トーク

In today's guidance,  I had initially wanted you to send slides presented at the seminar via LINE WORKS, but it seems that LINE WORKS can be used for only 5GB for 3 years, so please continue to upload the sildes into the shared folder as before.
To access the shared folders, Please see the following pages.
本日のガイダンスで、セミナーで発表したスライド等のファイルを共有フォルダに入れておく件につきまして、当初LINE WORKSで送ってほしいと思っておりましたが、LINE WORKSは3年間で5GBしか使えないようなので、スライドをアップロードするとすぐに一杯になってしまうため、従来通り共有フォルダにファイルを入れてください。
共有フォルダへのアクセス方法は下記のとおりです。

Windows
http://www.suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp/dokuwiki/doku.php?id=%E5%85%B1%E6%9C%89%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%AB%E3%83%80win.
Mac
http://www.suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp/dokuwiki/doku.php?id=%E5%85%B1%E6%9C%89%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%AB%E3%83%80mac

You can not access to the shared folder from outside the laboratory.
研究室外から共有フォルダへののアクセスは基本的にできません。

To upload, you need to open the shared folder in Explorer or Finder, but if you just want to see it, you can use a web browser and open the following URL.
アップロードは共有フォルダをExplorerかFinderで開く必要がありますが、見るだけならブラウザで次のURLを開いてください。

http://192.168.251.181/Shared/Slides%20and%20Reports/


Some students uploaded slides properly last year, but teachers forgot to see the shared folder, so if you've created a new report after your seminar presentation, please let me know that you've uploaded a new file to this group talk.
For example, I've uploaded today's material below.
昨年度きちんとアップロードしてくれた方もいますが、通知がないと見るのを忘れてしまうので、セミナーでの発表内容に新しい内容を追加したレポートを作成した方は、このグループトークにファイルをアップロードしたことを連絡してください。
例えば、本日の私の説明でいくつか指摘のあった箇所を修正した資料は下記にアップロードしました。
http://192.168.251.181/Shared/Laboratory%20Documents/2020/seat%20map%202020_2.pptx
http://192.168.251.181/Shared/Laboratory%20Documents/2020/seminar%20schedule%202020_2.xlsx

という感じで通知してもらえると助かります。

↑の最後の資料は、研究室内からしかアクセスできません。

Sorry, because Zhongneng-san was not in the seminar schedule, I corrected it.

Zoomに参加したら、出席確認のためZoomのチャットに自分の名前を記入してください。

パソコンが先ほどフリーズしたため再起動してます。すぐに戻ります。

Yoshitake sensei, sorry that I cannot edit today’s attendance sheet.

Please type your name in chat window of Zoom.

I finished.

@地頭所光 Zoomに参加したら、出席確認のためZoomのチャットに自分の名前を記入してください。

お疲れさまでした。次回以降のセミナーですが、下記のURLにアクセスしてください。今学期の研究室セミナーのURLは次回以降下記のURLになる予定です。
For next seminars, please go to the following URL, which will be same URL for all future seminars.

https://zoom.us/meeting/register/tJYucOCtpjoqEt3da9GUmDWy_lUjhJVAi7od

上記のZoomを開くと、名前を入力してからミーティングに参加できます。この時に入力した名前が出席の判定に使われますので、正しく名前を入力してください。
If you open above Zoom url, you have to enter your name to join the meeting. The name you enter will be used to judge your attendance, so please enter your name correctly.

Tomorrow morning, we will start seminar @ 10.00 a.m. There will be the presentation of Yoshitake sensei and Research presentations (満山、Asaduzzaman、黄).  I will be charing.

👍👍

ok

URL is
https://zoom.us/meeting/register/tJYucOCtpjoqEt3da9GUmDWy_lUjhJVAi7od

These are records of today's seminar.
Part 1: https://zoom.us/rec/share/5u9sA63q_H5IeY2W7UzWR-l5O6rnaaa8hyZP_fYFy0o6kbPy9ngYpwKkVzq2AHcs?startTime=1587343098000
Part 2: https://zoom.us/rec/share/u9NtLqig0j9JaZXOsX-DYqAHB470eaa81nAbrvsMzUjkNu5Lg1xqLzjHK7i3hELk?startTime=1587356182000

I will delete after a week due to storage capacity.

Please check attendance sheet and let me know if there are any mistakes.
https://docs.google.com/spreadsheets/d/1tvit4aNGEoG-uiuAvqMwUkPMYXUWHYAT7bKWCf9lVZg/edit?usp=sharing

@Yoshitake Kazutoshi Sorry sensei, i slept over yesterday... I will be attend on time next week!

Today's seminar

https://zoom.us/w/92379581089?tk=bxYKmelFEiUDSu07GxcXwWOBYP3B-mzqgXvPVjgMJ3A.DQIAAAAVgkCKoRZTY0V1a0tmWlRfNjZDUWdyemx3TW9RAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA&pwd=L2YrYlhZbjltejVjdFZPVzJ5MVRoUT09

すみません、本日のセミナーは出席把握のため、下記のURLでお願いいたします。
https://zoom.us/meeting/register/tJYucOCtpjoqEt3da9GUmDWy_lUjhJVAi7od

The URL of Today's seminar :
https://zoom.us/meeting/register/tJYucOCtpjoqEt3da9GUmDWy_lUjhJVAi7od

吉武さん　ここにアクセスすると、その都度ロボットじゃなとおい確認を求められて、その都度メールが来るけど、毎回そのプロセスを踏むということですか？

はい。お手数をおかけしますが、Zoomで確実に出席を取るには、その参加登録のプロセスが必須となります。その登録さえ行えば、誰がいつからいつまで参加していたかが把握できますし、チャットに名前を書いてもらう必要がありません。

えっと、すみません、一部補足ですが、一度登録すれば、次回以降はその人用に生成されたURLにアクセスすれば何も入力しなくても参加可能です。貼り付けているURLは登録用のURLです。

分かりました。

すみません、就活の電話がかかって来たので少し抜けます

@MIYASHITA RINA お疲れ様です。論文のリストは下記のスプレッドシートに追加してください。
https://docs.google.com/spreadsheets/d/1mjBn2tCqfjuU_fKRVJynWzXYhucMvGwAMuZZvKEKT2M/edit?usp=sharing

Today's seminar records.
https://zoom.us/rec/share/wcBaDLDL7FxJTJHJsn7aHaJ_EL27eaa8hCRL-vQIzk6Pf5mBLuWvJcZv_PItm7Rs

@平西滉太
本日平西くんはプログレスの担当でしたが、発表を行っておりませんので、都合の合う人のみ参加する臨時のセミナーを行います。今週の平日の適当な時間を自分で指定して、Zoomのミーティングルームを作成してここで通知してください。宜しくお願いします。

@Yoshitake Kazutoshi
すみません、発表スライドの提出って自宅待機の期間はどういう形になるんでしたっけ？

決めてませんでしたね。えっと、LINE WORKSに直接貼り付けてしまうと、すぐに容量が足りなくなってしまうので、自分のGoogle DriveかOne Driveにアップロードして、共有設定を「組織内のユーザのみ閲覧可能」にして、URLを貼り付けてもらえればと思います。

東大の学生であれば、@g.ecc.u-tokyo.ac.jpでGoogle Drive、@utac.u-tokyo.ac.jpでOne Driveの容量無制限プランになっているはずです。

分かりました、後ほど貼ります。

研究室セミナーでの発表時間について：
論文紹介は質疑含めて40分、成果報告は質疑含めて20分に収まるように、発表者はスライドを作ってください。
座長は、上記の発表時間に収まるよう、質疑の時間を調整してください。時間内に収まらない質問は、チャットやLINEWORKSを利用してセミナー後にやるようにしましょう。

Presentation times for lab seminar:
Papers introduction should be presented in 40 minutes including questions.
Progress reports should be presented in 20 minutes including questions.
Chairperson adjusts the time for discussion to fit into the above presentation time. If there is a lot of questions, do it after the seminar via chat or LINEWORKS.

