PinTeam
- Seminar information (セミナーの連絡等)(31)2. 13.
- yatte
- サービス通知12:04
- 新しいブラウザ(Chrome)からログインしました。
- IP : 133.11.222.89 (JAPAN)
- OS : Windows
心当たりがない場合は「アクセス状況」から該当のアクセスを切断し、ただちにパスワードを変更してください。
当検知内容は、OSやブラウザのバージョン変更、または言語設定や接続モニターの変更等によっても検知される場合があります。
Team
- All Labo Members(33)09:15
- From: c299792108@gmail.com
件名: How long you stayed during core hours last week in minutes
浅川 0
木下 420
吉武 600
満山 190
小林 300
Fu 260
米澤 430
栗田 220
宮下 0
當間 0
Rabeb 170
許 0
Pan 300
Lanza 360
劉 310
Longson 150
安齋 0
Naomi 510
梁 860
孟 0
スミス 0
工藤 0
Khai 400
Qiu 20
佐藤 0
溝端 0
吉田 0
小川 20
平松 0
黄馨田 0
林 70
貴志 0
下村 0
湊 0
稲橋 200
楊 390
方 0
伊藤 0
遠藤 200
加藤 0
井原 0
- LINE WORKS チーム3. 7.
- ＼新入社員との交流をスムーズに🌸／
部署をまたいだ交流を深めるのに便利なのが「掲示板」✨
「新入社員紹介」のカテゴリーを作成し、新入社員のプロフィール写真と共に、趣味⚽や人柄が分かる投稿を共有するだけで🆗
入社後のコミュニケーションのきっかけになり、新入社員の安心感にもつながります。
そのほか、研修用の動画やマニュアルを掲示板で共有するのもオススメです👍
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https://bit.ly/3P5MRVz
Team- Free Talk (雑談)(31)2. 22.
- 書き方が悪かったので加筆します。
働いていないと思っていても、皆さんには試薬・器具の準備をしてもらっています。業務内容は、学生実験の補助および実験器具・試薬を準備としてください。
必ず書類を作成し、提出してください。
Team
- Management System thread (MS関係報告スレ)(31)2. 13.
- 以降は下記のFacebook Messengerへ
https://www.facebook.com/messages/t/25107510182181605 - メンションされました。
Team
- New papers and techs(31)2. 13.
- 以降は下記のFacebook Messengerへ
https://www.facebook.com/messages/t/6765452673531366
Team
- Reagent and Oligo DNA order thread (試薬・プライマー注文)(31)2. 13.
- 以降は下記のFacebook Messengerへ
https://www.facebook.com/messages/t/7142639315799376 - メンションされました。
Team
- Animal Breeding Room(31)2. 13.
- 以降は下記のFacebook Messengerへ
https://www.facebook.com/messages/t/7329548973751238 - メンションされました。
Team
- Absence notification (欠席連絡)(32)2. 13.
- 以降は下記のFacebook Messengerへ
https://www.facebook.com/messages/t/7550585598289163
Team
- Calendar(31)1. 11.
- [予定の変更] lab seminar 2023
2024/01/26(金) 13:15 - 16:00 東京(GMT+09:00)
(農学部2号館1階 化学第2講義室)
by Kazutoshi Yoshitake (All Labo Members)
変更内容 : 日時
- Team
- 野外調査_Fieldwork(31)2023. 12. 7.
- [予定登録] 米澤・稲橋・スミス_サンプリング（茨城県ひたちなか市）
2023/12/13(水) 19:00 - 2023/12/14(木) 18:00 東京(GMT+09:00)
by Ryo Yonezawa (All Labo Members)
- Kazutoshi Yoshitake2023. 11. 29.
- mymsg3 sumaguro-119
2 sumaguro-95
2 sumaguro-94
2 sumaguro-83
2 sumaguro-68
2 sumaguro-66
2 sumaguro-61
2 sumaguro-59
2 sumaguro-58
2 sumaguro-57
Team
- stLFR検討チーム(17)2022. 1. 11.
- ジーンベイさんが無料でオオツノヒラムシ、オキヒラムシの追加シーケンスをしてくださったのですが、
オオツノヒラムシはstLFRの追加データを入
- Animal Breeding Room(7)2021. 11. 4.
- このトークルームは削除してください
- 活用支援ルーム2021. 2. 22.
