%83%A7%E3%83%B3%E9%96%8B%E7%99%BA_2021#day_8_2021_6_9
本日のトレーニングの記録です。
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/rec/share/4b4JVKcjejtmtCJ1t69NJug84MsSmLTci2icHEqqcKV_k6EQCfaQA1yzetqY2Bei.w7961nPBmiCPf7Vl
了解です。
プログラミング講習、5分ほど遅刻します。申し訳ありません。
本日のトレーニングの記録です。
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/rec/share/TXGjQuMBkPEjEMJNAGA0k8S6iLry7RqyDvrLlC6Bf-bnBlvhBKeUqSuhC2Ny-Mi-.2MKSXzKtzS8w5FPx
, sensei. About your question in yesterday's seminar on previously published RNA-seq/E.tarda experiments, I looked up on pubmed and google scholar and found that there are dozens of paper that have characterized the host fish's transcriptome response to infection. However, I could only find about 10 papers that looked at the transcriptome change of E. tarda itself and most of them looked at the changes under different growth conditions (e.g. pH, oxidative stress, medium) or between mutant strains. I've only read the abstracts for them so far, but from what I've read so far, none of them have looked into the transcriptome changes of E. tarda itself in the intracellular/phagosomal environment. The closest I could find are a paper where they do RNA-seq of E. tarda that are released into extracellular medium after infection of macrophage cells (https://journals.asm.org/doi/full/10.1128/JB.00978-15), one where they RNA-seq E. anguillarum from an in vivo infection of eel (https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0882401021000735), and another that actually isn't a published paper but a thesis/dissertation from Mississippi State University where they RNA-seq E. ictaluri from an in vivo infection of catfish (https://www.proquest.com/docview/2008687550?pq-origsite=gscholar&fromopenview=true). I'll read them fully and include them in my paper presentation.
If we want to increase the expression of a transgenic gene, we can use Actin, Heat shock promoter or etc. in eukaryotes. In the case of E. coli, it will be Lac or T7 promoter as you know. In your experiments, can E. tarda express the transgenic gene constantly for RNA vaccines? If that's allowed, I think you can use the promoter of the gene with the highest expression level in E. tarda from a previously published paper.
Yes, I was thinking to use a constitutive promoter for the RNA vaccine part of the system and an induced(in the phagosome/cytosol) promoter for the lysis part. That way the bacteria is constantly producing the RNA vaccine and only undergoes lysis and releases it after intracellular infection. If I use the same induced promoter for the RNA vaccine, I think not enough of it will be produced in time to have significant expression in the host cell after bacterial lysis. So, like you pointed out using a highly constitutive promoter might be best for the RNA vaccine part of the system so I’ll also look into those that have been described from previously published papers. (Actually, I just had an idea that might be of a far stretch, but since rRNA’s are the most highly transcribed RNA’s in bacterial cells, is it possible to use those promoters to express transgenic genes in bacteria? Maybe that approach has some negative physiological effect on the bacteria but I’ll check into it to see if there’s any work done on that.)
本日トレーニング最終回を予定通り16:00から行います。
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/j/95884856106?pwd=QXU0ZmliY2h2N0hsOEZlT1E1ckxEZz09
本日のトレーニングの記録です。
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/rec/share/kGtLFrXUklp5UJotrZqPmL-vCEuZbjgraqtL552DBQRT5o9n9jCZYQl0siMjkeG5.NrrCMjXoZYzpXYKe
Thanks for the detailed explanation. I have watched your presentation again and I think I could understand what you are trying to do.
There will be many problems that need to be solved to achieve your goal,,, but anyway, I understand the meaning of searching for E. tarda promoters that are highly active in the phagosome.
Today's seminar record.
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/rec/share/xk4gtcJ0YI2LxKyh4wItW1wtOeL9-SRkpd_d89wb2XsRauqPa3wBercRDkksREef.Zy44O72pXkRwjB34
基礎生物学研究所 生物機能解析センターではゲノムインフォマティクストレーニングコース 2021 夏の受講生を現在募集しているそうです。
http://www.nibb.ac.jp/gitc/2021-1st/
Today's seminar record.
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/rec/share/faJHBFuHcR0o_FCL6FnfGG0q7JLfsoEgJjiTKl05j9zAlHQlth6tveL9FEaT79nb.b-uoLfNhEhVdD3ns
This week's seminar record.
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/rec/share/HKb43TA4tZGcucYtwL2_jDQhuZVBaxW10WpE9M4mT0Ywk88EK3YPH45RpQ0pJWed.sg5Xc8m0fF14Jn4D
明日のセミナーですが、教員の都合により来週26日(月)に変更となりました。明日のセミナーはありません。
Tomorrow's seminar has been rescheduled for next Monday, the 26th, due to teacher availability. There will be no seminar tomorrow.
Today’s seminar record.
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/rec/share/Rv9_9TXJI_F08VRKpCUeybAnkBCcCoasj4Isv3hek2Onfux0So-ZNUK9KEVxTmtt.Fr6cYVGUunqT5o_X
Today's seminar record.
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/rec/share/bPmtgv2rkYfndi7GGlSXAVadrrSukqxNeiIaHDWlxZhnsK9bEpw8nQ1U0XOdQ0am.yc0ydJxgMwr0ZjwZ
Yonezawa(米澤)'s turn was exchanged for Afsana.
Please see the latest schedule.
https://docs.google.com/spreadsheets/d/1LFirPrcNmndWd7IC9My1BIuLzcwBSeOudfqj1VGrYCk/edit#gid=0
Today's seminar record.
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/rec/share/jEvxuI3_z0VhxispIF_pYmF_0SA0Aoa4Oa_b9HB-LJs0-BpewYiTFmfUyHFz-xX9.sDsd0b_DutCL0N8E
連絡が遅くなってすみません。来週のセミナーは午後から開始に変更となります。何時からかは教員で相談しているところです。もうしばらくお待ち下さい。
本日よりしばらくの間、セミナーは13:15から開始に変更となります。
Today’s seminar record.
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/rec/share/pZ2Eq8AXx_Mc19qIVTeHCfl--Os4n9O1NjH_pvlybxAMZUZUygNW3GEz7Jm4h0n3.S2J7lIEzesqAN2bz
来週のセミナーは15時から開始です。その翌週から12月20日まで?は、13:15から開始です。
プログレスはいつ行うのでしょうか?
本日のセミナーは15:00スタートです。
Today's seminar starts at 15:00.
MinIONする時のfmol換算は以下のリンクのサイトでできます。
https://nebiocalculator.neb.com/#!/dsdnaamt
Kazuya Nishiwaki You can convert fmol to Minion at the following link.
https://nebiocalculator.neb.com/ # ! / dsdnaamt
今日のセミナーも15時からでしたよね?
Today's seminar started at 15:00, right?
はい、15時開始です
Yes, it starts at 15:00.
了解です。ありがとうございます
All right. Thank you very much.
大変申し訳ありません、資料作成が間に合わず今日の論文紹介を延期させてください。今週中どこかでお時間いただければと思います。体調不良のため今日欠席いたします。
I'm very sorry, but I couldn't prepare the materials in time, so I'd like to postpone today's paper introduction.I'd appreciate it if you could spare me some time this week.I will be absent today because I am not feeling well.
Next seminar will start at 15:00 on next Monday.
次のセミナーは来週月曜日の15:00から始まります。
本日のセミナーは13:15から始まります。
Today's seminar starts at 13:15.
13:15からです。
It starts at 13:15.
明日ミーティング何時からですか?
What time does the meeting start tomorrow?
日本時間で13:15からです
It's from 13:15 Japan time.
ありがとうございます
Thank you very much.
化合物のイモリへの与え方ですが、私が読み飛ばしていたようでした…
各化合物あたりN=3のTotal9個体を用いておりました。
各化合物の投与量(TTX:20ug,4,9-anhydro-10-hemiletal-5-deoxyTTX:2.9ug; 前駆体と予測された中化合物Cep-242:5ug)の濃度が違う理由は、おそらくイモリからこれらの化合物を単離精製したと記載されているので、単離精製した濃度のまま投与していることが考えられます。
飼育水の量ですが、「 水道水を入れたプラスチックカップの中で飼育し、カップの底には半湿潤環境を作るために柔らかい紙を敷いた」と記載されているので、実際に飼育に使用した量は分からないですが、抽出自体は1mLの飼育水に10μLの酢酸を加えて酸性化し、沸騰した水の中で10分間加熱して抽出しているようです。
As for how to give Kazutoshi Yoshitake compounds to newts, I seemed to have skipped reading them...
A total of 9 individuals with N=3 were used per compound.
The difference in concentration of each compound (TTX:20ug,4,9-anhydro-10-hemil et al-5-deoxyTTX:2.9ug;Cep-242:5ug, a medium compound predicted to be a precursor) is probably due to the separation and purification of these compounds.
Regarding the amount of water raised by Sato Shoji, it is written that "we raised it in a plastic cup containing tap water and laid soft paper at the bottom of the cup to create a semi-wet environment."
明日14時から當間さんの論文紹介+プログレス発表を行います。
URLはいつもの研究室セミナーのURLと同じです。
Tomorrow, Mr. Toma's thesis introduction + progress presentation will be held from 14:00.
The URL is the same as the usual URL for laboratory seminars.
発表始まってますが、参加者が少ないです。皆さん参加してください。
The presentation has started, but there are few participants.Everyone, please join us.
NGS会の皆さん
MGI Tech Japan(株)は12月21日(火)15時よりWebinar 「DNBSEQシーケンサーでのstLFRを活用したde novoアセンブル」を開催いたします。ご興味がある方、ぜひご参加ください。
こちらにアクセスをお願いします:↓↓
https://us06web.zoom.us/webinar/register/WN_ey26igT4Qq-scKp3vqlRSg
ーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーー
<プログラム>
演題1:『stLFR概要のご紹介』(15分)
MGI Tech Japan 株式会社 フィールドアプリケーションスペシャリスト 櫻井 様
演題2:『stLFRによる高等生物ゲノムのde novoアセンブリー解析』(15分)
株式会社ジーンベイ 上村 泰央様
演題3:『stFLRを用いた水圏生物ゲノム解析の新規ゲノムアセンブル』(20分)
東京大学大学院農学生命科学研究科水圏生物工学研究室 教授 浅川 修一 先生
皆様のご参加を心からお待ちしております。
よろしくお願いします。
====================
MGI Tech Japan株式会社
〒104-6591 東京都中央区明石町8-1 聖路加タワー35F
URL: MGI JAPAN https://jp.mgi-tech.com
E-mail: MGI_Japan@genomics.cn
====================
Dear NGS members,
MGI Tech Japan Co., Ltd. will hold a webinar "denovo assembly using stLFR in DNBSEQ sequencer" from 15:00 on December 21st (Tue).If you are interested, please join us.
Please access here: ↓↓
https://us06web.zoom.us/webinar/register/WN_ey26igT4Qq-scKp3vqlRSg
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<Program>
Topic 1: Introduction to StLFR (15 minutes)
MGI Tech Japan Field Application SpecialistDear Sakurai,
Subject 2: Denovo Assembly Analysis of Higher Biological Genomes Using StLFR (15 minutes)
Dear Yasuo Uemura, Gene Bay Co., Ltd.
Topic 3: "New Genome Assembly of Hydrosphere Biologome Using StFLR" (20 minutes)
Professor Shuichi Asakawa, Graduate School of Agricultural Life Sciences, University of Tokyo, Water Sphere Biotechnology Laboratory
We look forward to your participation.
Thank you.
====================
MGI Tech Japan Co., Ltd.
35th floor of Seirokua Tower, 8-1 Akashi-cho, Chuo Ward, Tokyo, 104-6591
URL : MGI JAPAN https://jp.mgi-tech.com
E - mail : MGI_Japan@genomics.cn
====================
本日のセミナーで時間があれば進捗報告をさせていただけると幸いです。ご迷惑おかけします。
If you have time at today's seminar, I would appreciate it if I could report on the progress.Sorry for the inconvenience.
先ほどのスライドです。
This is the slide from Shuichi Asakawa earlier.
15:00からstLFRのウェビナーがあります。使う予定の人は聞いて下さい。
https://us06web.zoom.us/webinar/register/WN_ey26igT4Qq-scKp3vqlRSg
There will be a stLFR webinar from 15:00.If you plan to use it, please ask.
https://us06web.zoom.us/webinar/register/WN_ey26igT4Qq-scKp3vqlRSg
Due to Prof. Asakawa's lecture schedule, today's seminar will be from 15:00 to 15:50 and will be only the introduction of papers. There will be an announcement on when the progress will be made during the seminar.
本日のセミナーは浅川先生の講義のご都合により、15:00から15:50までで、論文紹介のみとなります。プログレスをいつ行うかはセミナー時に発表があると思います。
Due to Prof . Asakawa ' s lecture schedule , today ' s seminar will be from 15 : 00 to 15 : 50 and will be only the introduction of papers . There will be an announcement on when the progress will be made during the seminar .
Today's seminar will be held from 15:00 to 15:50, depending on Mr. Asakawa's lecture, and only the thesis will be introduced.I think there will be an announcement at the seminar when the progress will be made.
1月以降のセミナーは基本的には月曜日の13:15開始です。
Seminars after January will basically start at 13:15 on Monday.
本日のセミナーは16時から再開します。
Taody’s seminar will restart at 16:00.
All
Today's seminar will resume at 16:00.
Taody ' s seminar will restart at 16 : 00 .
そういえば、1月4日の発表の振り替えはいつ行うのですか?
Ashley Rinka Smith Come to think of it, when will the announcement on January 4th be replaced?
はい
Yes, sir.
申し訳ございません、忘れておりました。明日の15時からはじめたいと思います。
よろしくお願いいたします。
I'm sorry, I forgot.I'd like to start at three o'clock in the afternoon tomorrow.
Thank you.
15時からプログレスを行います。お時間のある方がいらっしゃれば参加して頂けますと幸いです。
Progress will be held from 15:00.I would appreciate it if you could participate if you have time.
別の会議中のため参加できません、すいません
I can't participate because I'm in another meeting. Sorry.
Next week's lab seminar will be a presentation practice of the master's thesis.
Jisutosho-kun (1st time) from 10:30
Hayashi-kun and Ito-kun from 13:15
After 15:00? If Jizokusho-kun finishes his revision, Jizokusho-kun will do the second presentation practice.
The URL is the usual URL of the seminar.
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/j/95884856106?pwd=QXU0ZmliY2h2N0hsOEZlT1E1ckxEZz09
来週の研究室セミナーは修論発表の予演会となります。
10:30から地頭所くん(1回目)
13:15から林くんと伊藤くん
15:00以降? 地頭所くんの修正が終わり次第 地頭所くん(2回目)
となります。
URLはいつものセミナーのURLです。
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/j/95884856106?pwd=QXU0ZmliY2h2N0hsOEZlT1E1ckxEZz09
来週のラボセミナーは修士論文の発表実習になります。
10:30~時報くん(第1回)
13:15~林君と伊藤君
15時以降? 地蔵くんが修正を終えたら、地蔵くんは2回目のプレゼンテーションの練習をします。
URLはセミナーの通常のURLです。
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/j/95884856106?pwd=QXU0ZmliY2h2N0hsOEZlT1E1ckxEZz09
来週の研究室セミナーは修論発表の予演会となります。
10:30から地頭所くん(1回目)
13:15から林くんと伊藤くん
15:00以降? 地頭所くんの修正が終わり次第 地頭所くん(2回目)
となります。
urlはいつものセミナーのURL
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/j/95884856106?pwd=QXU0ZmliY2h2N0hsOEZlT1E1ckxEZz09
M2の方へ
本日の発表練習は、なるべく明日の本番と同じ環境で行うようにしてください。
toward M2
Please try to practice today's presentation in the same environment as tomorrow's production.
この後18時からセミナーでの修正個所を見ていただきたいです。
お時間ある方は参加していただけると幸いです。
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/j/95884856106?pwd=QXU0ZmliY2h2N0hsOEZlT1E1ckxEZz09
I would like you to look at the corrections at the seminar from 18:00.
If you have time, I would appreciate it if you could participate.
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/j/95884856106?pwd=QXU0ZmliY2h2N0hsOEZlT1E1ckxEZz09
M2の皆様お疲れさまでした。
来週のセミナーですが、大学院入試と重なっているため、9日(水)の14:30から開始に変更となります。
Thank you for your hard work, M2.
As for next week's seminar, it will be changed to 14:30 on the 9th (Wednesday) because it overlaps with the graduate entrance examination.
Next week's seminar has been changed to start at 2:30 pm on Wednesday the 9th.
来週のセミナーは9日水曜日午後2時30分開始に変更になりました。
専攻会議がまだ続いているので、14時30分から研究室セミナーは無理そうです。
The major conference is still going on, so it seems impossible to hold a laboratory seminar from 14:30.
それではセミナーは15:00から開始に変更します。
Then, I will change the seminar to start at 15:00.
会議終わりましたので、15時から開始でお願いします
The meeting is over, so please start at 15:00.
2回目の発表練習は13:30より下記のいつものセミナーのURLで行います。
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/j/95884856106?pwd=QXU0ZmliY2h2N0hsOEZlT1E1ckxEZz09
Sato Soji Mizobata Hideki Yoshida Ichiba
The second presentation practice will be held from 13:30 at the URL of the usual seminar below.
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/j/95884856106?pwd=QXU0ZmliY2h2N0hsOEZlT1E1ckxEZz09
4年生で話し合った結果、明日の午前10時から最終の発表練習を行なわせていただきたいのですが、ご都合いかがでしょうか?