Today's seminar records.
https://zoom.us/rec/share/y_ZPFaHP0U5LYqPJ8xHHZo4jAp3qaaa8hydK__IEzR7xucAvSAeJn0Z7WpN_nq0B?startTime=1588812844000

The attendance sheet was updated to highlight in red those who do not have enough attendance to graduate.
https://docs.google.com/spreadsheets/d/1tvit4aNGEoG-uiuAvqMwUkPMYXUWHYAT7bKWCf9lVZg/edit?usp=sharing

昨日の発表スライドです。
https://drive.google.com/open?id=1XMPX3ru5hG8QUhABSgOcoeOKxGbFmEfn

Today's seminar records.
https://zoom.us/rec/share/zJNlFL6vr0JJE43f6XDPVa49QN_5X6a8h3IY86YImE5H2rv7IAs8IwHlFUEkAbfe

明日の発表スライドです　https://drive.google.com/file/d/1NErDzO4wopBwWzNg8xSEBAjeI-bvFmQZ/view?usp=sharing

急な連絡で大変申し訳ないのですが、今日13時からサボってしまっていたプログレスレポートの発表やりたいです。時間になったらzoomのリンクを貼るので参加して頂けると嬉しいです。

💪

平西君

場所はいつものセミナーのURLで良いようです

セミナーのURLでお願いします。

@Yoshitake Kazutoshi sensei, is there a zoom recording for this week’s seminar? If you could please share it, I would like to watch it since I was not able to attend.

ありがとうございました

I exchanged this week's progress presentation with kijima san. Sorry for inconvenience.

Today's seminar records.
https://zoom.us/rec/share/udx0D7Thp2JLQKvrsxn_AZALRb3Aaaa8higf-vNfnk_nHIcQMR-1HVKp5bYgsv_6

Today's seminar records.
https://zoom.us/rec/share/5pQrceiq1j9OAYHH-UHkZfEbEpWiaaa81nQc8vZbmB5e8ubsq62mAYFMrv5cJ4A2

@MIYASHITA RINA そういえば先週のプログレス発表分について、ご自身の都合の良い時間帯にスケジュールしてください。

The time allotted for the introduction of the papers at the seminar will be as follows
Doctoral course: 20 minutes for presentation, 20 minutes for Q&A
Master's course, undergraduate students 15 minutes for presentation, 10 minutes for Q&A

セミナーでの論文紹介の持ち時間は次の通りです。
博士課程　発表20分、質疑応答20分
修士課程、学部学生　発表15分、質疑応答10分

Today’s seminar record.
https://zoom.us/rec/play/68IudeyrpjI3Tt2QuQSDAP9-W43pLaushicXqfdYzxnmAXQAOwCiNecaNrFAa3np7yfANYza4e6BaDTC?continueMode=true

Today's seminar records.
https://zoom.us/rec/play/uZArdrqurG43TIeVswSDC6ctW43rL6is2iMd__Rcy0u3VnQEZgWhZrRHYOQvOjq1PSH9vmAlP4AxFH_x?continueMode=true

Today’s seminar records.
https://zoom.us/rec/share/4_xHE_b-pmpLf6fv03nvRK8bIIr7T6a82ygWrvZezklcXKqFa84n34FzjNTbjxQQ

メタゲノムデータベース開発に向けたトレーニングに応募してくださった皆さん、ありがとうございます。アンケート結果でプログラミングの基礎の基礎は皆さん少しは知っているようだったので、先にWEBの基礎であるHTMLから勉強したいと思います。
Thank you to everyone who applied for the training to develop a metagenomic database! There is a The results of the survey showed that you all seemed to know a little bit about the basics of programming, so we would like to learn the basics of the web, starting with HTML.

HTML、JavaScriptについての入門書は色々ありますが、下記のMDNのページが英語、日本語、中国語など色々な言語に翻訳されていてとても良さそうです。
There are many introductory books on HTML and JavaScript, but the following MDN pages seems to be good to start because there are a lot of documents translated into various languages such as English, Japanese and Chinese.

https://developer.mozilla.org/

まずは下記の「HTML を始めよう」を題材にZoomで1回目の講習を行いたいと思います。
First of all, I would like to hold the first training session on the subject "Getting Started with HTML" at Zoom.

日本語 (Japanese)：https://developer.mozilla.org/ja/docs/Learn/HTML/Introduction_to_HTML/Getting_started
英語 (English)：
https://developer.mozilla.org/en-US/docs/Learn/HTML/Introduction_to_HTML/Getting_started
中国語 (Chinese)：
https://developer.mozilla.org/zh-CN/docs/Learn/HTML/Introduction_to_HTML/Getting_started

1回目は、金曜日の15:00から開始しようかと思いますが、もし参加希望者の中で都合が悪い人は、グループチャットのほうで教えてください。都合が悪い人が多いときは変更します。
まだ応募していない方で参加したい人がいたら教えてください。
The first session will start at 15:00 on Friday. If you can not join, please let me know in the group chat. When it's not convenient for many people, I will change it.
If you haven't applied yet and would like to join, please let me know.

@Senevirathna Duminda
@LIU Guanting
@伊藤拓己

10x Genomics代理店のスクラムから、Visiumトレーニングについての連絡です。

＞Visiumの実験については、以下の様な流れで実施しております。
＞1. 実験前打ち合わせ（1時間程度）、事前にウェビナーの閲覧をお願いしています。
＞2. Tissue Optimizationの実験（1日）…ここの部分が今回トレーニング対象となります。
＞3. Tissue Gene Expression … Tissue Optimizationと同じ工程を含むので、基本的にはお客様実施のケースがほとんどになっております。
＞
＞ミーティングの前にウェビナーをご参照ください、
＞これを軸に話をさせていただきます。
＞以下のリンクのセミナーに進んでいただき、該当のウェビナーをご参照ください。
＞https://www.10xgenomics.com/jp/videos/
＞10x Genomics Visium空間的遺伝子発現解析を始めようウェビナー
＞寺倉 伸治, PhD, Senior Field Application Scientist, North APAC, 10x Genomics
＞April 22, 2020

トレーニングの日程等を決める打ち合わせが7月1日にあるので、時間があれば参加してください。実際のトレーニングはそれ以降になります。
その他、木島君が情報を流してくれていましたが、切片作成方法の動画や、事前準備品リスト等の情報が下記になります。
https://drive.google.com/drive/folders/1zdRw8DSl832hX-uW7Q3xH9GCs3fbM1Cr?usp=sharing

Today’s seminar record.
https://zoom.us/rec/share/yZUsCJ7P2SRIc4nItEKCXf4GBt34T6a81yQc_PINnhnB4MSRkey-iBvGDS7YL-zj

参加予定です

トレーニング参加者が増えてきたので、もうこちらで通知します。
I notify the information of training here as the number of training participants has increased.

本日のトレーニングは下記のページについて行います。
The next training will cover the following pages

https://developer.mozilla.org/ja/docs/Learn/HTML/Introduction_to_HTML/HTML_text_fundamentals
https://developer.mozilla.org/ja/docs/Learn/HTML/Introduction_to_HTML/Creating_hyperlinks

13:30開始です。URLは先週と同じURLを使用します。
It starts Friday at 13:30. The URL will be the same URL as last week.
https://zoom.us/j/97846389040?pwd=d3JHQVl6Vk9lQ1hrVXQ0NEdncXJNQT09

@小林恵久 本日のプログレスの発表分は、後日体調が戻ったときに、自分の都合の良い時間を宣言して発表してください。

@MIYASHITA RINA お疲れ様です。前回のプログレスの未発表分がまだ発表されておりません。今すぐ発表しても今回と同じになってしまうでしょうから、7月20日の週あたりにご自身の都合の良い時間で発表してください。

分かりました、ありがとうございます。

転送します。
https://drive.google.com/file/d/1720XDQasTJ1BEUK5oT7KJCJI_HZZhUX9/view?usp=drivesdk

Today's seminar record.
https://zoom.us/rec/share/6-FZA5fZxFhObc_0w0LZZIkaRqXUX6a8g3Mb-vULz0ld5KzaeXGEduqKtZjXjeGU

今週は木曜日と金曜日の15:00からWEBサーバ開発トレーニングを行いたいと思います。
This week I'd like to do web server development training on Thursday and Friday at 15:00.
木曜日 Thursday：
https://developer.mozilla.org/ja/docs/Learn/CSS/First_steps/Getting_started
https://developer.mozilla.org/ja/docs/Learn/HTML/Forms/Your_first_HTML_form
金曜日 Friday：
https://developer.mozilla.org/ja/docs/Learn/JavaScript/First_steps/What_is_JavaScript

URLは先週と同じURLを使用します。
The URL will be the same URL as last week.
https://zoom.us/j/97846389040?pwd=d3JHQVl6Vk9lQ1hrVXQ0NEdncXJNQT09

リマインド：今日の15:00から3回目のトレーニングを行います。
https://zoom.us/j/97846389040?pwd=d3JHQVl6Vk9lQ1hrVXQ0NEdncXJNQT09

資源ゴミの処理が終わり次第参加致します。

あとどのくらい掛かりそうですか下さい

30分くらいで終わるかと思います。

それでは、15：30からに変更します。

資源ごみ処理を手伝える人は手伝ってあげてください。

ありがとうございます。

お手数おかけします。

その時間が就活のため、本日の勉強会は欠席します。ご迷惑をおかけします。

了解です。まぁ伊藤くんは今日の内容は既にわかっていそうですが、一応リンク先を見ておいてもらえると良いかなと思います。

時間のある人はgoogle chromeをインストールしておいてください。来週はchromeが必須となる予定です。
If you have the time, please install google chrome. Next week, chrome will be required.

分かりました。

@Yonezawa Ryo 終わりましたか～？

ゴミ出し終わったのであと五分ぐらいで参加できます

お疲れ様です。それでは15:40から始めたいと思います。

今から帰宅しなければならないため、本日の勉強会は録画を見て学ぶことにします。

本日のトレーニングの録画です。
https://zoom.us/rec/share/tMwuErPy2X1IQ9KU82v4W6kPHcfGX6a8h3cYrPMFmkbX39VVYf2F7aXhWGhxxT1J

リマインド：今日の15:00から4回目のトレーニングを行います。
https://zoom.us/j/97846389040?pwd=d3JHQVl6Vk9lQ1hrVXQ0NEdncXJNQT09

@小林恵久 @Toma Shogo @MIYASHITA RINA プログレスの未発表分について、発表の日時をここでアナウンスして、各自発表してください。

そこまで結果があるわけじゃないので来週の月曜のセミナーのプログレスに加えてもらうか、もしくはセミナーが午前中に終わらなければ13時から発表させていただきたいです。よろしくお願いします。

Today's seminar record.
https://zoom.us/rec/share/vfFMF-Dr3VNIH5Xt1hzEC_YrQI_8aaa81iIc__NcyE_bwzmhzeB9hc6k_9qzLf-c

水曜日の15:00から5回目のWEBサーバ開発トレーニングを行いたいと思います。
This week I'd like to do web server development training on Wednesday at 15:00.

下記のJavaScript入門編をざっとやっていく予定です。変数、配列、文字列操作について、何かの言語で使ったことがあれば楽勝だと思います。他の言語を一切知らない人は予習しておいてもらえると助かります。
We're going to do a quick introduction to JavaScript below. If you've used variables, arrays, and string manipulation in some language before, it should be a piece of cake. If you don't know any other languages at all, it would be helpful if you could prepare for this.

https://developer.mozilla.org/ja/docs/Learn/JavaScript/First_steps/Variables  
https://developer.mozilla.org/ja/docs/Learn/JavaScript/First_steps/Math  
https://developer.mozilla.org/ja/docs/Learn/JavaScript/Building_blocks/conditionals
https://developer.mozilla.org/ja/docs/Learn/JavaScript/First_steps/Strings  
https://developer.mozilla.org/ja/docs/Learn/JavaScript/First_steps/Useful_string_methods
https://developer.mozilla.org/ja/docs/Learn/JavaScript/First_steps/Arrays  
https://developer.mozilla.org/ja/docs/Learn/JavaScript/Building_blocks/Looping_code

いつもありがとうございます。その時間は出れないので録画を見て勉強させていただきます

返信遅くなってすみません。
プログレスの発表を17日の13時にさせていただきたいです。

すみません、何時でも良いと言ったのですが、その日は13時ー17時位まで浅川先生の都合が悪いかなと思いますので、午前中か別の日をお願いできますか?

では、17日の午前中でお願いします。

最近4年生の藤澤くんと西脇くんと月曜の夕方に論文の読み方を勉強してるんですが、興味ある人いれば連絡してください。来週は進化ゲノミクスの論文で、タツノオトシゴの特殊な形態に関する論文です。面白いんじゃないですかね
https://www.dropbox.com/s/ib8qq6cmql294y3/seahourse.pdf?dl=0

リマインド：今日の15:00から5回目のトレーニングを行います。
https://zoom.us/j/97846389040?pwd=d3JHQVl6Vk9lQ1hrVXQ0NEdncXJNQT09

木島くんが解説してくれる？論文は腹びれの発生にも関与してます。解析しているのもTbx4でまさに我々のイルカの魚版のような感じですね。スミスさんや宮下さんも参加したらいいですね。ちなみにVenkateshは２、３年前の水産学会８５周年国際会議で、私が講演者として招待した先生です。

はい、それで論文知りました

スミスさんは参加するみたいです（宮下さんには講釈垂れるまでも無いと思います。。）

Today's training record.
https://zoom.us/rec/share/yJFwaKP_7UVLRtLs1FHOaIoHOJrlaaa80SMW8_VcmB7vRPfJqBZKPDlcyotQSKmr

国際学会で私の前の前くらいに発表されてた先生でしたよね、私もタツノオトシゴの話が印象的だったので覚えています。

I'm thinking of doing the sixth training on Friday at 15:00. Please let me know if you have any inconvenience.
今週は1回の予定でしたが、来週連休だし間が空きすぎるのも嫌なので、金曜日の15:00から6回目のWEBサーバ開発トレーニングを行おうかと思っています。都合が悪い人が多い場合は調整するのでご連絡ください。

We will learn about arrays, functions, and the JSON data storage format for JavaScript.
配列、関数、JavaScriptのデータ保存形式JSONについて行う予定です。

https://developer.mozilla.org/ja/docs/Learn/JavaScript/First_steps/Arrays  
https://developer.mozilla.org/ja/docs/Learn/JavaScript/Building_blocks/Looping_code
https://developer.mozilla.org/ja/docs/Learn/JavaScript/Building_blocks/Functions
https://developer.mozilla.org/ja/docs/Learn/JavaScript/Objects/JSON

本日は少し予定を変更して、配列・連想配列周りをやる予定です。
https://developer.mozilla.org/ja/docs/Learn/JavaScript/First_steps/Arrays  
https://developer.mozilla.org/ja/docs/Learn/JavaScript/Building_blocks/Looping_code  連想配列 Dictionary with Key/Value pairs日本語：https://techplay.jp/column/528
English: https://pietschsoft.com/post/2015/09/05/javascript-basics-how-to-create-a-dictionary-with-keyvalue-pairs
https://developer.mozilla.org/ja/docs/Learn/JavaScript/Objects/JSON

Today's training record.
https://zoom.us/rec/share/zu1JNJvX_UlITKPXy2WCBpMFNKK5T6a8hCEX-PdbzE9HWpq4RVd5SWwSJo1PmNYz

I will do my progress presentation on next week Tuesday after the morning meeting.. I got the permission from Asakawa sensei and Yoshitake sensei.. I am sorry for the inconvenience..