浅川 修一 Shigeharu KINOSHITA Kazutoshi Yoshitake
As a result of the discussion in the fourth grade, I would like to practice the final presentation from 10:00 a.m. tomorrow, is it convenient for you?
私は大丈夫です
I'm all right.
私も大丈夫です。
I'm fine, too.
ありがとうございます。それでは、明日午前10時から、普段のセミナーのURLでよろしくお願いいたします。
Thank you very much.Then, please use the URL of the usual seminar from 10:00 a.m. tomorrow.
水産学会の発表練習を3月22日13:15からいつものセミナーのURLで行います。
Practice presentations for the JSFS will be held on March 22 at 1:15 p.m. at the usual seminar URL.
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/j/95884856106?pwd=QXU0ZmliY2h2N0hsOEZlT1E1ckxEZz09
水産学会の発表練習を3月22日13:15からいつものセミナーのurlで行います。
JSFSの練習発表会は、3月22日13時15分に通常のセミナーURLで開催されます。
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/j/95884856106?pwd=QXU0ZmliY2h2N0hsOEZlT1E1ckxEZz09
2021年度のセミナーの出席表です。ギリギリの人もいましたが、全員70%以上の出席率でした。
https://docs.google.com/spreadsheets/d/1QBfNr0_mkla9hqJZbfV5FmLrhYCmKsGGQDo-uUC544o/edit?usp=sharing
This is the attendance list for the 2021 seminar.Some people were just around the corner, but everyone had a attendance rate of more than 70%.
https://docs.google.com/spreadsheets/d/1QBfNr0_mkla9hqJZbfV5FmLrhYCmKsGGQDo-uUC544o/edit?usp=sharing
5月28日-29日 マリンバイオテクノロジー学会
http://marinebiotechnology.jp/
May 28-29 Marine Biotechnology Society
http://marinebiotechnology.jp/
前回の練習の終わりに、13:15から希望者のみ集まって再度行うとなっていました。
At the end of the last practice, only applicants will gather from 13:15.
練習希望者はいますか?
Is there anyone who wants to practice?
【水圏生物科学専修 学位記授与式】
3月25日(金) 15:30~ フードサイエンス棟中島ホール
参加範囲: 卒業生 (19名)・専攻長・学部委員・紫水会長・専攻支援チーム (受付)
【水圏生物科学専修 写真撮影】
学位記授与式後 (16:00~16:15開始見込?) 農学部3号館前
参加範囲: 学位記授与式参加者 + 希望する教員 (ただし、雨天の場合、中島ホール内にて参加者の
み)
(以下参考)
全学卒業式 11:15~12:30 安田講堂または配信
学部長賞授与式 13:15~13:45 弥生講堂一条ホール
水A ceremony to award the rank of specialist in hydrosphere bioscience 専
March 25 (Fri) 15:30~ Food Science Building Nakajima Hall
Scope of participation: Graduates (19 students), major managers, undergraduate members, chairman Murasaki, major support team (acceptance)
[Photo shooting specialized in hydrosphere bioscience]
After the graduation ceremony (estimated to start from 16:00 to 16:15?) in front of Agricultural Faculty Building No. 3
Scope of participation: Participants in the graduation ceremony + desired teachers (however, in case of rain, participants will be invited to participate in Nakajima Hall)
only)
(Refer to below)
All-University Graduation Ceremony 11:15-12:30 Yasuda Kodokan or Distribution
Dean Award Ceremony 13:15~13:45 Yayoi Kodokan Ichijo Hall
練習したいのですが所用で何時に戻れるか分からなくなってしまったので、とりあえず不参加とさせてください。
I'd like to practice, but I don't know what time I can come back because of my business, so I'd like to ask you not to participate.
すいません、数分遅れます
Sorry, I'll be a few minutes late.
2022年のセミナー予定表を作成しました。
https://docs.google.com/spreadsheets/d/1zEbkpQGfvoAKVEqKnHydXRIXtF7DMY8owk_B9mJvU9E/edit?usp=sharing
I have prepared a schedule for the 2022 seminar.
https://docs.google.com/spreadsheets/d/1zEbkpQGfvoAKVEqKnHydXRIXtF7DMY8owk_B9mJvU9E/edit?usp=sharing
セミナー予定は宮下さんが満期終了退学されているため、論文紹介は宮下さんを除くように修正しました。
Since Miyajita has been expelled from the seminar due to expiration, the introduction of the paper has been revised to exclude Miyajita.
さて、データ解析時ちょっとした変換をしたりするときに便利なAWKのトレーニングをしたいなと思うのですが、B4~M2の皆さんご都合は如何でしょうか?状況が良く分かっていないため、参加希望者と都合が良いor悪い時間帯を軽く教えてもらえると助かります。
By the way, I would like to train AWK conveniently when performing a little conversion during data analysis, but would it be convenient for everyone from B4 to M2?I don't really understand the situation, so I would appreciate it if you could briefly tell me which time would be convenient or inconvenient for the participants.
是非参加したいです。現在就職活動中で予定が不定期で入ってしまうため、日程については他の皆さんに合わせていただければと思います。M1の皆さんなどは特に履修を決めるまで都合のいい日程等の見通しが立ちづらいかなと思いましたがどうでしょうか。
I would definitely like to participate.I am currently looking for a job and my schedule is irregular, so I would like you to adjust the schedule to everyone else.I thought it would be difficult for M1 students to predict a convenient schedule until they decide to take the course, but what do you think?
僕は月曜のセミナー後か、水金の午後が空いています。
I'm free after Monday's seminar or Wednesday afternoon.
AWKのトレーニングにつきまして、予定のほうありがとうございます。
まだお返事ない人のほうが多そうなので、1回目は恐らく都合がつきやすいと思われる来週月曜日のセミナー後(15:30くらいから)としておこうかなと思います。
内容としては4年前に行った下記のページの内容をアレンジして行います。全部で10回くらいでしょうか。
http://www.suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp/yosh/doku.php?id=%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%E8%A7%A3%E6%9E%90%E5%85%A5%E9%96%802018
おもにAWKですが、データ解析、プログラミングの入門的な内容も含みますので、4年前に受けていなかった人は参加することをお勧めします。
Hiramatsu Yuka Hayashi Yoshie Nishiwaki Kazuya Mizubata Hideaki
Thank you for the AWK training schedule.
There are still more people who haven't heard from me yet, so I think I'll leave the first session after the seminar next Monday (around 15:30), which is probably convenient for me.
As for the contents, we will arrange the contents of the page below which we did 4 years ago.I think it's about 10 times in total.
http://www.suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp/yosh/doku.php?id=%E3%83%87%E3%83%BC%E3%82%BF%E8%A7%A3%E6%9E%90%E5%85%A5%E9%96%802018
It is mainly AWK, but it also includes introductory content for data analysis and programming, so it is recommended that those who did not take it four years ago participate.
吉武さんの過去の講習の脱落組の人で一緒に再学習したい人はいますか?いれば時間を決めてみなで一緒にやりましょう。ここで再学習の希望を伝えてください。私も教えることはできないので、コンセプトはともに学ぶです。
Is there anyone in Yoshitake's past class who was eliminated and would like to re-learn together?If you are there, let's decide the time and do it together.Please tell them your preference for re-learning here.I can't teach either, so I learn concepts together.
参加したいです。まだ予定があまりはっきりしていないのですがとりあえず初回から参加します。
I would like to participate.My schedule is not clear yet, but I will participate from the beginning.
今年もデータベース開発のアルバイトに新入生が加わってほしいと考えおてりますので、去年と同様にNodeJSのトレーニングもいずれ行う予定です。
AWKは来週から行いますので、新入生の方はまずはこちらに参加してもらったほうが良いかなと思います。
I would like new students to join the database development part-time job again this year, so I plan to train NodeJS as well as last year.
AWK will start next week, so I think it would be better for new students to join us first.
Seminars after next week will be on Mondays from 1:15 p.m. at the URL below.
そういえば、来週以降のセミナーの時間をきちんとお伝えしていなかったように思うので連絡いたします。来週以降のセミナーは下記のURLで月曜日の13:15~になります。
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/j/81719643272?pwd=cU1hTTU2emZDdzhNVnhQU2dKaXF1UT09
Seminars after next week will be on Mondays from 1:15 p.m. at the URL below.
Come to think of it, I'm contacting you because I don't think I told you exactly the time for the seminar after next week.The seminar after next week will be held from 13:15 on Monday at the following URL.
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/j/81719643272?pwd=cU1hTTU2emZDdzhNVnhQU2dKaXF1UT09
来週月曜日のセミナー後にZoomにてAWK入門を行いますが、参加する方は事前に下記のページを見て、環境のセットアップを行っておいてください。Win, Macどちらでも可能です。
https://www.suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp/yosh/doku.php?id=awk%E5%85%A5%E9%96%80_2022
We will be introducing AWK at Zoom after the seminar next Monday, but if you would like to participate, please look at the page below and set up the environment beforehand.Both Win and Mac are possible.
https://www.suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp/yosh/doku.php?id=awk%E5%85%A5%E9%96%80_2022
連絡が遅れてしまい申し訳ありません。外部生ではありますが、初回のトレーニングに参加させて頂けないでしょうか?
I apologize for the delay in contacting you.I am an outside student, but would it be possible for me to participate in the first training session?
はい、大丈夫です。
Yes, I'm available.
本日の研究室セミナーは13:15から開始です。
Today's laboratory seminar starts at 13:15.
すみません、日大でのセミナーが始まるため退出させていただきます。
I'm sorry, but I'm leaving because the seminar at Nihon University starts.
AWKトレーニングお疲れさまでした。
演習問題の回答例は下記にあります。
http://www.suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp/yosh/doku.php?id=2018awk1%E5%9B%9E%E7%AD%94%E4%BE%8B
また、本日の記録は下記になります。
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/rec/share/iMXX5UlgOeVRtiwbGNvsCnfx7cuPQG-yqaRYPWrLg2TgJnCBweifgAnXJJTh5hYs.ea2uVDXVTazu04KD?startTime=1649657887000
来週もセミナー後にトレーニングを行いたいと思います。
Thank you for your AWK training.
Examples of answers to exercise questions are shown below.
http://www.suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp/yosh/doku.php?id=2018awk1%E5%9B%9E%E7%AD%94%E4%BE%8B
Also, today's record is as follows.
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/rec/share/iMXX5UlgOeVRtiwbGNvsCnfx7cuPQG-yqaRYPWrLg2TgJnCBweifgAnXJJTh5hYs.ea2uVDXVTazu04KD?startTime=1649657887000
I would like to train again next week after the seminar.
すみません、日大のセミナーが始まるため退出させて頂きます。
I'm sorry, but I'm leaving because Nihon University's seminar will start.
Today's seminar record.
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/rec/share/4A8NQ7whAxyVRNlCm1nTR3maZB5K0vS1anc_BPY46KArxYZgktwL6FPWkrB-3TmZ.5p6swGbDcXg05Kn2?startTime=1650254814000
AWKトレーニング2日目の回答例を下記に記載しました。
http://www.suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp/yosh/doku.php?id=2022awk2%E5%9B%9E%E7%AD%94%E4%BE%8B
また、録画したファイルは下記になります。
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/rec/share/4A8NQ7whAxyVRNlCm1nTR3maZB5K0vS1anc_BPY46KArxYZgktwL6FPWkrB-3TmZ.5p6swGbDcXg05Kn2?startTime=1650264292000
Below is an example of the answer for the second day of AWK training.
http://www.suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp/yosh/doku.php?id=2022awk2%E5%9B%9E%E7%AD%94%E4%BE%8B
Also, the recorded file is as follows.
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/rec/share/4A8NQ7whAxyVRNlCm1nTR3maZB5K0vS1anc_BPY46KArxYZgktwL6FPWkrB-3TmZ.5p6swGbDcXg05Kn2?startTime=1650264292000
マリンバイオテクノロジー学会が5月28-29日にオンラインで開催されます。
参加登録・要旨締め切りは4月30日です。
http://marinebiotechnology.jp/mbt2022/
All
The Marine Biotechnology Society will be held online from May 28th to 29th.
The deadline for participation registration and summary is April 30.
http://marinebiotechnology.jp/mbt2022/
すみません、日大のセミナーが始まるため退出させて頂きます。
今後も自分の発表などがない限り、申し訳ありませんが、同じ時間に退出させて頂きます。
I'm sorry, but I'm leaving because Nihon University's seminar will start.
I'm sorry, but I'll leave at the same time unless I make a presentation.
お疲れ様です。本日の練習問題の解答例は下記になります。
http://www.suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp/yosh/doku.php?id=2022awk3%E5%9B%9E%E7%AD%94%E4%BE%8B
Thank you for your hard work. Here are some examples of answers to today's practice questions.
http://www.suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp/yosh/doku.php?id=2022awk3%E5%9B%9E%E7%AD%94%E4%BE%8B
ライフサイエンス室
総務課研究支援チーム
2022年度の農学生命科学研究科ライフサイエンス関連講習につきまして、
先日ご案内した【動物実験講習】【遺伝子組換え講習】【研究用微生物講習】【遺伝資源のABS講習】に加えて
【ヒトを対象とする研究倫理】についても、受講可能となりましたのでお知らせいたします。
昨年度同様、オンデマンド配信での受講となります。
関連する研究を行われる方は受講いただくよう、本メールを受信されない学生等の方への周知もお願いいたします。
(ヒトを対象とする研究倫理に関する講習(英語版)は現在準備中です。準備が整いましたらあらためてご案内いたします。)
それぞれの講習についてITC-LMSにコースを設定しています。
リンクより「受講登録」の上、動画を視聴して、テストに回答してください。
配布資料はダウンロードいただけますが、著作権保護等の観点から動画はダウンロードできません。
テストに合格された方について、受講歴を登録いたします。
*原則として、受講後1週間程度以内を目安に受講歴が反映されます。
<各講習のリンク(ITC-LMS)>
それぞれの講習のページに直接アクセスするリンクです。
ITC-LMSにログインの上、受講登録をしてください。
● 3992201 農学ライフサイエンス講習【動物実験】
https://itc-lms.ecc.u-tokyo.ac.jp/lms/course?idnumber=202239922010302
● 3992202 農学ライフサイエンス講習【遺伝子組換え】
https://itc-lms.ecc.u-tokyo.ac.jp/lms/course?idnumber=202239922020302
●3992204 農学ライフサイエンス講習【ヒトを対象とする研究倫理】
https://itc-lms.ecc.u-tokyo.ac.jp/lms/course?idnumber=202239922040302
● 3992203 農学ライフサイエンス講習【研究用微生物】
https://itc-lms.ecc.u-tokyo.ac.jp/lms/course?idnumber=202239922030302
●3992205 農学ライフサイエンス講習【ABS】
https://itc-lms.ecc.u-tokyo.ac.jp/lms/course?idnumber=202239922050302
(ABSに関しては、テストや受講歴の管理はありません)
《対象となる方、有効期限等》
※未受講、有効期限切れの方は、該当する実験等の従事や申請などが認められない場合があります。
※教職員の方はご自身の受講歴や有効期限は、EASEL(ライフサイエンス電子申請システム)の「ユーザ情報」画面にてご確認いただけます。
○動物実験講習会:
動物実験に従事する方全員<有効期限:5年>
※2017年度以前の受講者は、有効期限が切れます。
○遺伝子組換え生物等講習会:
実験管理者、実験担当責任者<有効期限:5年>
遺伝子組換え実験を行う者<有効期限:5年>
※2017年度以前の受講者は、有効期限が切れます。
○研究用微生物実験講習会:
四種病原体の管理区域入室者・従事者<有効期限なし>
監視伝染病病原体の管理区域入室者・従事者<有効期限なし>
BSL2使用保管等責任者<有効期限なし>
○ヒトを対象とした研究の倫理講習会:
研究責任者、主たる研究従事者、研究従事者<有効期限なし>
対象となる研究をされていると思われる方はまず受講ください。
(無記名・自記式のアンケート調査を行う場合は対象となることがあります)
「人を対象とする生命科学・医学系研究に関する倫理指針」
https://www.mhlw.go.jp/content/000909926.pdf
(掲載ページ: https://www.mhlw.go.jp/stf/seisakunitsuite/bunya/hokabunya/kenkyujigyou/i-kenkyu/index.html )
〔留意事項〕
・動画視聴リンクおよび配布資料リンクにアクセスするには、
ECCSクラウドメールのGoogleアカウントでサインインする必要があります。
それ以外のGoogleアカウントからのアクセスリクエストには対応いたしませんのでご注意ください。
・ITC-LMSをご利用になれない方(UTokyo Accountがない等)は、
別途個別の対応となりますので、お手数ですが下記までご連絡ください。
(参考)
ITC-LMSやECCSクラウドメールについて詳しくは下記をご参照ください。
https://utelecon.adm.u-tokyo.ac.jp/
お問い合わせ:
ライフサイエンス室、研究支援チーム
bio.a@gs.mail.u-tokyo.ac.jp (共通)
Life Sciences Office
Research Support Team, General Affairs Division
Regarding the life science-related course of the Department of Agricultural Life Sciences in fiscal year 2022,
In addition to the [Animal Experiment Course] [Gene Modification Course] [Research Microbiological Course] [ABS Course on Genetic Resources] that we introduced the other day,
I am writing to inform you that I am now able to take the course on [Research Ethics for People].
The course will be delivered on demand just like last year.
Please inform students who do not receive this e-mail so that those who conduct related research can take the course.
(A course on research ethics for humans (English version) is currently being prepared.I will inform you again when I am ready.)
US>The ITC-LMS provides courses for each course.