次回のトレーニングは火曜日の15:00開始予定です。内容は後ほど連絡します。

前回できなかった進捗報告を22日(水)の午後で可能ならやりたいです。遅れて申し訳ありません。

當間君
了解です。とりあえず、當間君の都合で時間設定して下さい。私は調整可能です

當間=young master??

LINEの自動翻訳、人名は適当ですね

Today's seminar record.
https://zoom.us/rec/share/4MtccbLXyVtOYJ39xmSCdrMhPprhT6a81CQdrPMLyxlmPm82qKABUNKUGMfQk5Hz

今年度前半のセミナーの出席についての記録です。
The following is a record of attendance at seminars in the first half of this year.

https://docs.google.com/spreadsheets/d/1tvit4aNGEoG-uiuAvqMwUkPMYXUWHYAT7bKWCf9lVZg/edit?usp=sharing

全員出席率7割は超えてました。

今日の15:00から7回目のWEBサーバ開発トレーニングを行いたいと思います。
I'd like to do web server development training at 15:00.

本日はJavaScriptの関数とお絵描きをやってみる予定です。
Today we're going to try JavaScript functions and drawing.

https://developer.mozilla.org/ja/docs/Learn/JavaScript/Building_blocks/Functions
https://developer.mozilla.org/ja/docs/Learn/JavaScript/Building_blocks/Return_values  
https://developer.mozilla.org/ja/docs/Web/Guide/HTML/Canvas_tutorial/Drawing_shapes

録画で学びます！

僕も参加できるかわからないので後で勉強します

吉武さん　私も参加したいのですが、途中から脱落中です。これまでのテキストとZoomのリストを示していただくと有難く思います。

白金の講習会
https://drive.google.com/file/d/1lrd5BIUV_MkK_eax5C19TL8lff_3zbks/view?usp=drivesdk

これまでのトレーニングで使用したドキュメント一覧です。
https://developer.mozilla.org/ja/docs/Learn/HTML/Introduction_to_HTML/Getting_started
https://developer.mozilla.org/ja/docs/Learn/HTML/Introduction_to_HTML/HTML_text_fundamentals
https://developer.mozilla.org/ja/docs/Learn/HTML/Introduction_to_HTML/Creating_hyperlinks
https://developer.mozilla.org/ja/docs/Learn/HTML/Introduction_to_HTML/Debugging_HTML
https://developer.mozilla.org/ja/docs/Learn/CSS/First_steps/Getting_started
https://developer.mozilla.org/ja/docs/Learn/HTML/Forms/Your_first_HTML_form
https://developer.mozilla.org/ja/docs/Learn/JavaScript/First_steps/What_is_JavaScript
https://developer.mozilla.org/ja/docs/Learn/JavaScript/First_steps/A_first_splash
https://developer.mozilla.org/ja/docs/Learn/JavaScript/First_steps/Variables  
https://developer.mozilla.org/ja/docs/Learn/JavaScript/First_steps/Math  
https://developer.mozilla.org/ja/docs/Learn/JavaScript/Building_blocks/conditionals https://developer.mozilla.org/ja/docs/Learn/JavaScript/First_steps/Strings  
https://developer.mozilla.org/ja/docs/Learn/JavaScript/First_steps/Useful_string_methods
https://developer.mozilla.org/ja/docs/Learn/JavaScript/First_steps/Arrays  
https://developer.mozilla.org/ja/docs/Learn/JavaScript/Building_blocks/Looping_code  
連想配列 Dictionary with Key/Value pairs
日本語：https://techplay.jp/column/528
English: https://pietschsoft.com/post/2015/09/05/javascript-basics-how-to-create-a-dictionary-with-keyvalue-pairs
https://developer.mozilla.org/ja/docs/Learn/JavaScript/Objects/JSON
https://developer.mozilla.org/ja/docs/Learn/JavaScript/Building_blocks/Functions
https://developer.mozilla.org/ja/docs/Learn/JavaScript/Building_blocks/Return_values  
https://developer.mozilla.org/ja/docs/Web/Guide/HTML/Canvas_tutorial/Drawing_shapes

明日13:30から進捗報告の時間を取らせていただきたいと思いますので、よろしくお願いします。

Today's training record.
https://zoom.us/rec/share/4ZYrJu7bx3hLf7fO8VqHWb45Odvsaaa8gCcYqPdczx4vJiwh1J9hOSuHN_CMJOJj

@KINOSHITA Shigeharu Visiumのトレーニングはどうなりましたでしょうか？

確定したら改めて皆さんにアナウンスするようにします

ただし、内容は切った切片の透過性を上げるための酵素処理条件の検討部分になります。切片切るところ、あるいはその後のライブラリ調製は入ってません。

透過処理条件の検討は極めて大事なステップですが、作業自体は単純かつ自分のサンプルでやらないと意味はないので、すぐにvisiumやる予定でなければ、今回のトレーニングはそれ程参加する意義はないかもしれません。

I will present my progress at the usual seminar's URL.

遅れるかも知れないのではじめてください

すみません。やり方が悪いのかも知れませんが媒体が変わっても、リンクだけで途中確認とかなしで繋がるようにしていただけませんか？スマホからなのですが1330からのに繋がってるかわかりません。

スマホでZoomアプリを起動されているのでしたら、「ミーティング」をクリックすると、「lab seminar」が出てくると思いますので、それを開始して頂ければ大丈夫です。

とりあえずはいってみたい

良かったです😌

次回のWEB開発トレーニングは、6月28日（火）の15:00です。いよいよサーバ側の開発に移行します。
The next web development training will be on Tuesday, June 28 at 15:00. We will move on to server-side development.

これまでは、ChromeのJavaScript実行エンジンを使ってましたが、サーバではJavaScriptの実行環境としてNodeJSというプログラムを使います。
So far, we have been using Chrome's JavaScript execution engine, but we will use NodeJS as the JavaScript execution environment on the server.

NodeJSのインストールを行う必要があるので、下記のWEBサイトにアクセスしてバージョン12.18.3 LTSをインストールしておいてください。
You will need to install NodeJS, so go to the website below and install version 12.18.3 LTS.

日本語：https://nodejs.org/ja/
English: https://nodejs.org/en/

https://developer.mozilla.org/ja/docs/Learn/Server-side/Express_Nodejs/Introduction
https://developer.mozilla.org/ja/docs/Learn/Server-side/Express_Nodejs/development_environment
https://developer.mozilla.org/ja/docs/Learn/Server-side/Express_Nodejs/skeleton_website

サーバ側ということですが、これまでやってたのは何側ということになるのでしょうか？

クライアント側になります。

ある程度分かりました。どこかのサーバーのサービスを利用して、自分のホームページを作るなどのことをしているクライアントということでよいでしょうか？

@Yoshitake Kazutoshi sensei, should we install Chocolatey with NodeJS as well..?

ok..thank you sensei

ラベブさんの実験の手伝いをするので、もしかしたら参加できないかもしれません。
その場合は動画で勉強致します。

よろしくお願いいたします。

もうすぐトレーニング始めます。
https://zoom.us/j/97846389040?pwd=d3JHQVl6Vk9lQ1hrVXQ0NEdncXJNQT09

Today’s training record.
https://zoom.us/rec/share/4OBUaIHP61hLe9KOym-OfpYePaa4aaa8h3UbrPNZn0iU8vwmqp7To0ulkKAOhtWE

次回のWEB開発トレーニングは８月４日（火）の15:00から開始します。PUGの練習をします。
The next web development training will begin on Tuesday, August 4, at 3:00 p.m. We will try PUG.

https://developer.mozilla.org/ja/docs/Learn/Server-side/Express_Nodejs/skeleton_website

日本語：https://qiita.com/c2997108/items/fee5d2ca1d2e524823e5
日本語：https://docs.qranoko.jp/static/pug.html#variable

English：https://www.sitepoint.com/a-beginners-guide-to-pug/

あと２回を予定していて、最終回は８月１１日（火）の予定です。
We have two more sessions scheduled, with the last one scheduled for Tuesday, August 11.

今週木曜日（8月6日）にvisiumのtissue optimizationのトレーニングが10時から行われます。組織はzebrafish 2 monthの筋肉切片です。私、劉君、伊藤君が参加しますが、プラス1-2名参加できます。ただし、この作業はサンプルごとに行う必要があり、zebrafish muscle 以外のサンプルではまた別途行う必要があります。また、狭い場所で行うので、手元などあまり見えないかもしれません。下記10X genomicsの作業説明videoがありますので、それを見た方が判りやすいかもしれません。それ以外の作業についてもvideoがあるので、visium使用を考えている人は下記リングをチェックしておいてください。
Training for visium tissue optimization will take place this Thursday (August 6) at 10am. The tissue is a transverse section of zebrafish 2 month muscle. I, Liu and Ito will be there, plus 1-2 people can attend. If you want, please aske me. However, this work needs to be done on a sample-by-sample basis, and it will need to be done if you use non-zebrafish muscle samples. Place of the training is a small space, so you may not be able to see detailed processes of experimet. You can find a video of the 10X genomics work below. If you are thinking of using visium, check out the following rings.

Tissue preparation video
https://www.youtube.com/playlist?list=PLfaSRwcfHcq2R1g-R9qq3oV9WCyb7Wq0W

Methanol Fixation, H&E Staining & Imaging video
https://assets.ctfassets.net/an68im79xiti/10wjG0BGQptIwuf6GZGGSQ/cfcf27b04f07688e1a342e8f553613ac/CG000160_DemonstratedProtocol_MethanolFixationandHEStaining_RevA.pdf

Tissue optimization video
https://www.youtube.com/playlist?list=PLfaSRwcfHcq2lRq7vYfpGIsdJmkwTrb2P

Visium protocol video
https://www.youtube.com/playlist?list=PLfaSRwcfHcq3kHgrjV-zKQ-xiwha5PyOS

Visium Spatial Gene Expression Reagent Kits protocol
https://assets.ctfassets.net/an68im79xiti/4SVBCZ3NerIz65ibK0oyt6/6910cb5ca0e46319ad1038097ec18bfc/CG000239_VisiumSpatialGeneExpression_UserGuide_RevC.pdf

I will join with the visium training on Thursday.. thank you

Thank you sensei..I will come

[リマインド]　本日15：00からWEB開発トレーニングを行います。
https://zoom.us/j/97846389040?pwd=d3JHQVl6Vk9lQ1hrVXQ0NEdncXJNQT09

web開発トレ少し遅れて参加いたします

フリーザー搬出のため少し遅れて参加します

フリーザー搬出どのくらいかかりそうですか？

今一台目を運んでいただいてるので、15-20分後くらいには参加できるかと思います

了解です。それでは15：30から開始にしましょう。
I will start the training from 15:30.

後ろの予定があるので今日は参加せず録画で勉強します

16時から実験のため途中でおそらく抜けます。

うーむ、後ろにずらすと都合の悪い人も多そうですね。では、15:20開始としましょう。
I will start the training from 15:20.

終わったので大丈夫そうです。

何度も前後してすみません、それでは、15:10から開始します。
I will start from 15:10.

ご迷惑をおかけしました…

今席を外しているので15：20から参加します

Today’s training record.
https://zoom.us/rec/share/tOZNFuD6-21OAav85XnSGf4YRYq0eaa82igb-aZcmR2hO5pGubS9eQH1Nz-dCtcu

8月11日15:00からWEB開発トレーニングの最終回を行います。最後は2時間くらいになるかもしれません。
On August 11 at 3:00 p.m., we will have the last session of our web development training. The last one might be about 2 hours long.

内容としては下記になります。
The content will be as follows.

・クライアントのHTMLフォームから、サーバのNodeJSにデータを渡す
　Sending data from the client's HTML form to the server's NodeJS

・サーバ側で外部プログラムを起動した結果を、PUGに変数で渡してクライアントのWEBブラウザに表示する
　The result of executing an external program on the server side is entered into a variable in the PUG and displayed in the client's web browser.

日本語：
https://docs.qranoko.jp/static/pug.html#each
http://www.w3big.com/ja/nodejs/nodejs-express-framework.html
https://tkybpp.hatenablog.com/entry/2016/04/25/163246

English：
https://www.sitepoint.com/a-beginners-guide-to-pug/
http://www.w3big.com/nodejs/nodejs-express-framework.html
https://stackoverflow.com/questions/46482424/how-to-get-textual-stdout-from-console-logrequirechild-process-execsyncls

いつもありがとうございます。１１日の分は録画で勉強します！

本日15：00からWEB開発トレーニングを行います。
Today at 15:00, we will have a web development training session.
https://zoom.us/j/97846389040?pwd=d3JHQVl6Vk9lQ1hrVXQ0NEdncXJNQT09

予めこのトレーニングの卒業試験の内容を伝えますと、下記のプログラム開発が出来れば合格です。
I will tell you in advance what the graduation exam is for this training, if you can develop the following programs, you will pass.

[Create a web server to run BLASTN]
Create a form with a text area so that one record of the sequence can be submitted.
Create a FASTA file on the server, search the SILVA database (https://www.arb-silva.de/fileadmin/silva_databases/release_138/Exports/SILVA_138_SSURef_NR99_tax_silva_trunc.fasta.gz) with BLASTN (https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/) and display the BLASTN result with alignments on the web browser.
In addition to that, implement two of the following seven items
- Displays the graphical alignment.
- Clicking on the table of contents of a graphical alignment or a text alignment jumps to the alignment part of the query.
- Make the option to change the parameters of BLAST search (-evalue, -word_size, -num_threads, etc.).
- Use CSS to make the page look good (Bootstrap, Semantic UI, etc.)
- If a character string that is not a base sequence is entered, a warning is displayed before the data is sent to the server.
- While searching, the page is loading.
- The page for registering a new DB is made, and the selection option of the database is added.

[BLASTNを実行するWEBサーバを作る]
テキストエリアを持つフォームを作成し、塩基配列を1レコード投稿できるようにする。
サーバでは渡された塩基配列からFASTAファイルを作成し、BLASTN(https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/)によってSILVAデータベース(https://www.arb-silva.de/fileadmin/silva_databases/release_138/Exports/SILVA_138_SSURef_NR99_tax_silva_trunc.fasta.gz)を検索し、その結果のアライメントをWEBブラウザに表示する
それに加えて、下記の7つの項目のうち2つを実装する
・グラフィカルなアライメントを表示する
・グラフィカルなアライメント、もしくはテキストアライメントの目次をクリックするとそのクエリのアライメント箇所にジャンプする
・BLAST検索のパラメータを変更するオプションを作る(-evalue, -word_size, -num_threadsなど）
・CSSを使って見栄えの良いページにする（Bootstrap, Semantic UIを使うなど）
・塩基配列ではない文字列が入力された場合、サーバにデータを送る前に警告を表示する
・検索している間、ページをロード中という画面を表示する
・新しいDBを登録するためのページを作成し、データベースの選択オプションを追加する

Sorry for the absence this afternoon, I will learn according to the video.

Today's training record.
https://zoom.us/rec/share/-PN4Nqyv1k5OWKud9X-OYL8KRoPIeaa8gygdq_EFmk_XOEK6DLTLm51Y4iKJxUjl

最終課題の[BLASTNを実行するWEBサーバを作る]が出来た方は、直接PCを見せて下さっても良いですし、適当なWEBサーバに配置してURLを伝えて下さっても良いですし、Zoomなどで遠隔で確認でも大丈夫です。期限は特に決めていませんが、1か月くらいとしておきます。

If you have completed the final task [Create a web server to run BLASTN], you may show me your PC directly, place it on an appropriate web server and tell me the URL, or check it remotely with Zoom, etc.
I don't have a specific deadline, but I'll try to set a deadline of one month from now.