"From the link, please ""register for the course"" and watch the video to complete the test."
You can download the handout, but you cannot download the video from the viewpoint of copyright protection.
Those who pass the test will register their course history.
*As a general rule, the course history will be reflected within one week of the course.
<Link to each course (ITC-LMS)>
This is a link that directly accesses the pages of each course.
Please log in to ITC-LMS and register for the course.
● 3992201 Agricultural Life Sciences Course (Animal Experiment)
https://itc-lms.ecc.u-tokyo.ac.jp/lms/course?idnumber=202239922010302
● 3992202 Agricultural Life Sciences Course [Gene recombination]
https://itc-lms.ecc.u-tokyo.ac.jp/lms/course?idnumber=202239922020302
● 3992204 Agricultural Life Sciences Course (Research Ethics for Human)
https://itc-lms.ecc.u-tokyo.ac.jp/lms/course?idnumber=202239922040302
● 3992203 Agricultural Life Sciences Course [Research Microorganisms]
https://itc-lms.ecc.u-tokyo.ac.jp/lms/course?idnumber=202239922030302
● 3992205 Agricultural Life Sciences Course [ABS]
https://itc-lms.ecc.u-tokyo.ac.jp/lms/course?idnumber=202239922050302
(There is no test or history management for ABS.)
<Eligible persons, expiration date, etc.>
*Those who have not taken the course or have expired may not be allowed to engage in the relevant experiments or apply.
*Teachers can check their course history and expiration date on the EASEL (Electronic Life Sciences Application System) user information screen.
○Animal experiment workshop:
All animal experimenters <Expiration date: 5 years>
*The expiration date for students before 2017 will expire.
○Training session on genetically modified organisms:
Experiment Manager, Experiment Manager <Expiration date: 5 years>
Genetically modified experimenter <Expiration date: 5 years>
*The expiration date for students before 2017 will expire.
○ Research microbial experiment workshop:
(iv) Persons who enter and engage in the control area of the pathogens <No expiration date>
Control area for monitored infectious disease pathogens: Entry into the area and workers <No expiration date>
BSL2 Person in charge of storage, etc. <No expiration date>
○ Ethical training sessions for human research:
Research Director, Principal Research Staff, Research Staff <No Expiration Date>
If you think you are conducting the study, please take the course first.
(In some cases, anonymous and self-written questionnaires may be covered.)
"Ethical Guidelines for Life Sciences and Medical Research on People"
https://www.mhlw.go.jp/content/000909926.pdf
(Posted page: https://www.mhlw.go.jp/stf/seisakunitsuite/bunya/hokabunya/kenkyujigyou/i-kenkyu/index.html)
[Precautions]
·To access the video viewing link and handout link:
You must sign in with your Google account for ECCS cloud mail.
Please note that other access requests from Google accounts will not be accepted.
·For those who do not use ITC-LMS (for example, there is no UTokyo Account),
Please contact us at the following address, as we will deal with it separately.
(Reference)
See below for more information on ITC-LMS and ECCS cloud mail.
https://utelecon.adm.u-tokyo.ac.jp/
Contact Us:
Life Sciences Office, Research Support Team
bio.a@gs.ma il.u-tokyo.ac.jp (common)
@All
マリンバイオテクノロジー学会のリマインドです。
参加登録・要旨締め切りは4月30日です。
http://marinebiotechnology.jp/mbt2022/
@All
This is a reminder of Marine Biotechnology Society.
The deadline for participation registration and summary is April 30.
http://marinebiotechnology.jp/mbt2022/
お疲れ様です。本日のAWKトレーニングの録画です。
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/rec/share/-X7ALWwcNjWdzcazU9-EcHxKGHmyTBMgqb8ofIEBaQHXM3oMmaNwFU8rOCRjegAi.Fbbkv8QmzRV_fC0J?startTime=1651473764000
回答例をWikiに追加しました。
Thank you for your hard work. Today's AWK training recording.
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/rec/share/-X7ALWwcNjWdzcazU9-EcHxKGHmyTBMgqb8ofIEBaQHXM3oMmaNwFU8rOCRjegAi.Fbbkv8QmzRV_fC0J?startTime=1651473764000
Added an example answer to the wiki.
本日のAWKトレーニングの回答例をWikiに追加しました。
https://www.suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp/yosh/doku.php?id=2022awk5%E5%9B%9E%E7%AD%94%E4%BE%8B
I have added an example of today's AWK training answer to the wiki.
https://www.suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp/yosh/doku.php?id=2022awk5%E5%9B%9E%E7%AD%94%E4%BE%8B
Sorry for the short notice, but due to Asakawa-sensei's schedule, today's seminar will be rescheduled to Friday at 1:15 p.m.
急な連絡で申し訳ありませんが、浅川先生のご都合により本日のセミナーは金曜日の13:15からに変更となります。AWKのトレーニングのみ15:00から開始しようと思います。
Sorry for the short notice, but due to Asakawa-sensei's schedule, today's seminar will be reserved to Friday at 1:15 p.m.
I'm sorry for the short notice, but today's seminar will be changed from 13:15, Friday due to Mr. Asakawa's circumstances.I'm thinking of starting AWK training at 15:00.
Noted, thank you for the message. To confirm, rescheduled to this Friday the 20th?
了解しました。メッセージありがとうございます。 確認ですが、今週の20日金曜日にスケジュールを変更しましたか?
Yes, thank you.
はい、ありがとう。
すみません、その時間帯にぼくも水族生理学特論の講義が入っていて出れません。修士1年の約半分はとっていたと思います。
僕は今週発表があるのですがどなたか代わってもらえる人はいますか。
I'm sorry, but I can't attend a lecture on aquatic physiology at that time.I think I took about half of my master's year.
I have an announcement this week. Is there anyone who can replace me?
来週のセミナーでお二人は発表ですが、今週の金曜日に発表できない小川くん、黄さんと交代してプログレスを発表することは出来ますか?
Yusuke Kishi Shimomura Mihide The two of you will be presenting at the seminar next week, but would it be possible to announce the progress in place of Mr. Ogawa and Mr. Hwang, who cannot present this Friday?
ありがとうございます。それでは金曜日に発表のほうお願いします。
Thank you.Then, I'd like to make an announcement on Friday.
本日のAWKトレーニング最終回、参加した皆様お疲れ様でした。
回答例をWikiにアップしました。
また、本日のZoomの記録は下記になります。
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/rec/share/6RFVb_piM5vRxgry6_Kd2h7OjlDYR9IJ-kKC_VckzYyclmgnJtUzW5ReBcfqGWzR.IHD6Bx9P6eqTFP41?startTime=1653288986000
Everyone who participated in today's final AWK training session, thank you for your hard work.
I uploaded an example of the answer to the wiki.
Also, today's Zoom record is as follows.
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/rec/share/6RFVb_piM5vRxgry6_Kd2h7OjlDYR9IJ-kKC_VckzYyclmgnJtUzW5ReBcfqGWzR.IHD6Bx9P6eqTFP41?startTime=1653288986000
明日のゼミなのですが、日大でのゼミのため14:40に退出しなければならず、もし可能でしたら湊さんと順番を交代していただけないでしょうか?
お手数をお掛けしますがよろしくお願いいたします。
Kazuya Nishiwaki Minato Kyokai
As for tomorrow's seminar, I have to leave at 14:40, so if possible, could you change the order with Mr. Minato?
I apologize for the inconvenience, but I appreciate your cooperation.
こんばんは。ご事情承知しました、順番変更全く問題ないです。
Good evening. I understand your situation. There's no problem changing the order.
すみません。ありがとうございます。
It's Minato-Ankai Nishiwaki Kazuya
I'm sorry. Thank you.
sorry for late, I may need one minute to update the software.
遅くなり申し訳ありません。ソフトウェアのアップデートに1分かかるかもしれません。
牧野君のノートを見つけました。
少し見てみたところ、NMN、ビタミンD3、SDKPを使っているようでした。
I found Naomi Hadisumarto Asakawa Shuichi Makino's notebook.
When I looked at it for a while, it seemed to be using NMN, vitamin D3, and SDKP.
ありがとうござます!そのノートをいただいても良いですか?木曜日に行きます
Thank you!May I have that notebook?I will go on Thursday.
分かりました
I understand.
基礎生物学研究所のRNA-seq講習会の募集がありました。これからRNA-seqを始める方は参加すると良いと思います。
https://www.nibb.ac.jp/gitc/2022-1st/
There was a recruitment for RNA-seq workshop at the Institute of Basic Biology.If you are about to start RNA-seq, it would be good to participate.
https://www.nibb.ac.jp/gitc/2022-1st/
I will hope to attend the symposium of The zoological society of Japan(http://www.zoology.or.jp/annual-meeting/2/).
Thus, would you be willing to exchange the date of presentation of the progress report?
AfsanaBhuiyanRabebTeber私は日本動物学会(http://www.zoology.or.jp/annual-meeting/2/)のシンポジウムに参加したいと思っています。
そこで、進捗報告の提示日を交換していただけないでしょうか。
ありがとうございます。そのようにしてもらえると助かります。
Thank you.It would be helpful if you could do so.
本日、後期初のセミナーがあると思いますが、現在zoom参加者が4名しかいません。
URL変わったりしていませんか?
I think there will be a seminar for the first time in the latter half today, but there are currently only 4 participants in the zoom.
Has the URL changed?
そうだったのですね!ありがとうございます!
I see!Thank you!
以前All Labo Membersのほうで告知しましたが、本日9月12日(月)のセミナーは、明日9月13日(火)の13:15からに変更となります。
As I previously announced on the All Labo Members side, the seminar on September 12th (Monday) will be changed from 13:15 tomorrow, September 13th (Tuesday).
今日の安齋君のProgress reportですが、先週、Progress reportとPaper Research paper introductionを動画で行いました。仕事が忙しく動画を作るのが大変なようなので、また、別の動画が送られて来ましたら、随時、セミナー中に流したいと思います。
Kazutoshi Yoshitake Shigeharu KINOSHITA Asakawa Shuichi
Regarding today's Progress report, last week we did a video of Progress report and Paper Research paper introduction.It seems that it is difficult to make a video because I am busy with work, so I would like to play it during the seminar whenever another video is sent.
研究室のネットワークが復旧しきれていないので、セミナーは2時からに変更となりました。
The seminar was changed from 2 o'clock because the laboratory network has not been fully restored.
研究室のWindows PCがネットワークに接続できていなかったのは、10Gbpsハブを再起動させたときに生じた不具合のようで、311入り口付近の10Gbpsハブを再起動すると復旧しました。
また、DNSサーバのPCも落ちていたので、とりあえず再起動させました。ただ、埃が溜まっていてファンが止まっていたこともあるPCなので、セミナーが終わり次第、ネットワークを再び落として掃除&油を吹きかけておこうと思います。
The Windows PC in the lab failed to connect to the network, apparently due to a bug that occurred when the 10Gbps hub was restarted, and it was restored when the 10Gbps hub near the 311 entrance was restarted.
Also, the DNS server PC was down, so I restarted it for now.However, since it is a PC where the fan was stopped due to the dust accumulation, I think I will drop the network again and spray it with cleaning and oil as soon as the seminar is over.
サーバの本格的な復旧は、本日夕方になると思われます。
The full-scale restoration of the server is expected this evening.
佐藤君のプログレスの際に質問をいただいた共生藻の返答です。
私の勘違いだったのですが、ヒラムシに藻類が共生しているのではなく、正確には無腸類(ヒラムシやウズムシにぱっと見似ている生物)に共生しているものでした。
共生藻の局在ですが、体内中の柔組織に存在するようです。
なので、シーケンスでヒラムシにおいて藻類が検出されたのも、もしかしたら柔組織に取り込んでいるという可能性も考えられるのかなと思います。
This is the answer of symbiotic algae that you asked me during Hideaki Mizubata's progress.
It was my misunderstanding, but it wasn't the co-existence of algae in the arum, but exactly the co-existence of the gutless (an organism resembling the arum and the maggots).
It is the localization of symbiotic algae, but it seems to exist in soft tissue in the body.
Therefore, I think it is possible that algae were detected in the clam in the sequence, and that it may be incorporated into the soft tissue.
ありがとうございます。検出されたのはRNA-seq だけですよね?全ゲノムシーケンス(CLCのコンティグとか)ではそれっぽいのヒットしなかったんですかね…?
あと藻類いるならCUBICしたときに蛍光見えたりしそうですけどそういうのはあったんでしょうか?
Thank you.Only RNA-seq was detected, right?Wasn't that a hit in the whole genome sequence (such as the CLC contigue)?
Also, if you have algae, you might be able to see fluorescence when you CUBIC, but was there such a thing?
現状RNA-seqだけですね。
ただ、ミトコンドリアやメダゲノム解析時に藻類を考えてブラストしてなかったので、もしかしたらヒットするのかもしれません。
cubicでやったときは溝端君の結果の様な蛍光はでてきてないですね。
Currently, it is only RNA-seq.
However, I didn't blast it thinking about algae during mitochondria and medaka genome analysis, so it might be a hit.
When I did it with cubic, fluorescence like Mizubata-kun's result didn't come out.
そうなんですね、コンティグをntに対してblastしてみるとかすれば出てくるかも、ということなんですね。
佐藤が除去したrnaが何の葉緑体だったのかとかも気になりますよね。
Taxnameつけたファイルをクロロプラストでgrepすれば分かりそうですけど、そこはあまり深追いしないんでしょうか?
I see, so if you try blasting the contig against nt, it might come out.
You are also curious about what chloroplast Sato removed.
If I grep the file with Taxname on it with chloroplast, I think I can understand it, but don't you follow it too deeply?
そうですね。
藻類からTTXが検出されていたりはしますが、付着する細菌が原因と言われているのでこれまで深追いはしてませんでしたね
I agree。
TTX has been detected in algae, but it's said that it's caused by bacteria that stick to it, so I haven't followed it deeply before.
質問途中でネット切れてしまいました。後で結構です。
I lost my internet connection in the middle of the question.You can do it later.
すぐにお答えができず申し訳ございませんでした。
調べたところ、反響定位を行う動物自体は1000種類以上いるそうです。ただ、反響定位は超音波に限らず、人間にも聞こえる音でも行われているので、(例:馬→超音波は出さず、蹄や鼻を鳴らす)「超音波」で行っていることがまず特徴的です。また、超音波でも100kHz以上の音を聞き取れる動物は限られています。
コウモリの餌である蛾は自らの身を守るためや求愛のために超音波で反響定位を行うことがわかってきているそうです。しかし、聞き取れる範囲が約3cm以内に限られていたり(アワノメイガの場合)と、コウモリやイルカと比べると反響定位の適用範囲が狭いように思います。
超音波の周波数がここまで高く、広い範囲で行える動物が限られているので、反響定位の例で「イルカ」や「コウモリ」が挙げられることが多いのではないかなと思います。
I'm sorry that I couldn't give you an answer right away.
According to the investigation, there are more than 1000 kinds of animals that perform echo positioning.However, since echo positioning is performed not only by ultrasound but also by sounds that can be heard by humans (e.g., horses → no ultrasound, but hoofs and snouts) is the first characteristic.In addition, only a limited number of animals can hear sounds above 100 kHz even with ultrasound.
It has been found that moths, the food of bats, perform echo positioning with ultrasound to protect themselves and courtship.However, if the range of hearing is limited to about 3 cm or less (in the case of the Awanomega), the range of echo positioning seems to be narrower than that of bats and dolphins.
Since the frequency of ultrasonic waves is so high that only a limited number of animals can perform over a wide range, I think dolphins and bats are often cited as examples of echo positioning.
なるほど、確かに、われわれヒトでも音で定位というのはできますものね。反響定位自体は音を聞くことのできる生物には一般的で、超音波を使うことでその精度などを飛躍的に高めたのが、イルカやコウモリということですかね
I see, it is true that even we humans can use sound to make a position.Echoic positioning itself is common among organisms that can hear sounds, and dolphins and bats have dramatically improved their accuracy by using ultrasound."
10月17日と24日のセミナーですが、月曜3限の木下先生、浅川先生の講義と被るので、セミナーは15:00から開始に変更となります。
The seminars on October 17 and 24 will be held from 3:00 p.m. due to the overlap with the lectures by Kinoshita-sensei and Asakawa-sensei.
As for the seminar on October 17th and 24th, the seminar will be changed to start at 15:00 because it will be attended by Mr. Kinoshita and Mr. Asakawa on Monday 3rd.
The seminars on October 17 and 24 will be held from 3:00 p.m. due to the overlap with the pictures by Kinoshita-sensei and Asakawa-sensei.
最近変更が続いていて申し訳ないのですが、11日、12日は浅川先生が忌引きでお休みのため、セミナーは13日(木)の13:15から開始に変更となります。
We apologize for the recent changes of seminar, but due to the loss of Asakawa-sensei's parent he will be absent on the 11th and 12th, so the seminar will be rescheduled to start at 13:15 on Thursday, the 13th.
I'm sorry for the recent changes, but the seminar will be changed from 13:15 on Thursday the 13th to 13:15 as Dr. Asakawa will be absent on the 11th and 12th due to the abomination of the seminar will be held on Thursday the 13th.
Weapologize for the present changes of seminar, but due to the loss of Asakawa-sensei's parent he will be present on the 11th and 12th, so the seminar will be reserved to start at 13:15 on Thursday, the 13th.
@明日セミナー司会の方
明日15時頃から講義が入っているので、初めに論文紹介とプログレスを続けてやらせてもらっても良いですか。もしくはプログレスの順番を1番にしていただけると助かります。よろしくお願いします。
@ Tomorrow's seminar host
I have a lecture from around three o'clock in the afternoon tomorrow, so would it be alright if I continue introducing my thesis and progressing?Or, I would appreciate it if you could put the order of progress first.Thank you.