テスト用の適当なクエリー配列がほしいという声があったので、次を使ってください。
I was asked for a suitable query array for testing, so please use the following

GTTGATCCTTCTGCAGGTTCACCTACGGAAACCTTGTTACGACTTCTCCTTCCTCTAAGTGACCAGGTTCACTCTAATTTCGCGATTGCTCGACAGTCCAAAGAGGTTCACCGAGCCACTCGAAATTGGTAGGAGCGACGGGCGGTGTGTACAAAGGGCAGGGACGTAATCAACGCGGGTT
GATGACCCGCGCTTACTAGGAATTCCACCTTCAAGATCCATAATTTCAACGATCTATCCGCAGCACGATACGTATTTTAGAAGATTTAGCTGTGTCTATTTCGGAGCAGCATCGATGCATAAATGCATATACCTTGTTGTACGTATCAGTGTAGCACGCGTGCGGCCCAGGACATCTAAGG
GCATCACAGACCTGTTATTGCCTCAACTTCCTTGTGGTTGCACACAACGTCCCTCTAAGAAGTTATCAAGTCTCGTAAAAGAAAGACAGGTAACTATTTAGCAGGCTGAGGTCTCGTTCGTTTAACGGAATTAACCAGACAAATCACTCCACCAACTAAGAACGGCCATGCACCACCAAAA
TTAAAATAAATACCCATAGAATCAAGAAAGAGCTATCAATCTGTCAATCCTCGCTATGTCTGGACCTGGTAAGATTTCCCGTGTTGAGTCAAATTGAGCCGCAAGCTCCACTCCTGGTGGTGCCCTTCCGTCAATTCCTTTAAGTTTCAGCCTTGCGACCATACTACCCCCAGAACCCAAA
AGACTTTGATTTCTCGTAAGGTGCCGAAGGCGGAATGTGCACGCCCTCCGATCCCTAGTCGGCAACGTTTATGGTTAAGACTAGGACGGTATCTGATCGTCTTTGATCCCCTAACTTTCGTTCAATGATTAATGAAAACATTATTGGCAAAATAAATGCTTTCGCATAAGTTAGTCTTTAA
TATTTCAAAGAATTTCACCTCTGGAAATTAAATACTAATGCCTCCCCTGAAAACACTATCCCTATTAACCATTTCCGTGTCCTTGAAACCAACAAATAAGGAAGAATTCTATAAGAATACACGGTCCAATTCGATTATTCCATGCTAAAGTATTCCGGCGCACGCCTGCCTGAAACACTAT
AATTTACTCAAAAAGAAGATAAATAAATGAATATATAGAAAGGGTAAAATACCTGAGCCTGAAGCCGAGAAACAAATCCCGGACAACGTTAACAGGTGGATGAAGGAAGAGTTCGGCGGTGACCTTGGCCACCTTCCAATCTCAGCCCCCAGAAATCCAACTACGAGCATCGAATAACTGC
AGGAACATTAATATACACTATTGGAGCTGGAATTACCGCGGCTGCTGGCACCAGACTTGCCCTCCAATTGTTCCTCGCTAAATAAAGTTTGCAAATCAAGCCCATTGTGACCCCAGGATAAATCCTAGTTCATTATTTCTTTCACTACCTCCCTGAATCAGGATTGGATAATTTTCGCGCC
TGCTGCCTTCCGTAGAAGTGGTAGCCGTTTCTCAGGCTCCCTCTCCGGAATCGAACCCTAATCCCCCGATAGCCCGTGAATGCCATGGTTGTCCAATACACTACCATCAAGCTGATGGGAAGCAGAAACATGAATGACTTATTGCCGGTAGACCGGCAATTCGATCAGTTATCATGAATCA
TCTCAGTAGACCTTGCGGAATATTGGTTTGAAATCTAATAAATACTGAGGTTCCAAAAAGTCCCTCGTAACGCATGTATTAGCCCTAGAATTACTACGGTTATCCATTTAAACAAATGTTTTAATCCAAATAAACTATAACTGTTTGAATGAGCCATTCGCAGTTTCATTGTATGTAACCT
TTATACTTAGACATGCATGGCTTAATCTTTGAGACAAGCGTATGACTACTGGCAGGATCAACCAGGTTAAGTCCATTCTTCTTCCAGACAGG

9月7日以降のセミナーの予定を追加しました。スケジュールを確認し発表に備えてください。
The schedule for seminars after September 7 has been added. Please check your own schedule and prepare for your presentation.

https://docs.google.com/spreadsheets/d/1E7EX92Wu1Za5a_lj-c8QiszMUsbq9YFyDjnkz2ite1g/edit?usp=sharing

Tomorrow (Augutst 24th), Visium training wil start at 11:00 am in room 258.
@Senevirathna Duminda
If you want, you can attend.

Thank you Sensei I will come

来週から月曜日の10時から研究室セミナーが始まります。ZoomのURLは以前と同じURLになっています。再度登録する方は下記のURLから登録してください。
The lab seminar will begin next week on Monday at 10 am. The URL for Zoom is the same as before. If you want to register again, please register at the following URL.

https://zoom.us/meeting/register/tJYucOCtpjoqEt3da9GUmDWy_lUjhJVAi7od

おはようございます。今日からラボセミナーが始まります。
Good morning.  The lab seminar will start from today.

@村茉南 本日未発表分のプログレスについて、日時を自分で決めてZoomで発表してください。

すみません、先週できなかったプログレスですが明日地頭所君の枠をいただいて発表させていただきます。勝手にお休みしてすみませんでした、、！

地頭所くんは今日発表しないのでしょうか？

パワポを全く作れていないため村さんに変わっていただきました。自分は後日時間を決めて発表します。座長はやります。

度々すみません、座長も村さんにやっていただけることになりました。(口内炎が痛過ぎすぎてとても喋りにくいことが分かったので…)

Today's seminar record.
https://zoom.us/rec/share/D4WudojqzYz22UKlbLdf-9g-Adt7Zcet9uuLAt0mZr3RtiNozRBbvn4tFaL4UNk.skJLvvlKTHl_L7sD

@地頭所光 @小林恵久 本日行えなかった発表は、各自時間を自分で指定して発表してください。

https://drive.google.com/file/d/1ZMx8_G7d3iEw_wrUUBGfdxmppGETMhlP/view?usp=drivesdk

これ、事前に論文に通すことができるのでできれば自分の発表の回の前に登録してほしいです（特に修士以下の学生とか発表本数が少ない人は）
https://docs.google.com/spreadsheets/d/1mjBn2tCqfjuU_fKRVJynWzXYhucMvGwAMuZZvKEKT2M/edit?usp=sharing

sed -e ’s/論文に通す/論文に目を通す/g’

Today's seminar record
https://zoom.us/rec/share/CLyRb13z8hCCRXHrz7XJo3dCZPr9pEV8m7b3QiroU1ljrOsJsgAY0O7DTDUxs6_k.nst2GHAAuj_lv-29

お疲れ様です。明日のモーニングミーティング(MM)が終わり次第、そのままMMのZoomルームで自分の未発表分のプログレス発表を行いたいと思うので+15分程度お時間を頂ければと思います。よろしくお願いします。

After tomorrow's morning meeting (MM), I'd like to do my progress report in the Zoom room of MM, so I'd like you to have about +15 minutes.  Thank you.

Today's seminar record.
https://zoom.us/rec/share/JsXbNjY7LQ15T-ZDNa-_Pd8M-w9YyeSgeM6w8Ar_p_vObL46jgpt1WbIrvsivxZp.Yx-qPuQaf74Ocj8P

https://www.nibb.ac.jp/gitc/2020-2nd/

「NGS解析入門 ： UNIX・R・NGSの基本」

2020年11月26日（木）10:00～ 27日（金）17:30
UNIX基礎
シェルスクリプト
R入門
NGS基本データフォーマット
NGS基本ツール
テキスト処理
統計学入門
演習

連絡が遅くなってすみません。明日の朝礼後に未発表分の論文紹介を行いたいので、数分ほどお時間を頂きたいと思います。よろしくお願いします。

無傷細胞が増えたのはROSが減ったのが理由だと記してあるので、先生のおっしゃる通りだと思います。
またそれとは別に、損傷しているDNA量が変わらないのなら、修復途中のDNA量も変わらないはずです。しかし修復途中のDNAの減り幅が多かったので、修復が上手く働いているのではないかと仮説を立てているのだと思います。

DNA修復関連遺伝子の発現結果は出なかったようなので、ROSによる細胞の損傷がなくなったから、という説明で済ませられそうですが…

ご存知かもしれませんがこういうの見つけました
https://sites.google.com/view/edna-popeco-2020-en/homenews

Today's seminar record.
https://zoom.us/rec/share/UMOXouRLjBunMJ1OOQubRMf36kSTu87fipYHT8l2PSoHGgOtImiIENxkCwt-AmJU.LDqYuZPdGG3pxFD0

Today’s seminar record.
https://zoom.us/rec/share/i_mrAUfeTqkt_8HKd6l4XBB3QeBK8Phw85GCdmnET7yqagwmSJySyPcpwsaxQwo1.Xq33PUjt8yJEcZUb

Today’s seminar record.

https://zoom.us/rec/share/OTrCCmJRoTMDtd9DKnfYxh2DQwCo6SmgL7YDMpYVEg3JKZn3-bH-8atIz26FNbBr.b_6R3eWlzaqmpQ6r

Today's seminar record.
https://zoom.us/rec/share/n_sgPE-8HTpOsTIyTdBPXXD64i9lJHBPcN4rjPG6ldGM7pN9zUpRn8ZkRwfhVNWe.ZnuFVFs9g07xF5Un

@藤澤稔 すみません、今日就活入ってしまったので司会変わって貰ってもいいですか？

了解しました

ありがとうございます

Today's seminar record.
https://zoom.us/rec/share/KvLJKjPPWuTPueiTxf0z_I2MURgplybvXnqadYTmRRFAc0RIcUaTdBcIZZaoP1_J.H0W-U8IPeswQhFUz

@KINOSHITA Shigeharu
Notchシグナルカスケードですが、
Notch receptorにリガンドが結合→細胞質内にリガンドが放出→RBPJと結合、Col5の転写が活性化→Col5がカルシトニン受容体と結合→cAMPが活性化→休止状態が保たれる
という仮説でした。ただし論文中ではcAMPと静止状態の直接的な関係までは証明できていないようです。
https://www.dropbox.com/s/umxvcg7dvcru4wr/satellite_quiescence_Nat2018.pdf?dl=0

The lab seminar on Tuesday, November 24 will be changed to the next day, Wednesday, November 25, at 10:00 a.m. because it coincides with a required class.

11月24日(火)の研究室セミナーは、必修の授業と重なるそうなので、翌日の25日(水)の10：00からに変更します。

@LIU Guanting @伊藤拓己
10X user meeting at Nov25 will present several Visium application studies in Japanese session
https://10xugm.eventxtra.com/landing

ありがとうございます。参加します！

Thank you very much!

Today's seminar record.
https://zoom.us/rec/share/xu1al3PsDEYgWV70QuZzKAOUDRJJzYYkO_P_Bs4TDWFU2urB-ButSAAsta8nAWbY.6FbjJvR6IQjbsGtn

Next seminar presenters are @Yusuke Kijima , @Nishiumi Shinya , @Senevirathna Duminda and me. Please prepare the presentation.

東大白金台でシングルセルデータ解析の講習会があるようです。
https://drive.google.com/file/d/1HQIrtlLHbdJt1iECi29EK23ggh13kj32/view?usp=drivesdk

Today’s seminar record.
https://zoom.us/rec/share/HAxsn2jRAxWm53PYVr3avEKvQmlXDgviyWaUeo90NvF1Konh1e20v2dvmCqYReZT.l1XKdc9Dd6uxC-_U

English statistics course
https://drive.google.com/file/d/10cj-hvFc4CgH92kDpQXfAcEtHsZWP1jI/view?usp=drivesdk

👍

今週金曜に以前休んだ分のプログレスを発表させていただこうと思うので、よろしくお願いします

12月15日「環境DNA・環境RNA研究の新たな挑戦」という研究会で発表することになりました。私の発表は前に発表したウナギのことになりそうです。
他の方のタイトルを見ますと、eDNAではなく、eRNAの発表が行われたりもするようです。
https://connpass.com/event/195951/

吉武先生の研究会と被ってしまうんですが、マリンバイオテクノロジー学会の若手の会のシンポジウムが12月15日に開催されます。時間のある人は参加してください。タイトル未定のものもありますが、メタゲノム、サンゴと共生藻、海洋細菌の餌場移動、といった内容になると思います。環境DNAの研究会と両方エントリーしてもらって、興味のある所をつまみ食い的に聞いてくれても良いかもしれません。
http://marinebiotechnology.jp/_userdata/R2_Symposium1126.pdf

明日のMMのあとに、當間さんと村さんのプログレス発表を行います。

https://www.gakkai-web.net/jsfs/kaikoku/about.php
2021年度水産学会春季大会の申し込みおよび締切日です。
①発表申し込み，および大会参加費の送金（令和３年1月８日（金）まで）
②講演要旨原稿の送付（令和３年1月29（金）まで）

※ポスター発表については，募集講演数の上限を100件とし，先着順で100件に達し次第，募集を締め切ります。
①発表申し込み，および大会参加費の送金（令和３年1月８日（金）まで）
②講演要旨原稿の送付（令和３年1月29（金）まで）
③ポスターファイルの送付締切日は，令和３年3月5日（金）です。

また、水産学会若手の会では、「イメージの向こうへ：水産研究をめぐる企業・公設研究所・大学のまなざし」というタイトルでシンポジウムが行われます。
このシンポジウムは「本シンポジウムでは水産系企業・公設研究所・大学の各機関から演者を募り、様々なモチベーションに基づく研究事例や機関の紹介を通して、各機関に所属する研究者や学生がお互いを理解し、議論を交わす場を提供する。また、各機関の職場などを疑似体験できる企画として、オンライン開催を活用したwebツアーを検討している。」といった趣旨で行われもので、自身の進路選択のきっかけとなることが期待されてます。

演者はまだ未定ですが、先日の若手の会のミーティングでは、マルハニチロの方が話すことは決まっていました。

参加費無料なので、4年生やM1の方には良いシンポジウムかもしれません。
https://jsfs-young-committee.jimdosite.com/%E3%81%8A%E7%9F%A5%E3%82%89%E3%81%9B/

自宅のネットの調子が悪く遅くなりました。 申し訳ありません。

Today's seminar record.
https://zoom.us/rec/share/9QZflDEslbTOBkr8TZIPjP-bNTRrvRcTjNN5xvl8-oX55aW4Hyt4gSpQguB76O9r.Hpi10ExfeGskk30-

https://drive.google.com/file/d/1GlayMNyuQ33B5v8My_C6oAlU6CUjBcMy/view?usp=sharing

休んでいた論文紹介を今週金曜に発表させていただければと思います。

本日MM後で良ければ論文紹介発表をさせてください。

栗さん, 伊藤くんの2回目の論文紹介を飛ばしたスケジュールになっていたため、最後の予備日を栗さん, 伊藤くんの発表に変更しました。

@Su xizi @伊藤拓己 Please check the seminar schedule.
https://docs.google.com/spreadsheets/d/1E7EX92Wu1Za5a_lj-c8QiszMUsbq9YFyDjnkz2ite1g/edit#gid=0

Today's seminar record.
https://zoom.us/rec/share/A0s5KNSLF12m-q-y2F5HPjWxSfuNf9pTZCdpxycRpXP8YXdytL6xZF5CDZgzgn6_.8wf-ETL8KvYZ2DSU

I will do a progress report after tomorrow’s morning meeting.