セミナーの時に連絡しましたが、10月になりメンバーが増えたためセミナースケジュールを変更しました。
As I informed you at the time of the seminar, we have changed the seminar schedule due to the increase in members.
https://docs.google.com/spreadsheets/d/1zEbkpQGfvoAKVEqKnHydXRIXtF7DMY8owk_B9mJvU9E/edit#gid=0
セミナーの時に連絡しましたが、10月になりメンバーが増えたためセミナースケジュールを変更しました。
セミナーの際にお知らせしたように、会員の増加によりセミナーの日程を変更しました。
https://docs.google.com/spreadsheets/d/1zEbkpQGfvoAKVEqKnHydXRIXtF7DMY8owk_B9mJvU9E/edit#gid=0
度々変更ですみませんが、Afsanaさんと交代した分を入れ替え忘れていたのを修正しました。
Mihide Shimomura I am sorry to change it so often, but I have corrected that I forgot to replace the one that I replaced with Afsana.
前に連絡しましたが、本日のセミナーは15:00開始です。
As I mentioned before, today's seminar starts at 15:00.
本日のセミナーの録画は下記になります。
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/rec/share/S-xl6DZTSd6kKhlHV7RCIzPYMan2dTFUVD6X8ZO81tZONe_ViPV5d2GaBjHGw84a.KlxbPixzJwvgixyo?startTime=1665985091000
The recording of today's seminar is as follows.
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/rec/share/S-xl6DZTSd6kKhlHV7RCIzPYMan2dTFUVD6X8ZO81tZONe_ViPV5d2GaBjHGw84a.KlxbPixzJwvgixyo?startTime=1665985091000
明日のセミナーですが、日大でのセミナーが16:00頃迄のため、発表順を一番最後にして頂けると助かります。それ以前に参加はしてるかもしれませんが声は出せません。よろしくお願いします🙇
Yuka Hiramatsu, for tomorrow's seminar, the seminar at Nihon University will be held until around 16:00, so I would appreciate it if you could finish the presentation order.I may have participated before that, but I can't speak.Thank you 🙇
前に連絡しましたが、本日のセミナーも15:00開始です。
As I mentioned before, today's seminar starts at 15:00.
先週のセミナーで答えられなかった質問に対して、まだ回答していないと思うので、回答のほう宜しくお願いします。
Yusuke Kishi I don't think you have answered any questions that you couldn't answer at last week's seminar, so I would appreciate it if you could answer them.
前回のセミナーでの質問にすぐにお答えできず申し訳ございませんでした。
PSTBPの種間の局在の違いやTTX保有部位と保有していない部位の差はあるかとの質問と記憶しておりますが、
PSTBPのTTX部位間の差に関しては、佐藤さんがお答えしてくださったように、抗PSTBP抗体を用いて免疫染色が行われ、明らかとなっています。
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0041010113002067?casa_token=o9oXtgXpfqcAAAAA:jBlF3Wmv2VqZjAn9bDPc5fTXawauglebKcC1tFzdz4FhkLuBhOSH3_tBN2R8F3GwtntrqOKkhA
種間に関しては、Takihugu属7種ではPSTBPが検出され、Arothron属3種、Chelonodon属1種からはPSTBPに類似するタンパク質が検出されたという情報を得られました。
https://www.mdpi.com/1660-3397/16/7/224/htm
また、シロギスの臭化に関して一つ訂正ですが、ブロモフェノールが原因とお答えしてしまいましたが、愛知県水産試験場の報告には「薬品臭のするシロギスの胃内容物にギボシムシ類の断片が含まれていた」との内容が書かれているのみで、種特異的PCRやGC-MSなどの分析結果は見つかっていません。
https://agriknowledge.affrc.go.jp/RN/2030831685.pdf
Shigeharu KINOSHITA I apologize for not being able to answer your question right away at the last seminar.
I remember that you asked me if there is a difference in localization between PSTBP species and whether there is a difference between TTX holding and non-holding parts.
As for the difference between TTX sites of PSTBP, as Mr. Sato answered, immunostaining has been performed using anti-PSTBP antibodies.
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0041010113002067?casa_token=o9oXtgXpfqcAAAAA:jBlF3Wmv2VqZjAn9bDPc5fTXawauglebKcC1tFzdz4FhkLuBhOSH3_tBN2R8F3GwtntrqOKkhA
As for the interspecies, seven species of the genus Takihu detected PSTBP, and three species of the genus Arothron and one species of the genus Chelonodon received information that proteins similar to PSTBP were detected.
https://www.mdpi.com/1660-3397/16/7/224/htm
Also, one correction regarding bromination of white squirrels was that bromophenol was the cause, but the Aichi Prefectural Fisheries Laboratory reported that the stomach contents of white squirrels with the smell of chemicals contained gibberish fragments.
https://agriknowledge.affrc.go.jp/RN/2030831685.pdf
了解です。自分でも読んでみます
All right. I'll read it myself.
ありがとうございます。よろしくお願いします。
Thank you.Thank you.
I have a concern that if you use a cell plate for the eRNA experiment, there may be a risk of contamination between samples.. therefore, it is better to use a different flask for each sample as he has done...
AndreLanzaZHONGNENGXUeRNA実験にセルプレートを使用するとサンプル間に汚染の恐れがあるので心配です。 ですから、彼がしたように、サンプルごとに違うフラスコを使った方がいいです。
maybe a 96-well plate
96井戸の皿かもしれない
I'm not sure of Zhongneng san's exact experiment design, so I'm not sure if the reason for using different flasks was to minimize contamination between samples or exactly what kind of contamination was being minimized, but yes while there is a risk for cross contamination between wells it can be avoided (e.g. infection experiments or drug treatment experiments are commonly done in a single plate with negative controls on the same plate). eRNA might be a different story so I'm not sure how easy it is for RNA to move from one well to another. Is it free RNA in the cell culture medium or cells from different wells being washed into another well during pipetting? Either way, I was suggesting cell culture plates because it's possible to use less plastic and resources to collect replicate samples with different conditions or timepoints, there's a bit less variability when using one plate than multiple flasks, and they're a bit easier to pipette and manipulate than using a flask. But in the end, it depends on the scale and design of Zhongneng san's experiment.
Jungnengsanの正確な実験設計についてはよく分からないので、異なるフラッシュを使用した理由がサンプル間の汚染を最小限に抑えるためなのか、正確にどのような汚染が最小限に抑えられていたのかはよくわかりませんが、ウェル間の交差汚染のリスクがある間は避けることができます(感染実験や薬物治療など)。 実験は、通常、同じプレートに負のコントロールを持つ単一のプレートで行われます)。 eRNAは別の話かもしれないので、RNAが井戸から井戸へ移動するのがどれだけ簡単なのかよくわかりません。 細胞培養液中の遊離RNAですか、それとも異なる井戸の細胞がピペット中に別の井戸に流されているのですか? どちらにしても細胞培養プレートを提案しましたプラスチックや資源を使用して異なる条件や時点で複製サンプルを採取することは可能です1枚のプレートを使用する場合は複数のフラスコを使用する場合よりも変動が少なくフラスコを使用する場合よりも配管や操作が簡単です しかし、結局は中農山の実験の規模と設計にかかっている。
Using a cell culture model and the free RNA in the medium/water sounds like a pretty nice way to characterize eRNA’s on a single species, cellular scale that could be maybe be modeled to larger environments. Using a flask, you’ll be able to collect more total RNA from the cells or the water/medium so whether you use flask or cell culture plate really depends on the source of RNA (and how to collect it), how many samples you want to collect, and how much RNA you will need for analysis.
細胞培養モデルと中/水中の遊離RNAを使用することは、単一の種でeRNAを特徴付けるのに非常に良い方法のように聞こえます。より大きな環境にモデル化することができるかもしれません。 フラスコを使用すると、細胞または水/媒体からより多くのRNAを収集できます。フラスコまたは細胞培養プレートを使用するかどうかは、RNAのソース(および収集方法)、収集するサンプルの数、および分析に必要なRNAの量によって異なります。
According to the seminar schedule, the order of presentation in tomorrow's seminar (2022/11/21) will be:
論文紹介: Duminda
成果報告: 溝端, 吉田, Lanza, 劉
座長: 許
Please tell me if there are any changes. Thank you.
セミナーのスケジュールによると、明日のセミナー(2022/11/21)の発表順は、
デュミンダ
成果報告: 溝端, 吉田, Lanza, 劉
座長: 許
何か変化があれば教えてください。 ありがとうございます。
sensei, these are some of the papers and information regarding Rockhopper. I guess the main point is that it tries to encompass everything from mapping to DEG analysis in a GUI format. The features for identifying and annotating probable operons and antisense RNA for specific genes are nice addition too, I think.
Homepage: https://cs.wellesley.edu/~btjaden/Rockhopper/
1st paper: Computational analysis of bacterial RNA-seq data. Ryan McClure, Divya Balasubramanian, Yan Sun, Maksym Bobrovskyy, Paul Sumby, Caroline A. Genco, Carin K. Vanderpool, and Brian Tjaden. Nucleic Acids Research, 41(14):e140, 2013.
https://academic.oup.com/nar/article/41/14/e140/1078655?login=false
2nd paper: De novo assembly of bacterial transcriptomes from RNA-seq data. Brian Tjaden. Genome Biology, 16:1, 2015.
https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-014-0572-2
3rd paper: A computational system for identifying operons based on RNA-seq data. Brian Tjaden. Methods, 176:62-70, 2020.
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1046202318303426?via%3Dihub
吉武和俊先生、これらはロックホッパーに関する論文と情報です。 GUI形式でマッピングからDEG分析まで網羅しようとするのがポイントでしょう。 特定の遺伝子の可能性のあるオペロンとアンチセンスRNAを識別し、注釈を付ける機能も素晴らしい追加だと思います。
ホームページ:https://cs.wellesley.edu/~btjaden/Rockhopper/
第1論文:細菌RNA-seqデータの計算分析。 ライアン·マクルーア、ディヴィヤ·バラスブラマニアン、ヤン·サン、マクシム·ボブロフスキー、ポール·サンビー、キャロライン·A。 ジェンコ、カリンK。 ヴァンダープール、そしてブライアン·ジャデン。 核酸研究、41(14):e140、2013年。
https://academic.oup.com/nar/article/41/14/e140/1078655?login=false
2番目の文書: RNA-seqデータからの細菌転写体のデノボアセンブリ。 ブライアン·ジャデン。 ゲノム生物学、16:1、2015。
https://生物学を参照してください。biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-014-0572-2
3番目の文書: RNA-seqデータに基づいてオペロンを識別する計算システム。 ブライアン·ジャデン。 方法、176:62-70、2020。
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1046202318303426?via%3Dihub
論文紹介、プログレスを欠席した分はいつ発表するのでしょうか?何度も言われないうちに、自分たちで発表日時を調整するようにしてください。
Shogo Toma Ashley Rinka Smith, when will you announce your absence from Progress?Please try to adjust the presentation date and time by yourself before being told many times.
Thank you for the papers. I could not find any detailed algorithm for the mapping of Rockhopper, but even if the program is able to map correctly without bugs, the results often change depending on options such as whether to ignore repeat regions or not. Generally, in the case of RNA-seq analysis, it is better to assign reads evenly than to ignore repeat regions.
書類ありがとうございます。 Rockhopperのマッピングについては詳細なアルゴリズムを見つけることができませんでしたが、プログラムがバグなしで正しくマッピングできても、リピート領域を無視するかどうかなどのオプションによって結果が変わることが多いです。 一般的にRNA-seq分析の場合、反復領域を無視するよりは、読み取り値を均等に割り当てるのが良い。
ノーパソを家に取りに帰ってみます。
発表を最後にして頂ければ幸いです
I'll go home to get a no-paso.
I would appreciate it if you could wrap up the presentation.
木下先生のご質問に関する解凍ですが、本文中には”金魚では卵管内の卵でプロスタグランジン F 2αが合成され、脳に作用して雌の性行動を刺激すると記載されているのですが、リファレンスが無いので現状プロスタグランジンレセプターが脳内で発現する理由は詳しくは分からないのです。
ただ、フェロモン受容体について調べているとフェロモンはシグナル伝達で高次な中枢器官(脳)に伝達されるようなので嗅上皮で感知したものが伝達によって脳内でも感知するレセプターが発現しているのではないかと思います。
また何か分かればお伝えします
Regarding Dr. Kinoshita's question, the text states, "In goldfish, prostaglandin F2α is synthesized with eggs in the fallopian tube, which stimulates female sexual behavior by acting on the brain, but I don't know why prostaglandin receptors are expressed in the brain.
However, when we look at pheromone receptors, it seems that pheromones are transmitted to higher-order central organs (brains) by signaling, so I think that receptors that are transmitted by olfactory epithelium may be expressed in the brain.
I'll let you know if I know anything.
解答
セミナーの記録を見返しますと、Qiuさんは9月13日の論文紹介の日に飛ばしたプログレスを発表してくれていたのですね。失礼しました。現状発表を飛ばしたままになっているのは、下記の4名です。
安齋
當間
スミス
貴志
Looking back at the record of the seminar, Qiu announced the progress that he skipped on the day of the paper introduction on September 13th.I'm sorry, but the following four people have skipped the presentation.
peace of mind
during the time being
Smith
your will
本日のセミナーですが、教員の都合により15:00から開始に変更になります。直前の連絡になりすみません。
Today's seminar will be rescheduled to start at 3:00 p.m. due to faculty availability. Sorry for the late notice.
Regarding today's seminar, it will be changed to start at 15:00 due to the teacher's convenience.Sorry for contacting you just before.
Today's seminar will be scheduled to start at 3:00 p.m. due to facility availability. Sorry for the late notice.
おつかれさまです
夜分遅くに失礼します。
明日のセミナーですが、体調を崩してしまったため、お休みさせていただきます。明日発表の予定だったのですが、延期させていただきたいです。直前に申し訳ございません。よろしくお願いします。
Thank you for your hard work.
Please excuse me late at night.
As for tomorrow's seminar, I'm going to take a day off because I'm sick.It was supposed to be announced tomorrow, but I would like to postpone it.I'm sorry just before.Thank you.
明日のセミナーの進捗報告ですが、浅川先生の許可をいただき、日本大学での卒業研究発表の練習をやらせていただきます。ご意見・ご指摘等いただけると幸いです。
Regarding the progress report for tomorrow's seminar, I will practice presenting my graduation research at Nihon University with the permission of Professor Asakawa.I would appreciate it if you could give me your opinion and suggestions.
本日のセミナーおよび発表練習の録画です。
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/rec/share/75dPV8_T7oZozE6r6l7v_te1g_9ekXvFr2Uv41Nu_GYQVAfFoeeTk2p4qfH_66-E.RSRIt61jf6_iScB_?startTime=1675051471000
This is a recording of today's seminar and presentation practice.
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/rec/share/75dPV8_T7oZozE6r6l7v_te1g_9ekXvFr2Uv41Nu_GYQVAfFoeeTk2p4qfH_66-E.RSRIt61jf6_iScB_?startTime=1675051471000
This is the recording of today's seminar.
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/rec/share/tX95TTzoHcjHHB6fizVrXV58QZNbGmIYeyprAjUnRifAXn_NebBXc9pzoHwAap1_.6FicFfliZo-U9OWK
面白いですね笑笑 お大事になさってください。
For translation, Asakawa Sensei wasn't "excited" but うっかりmeans (something like) a careless mistake.
面白いですね笑笑 お大事になさってください。
翻訳において、浅川先生は「興奮した」のではなく、「不注意なミス」のようなものを意味する。
今週のセミナー、私が座長の予定でしたが、来週の吉田君と交換させていただきます。よろしくお願いいたします。
I was supposed to be the chairperson for this week's seminar, but I will exchange it with Yoshida next week.Thank you.
本日のセミナーの記録です。
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/rec/play/WWabt6-IZRuBB8lu0Uw4RUZrqXWKYI5t6CUjmK_0il2mlsIzj7tGpC270_LFMzLm0rYs4Pmr71BUNcYu.ClCxI68iR4kl7GH0?continueMode=true
上記動画の1時間20分ごろに、発表についての浅川先生、満山先生のコメントが記録されておりますのでご覧ください。
Here is the record of today's seminar.
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/rec/play/WWabt6-IZRuBB8lu0Uw4RUZrqXWKYI5t6CUjmK_0il2mlsIzj7tGpC270_LFMzLm0rYs4Pmr71BUNcYu.ClCxI68iR4kl7GH0?continueMode=true
Hiroki Ansai The comments of Mr. Asakawa and Mr. Manzan about the presentation are recorded around 1 hour and 20 minutes of the above video, so please take a look.
次の研究室のセミナーは来週月曜日の13:15から下記のURLです。
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/j/81719643272?pwd=cU1hTTU2emZDdzhNVnhQU2dKaXF1UT09
Issey kato The next seminar in the laboratory is at the following URL from 13:15 next Monday.
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/j/81719643272?pwd=cU1hTTU2emZDdzhNVnhQU2dKaXF1UT09
今日のプログレスで話していたexcelの候補領域についてですが、先ほど見直したところ、自分が間違ってました。
正しくは、上下①の場合が3.4メガ で、上下②の場合が5.4メガでした。
8メガではなかったです。
Regarding the candidate area of excel that we talked about in today's progress, I reviewed it earlier and found that I was wrong.
Correctly, the upper and lower の cases were 3.4 mega, and the upper and lower の cases were 5.4 megabytes.