I don't think there will be a morning meeting tomorrow, so please decide on a start time and paste the Zoom URL.

Sorry, I will do present at 10 am tomorrow.

Yang's presentation is canceled. He will announce another time.

4日のセミナーもしかしたら途中で抜けるかもしれないので念のためプログレスをドミンダさん、司会をXuさんに代わってもらいました。よろしくお願いします。

Next Tuesday, I will do the progress report after morning meeting. Thank you.

明日はセミナーの予定でしたが、大学のスケジュール的には明日はお休みとのことなので、5日の10:00からに変更となります。

The university schedule says we are closed tomorrow, so the seminar will be changed to the 5th at 10:00.

@楊晨曦
Please reschedule your progress report. I apologize for any inconvenience.

I see， I will present my report on wednesday.

今年度は卒論、修論発表をする人が多いので、発表練習のスケジュールを決めておきたいと思っています。
18日以降のセミナーでも一応適当に時間を入れてありますが、調整したほうが良さそうなので、
@Smith Ashley Rinka @藤澤稔 @小林恵久
日大、神大の卒論発表の日付を教えてください。

現時点では、日大の卒論発表は2月3日（水曜日）に行われるようです。お手数をおかけしますが、日程のご調整をよろしくお願いします。

正確な日にちはまだ決まってないので決まり次第お伝えします

例年いつ頃とかわかりますか？

昨年度は２月末だったのでおそらくはそれぐらいかと

了解です。

修論発表に向けてのセミナースケジュールを変更しました。大幅にスケジュールが変更になっているので、各自確認してください。
https://docs.google.com/spreadsheets/d/1E7EX92Wu1Za5a_lj-c8QiszMUsbq9YFyDjnkz2ite1g/edit#gid=0

主な変更点は、
1．修論提出が19日のため、1月18日（月）のセミナーを20日（水）に変更し、M2、日大B4は全員簡単にプログレス発表を行い、最後の進捗を共有する。
2．修論・日大卒論1回目の発表練習は1月25日（月）に行う。今年は人数が多いため、1回目～必要な回数だけ下記のグループに分かれて練習を行う。（1回目の発表練習はセミナーの一部なので、全員どこかのグループに参加すること。）
　浅川先生：西海 楊 栗
　木下先生：平西 堀田 劉 藤澤
　吉武：村 スミス
3．1月28日（木）を全員での発表練習とする。さらに修正が必要な人は適当な時間を決めてその後行う。

The seminar schedule for the master's thesis presentation has been changed. The schedule has been changed drastically, so please check it by yourself.
https://docs.google.com/spreadsheets/d/1E7EX92Wu1Za5a_lj-c8QiszMUsbq9YFyDjnkz2ite1g/edit#gid=0

The main changes are
1. The seminar on Monday, January 18 will be changed to Wednesday, January 20, and all M2 students will make a brief progress presentation to share the final progress.
2. The practice for the first presentation of the master's thesis will be held on Monday, January 25. There are many M2 students this year, we divided the students into the following three groups for the first presentation practice. The first presentation practice is part of the seminar, so everyone should be in one of the groups.
　Asakawa-sensei: Nishiumi, Yang, Xu
　Kinoshita-sensei: Hiranishi, Hotta, Liu, Fujisawa
　Yoshitake: Mura, Smith
3. All M2 students will practice their presentations for all lab. members on Thursday, January 28.

昨日セミナーでお話したloopseqのもととなったシーケンス法の模式図です。

aがそれです

論文のURLを貼っておくか、図の説明をしたほうが良いかなと思います。

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4269956/

明日はZoomのブレークアウトルーム機能を使う予定です。バージョン5.3.0以降でないと、自分で部屋を移動できません。Zoomは自動でアップデートされないと思うので、一度もアップデートしていない人はアップデートしておいてください。

本日のセミナーですが、発表練習は発表者本人と個別に行うことになりましたので、今日のセミナーはプログレス2名で終了です。練習の時間などは各教員から連絡があると思います。

@村茉南 @Smith Ashley Rinka
私の方はセミナー後に続けて発表練習を行います。zoomに残っていて下さい。

承知しました。ご連絡ありがとうございます。

承知いたしました。ありがとうございます。

@村茉南 @Smith Ashley Rinka
明日17時から2回目の発表練習を行います。
https://zoom.us/j/98577123306?pwd=cWJhMHhJNUdNUEk0cXRhV3NjZzh5UT09
B4, M1で時間がある人は、参加しておくと注意される箇所がわかって良いかなと思います。

はい！よろしくお願いします！

ありがとうございます、よろしくお願いします。

明日の発表練習は10時からいつものセミナーのURLで行います。
順番は下記の順で、12時を過ぎたあたりで一旦お昼休憩になります。
村,西海,楊,栗,スミス,藤澤,平西,堀田,劉

I am very sorry I cannot present due to I haven’t completed ppt modification.

午後からの発表練習は13：10から開始します。楊さんは準備が間に合わないとのことなので、栗さんからです。

@Su xizi Your presentation is next.

Ok ,sensei. I am preparing.

転送します。
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水圏生物科学専攻修士2年論文発表予定の皆様

先日お伝えしましたとおり今年度の修士論文発表会はオンライン（ZOOM）での開催となります。
詳細は以下の通りです。各自確認の上、円滑な運営に協力をお願い致します。

——
令和２年度水圏生物科学専攻修士論文発表会実施概要

日時　令和3年2月1日（月）9時30分〜17時、2月2日（火）9時30分〜17時
・初日集合時間は9時20分　専攻主任挨拶、注意事項説明後、9時30分より発表開始
・両日とも8時半より教員が待機していますのでファイル共有テストなど試したい方はこの時間帯、或いは昼休みにお願いします。

会場　ZOOMによるオンライン開催

https://zoom.us/j/97260713133?pwd=R2Z5MW9COWF5VThXYzdSMjV5WGFvUT09

ミーティングID: 972 6071 3133
パスコード: 578244

プログラム、要旨集
https://drive.google.com/file/d/1zTQTzcCTNTB2iRredkVfu0yght4Jy9BP/view?usp=sharing

注意事項
０．セキュリティ上の観点から、上記URLは外部に拡散しないようお願い致します。
１．当日は個々のPCからファイル共有でスライドを表示して発表し、その後質疑を行います。
２．持ち時間は25分（発表時間17分、質疑応答8分）です。一鈴　12分、二鈴　17分、三鈴　25分となります。
３．各発表者にファイル共有権を付与しますので以下の事項を必ず守って下さい。
・発表者は遅くとも自分の発表時間の10分前までに必ず入室し待機してください
・ログイン時に名前を"AB_フルネーム”で表示するようにしてください。
・発表時はビデオON
・前の発表が終わり次第、速やかに発表ファイルを共有し、座長の紹介が終わり次第発表を始めて下さい。
４．発表中に接続が切れたときの対応
速やかに再接続を試みて下さい。もし接続できない場合は、高橋（03-5841-5290）あるいは伊藤進（04-7136-6240）まで連絡をお願いします。
現時点では以下ような対応を考えています。
A.直ぐに復帰できた場合（1ー2分内程度）：接続が切れたところから発表を再開します。
B.復帰に時間がかかった場合（3分以上）：残り持ち時間等を勘案し、接続が切れた時点から再開するか、当日の最後に再度発表するかのいずれかを座長が判断いたします。

神大の卒研発表の日が2月25日に決まりました。

2月3日のセミナーは日大の卒論発表が同日にあるため欠席します。