It wasn't 8 megabytes.
お疲れ様です。次回大学でお会いした時にデータを見ながらお話しできればと思います。
Good job. I hope we can talk while looking at the data the next time we meet at the university.
今日、14時から安齋さんのセミナーを行います。
ZoomミーティングのURLは以下です。
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/j/86557389592?pwd=Vk03UkFTU2N4a1ZSWmxmalBPcSthUT09
よろしくお願いいたします。
Today, we will hold a seminar for Ansai from two o'clock in the afternoon.
Below is the URL for the Zoom meeting.
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/j/86557389592?pwd=Vk03UkFTU2N4a1ZSWmxmalBPcSthUT09
Thank you.
今日は学外のため参加できません
I can't participate today because I'm out of school.
安齋さんのミーティングのリマインドです。
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/j/86557389592?pwd=Vk03UkFTU2N4a1ZSWmxmalBPcSthUT09
This is a reminder of Ansai's meeting.
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/j/86557389592?pwd=Vk03UkFTU2N4a1ZSWmxmalBPcSthUT09
This is a video of Ansai's seminar.
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/rec/play/UVbMrqMzJlxgyJZjHgqy917CIZtXR9tQdcHRHFiy8fFTj4MUYxNSHl4BGY-9FblLEU2tlrH6fbn7hUAn.MjzZ4ByfJlNEXDrj?continueMode=true
すみません。後生動物ですがテロメア配列が異なるのは線虫と節足動物でした。ヒラムシはテロメラーゼ活性の研究が少ないのと混ざって覚えていました。また、IRについてですが、それぞれの染色体の両端のテロメアがIRという同じ配列で逆向きの構造をなしており、他の染色体のIRと遺伝子変換を行う際にホリデイジャンクションの揺らぎで別の染色体の遺伝子が一部混ざって
I'm sorry. The telomeres in the posterior species were nematodes and arthropods.Hiramushi was remembered in combination with less research on telomerase activity.Also, regarding IR, the telomeres at both ends of each chromosome have the same sequence as IR, and when performing genetic transformation with IR of other chromosomes, some of the genes of another chromosome are mixed.
次回3月6日の研究室セミナーは、対面かもしれないというアナウンスでしたが、オンラインで行います。
All
The next laboratory seminar on March 6th was announced that we might meet, but we will do it online.
歓送会については、教員で検討中です。
The teacher is considering the farewell party.
今年度のセミナーの出席表です。
https://docs.google.com/spreadsheets/d/1mpjzc_PyPEJJkB3WPktLrjrpJGeGts3O1y-YolNWJPY/edit#gid=0
Please coordinate your schedule with Prof. Asakawa and make your presentation by the end of this week.
本日行わなかった分の発表を各自浅川先生と日程調整して今週中に行ってください。
今年度のセミナーの出席表です。
https://docs.google.com/spreadsheets/d/1mpjzc_PyPEJjkB3WPktLrjrpJGeGts3O1y-YolNWJPY/edit#gid=0
AfsanaBhuiyanZHONGNENGXU★★★★
あなたのスケジュールはProf.と調整してください。 浅川さん、今週末までにプレゼンテーションをしてください。
本日行わなかった分の発表を各自浅川先生と日程調整して今週中に行ってください。
Yes, thank you, Sensei.
はい、先生ありがとうございます。
Yes Sensei
承知いたしました。
I understand.
Are you going to present Progress report at 1:15 pm today?
ZHONGNENGXU今日の午後1時15分に進捗レポートを提出しますか?
Please announce your presentation schedule by yourself. Are you realy going to start now?
発表の予定は自分で発表してください。 本当に今から始めるつもりですか?
今吉田君と群馬水試にサンプリングに来ているので、セミナーには参加できません
I can't participate in the seminar because I'm here to sample the Gunma water test with Yoshida now.
あとは貴志くんだけ未発表ですが、いつ発表しますか?
Only Kishi-kun has yet to announce the rest, but when will he announce it?
2023年度のセミナーの予定表です。初回は4月10日です。
This is the schedule for the 2023 seminar.The first one is on April 10th.
2023年度のセミナーについて変更がありました。主に予定が1週間ずつ繰り上がっています。
また、来週10日(月)の初回のセミナーは対面で行われます。
農学部2号館1階 化学第2講義室で13:15からです。
https://docs.google.com/spreadsheets/d/1BJsu34Z-olmOGPpYd9Naye_Xt3s_OH7HJvmdvNMruyI/edit#gid=0
There has been a change in the seminar for fiscal year 2023.The schedule is mainly advanced by one week.
Also, the first seminar on Monday, the 10th of next week will be held face-to-face.
It starts at 13:15, in the chemistry lecture room on the first floor of the Agricultural Department building 2.
https://docs.google.com/spreadsheets/d/1BJsu34Z-olmOGPpYd9Naye_Xt3s_OH7HJvmdvNMruyI/edit#gid=0
五月雨式ですみません。2週間後の17日の週のセミナーは17日ではなく、19日(水)に変更となります。この週からはZoomを予定していますが、対面となる可能性もあります。
I'm sorry for the May rain ceremony.The seminar for the week of the 17th, two weeks later, will be changed to Wednesday, the 19th, not the 17th.We are planning to start Zoom this week, but there is a possibility that we will meet.
それから、来週のセミナー以降、セミナー後にデータ解析に向けたLinux入門の勉強会を2,3時間ほど?行いたいと考えています。
基本的には研究室の共有フォルダの中にある
「\\share.s\shared\Book\できるPro CentOS7サーバ.pdf」
「\\share.s\shared\Book\Linuxコマンドライン入門.pdf」
を使う予定です。
「できるPro CentOS7サーバ」のほうは1-7章あたりまで、「Linuxコマンドライン入門」のほうは全部行う予定です。
今回はちゃんとしたテキストがあるので、基本的には各自で本を読んで、実際にコマンドを打ったり、サーバのセットアップをしてみてもらえたらと思いますが、初回は本に書いていない仮想PCへのLinuxインストールあたりを一緒にやってみようと思っています。
その次の週以降は、決めた範囲まで各自やってもらうのを前提として、詰まったところの質問を受け付けるなどにしようかなと思っています。
Also, after next week's seminar, I would like to hold a study session for Linux introduction for data analysis for a couple of hours after the seminar.
be basically in a shared folder in the laboratory
US>\\share.s\shared\Book\AvailableProCentOS7 Server.pdf
Introduction to \\share.s\shared\Book\Linux Command Line.pdf
I am planning to use the .
We are planning to run all Pro CentOS7 servers in chapters 1-7, and all Linux command line introductions.
This time I have proper text, so basically I would like you to read a book and actually type commands and set up a server, but for the first time, I'm thinking of doing Linux installation on a virtual PC that I didn't write in the book.
After the next week, I am thinking of accepting questions where I am stuck on the premise that I will ask them to do it to the extent they decide.
来週のセミナー後にLinuxの勉強会を行います。共有フォルダに入っている「できるPro CentOS7サーバ」の22-82ページまでをざっと進めるので、予め読んでおいてください。
We will have a Linux study group after next week's seminar."We will proceed to pages 22-82 of the ""Pro CentOS 7 Servers You Can"" in the shared folder, so please read them beforehand."
教員で相談しまして、来週以降のセミナーも対面で実施します。
来週水曜日のセミナーは3号館2階 水圏第1講義室となりますが、その次以降は本日と同じ部屋になります。
https://docs.google.com/spreadsheets/d/1BJsu34Z-olmOGPpYd9Naye_Xt3s_OH7HJvmdvNMruyI/edit#gid=0
After consulting with the teacher, the seminar after next week will be held face-to-face.
Next Wednesday's seminar will be held in the first lecture room in the water zone on the second floor of Building 3, but after that, it will be the same room as today.
https://docs.google.com/spreadsheets/d/1BJsu34Z-olmOGPpYd9Naye_Xt3s_OH7HJvmdvNMruyI/edit#gid=0
それから、セミナーの時に使用するPCは。発表ファイルを回収する目的も含めて研究室の共通PCを使ってもらいます。
セミナーが始まる前までに、共通PCで見れるようにOne DriveやGoogle Driveに資料を入れて、LINEWORKSで発表資料のURLを送ってください。
Also, the PC used for the seminar will be a common PC in the laboratory, including the purpose of collecting the presentation file.
Before the seminar starts, please put the materials in One Drive or Google Drive so that you can see them on a common PC and send the URL of the presentation materials on LINEWORKS.
発表資料のURLはこのトークルームに張り付けてください。
Please paste the URL of the presentation materials in this talk room.
注意:直接パワーポイントなどのファイルをアップロードはしないでください。容量が全部で3GBくらいしかないので、すぐに一杯になってしまいます。
Note: Do not upload files such as PowerPoint directly.The total capacity is only about 3GB, so it quickly fills up.
Linuxの勉強会を行う日程につきまして、セミナーの後に行おうかと思いましたが、その時間帯に授業を取る方もいるようなので、参加希望者の都合の良さそうな時間帯で調整したいと思います。参加希望者の方は下記に記入してください。
https://chouseisan.com/s?h=6f852317dfd94db1a245fe81cf22da5a
Zoomで行いますが、基本的に大学のPCを使う前提です。
As for the schedule for the Linux study meeting, I thought I would do it after the seminar, but some people seem to take classes at that time, so I would like to adjust it to a time that is convenient for those who wish to participate.If you would like to participate, please fill in the following.
https://chouseisan.com/s?h=6f852317dfd94db1a245fe81cf22da5a
It will be done at Zoom, but it is basically a prerequisite for using a university PC.
今のところ、水・木の3,4時間目が良さそうですね。来週は水曜日がセミナーなので、来週木曜日の14:00ごろから第一回目の勉強会を開始としたいと思います。
研究室のPCを使うことを前提としているため、参加される方は研究室に来てください。
For now, the third and fourth periods of water and wood seem to be good.The seminar will be held on Wednesday next week, so I would like to start the first study session around 14:00 next Thursday.
It is assumed that you will use a laboratory PC, so if you want to participate, please come to the laboratory.
今のところ予定を記入してくれた人全員が都合が良いのは木曜日の3,4限になりそうなので、基本的に2回目以降は木曜日の3,4限(13:00-16:30)あたりにLinuxの勉強会を行うことにしようかと思います。
For now, it seems that the 3rd and 4th period is convenient for everyone who filled out the schedule, so I think I will basically hold a Linux study meeting around the 3rd and 4th period (13:00-16:30) on Thursday after the 2nd time.
参加する方は木曜日3,4限の予定の確保をお願いします。
If you want to participate, please secure your schedule for Thursday's 3rd and 4th period.
恐らく10回ほど(CentOS7の本で4回、Linuxコマンドライン入門で6回)くらいかなと思います。
Probably about 10 times (4 times in CentOS 7 books and 6 times in Linux command line introduction).
ご連絡ありがとうございました。
初回の来週木曜日(4/20(木))は14:00開始、以降毎週木曜日13:00~16:30とのこと、承知いたしました。
イレギュラーな事案が発生した場合は、都度ご相談いたします。
Kazutoshi Yoshitake
Thank you for contacting me.
I understand that the first Thursday next week (April 20th (Thursday)) starts at 14:00 and then every Thursday from 13:00 to 16:30.
In the event of an irregular incident, we will consult you every time.
https://docs.google.com/presentation/d/1iAHMlgIEPdCc7s9Q6D_LYPdb68egOmU6/edit?usp=sharing&ouid=108921227505462590102&rtpof=true&sd=true
Here's today's slide
発表に使うスライド等について、共有フォルダを発表用のPCからも見えるようにしたので、発表前に下記のフォルダに資料を入れておいてください(発表用PCで見えるようになるのに1分ほど時間がかかります)
\\share.s\Shared\Slides and Reports
先ほどの米澤くんの資料は入れてあります。
Xi Fu
As for the slides to be used for presentation, the shared folder can be seen from the presentation PC, so please put the materials in the folder below before presentation (it takes about a minute to be visible on the presentation PC)
\\share.s\Shared\Slides and Reports
I have included the data of Yonezawa-kun.
Please put the presentation slides you will use today in the shared folder below.
Mount the following shared folder.
afp://share.s
ID: guest
Thne open the following folder.
/Volumes/Shared/Slides and Reports
習志す
今日使用するプレゼンテーションスライドは、以下の共有フォルダに入れてください。
次の共有フォルダをマウントします。
afp://share.s
ID:ゲスト
次のフォルダを開きます。
/ボリューム/共有/スライドとレポート
本日のセミナーの際に浅川先生から全員一度は質問することとお話がありました。
来週より個々の発表について、最低でも2人の学生には私のほうから質問するように呼び掛けようと思います。
誰に当てるか私が決めるのは心苦しいので、その日まだ質問していない人の中からランダムに学生を抽選するプログラムを出席シートに実装しました。
https://docs.google.com/spreadsheets/d/1izqymVAKrvE71JftujM0Yr-SC854A2m7s7gZBEYP13c/edit#gid=0
At today's seminar, Mr. Asakawa told me that everyone would ask questions at least once.
Starting next week, I will ask at least two students to ask questions about individual presentations.
It's hard for me to decide who to guess, so I implemented a program on the attendance sheet that randomly draws students from among those who haven't asked questions that day.
https://docs.google.com/spreadsheets/d/1izqymVAKrvE71JftujM0Yr-SC854A2m7s7gZBEYP13c/edit#gid=0
本日14:00からのLinux勉強会で行う内容を下記にまとめました。
https://www.suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp/yosh/doku.php?id=linux%E5%85%A5%E9%96%80_2023
Below is a summary of the contents to be held at the Linux study meeting from 14:00 today.
https://www.suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp/yosh/doku.php?id=linux%E5%85%A5%E9%96%80_2023
来週以降のセミナーについて注意点をまとめます。
・対面実施(場所:農学部2号館1階 化学第2講義室)(社会人博士課程は例外)
・Zoom中継の必要があるのと、発表資料を回収するため、発表には共用PCを使用する。
・発表資料は事前に研究室の共有フォルダに置く(\\share.s\Shared\Slides and Reports )、もしくは発表用PCのデスクトップに共有フォルダへのショートカットが存在するので、その中にUSBメモリ等で移して保存する。
・毎週一人一回は質問をすること。(質問が少ない場合、私がランダムに指名します。)
・座長は、251から共用ノートPCを持ってくること、部屋の鍵を教務課から借りてくること。(授業期間中は鍵が開いていますが、授業期間外は閉まっています。)
The following is a summary of the seminar notes for this year.
- Face-to-face (Location: Chemistry Lecture Room 2, 1st floor, Bldg. 2, Faculty of Agriculture)
- Shared PC must be used for the presentations due to the need for Zoom and to collect presentation materials.
- The presentation materials should be placed in a shared folder in the laboratory in advance(\\share.s\Shared\Slides and Reports ), or should be copied into a shortcut to the shared folder on the desktop of the shared PC using a USB memory.
- Each person must ask at least one question each week (if there are not enough questions, I will nominate a student at random).
- The chairperson must bring a shared laptop PC from 251 and borrow a key to the room from the Office. (The room will be closed near the summer vacation period.)
I will summarize the precautions for the seminar after next week.
·Face-to-face implementation (Place: Chemistry 2 lecture room on 1F, Faculty of Agriculture No. 2) (Except for adult Ph.D. programs)
·We use a shared PC for presentation in order to collect the presentation materials as well as the need to relay Zoom.
·Put the presentation materials in the shared folder in the laboratory (\\share.s\Shared\Slides and Reports) or there is a shortcut to the shared folder on the desktop of the presentation PC, so transfer them to USB memory and save them.
·Ask questions once a week (if there are few questions, I will nominate them randomly)
·The chairperson must bring a shared laptop from 251, and borrow the room key from the teaching department. (The key is open during class, but it is closed during class.)
The following is a summary of the seminar notes for this year.
- - Face-to-face (Location: Chemistry Lecture Room 2, 1st floor, Bldg. 2, Faculty of Agriculture)
- - Shared PC must be used for the presentations due to the need for Zoom and to collect presentation materials.
- - The presentation materials should be placed in a shared folder in the laboratory in advance(\\share.s\Shared\Slides and Reports ), or should be copied into a shortcut to the shared folder on the desktop of the shared PC using a USB memory.
- - Each person must ask at least one question each week (if there are not enough questions, I will nominate a student at random).
- - The chairperson must bring a shared laptop PC from 251 and borrow a key to the room from the Office. (The room will be closed near the summer vacation period.)
本日の勉強会は下記のURLです。
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/j/81402008281?pwd=Y2tTd0RJZ2VwOGZpLzJOTjRuQlNXdz09
Today's study session is at the following URL.
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/j/81402008281?pwd=Y2tTd0RJZ2VwOGZpLzJOTjRuQlNXdz09
来週のLinux勉強会は27日(木)15:30から行います。
範囲としては、CentOS7の本の83-114ページです。
昨日作成した仮想マシンを使います。
Next week's Linux study session will start at 15:30 on Thursday, the 27th.
The range is pages 83-114 of the CentOS7 book.
Use the virtual machine that you created yesterday.
すみません10分ほど遅れます😣
I'm sorry, I'll be 10 minutes late😣
今週の木曜日は環境安全センターの環境完全見学会が16時〜17時にあるそうで、Linuxの勉強会と重なってしまうので、Linuxの勉強会は27日木曜日の12:30-に変更しようと思います。
I heard that the Environmental Safety Center's full environmental tour will be held from 16:00 to 5:00 p.m. this Thursday, and it will overlap with the Linux study group, so I would like to change the Linux study group to 12:30 p.m.
セミナー用に4Kのプロジェクターを購入しました。発表用のノートPCと一緒に次の写真のバッグにまとめて入れてあります。座長の方はセミナー室に持って来てください。
ノートPCは、プロジェクターを繋ぐと自動でノートPCの解像度も4Kに変更するように設定し、またパワーポイントが勝手に画面2に切り替えてプレゼンを行うのをしないように設定しました。ですので、今後Zoomでは画面1を共有するようにしてくれれば大丈夫です。
I bought a 4K projector for the seminar.I put them all together in the bag shown in the next photo with my presentation laptop.Please bring the chairperson to the seminar room.
The laptop automatically changes the resolution of the laptop to 4K when the projector is connected, and the PowerPoint does not switch to screen 2 to make a presentation.Therefore, it will be fine if Zoom will share screen 1 in the future.
Linux勉強会のURLは先週と同じで(今後も同じですが)下記のURLです。
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/j/81402008281?pwd=Y2tTd0RJZ2VwOGZpLzJOTjRuQlNXdz09
The URL of the Linux study group is the same as last week (and will be the same in the future).
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/j/81402008281?pwd=Y2tTd0RJZ2VwOGZpLzJOTjRuQlNXdz09
本日のLinux勉強会の録画は下記になります。
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/rec/share/aGCnmzTeDJQtf6dirBveth5ROObFTSPBYo6qtZc1KRzkKDVfPwrQR03fVLJMzdBt.rzCW4zzS8PxJpvUd
The recording of today's Linux study session is as follows.
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/rec/share/aGCnmzTeDJQtf6dirBveth5ROObFTSPBYo6qtZc1KRzkKDVfPwrQR03fVLJMzdBt.rzCW4zzS8PxJpvUd
本日の勉強会はお疲れ様です。テスト問題を既に提出してくれている方の中で満点なのは楊くんだけです。
特に問題1が楊くん以外全滅です。実際にファイルを作ってみて、そのコマンドで動くのか試してみると良いかなと思いました。
Thank you for your hard work at today's study meeting.Yang is the only one who has already submitted the test questions.
In particular, question 1 is completely destroyed except Yang-kun.I thought it would be a good idea to actually create a file and see if it works with that command.
初回の内容はほぼ仮想マシンのインストールをしただけなので、Wikiにまとめたインストール方法を読んで頂いたほうが良いかなと思いますが、録画のURLは下記になります。
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/rec/share/D3oDyz990aoYea2eREkYM8QO5M3Z9A0xIfCxgKCIZnbSVjDvxFs15srjgMxK45WN.4nnMAESpEjZKy5bQ
The first one was mostly just a virtual machine installation, so I think it would be better for you to read the installation instructions summarized in the wiki, but the recording URL is as follows.
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/rec/share/D3oDyz990aoYea2eREkYM8QO5M3Z9A0xIfCxgKCIZnbSVjDvxFs15srjgMxK45WN.4nnMAESpEjZKy5bQ
テストは提出後に答えを編集することも出来るので、もし変更点があれば編集してみてください。
You can also edit the answers after submitting the test, so if you have any changes, please edit them.
おはようございます。
明後日、5/1ですが、卒業研究の関係で館山に伺うことになったため、参加することができません。5/8に成果報告をされる方で、発表を代わっていただける方はいらっしゃいますでしょうか?
Good morning。
The day after tomorrow, on May 1st, I will visit Tateyama for graduation research, so I will not be able to participate. Is there anyone who will report the results on May 8th who can replace the presentation?
次回のLinux勉強会は5月11日(木)の13:00から開始します。
範囲はCentOS7の本の115-154、197-205ページです。
ざっと読んでおいてもらえたらと思います。
The next Linux study session will start at 13:00 on Thursday, May 11.
The range is 115-154, 197-205 pages of CentOS7 books.
I hope you can read it roughly.
前の会議が長引いているので、勉強会は30分遅らせて開始します。
Because the previous meeting has been prolonged, the study group will start 30 minutes late.
13:30から下記のいつものURLで勉強会を始めます。
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/j/81402008281?pwd=Y2tTd0RJZ2VwOGZpLzJOTjRuQlNXdz09
We will start the study session at the usual URL below from 13:30.
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/j/81402008281?pwd=Y2tTd0RJZ2VwOGZpLzJOTjRuQlNXdz09
This is a recording of today's study meeting.
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/rec/share/iYMM08o-Ro8n3jGW4cYgVsjS7ud1Lcq6SI40Lavq0i1R1Zhf6z7XtPOv5rPA5PST.KRCwMm0jt1hyVrbj?startTime=1683778841000
Linux勉強会4日目は5月25日の13:00から開始します。
5日目以降は週に2回ほど行えると良いなと思いましたが、私も毎週そんなに時間が取れるか分からないので、毎週木曜日13:00からのままにしたいと思います。
The fourth day of the Linux study session will start at 13:00 on May 25th.
I thought it would be nice if I could do it twice a week after the 5th day, but I don't know if I can have that much time every week, so I would like to leave it every Thursday at 13:00.
Linux勉強会は今から下記のURLです。
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/j/81402008281?pwd=Y2tTd0RJZ2VwOGZpLzJOTjRuQlNXdz09
The Linux study group is now at the following URL.
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/j/81402008281?pwd=Y2tTd0RJZ2VwOGZpLzJOTjRuQlNXdz09
来週のLinux勉強会は6月1日(木)13:00~下記の共有フォルダの本を使います。
\\share.s\Shared\book\Linuxコマンドライン入門.pdf
範囲は7ページ~61ページです。
ファイルパスについて勉強するのが主な内容になりそうです。
これまでの内容と重なっているところが多いですが、より細かく説明してくれています。
Next week's Linux study session will start at 13:00 on June 1st (Thursday) and use the books in the shared folder below.
Introduction to \\share.s\Shared\book\Linux Command Line.pdf
The range is pages 7 to 61.
It seems that the main content will be to study the file path.
Many of them overlap with the previous content, but they explain it in more detail.
共用のPCにSuikou Guest Englishというアカウントを作りました。
パスワードはSuikou Guestと同じです。
こちらでログインしますと英語のメニューになり、Officeも英語で立ち上がります。
Kazutoshi Yoshitake
I created an account called Suikou Guest English on a shared PC.
The password is the same as Suikou Guest.
If you log in here, the menu will be in English, and Office will be launched in English.
ありがとうございます。
Thank you.
すみません、伝え忘れておりましたが、本日のセミナーの場所は農学部3号館2階 水圏第1講義室です。
Attention! The location of today's seminar is Suiken Lecture Room 1, 2nd floor, Building 3.
Excuse me, I forgot to tell you, but today's seminar will be held in the 1st lecture room in the water area on the 2nd floor of the Agricultural Department of Agriculture.
Attention! The location of today's seminar is Suiken Lecture Room 1, 2nd floor, Building 3.
セミナーの予定を変更したくて発表日を交換するように調整してくれたと先週口頭で伝えてくれた方はどなたでしたっけ?すみません。。。
Who verbally told me last week that they had arranged for me to exchange the presentation date to reschedule the seminar?I'm sorry...
あ、吉田くんとなのですね。
Oh, it's with Yoshida-kun.
本人の希望を受け、本日のスミスさんの論文紹介と7月10日の下村くんの論文紹介を入れ替えました。
In response to his request, I replaced Mr. Smith's thesis introduction today with Mr. Shimomura's thesis introduction on July 10th.
すみません、勉強会はもうすぐ始めます
I'm sorry, but the study group will start soon
This is a video recording of today's study meeting.
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/rec/share/VyIZHqgY2P5oWawPz9kCz3Sd2W13i5PQaj4jiZVUzXMawbo2af1ylRksAPC-LPNK.5zeow7KCxMcfaNV9
来週のセミナーから湊さんのサポートとして研究室外から2名の学生スタッフの方が参加する予定です。
ただ、必ずしも学生スタッフの方が毎回参加できるかはわからないようです。不在の場合、誰が質問しているか分からないと日英の切り替えが難しくなるので、マイクを受け取るときに手を高く上げるなどして湊さんに誰が質問しているか分かるようにしてください。
宜しくお願いします。
From next week's seminar, two student staff members from outside the research room will participate as support for Minato-san.
However, it seems that the student staff is not sure if they can participate every time.If you are not there, it will be difficult to switch between Japan and England if you don't know who is asking, so please raise your hand high when you receive the microphone so that you can understand who is asking Minato-san.
Thanking you in advance。
吉武先生、ご周知ありがとうございます。
サポートスタッフや情報保障の面で色々と要望をお伝えするとは思いますが、できる範囲でご協力いただけると嬉しいです。
よろしくお願いいたします。
Dr. Yoshitake, thank you for letting me know.
I am sure that we will communicate various requests regarding the support staff and information security, but I would appreciate it if you could cooperate as much as possible.
Thank you.
本日のLinux勉強会は14:00開始に変更します。
Today's Linux study group will start at 14:00.
私も本日はアーカイブ受講にさせていただきます。すみません。
I will also take the archive course today.I'm sorry.
14:00から勉強会を始めます。
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/j/81402008281?pwd=Y2tTd0RJZ2VwOGZpLzJOTjRuQlNXdz09
The study group will start at 2:00 p.
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/j/81402008281?pwd=Y2tTd0RJZ2VwOGZpLzJOTjRuQlNXdz09
This is a video recording of today's study meeting.
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/rec/share/Hi7RkaeMrN8IDBQwLQrNvw2stI7zBToGS5LceuzFx3gfZUXVr43R6V8cnQs_rzI4.vVgCduMkk8W5BFlR
U-Tokyo WiFiを取得していない方向けに、研究室セミナーの時に「suikou-mobile」という名前でWiFiを設置しようかと思います。8名までしか接続できないようなので、U-Tokyo WiFiが使える方はsuikou-mobileは使わないでください。パスワードは他と同じで「0358417522」です。
"For those who do not have U-Tokyo WiFi, I would like to install WiFi under the name ""suikou-mobile"" at the laboratory seminar."Only 8 people can connect, so if you can use U-Tokyo WiFi, please do not use suikou-mobile.The password is the same as the others: 0358417522.
平松さんから連絡があって、下記のように論文紹介の日程を変更しますが大丈夫ですか?
小川くん 6/26
湊さん 7/3
平松さん 7/10
Shotaro Ogawa Minato Kyokai
I got a call from Mr. Hiramatsu, and I will reschedule the paper introduction as follows, is that okay?
Ogawa-kun 6/26
Mr. Minato on July 3rd
Mr. Hiramatsu, July 10th
すみません、返事遅くなりました。
大丈夫です。
Sorry for the late reply.
That's all right.
13:00からLinux勉強会を始めます。
The Linux study group will start at 1:00 p.m.
URLは先週と同じです。
The URL is the same as last week.
single cell解析結果について、質問してもらったような観点のディスカッションはありませんでした。アルカリから酸性に変わったときに発現レベルがどうなるか論じたかっただけみたいです。
There was no discussion about the analysis results of Hideaki Mizubata's single cell as you asked me.I just wanted to discuss what happens to the expression level when it changes from alkali to acid.
ありがとうございます。赤い点の数が増えたということをいうためだけの図なんですね。僕もまだ勉強中なので感覚が合っているか分かりませんが、scRNA-seqの使い方としては贅沢だなと思いました。このシーケンスデータだけでも、UMAPプロット上で隣接するクラスターを構成する細胞群とか深掘りすれば、GLS細胞の起源や作用機序とか考察できるかもしれませんね。
Thank you.It's just a diagram to show that the number of red dots has increased.I'm still studying, so I don't know if I can get along with it, but I thought it was luxurious to use scRNA-seq.With this sequence data alone, we may be able to examine the origin and mechanism of GLS cells by digging deep into the cell groups that make up adjacent clusters on the UMAP plot.
本日の勉強会は13:00から始めます。
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/j/81402008281?pwd=Y2tTd0RJZ2VwOGZpLzJOTjRuQlNXdz09
Today's study group starts at 1:00 p.m.
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/j/81402008281?pwd=Y2tTd0RJZ2VwOGZpLzJOTjRuQlNXdz09
This is a video recording of today's study meeting.
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/rec/share/snOW6WZVC2TMhLXGn3rGBSxSm2PTaVndcs5blQHwCTLkacJNvlUB1AtuZwbf5zfi.ylWo60MSyDmd3jTy
Please note the location, date and time after next week's seminar.
Next week's seminar will be held in the Lecture Room 1, 2nd floor, Building 3.
The seminar for the week after next, which was scheduled for July 18, has been rescheduled to July 14 (Fri.) due to the business trip of Asakawa-sensei and Kinoshita-sensei.
来週以降のセミナーについて、場所や日時の注意があります。
来週のセミナーですが、場所は農学部3号館2階 水圏第1講義室です。
また再来週のセミナーは7月18日を予定しておりましたが、浅川先生、木下先生が出張のため、7月14日(金)に変更となります。
来週のセミナーの場所と日時をメモしておいてください。
来週のセミナーは、3号館2階の講義室1で行われます。
7月18日に予定されていた再来週のセミナーは、浅川先生と木下先生の出張のため、7月14日(金)に日程を変更しました。
来週以降のセミナーについて、場所や日時の注意があります。
来週のセミナーですが、場所は農学部3号館2階 水圏第1講義室です。
また再来週のセミナーは7月18日を予定しておりましたが、浅川先生、木下先生が出張のため、7月14日(金)に変更となります。
7月14日(金)のセミナーの場所はいつもの部屋です。
The venue for the seminar on Friday, July 14th is the usual room.
まだ研究室のネットワークが不安定な気もしますが、Linux勉強会を1時から始めます。
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/j/81402008281?pwd=Y2tTd0RJZ2VwOGZpLzJOTjRuQlNXdz09
I think the laboratory network is still unstable, but the Linux study group starts at 1 o'clock.
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/j/81402008281?pwd=Y2tTd0RJZ2VwOGZpLzJOTjRuQlNXdz09
This is a video recording of today's study meeting.
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/rec/share/WWfwC9xLUagpDsW-p4mmPDUP6Nu5xIUWkhLgHEdm2ySxgqchjgYLOhAAAtQHMFmL.UiN1AjMC_XBGpGuq
[注意]本日のセミナーの場所は、
農学部3号館2階 水圏第1講義室
です。
[Note] Today's seminar will be held at,
Aquarium 1 on 2F, Faculty of Agriculture Building 3
is。
Linux勉強会を1時から始めます。
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/j/81402008281?pwd=Y2tTd0RJZ2VwOGZpLzJOTjRuQlNXdz09
The Linux study group starts at 1 o'clock.
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/j/81402008281?pwd=Y2tTd0RJZ2VwOGZpLzJOTjRuQlNXdz09
問題文のサンプルデータの準備が出来ました。
The sample data for the question sentence is ready.
明日のセミナー発表はスタッフの都合により15:00-17:00までとさせて頂きたいため、追加で24日(月)13:15~からZoomにてセミナーを行うこととなりました。
明日発表できなかった方は24日に発表してください。
We would like to announce tomorrow's seminar from 15:00 to 17:00 depending on the staff's circumstances, so we will hold an additional seminar at Zoom from 13:15 on Monday, the 24th.
If you can't announce it tomorrow, please announce it on the 24th.
This is a video recording of today's study meeting.
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/rec/share/PciHCeRZm9n6Sfg0M64kqKTGborWG2b2A0OMY2JRe2dm1qXhIZ_EaRxSqI4hghrs.0DEgKp361CnBXJZ4
会議が長引いているので、セミナーに少し遅れて参加するかもしれません。
The meeting has been prolonged, so I might be a little late for the seminar.
本日の勉強会は14:00スタートとします。
Today's study meeting will start at 14:00.
すみません、前のミーティングが長引きそうなので、勉強会は14:30から開始します。
I'm sorry, but the previous meeting seems to be prolonged, so the study group will start at 14:30.
すみません、まだ長引いているので、開始を15:00からに変更させてください。
I'm sorry, but it's still been a long time, so please let me change the start from 3:00 p.m.
This is a video recording of today's study meeting.
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/rec/share/NQvUd_Xnafp6PJisOWlusQEGu0jlp0M3oZnboKTjM7hI3WFXA1oq67NX3jTwjseH.uls3NX29ysdDTovj
本日のセミナーは13:15から下記のZoom URLで行います。
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/j/81402008281?pwd=Y2tTd0RJZ2VwOGZpLzJOTjRuQlNXdz09
Today's seminar will be held at the following Zoom URL from 13:15.
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/j/81402008281?pwd=Y2tTd0RJZ2VwOGZpLzJOTjRuQlNXdz09
学会参加のため、9/4,11,19のセミナーを欠席します(状況次第ではオンラインで参加できるかもしれません)。11日にプログレスが入っていましたが、25日の稲橋君と交換させていただきます。よろしくお願いいたします。
I will be absent from the seminar on September 4, 11 and 19 to attend the conference (depending on the situation, I may be able to attend online).Progress was held on the 11th, but I will exchange it for Inahashi-kun on the 25th.Thank you.
9/19 水産学会参加のためセミナーを欠席します。
よろしくお願いいたします。
9/19 I will be absent from the seminar to participate in the Fisheries Society.
Thank you.
9月からのセミナーですが、いつもの2号館1階化学第2講義室が使えない日があり、9月4日は3号館2階 水圏第1講義室、9月25日は2号館1階 化学第3講義室になります。
また、9月中は鍵が閉まっているそうなので、座長の人は10分前までには3号館学生サービスセンター(教務課)で鍵を借りて部屋を開けておいてください。9月4日の座長は さんです。
The seminar starts in September, but there are days when you can't use the chemistry class 2 on the first floor of Building 2, and on September 4th, it will be the hydrosphere class 1 on the second floor of Building 3, and on September 25th, chemistry class 3.
Also, it seems that the lock will be closed during September, so the chairman should borrow the key at Building 3 Student Service Center (Teaching Division) and open the room at least 10 minutes beforehand.The chairman on September 4th will be Mr. YIDA PAN.
本日のセミナーは、いつもの部屋ではなく、「農学部3号館2階 水圏第1講義室」です。
Today's seminar is not in the usual room, but in the Aquatic Bioscience Lecture Room 1, 2nd floor, Building 3.
Since the classrooms are closed, please borrow a key from the Academic Affairs Office and open the room 10 minutes before the class.
本日のセミナーは、いつもの部屋ではなく、「農学部3号館2階 水圏第1講義室」です。
今日のセミナーは普段の部屋ではなく、3号館2階水生生物科学講義室です。
YIDA PAN
教室が閉講になりましたので、教務室で鍵を借りて授業10分前に部屋を開けてください。
今後のセミナーについて、月曜日は2号館の教室を予約できない日が多いため、木曜日に変更することを検討しています。もし授業が木曜日にあって困るという人がいたら明日までに教えてください。
For future seminars, we are considering moving the seminar to Thursday, since many Mondays are not available to reserve a classroom in Building 2. If anyone has any problems with classes being on Thursdays, please let me know by tomorrow.
As for future seminars, we are considering changing it to Thursday because there are many days when classrooms in Building 2 cannot be booked on Mondays.Please let me know by tomorrow if anyone is having trouble because the class is on Thursday.
For future seminars, we are considering moving the seminar to Thursday, since many Mondays are not available to reserve a classroom in Building 2. If anyone has any problems with classes being on Thursdays, please let me know by tomorrow.
特に都合の悪い人はいないようなので、10月のセミナーは木曜日に変更しました。
There seems to be no one who is particularly inconvenient, so I changed the seminar for October to Thursday.
来週のセミナーですが、教員の都合により13日(水)の15:00~に変更となります。場所はいつもの場所です。(農学部2号館1階 化学第2講義室)
Next week's seminar will be rescheduled for Wednesday the 13th at 15:00~ due to faculty availability. The place is the usual place. (Chemistry Room No.2, 1st floor, Bldg.2, Faculty of Agriculture)
Next week's seminar will be changed to 15:00 on the 13th (Wed) due to the teacher's circumstances.The place is the usual place.(Lecture Room 2, Chemistry, 1F, Faculty of Agriculture, Building 2)
Next week's seminar will be rescheduled for Wednesday the 13th at 15:00~ due to faculty availability. The place is the usual place. (Chemistry Room No.2, 1st floor, Bldg.2, Faculty of Agriculture)
そういえば、10月25日~11月9日までの間の水~金は研究室全体で学生実験を行うため、セミナーをすることができません。取り急ぎいつもの教室が空いている火曜日に変更しました。
10月26日(木)→10月24日(火)
11月2日(木)→10月31日(火)
へと変更になります。
11月の教室の空き状況はまだわかりませんが、10月と同じであれば火曜日か木曜日が空いていると思われますが、学生実験と祝日で木曜日が使えない日が2日間あるので(それに加え教授会とも1日重なる)、11月は毎週火曜日になるかもしれません。
改めて見直すと、10月19日(木)も教授会と重なっていると思うので、10月17日(火)に変更したほうが良いでしょうか?
ただし、10月17日(火)は2,3号館の教室は全て埋まっているので、1号館の教室を一応押さえました。
Come to think of it, we cannot hold a seminar between October 25th and November 9th because the entire laboratory conducts student experiments.I quickly changed it to Tuesday, when the usual classroom is empty.
Thursday, October 26 → Tuesday, October 24
Thursday, November 2 → Tuesday, October 31
It will be changed to .
I don't know the availability of classrooms in November yet, but I think Tuesday or Thursday is the same as October, but November may be every Tuesday because there are two days when Thursday is not available due to student experiments and holidays.
Table of 浅川修一 Shigeharu KINOSHITA
On second review, I think that October 19 (Thursday) overlaps with the faculty meeting, so should I change it to October 17 (Tuesday)?
However, on October 17th (Tuesday), all the classrooms in Building 2 and 3 were filled, so we temporarily held down the classrooms in Building 1.
教授会の日は午後がほぼ教授会でつぶれてしまうので、セミナーをずらしてもらった方が良いです。10月17日で大丈夫と思います
On the day of the faculty meeting, it is better to have the seminar postponed because most afternoons are closed due to faculty meetings.October 17th should be fine
ありがとうございます。10月19日(木)の予約をキャンセルし、17日(火)に変更しました。
9,10月のセミナーの日にちや場所については、下記の予定表をご覧ください。
https://docs.google.com/spreadsheets/d/1BJsu34Z-olmOGPpYd9Naye_Xt3s_OH7HJvmdvNMruyI/edit#gid=0
Thank you.I canceled my reservation for October 19th (Thursday) and changed it to October 17th (Tuesday).
Please refer to the schedule below for the date and place of the seminar in September and October.
https://docs.google.com/spreadsheets/d/1BJsu34Z-olmOGPpYd9Naye_Xt3s_OH7HJvmdvNMruyI/edit#gid=0
[リマインド]本日のセミナーはいつもの部屋(農学部2号館1階 化学第2講義室)で15:00から開始です。
10分前に鍵を開けておいてください。
[Remind] Today's seminar starts at 15:00 in the usual room (Chemistry Lecture Room 2 on 1F, Faculty of Agriculture Building 2).
Guanting LIU Leave the key unlocked ten minutes in advance.
This is a recording of today's seminar.
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/rec/share/pxx5SpmLiTDVNSAmYJ1WMiELMZMmiXootIxCnfsclgL3n7w-X1V2uGalyI6Qy9az.WEYaoMO2OrlbEYkn
9月25日(月)のセミナーは、27日(水)13:15-に変更する予定です。場所はいつもの農学部2号館1階 化学第2講義室です。
The seminar on September 25th (Mon) will be changed to 13:15 on the 27th (Wed).The venue is the chemistry lecture room 2 on the first floor of the Agriculture Department Building 2.
セミナーの日程ですが、何度も変更して申し訳ありませんが、先生方の講義の都合で月曜日に戻すことにしました。
しかし、2号館のセミナー室は予約が取れないので、農学部1号館1階 第7講義室になります。
この部屋は比較的空いているようなので、11月以降も基本的には月曜日の13:15から農学部1号館1階 第7講義室でセミナーになる予定です。11月のセミナー室の空き状況は10月にならないと分からないので、現時点では確定することが出来ません。
現在の予定はセミナースケジュール表を見てください。
https://docs.google.com/spreadsheets/d/1BJsu34Z-olmOGPpYd9Naye_Xt3s_OH7HJvmdvNMruyI/edit#gid=0
Sorry for changing the seminar schedule so many times, but we have decided to move it back to Monday due to the teachers' lectures.
However, since the seminar room in Bldg. 2 cannot be reserved, it will be in Lecture Room 7, 1st floor, Bldg. 1, Faculty of Agriculture.
We will not know the availability of the seminar room in November until October, so we cannot confirm the schedule at this time, but this room seems to be relatively available, the seminar will basically be held on Mondays from 1:15 p.m. in Lecture Room 7 on the 1st floor of Building No. 1 of the Faculty of Agriculture from November onward.
Regarding the seminar schedule, I'm sorry to change it so many times, but I decided to return it to Monday because of the teachers' lecture.
However, you can't make a reservation for the seminar room in Building 2, so it will be class 7 on the first floor of the Faculty of Agriculture Building 1.
This room seems to be relatively empty, so after November, we are planning to hold a seminar at 13:15 on Monday in Lecture Room 7 on the 1st floor of Faculty of Agriculture Building 1.The availability of the seminar room in November will not be known until October, so we cannot confirm it at this time.
Please see the seminar schedule for the current schedule.
https://docs.google.com/spreadsheets/d/1BJsu34Z-olmOGPpYd9Naye_Xt3s_OH7HJvmdvNMruyI/edit#gid=0
Sorry for changing the seminar schedule so many times, but we have decided to move it back to Monday due to the teachers' lectures.
However, since the seminar room in Bldg. 2 cannot be reserved, it will be in Lecture Room 7, 1st floor, Bldg. 1, Faculty of Agriculture.
We will not know the availability of the seminar room in November until October, so we cannot confirm the schedule at this time, but this room seems to be relatively available, the seminar will basically be held on Mondays from 1:15 p.m. in Lecture Room 7 on the 1st floor of Building No. 1 of the Faculty of Agriculture from November onward.
今準備中です
I'm getting ready
Khaiさんが加わったため、11月以降の進捗報告の予定を変更しました。
https://docs.google.com/spreadsheets/d/1BJsu34Z-olmOGPpYd9Naye_Xt3s_OH7HJvmdvNMruyI/edit#gid=0
Due to Khai's participation, we have changed the schedule for the progress report after November.
https://docs.google.com/spreadsheets/d/1BJsu34Z-olmOGPpYd9Naye_Xt3s_OH7HJvmdvNMruyI/edit#gid=0
今週10/12(木)のセミナーで、来週以降のセミナー開始時間が変わる…と聞いた気がするのですが、よく聞こえなかったのでもう一度教えていただけませんか?
(必要ならば別件の打ち合わせの開始時間の変更を検討しています。)
どうぞよろしくお願いいたします。
At the seminar on Thursday, October 12th this week, I heard that the start time of the seminar will change after next week... but I couldn't hear you well, so could you please tell me again?
(If necessary, we are considering changing the start time of another meeting.)
I look forward to your kind cooperation.
すみません、連絡し忘れていました。来週と再来週のセミナーは15:00開始になります
Sorry, I forgot to contact you.Seminars for next week and the week after will start at 15:00
https://www.nature.com/articles/s41467-021-21733-z
The first and most updated de novo genome assembly of the surface fish was published in 2021.
From the high resolution genomic data, they have identified some new candidate genes for eye loss (opo, dusp26 and rx3).
Regarding to the sequence differences between surface and cavefish, they identify 109 genes in cavefish experienced gene deletion events. Most of them involve in metabolic and circadian clock function, probably related to the adaptation of cave environment. Among them, one particualar gene (oca2) is concerned to be the main cause of pigment degeneration in cavefish.
-------
https://www.nature.com/articles/s41559-018-0569-4
A paper showed epigenetic modification, especially methylation-based gene silencing, play a role in eye loss.
Specific enzyme like dnmt3bb.1 (one of the de novo DNA methyltransferases, DNMTs), the expression level is 1.5-fold in cavefish compared with the surface fish.
This enzyme expresses in the ciliary marginal zone of the the developing eye, which is a specialised stem-cell-containing tissue surrounding the lens and is responsible for generating neurons and other eye cell types.
Thanks for your questions again and I hope this information can somewhat deeper the understanding of the topic I mentioned this afternoon.
Shigeharu KINOSHITA
https://www.nature.com/articles/s41467-021-21733-z
表層魚の最初で最も更新されたデノボゲノムアセンブリは、2021年に出版されました。
高解像度ゲノムデータから、彼らはいくつかの目の喪失の新しい候補遺伝子(opo、dusp26およびrx3)を特定した。
地表面と洞窟魚の配列の違いについては、洞窟魚が遺伝子削除を経験した109個の遺伝子を確認した。 それらのほとんどは、おそらく洞窟環境の適応に関連する代謝および概日時計機能に関連しています。 このうち、1つの特定の遺伝子(oca2)が洞穴魚における色素変性の主な原因であることが懸念されている。
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JIANCHENG LIANG
https://www.nature.com/articles/s41559-018-0569-4
エピジェネティック修飾、特にメチル化ベースの遺伝子消音が目の喪失において役割を果たすことを示した論文。
dnmt3bb.1(デノボDNAメチルトランスフェラーゼの一つであるDNMT)のような特異的酵素は、表層魚に比べて洞窟魚において発現レベルが1.5倍である。
この酵素は、発達中の眼の毛様体縁領域で発現するが、これはレンズを囲む専門的な幹細胞含有組織であり、ニューロンや他の眼細胞型を生成する役割を果たす。
ご質問ありがとうございます。この情報が今日の午後に述べたトピックの理解を少し深めることができればと思います。
Thanks!
ありがとう!
「改訂版RNA-Seqデータ解析 WETラボのための超鉄板レシピ」をスキャンして共有フォルダのBookに入れました。RNA-seqをする人は一通り全部実行してみてほしい内容ですが、厳選しても7つは手を動かして自分で実行してみると良さそうな内容があります。ただ、1月には卒業論文が迫っていることを考えると、これから週一で進めても間に合わないので、参加者で実行する内容を分担して2回で終わらせようかなと思います。初回は下記の4つのどれか1つを実行してみて詰まったところや感想、結果等をスライド2枚程度で紹介しあうというので良いかなと思っています。
・Chapter3 (1) HISAT2 + StringTie
・Chapter3 (2) STAR + RSEM
・Chapter4 Trinity + kallisto
・Chapter3 (3) salmon, kallisto
参加希望の方はどれを担当したいか教えてください。水棲生物を扱うなら上のツールはどれも知っておくと良いので、担当分以外も全部実行してみることをお勧めします。1回目は10月30日(月)のセミナーが終わった後に行おうかなと考えています。
解析環境としては、
・研究室のサーバを使う
・研究室のPCのWSL2上で実行する
・自分のWindows/Macを使う
のいずれかかなと思いますが、今回は研究室のサーバを使うことをお勧めします。
理由としては、各種インデックスやTrinityのアセンブルをする際にメモリーを100GB以上使ったりすることがあるため、WSL2や皆さんのノートPCでは恐らくメモリーが不足します。ただ、どうしても自分のPCでしたいという場合は、恐らくインデックスやアセンブル結果を本の付録(同じく共有フォルダに入れてあります)などからダウンロード出来るかもしれないので、探してみてください。
本の内容を全て試したわけではありませんが、HISAT2のインストール付近を試したところ、研究室のサーバ環境に合わせて少し変更する必要があります。
例えば、本で
conda install -c bioconda fastp
となっていれば、condaの高速版であるmambaを使って
mamba create -c bioconda -n fastp-env fastp
などとしてfastpをインストールしてから次のコマンドでその環境を呼び出します
mamba activate fastp-env
この状態ではfastpが使えます。
そして、次に本の中で
conda install -c bioconda fastqc
となっていれば、
mamba create -c bioconda -n fastqc-env fastqc
mamba activate fastqc-env
などとしていきます。
この状態ではfastpは使えませんがfastqcが使えます。もしfastpを使いたくなったら
mamba activate fastp-env
としてください。
I scanned "Revised RNA-Seq Data Analysis Super Teppan Recipe for WET Lab" and put it in the shared folder Book.RNA-seq users should try all of the contents, but even if you select them carefully, there are seven contents that would be good to do by moving your hands.However, considering that the graduation thesis is coming up in January, it will not be enough to proceed once a week from now on, so I would like to share the contents that will be carried out among the participants and finish it in two sessions.I think it would be a good idea to try one of the four below for the first time and introduce each other's stuck points, impressions, results, etc. in about two slides.
・Chapter3 (1) HISAT2 + StringTie
・Chapter3 (2) STAR + RSEM
・Chapter4 Trinity + kallisto
・Chapter3 (3) salmon, kallisto
If you would like to participate, please tell me which one you would like to be in charge of.If you're dealing with aquatic life, it's good to know all of the above tools, so I recommend you try everything except for the person in charge.I'm thinking of doing the first one after the seminar on Monday, October 30th.
The analysis environment is,
·Use the laboratory server
·Run on WSL2 of PC in the laboratory
·Use your own Windows/Mac
It may be one of these, but I recommend using a lab server this time.
The reason is that you may use more than 100GB of memory when assembling various indexes and Trinity, so WSL2 and your laptop probably run out of memory.However, if you really want to use your PC, you may be able to download the index and assembly results from the book appendix (also in a shared folder), so please look for it.
I haven't tried everything in the book, but when I tried the HISAT2 installation neighborhood, it needs to be slightly modified to fit my lab server environment.
For example, in a book
conda install -c bioconda fastp
If so, use mamba, the high-speed version of conda
mamba create -c bioconda -n fastp-env fastp
After installing fastp as and so on, call the environment with the following command
mamba activate fastp-env
You can use fastp in this state.
Next, in the book
conda install -c bioconda fastqc
If so,
mamba create -c bioconda -n fastqc-env fastqc
mamba activate fastqc-env
and so on.
You cannot use fastp in this state, but you can use fastqc.If you want to use fastp
mamba activate fastp-env
as such.
研究室の解析サーバへのログイン方法などは研究室のWikiに書かれています。
https://www.suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp/dokuwiki/doku.php?id=linux%E5%88%A9%E7%94%A8%E6%96%B9%E6%B3%95win
The instructions on how to log in to the lab analysis server are written on the lab wiki.
https://www.suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp/dokuwiki/doku.php?id=linux%E5%88%A9%E7%94%A8%E6%96%B9%E6%B3%95win
RNA-seq本のコマンドで追加の補足ですが、研究室のサーバを使う場合はdockerというコマンドが使われているところでは、dockerをpodmanに置き換えてください。引数を変更する必要はありません。
As an additional supplement to the RNA-seq command, replace docker with podman where docker is used when using lab servers.You do not need to change the arguments.
今回は本に書かれているコマンドを10-20個程度実行してみるものになりますが、1コマンド実行後の待ち時間が数時間ー数日程度になるはずなので、一緒に勉強したい人は今日明日あたりには始めて下さい。
This time, you will try to execute about 10-20 commands in the book, but the waiting time after executing one command should be several hours or days, so if you want to study with me, please start around today or tomorrow.
Briefly speaking, polyacrylamide gel electrophoresis(PAGE) is a technique to separate biological macromolecules, usually proteins or nucleic acids, according to their electrophoretic mobility.
In order for the nucleic acids to be separable, an environment that allows different size of the nucleic acids to move at different rates is used, which is polyacrylamide. When this polyacrylamide forms it turns into a gel and we can use electricity to pull the proteins through the gel, so the whole process is called polyacrylamide gel electrophoresis, PAGE.
Since we are trying to separate different sizes of DNA or proteins, we first want them denatured so that they no longer have any secondary structures, so that they separate in a polyacrylamide gel based on the molecular weight. For nucleic acids, urea is the most commonly used denaturant. For proteins, sodium dodecyl sulfate (SDS) is commonly used.
In summary, in a Urea PAGE experiment we use urea, which denatures secondary DNA or RNA structures, and the separate unstructured DNA or RNA molecules. And the higher the concentration of polyacrylamide used, the lower molecular weight fragments resolved.
issey kato 簡単に言うと、ポリアクリルアミドゲル電気泳動(PAGE)は、生体高分子、通常タンパク質または核酸を電気泳動移動度に応じて分離する技術である。
核酸を分離可能にするために、異なる大きさの核酸を異なる速度で移動させる環境、すなわちポリアクリルアミドが用いられる。 このポリアクリルアミドがゲル化すると 電気を使ってゲル中のタンパク質を引き寄せることができるので その過程全体をポリアクリルアミドゲル電気泳動と呼びます PAGE。
異なるサイズのDNAやタンパク質を分離しようとしているので、まずそれらが二次構造を持たないように変性させ、分子量に基づいてポリアクリルアミドゲルで分離することを望んでいます。 核酸の場合、尿素は最も一般的に使用される変性剤です。 タンパク質には、硫酸ドデシルナトリウム(SDS)が一般的に使用されます。
要約すると、Uurea PAGEの実験では、二次DNAまたはRNA構造を変性させる尿素と、別々の非構造DNAまたはRNA分子を使用します。 そしてポリアクリルアミドの濃度が高いほど、低分子量の断片が分解された。
セミナーでも話しましたが、NGSの解析を始めるのにとても良い教材として「改訂版RNA-Seqデータ解析 WETラボのための超鉄板レシピ」が出版されたので、特にRNA-seqをする予定がある人はもちろん、これからNGSを使うであろう人(ほぼ全員?)は本に従って解析してみることを強く勧めます。
https://univtokyo-my.sharepoint.com/:b:/g/personal/4981384182_utac_u-tokyo_ac_jp/ESahawCSeUtPu4Gp1bGR4ucBhOyjKZEtEZyJJXLyaN-CKQ?e=tq5vZ1
進め方をどうしようかなと考えているところですが、やはり自分で手を動かしてトラブルを乗り越えないと理解した気になれないと思うので、参加してくれる人はTeamsのテストも兼ねてTeamsのチャットルームに参加し、詰まったところがあって困っていたら遠慮なくチャットルームで聞くという形にしようかなと思いました。
ある程度区切りの良いところまで進んだら、セミナーの後に集まって解説などをするというのが良いかなと思いつつあります。
ということで、一緒にテキストの通りに実行してくれる方は下記のTeamsのチャットルームに参加してください。
https://teams.live.com/l/invite/FBAf-8FXKMJ9wPJvgM
As I said at the seminar, "Revised RNA-Seq Data Analysis Super Steel Recipe for WET Lab" has been published as a very good textbook to start analyzing NGS. Therefore, it is highly recommended that those who plan to do RNA-seq and will use NGS (almost everyone?) follow the book.
https://univtokyo-my.sharepoint.com/:b:/g/personal/4981384182_utac_u-tokyo_ac_jp/ESahawCSeUtPu4Gp1bGR4ucBhOyjKZEtEZyJJXLyaN-CKQ?e=tq5vZ1
I'm thinking about how to proceed, but I don't think I can understand unless I move my hands to overcome the trouble, so I thought that participants would join Teams chat room as well as test teams, and if there was a problem, they would feel free to ask in the chat room.
I think it would be better to get together after the seminar and give explanations when we get to a certain point where the break is good.
Therefore, if you would like to follow the text, please join the Teams chat room below.
https://teams.live.com/l/invite/FBAf-8FXKMJ9wPJvgM
インフルエンザに感染してしまったため、完治するまでお休みします。
なお、次回のセミナーで論紹と座長の予定だったのですが、論文紹介は小川くんに、座長は黄さんに代わっていただくことになりました。
よろしくお願いします。
I'm infected with the flu, so I'll take a rest until it's completely cured.
In addition, I was planning to introduce my thesis and chairperson at the next seminar, but Ogawa-kun will introduce my thesis and Mr. Hwang will be the chairperson.
Thank you.
学生実験でしばらく時間が取れませんでしたが、RNA-seq本を進めていきたいと思います。そろそろHISATとSTARの章は終わっている人も多いと思うので、HISAT2とSTARの比較をしてそれぞれ発表してみるというのはどうかなと考えています。
具体的にはツールを変えて実行した結果を比較すると色々わかって良い勉強になるかなと思います。例えばHISATの章のデータを先頭1万リードだけ使って下記のような内容を考えてみるなど。
・HISAT2とSTARそれぞれだけでマッピングされたリードは何リード?また、どんな特徴があるリードか?
・1リード当たりのヒット数の最大値はHISAT2, STARそれぞれいくつか?
・HISAT2, STARそれぞれだけで発現量が確認された遺伝子は?
・あなたにとって理想のマッピングはHISAT2, STARどちらが近いですか?さらに理想に近づけるにはオプションをどのように変更すると良いですか?
・前処理はどうすべきだと思いますか?
やり方がわからない人には教えますので、上のような考察をしてみたい人はどのくらいいるでしょうか?
I didn't have much time because of the student experiment, but I would like to proceed with RNA-seq books.I think many people are about to finish the HISAT and STAR chapters, so I'm thinking of comparing HISAT2 and STAR and presenting them separately.
Specifically, I think it will be a good learning experience to compare the results of changing tools.For example, using only the first 10,000 leads of the HISAT chapter data, consider the following.
·How many leads are mapped only by HISAT2 and STAR, and what are the characteristics of the leads?
·What is the maximum number of hits per lead, HISAT2 and STAR?
·Which gene was the expression amount confirmed only in HISAT2 and STAR?
·Which is closer to your ideal mapping, HISAT2 or STAR?How do I change the options to get closer to my ideal?
·What do you think should be done with pretreatment?
I will teach those who don't know how to do it, so how many of you would like to consider the above?
すいません、zoomが切れてしまいましたが、アユの死亡個体は群馬水試で冷凍してくれていたと思うので、外見の観察や内臓の組織観察はできると思います。
伊藤タイチ I'm sorry, but I think the dead ayu was frozen in Gunma Water Test, so I think you can observe the appearance and tissue of internal organs.
遠藤さん
昨日はご質問ありがとうございました。すぐに回答できなくてすみません。
CVは変動係数のことで、私が紹介した論文ではeNA定量のばらつきの度合いを意味しています。これが高いほど定量の精度が悪いことになります。PCR複製とサンプル複製では、後者のほうが変動係数が大きく、定量精度がよくないということになります。
これで大丈夫でしょうか?
Dear Endo
Thank you for your question yesterday.I'm sorry I couldn't reply right away.
CV is a coefficient of variation, and in the paper I introduced, it means the degree of variation in eNA quantification.The higher this is, the worse the accuracy of quantification; PCR replication and sample replication have a larger coefficient of variation and less accurate quantification.
Is this all right?
1月9日(火)のセミナーですが、教員の講義等の都合により、15:00から開始に変更となります。またいつもの部屋がその時間帯だと使えないので、農学部3号館2階 水圏第1講義室に変更になります。
来週以降のセミナーについても、卒業論文発表や入試の都合により日時の変更があります。ご確認のほう、よろしくお願いします。
https://docs.google.com/spreadsheets/d/1BJsu34Z-olmOGPpYd9Naye_Xt3s_OH7HJvmdvNMruyI/edit#gid=0
The seminar on January 9 (Tue.) will start at 15:00 due to a faculty member's lecture. The usual room is not available at that time, so the seminar will be held in the Hydrosphere 1 Lecture Room on the 2nd floor of the Faculty of Agriculture Building No. 3.
The seminar schedule after next week may also be changed due to graduation thesis presentations and entrance examinations. Please check the schedule.
https://docs.google.com/spreadsheets/d/1BJsu34Z-olmOGPpYd9Naye_Xt3s_OH7HJvmdvNMruyI/edit#gid=0
The seminar on Tuesday, January 9th will start at 3:00 p.m. due to the teacher's lecture and other circumstances.Also, the usual room cannot be used at that time, so it will be changed to the first lecture room of the hydrosphere on the second floor of Building 3, Agriculture Department.
Seminars after next week will also be subject to change due to the presentation of graduation papers and entrance examinations.Thank you for your confirmation.
https://docs.google.com/spreadsheets/d/1BJsu34Z-olmOGPpYd9Naye_Xt3s_OH7HJvmdvNMruyI/edit#gid=0
The seminar on January 9 (Tue.) will start at 15:00 due to a faculty member's lecture. The usual room is not available at that time, so the seminar will be held in the Hydrosphere 1 Lecture Room on the 2nd floor of the Faculty of Agriculture Building No. 3.
The seminar schedule after next week may also be changed due to graduation thesis presentations and entrance examinations. Please check the schedule.
https://docs.google.com/spreadsheets/d/1BJsu34Z-olmOGPpYd9Naye_Xt3s_OH7HJvmdvNMruyI/edit#gid=0
浅川先生からもご連絡いただきましたが、以前より雇用受入時健康診断の受診予約をしていたため、1/9(火)のセミナーは15:30で早退させていただきます。また、その日Progressの発表があるのですが、1番目に発表させていただきたいです。よろしくお願いします。
Asakawa-sensei also contacted us, but we have already made an appointment for a medical examination at the time of employment acceptance, so we will leave the seminar on January 9th (Tuesday) early at 15:30.Also, there will be an announcement of Progress that day, and I would like to announce it first.Thank you.
吉田くんの進捗報告に浅川先生も聞いてたので共有させていただきます。
PARPとSirtuinとCD38(?)は同じNADHを使うなら、いつにどっち使うという話ですが、ATP関連のメタボリズムを考慮した方が良いかもしれません。
PARPが上がるとATPメタボリズムに影響があるらしい
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6740200/
ATPが上がるとSirtuinが下がる
https://www.nature.com/articles/ncomms15560
CD38はわかりません。
2019年と2017年の論文で最近の情報として言いにくいですが、、
自分もちょうど最近調べたとこでしたので、足りないところはあると思います。ご参考までに🙏
Professor Asakawa also heard Yoshida's progress report, so I would like to share it with you.
If PARP, Sirtuin and CD38(?) use the same NADH, when and which one, but it might be better to consider ATP-related metabolism.
If PARP goes up, it seems that ATP metabolism will be affected
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6740200/
When ATP goes up, Sirtuin goes down
https://www.nature.com/articles/ncomms15560
I don't know about CD38.
It's hard to say for the latest information in the 2019 and 2017 papers,,
I've just checked myself recently, so I think there are some shortcomings.For your information 🙏
1月22日の研究室セミナーでは修士論文発表の練習を行う予定でしたが、修士論文の提出(17日)から時間があまりないので、26日(金)へと変更することにしました。
場所に変更はありません。
スケジュールの確認をお願いします。
https://docs.google.com/spreadsheets/d/1BJsu34Z-olmOGPpYd9Naye_Xt3s_OH7HJvmdvNMruyI/edit#gid=0
I was planning to practice presenting my master's thesis at the laboratory seminar on January 22nd, but I don't have much time from submitting my master's thesis (17th), so I decided to change it to 26th (Friday).
There is no change in the location.
Please confirm the schedule.
https://docs.google.com/spreadsheets/d/1BJsu34Z-olmOGPpYd9Naye_Xt3s_OH7HJvmdvNMruyI/edit#gid=0
すいませんが妻がコロナ感染のため、子供対応等で本日はオンラインで参加します、、、
I'm sorry, but my wife is infected with corona, so I will participate online today to deal with children,,,
本日はM2の発表練習が長引きそうなので、プログレス2名の発表を来週に変更しました。
https://docs.google.com/spreadsheets/d/1BJsu34Z-olmOGPpYd9Naye_Xt3s_OH7HJvmdvNMruyI/edit#gid=0
Today's M2 presentation practice is likely to be prolonged, so we have changed the presentation of the two progresses to next week.
https://docs.google.com/spreadsheets/d/1BJsu34Z-olmOGPpYd9Naye_Xt3s_OH7HJvmdvNMruyI/edit#gid=0
月曜日のセミナーですが、LiuさんのD論審査会があり、浅川先生、木下先生が16時から不在のため、セミナーは10時開始に変更になります。
場所は「農学部1号館2階 第9講義室」で10:00-12:10まで、いつもの「農学部1号館1階 第7講義室」で13:00-16:00までとなる予定です。
As for Monday's seminar, there will be a review committee on Liu's D theory, and Mr. Asakawa and Mr. Kinoshita will be away from 16:00, so the seminar will be changed to 10:00.
The venue will be from 10:00 to 12:10 in Lecture Room 9 on the 2nd floor of Faculty of Agriculture Building 1, and from 13:00 to 16:00 in Lecture Room 7 on the 1st floor of Faculty of Agriculture Building 1.
↑来週29日(月)のセミナーです
↑ Seminar on Monday, the 29th of next week
This is a recording of today's presentation practice.
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/rec/share/Ffptf3kwusW35RDeNVogE4OV4JIsvnp9zrnFpo1PlDmkcsfkDYgNY-PR6LG8HBYb.j-dyh7GfRqpD_cm4
This is a video of the presentation practice
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/rec/share/g7FBUpFOb7AkLdYSbusD6rF4XXR_eBlO0BqIuMbqQg-hz3ogRH_-E8bZ9RaPcSTk.YGuynpF-8f-6jhIP
午前中のセミナーの録画です。
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/rec/share/Ym3X1PJlRrvEouQat8DsWfFlUG75p1O1OHfvT3_KKpLC2I5YoLIhSafFtyRh2F1a.sY_giZ_YUS-e9cGj
This is a recording of the seminar in the morning.
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/rec/share/Ym3X1PJlRrvEouQat8DsWfFlUG75p1O1OHfvT3_KKpLC2I5YoLIhSafFtyRh2F1a.sY_giZ_YUS-e9cGj
午後は1:15からいつもの部屋(1号館大7講義室)です。
"In the afternoon, I will be in my usual room from 1:15 (Lecture Room 7 of Building 1)."
午後第一部の練習の録画です。
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/rec/share/RmUagCyiBqc0al0p09lf6ept5SCHmK60ubC9WpYKpCKTGtqpNcXOPf7c7yAXrN39.YugxfaIM6biRtxy5
This is a recording of the first part of the afternoon practice.
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/rec/share/RmUagCyiBqc0al0p09lf6ept5SCHmK60ubC9WpYKpCKTGtqpNcXOPf7c7yAXrN39.YugxfaIM6biRtxy5
劉君の審査終わりました
Liu's examination is over
練習はいつから行うのでしょうか?
When do you start practicing?
もう始められます
We can start now
来週の月曜日は博士論文発表会があるため、セミナーを火曜日に変更していますが、当研究室からは発表がなく、また午前中に終わるのですね。
We have a presentation of the doctoral thesis next Monday, so we are changing the seminar to Tuesday, but there is no presentation from our laboratory and it will end in the morning.
昨日のセミナーの録画です。
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/rec/share/wPMnE0VLmtboGGl6GlIYsmAw2TE9x2rnvOmzLATuaVgUczI4FLF0vHSPu_xBUe7v.KK6x8TpAZ8gEuleU
(このメッセージはFacebook messemgerのセミナーグループ https://www.facebook.com/messages/t/7150998784924226 でも送信しています。)
This is a recording of yesterday's seminar.
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/rec/share/wPMnE0VLmtboGGl6GlIYsmAw2TE9x2rnvOmzLATuaVgUczI4FLF0vHSPu_xBUe7v.KK6x8TpAZ8gEuleU
(This message is also sent on Facebook messenger seminar group https://www.facebook.com/messages/t/7150998784924226 .)
明日は13:00からいつもの1号館第7講義室を予約してあります。
(このメッセージはFacebook messemgerのセミナーの連絡等チャット https://www.facebook.com/messages/t/7150998784924226 でも送信しています。)
I have reserved the usual lecture room number 7 of Building 1 from 1:00 p.m. tomorrow.
(This message is also sent on Facebook messenger seminar communication chat https://www.facebook.com/messages/t/7150998784924226 .)
4年生の皆さん、本日の発表練習後に弥生講堂のカギを借りに行きます。ついでに会場の下見や機器のチェックをしておいた方がよいと思うので、一緒に行きましょう
Fourth graders, I'm going to borrow the key to Yayoi Kodokan after today's presentation practice.I think it would be better to have a preview of the venue and check the equipment, so let's go together
すいません、今日は全員参加でなかったので、zoomはつないでいませんでした
I'm sorry, everyone was not participating today, so zoom wasn't connected
練習再開できます
You can resume practice
以降は下記のFacebook Messengerへ
https://www.facebook.com/messages/t/7150998784924226
From now on, please visit Facebook Messenger below
https://www.facebook.com/messages/t/7150998784924226