- Team
- eDNA/Metagenome(10)2020. 8. 13.
新4年生の方、はじめまして。 D2の米澤です（学生実験ではNANOPOREの実験を主に担当していた者です）。 研究室の試薬の発注や解析の外注など諸々やってます。これから研究を行っていくうえで、実験（主に核酸関連や飼育実験・野外調査など）で困ったら声をかけてもらえればと思います。席は311室に入って正面の窓側です。
話は変わりますが、4/5のゼミ開始以降でかまいませんので、4年生が行う仕事を教えたいと思います。なので、来週のどこかで311室の集まって欲しいです（4年生とM1で相談して日程を決めてください→＠で示してるので分かるかと思いますがM1はスミスさんと西脇君です）。
まず、1回目としてはTAE（学生実験でも行った電気泳動で用います）の作成・チップ詰め・実験器具の洗い方・（郵便物の回収）を教えられたらと思います。
それ以外にも業務はありますが、3月に卒業した学生がリストを作ってくれているので、集まった際に他の仕事については軽く説明したいと思います。
上述の4年生の仕事を教えてあげてください。日程については4年生とM1で決めてください。
昨年度、コロナで教えきれてない部分もあるかもしれません。その際は、聞いてください。
また、3月末にやってくれた2相分配で使った分液漏斗がまだ汚いので、もう一度洗ってから返却してください。4年生と一緒に行ってもらえればと思います。
- Ryo Yonezawa
@吉田一馬 @溝端秀彬 @佐藤荘志
新4年生の方、はじめまして。 D2の米澤です（学生実験ではNANOPOREの実験を主に担当していた者です）。 研究室の試薬の発注や解析の外注など諸々やってます。これから研究を行っていくうえで、実験（主に核酸関連や飼育実験・野外調査など）で困ったら声をかけてもらえればと思います。席は311室に入って正面の窓側です。
話は変わりますが、4/5のゼミ開始以降でかまいませんので、4年生が行う仕事を教えたいと思います。なので、来週のどこかで311室の集まって欲しいです（4年生とM1で相談して日程を決めてください→＠で示してるので分かるかと思いますがM1はスミスさんと西脇君です）。
まず、1回目としてはTAE（学生実験でも行った電気泳動で用います）の作成・チップ詰め・実験器具の洗い方・（郵便物の回収）を教えられたらと思います。
それ以外にも業務はありますが、3月に卒業した学生がリストを作ってくれているので、集まった際に他の仕事については軽く説明したいと思います。@Smith Ashley Rinka @西脇和哉
上述の4年生の仕事を教えてあげてください。日程については4年生とM1で決めてください。
昨年度、コロナで教えきれてない部分もあるかもしれません。その際は、聞いてください。
また、3月末にやってくれた2相分配で使った分液漏斗がまだ汚いので、もう一度洗ってから返却してください。4年生と一緒に行ってもらえればと思います。
了解しました。
分液漏斗も同日に洗い直します。
ありがとうございます
- Ryo Yonezawa
@吉田一馬 @溝端秀彬 @佐藤荘志
新4年生の方、はじめまして。 D2の米澤です（学生実験ではNANOPOREの実験を主に担当していた者です）。 研究室の試薬の発注や解析の外注など諸々やってます。これから研究を行っていくうえで、実験（主に核酸関連や飼育実験・野外調査など）で困ったら声をかけてもらえればと思います。席は311室に入って正面の窓側です。
話は変わりますが、4/5のゼミ開始以降でかまいませんので、4年生が行う仕事を教えたいと思います。なので、来週のどこかで311室の集まって欲しいです（4年生とM1で相談して日程を決めてください→＠で示してるので分かるかと思いますがM1はスミスさんと西脇君です）。
まず、1回目としてはTAE（学生実験でも行った電気泳動で用います）の作成・チップ詰め・実験器具の洗い方・（郵便物の回収）を教えられたらと思います。
それ以外にも業務はありますが、3月に卒業した学生がリストを作ってくれているので、集まった際に他の仕事については軽く説明したいと思います。@Smith Ashley Rinka @西脇和哉
上述の4年生の仕事を教えてあげてください。日程については4年生とM1で決めてください。
昨年度、コロナで教えきれてない部分もあるかもしれません。その際は、聞いてください。
また、3月末にやってくれた2相分配で使った分液漏斗がまだ汚いので、もう一度洗ってから返却してください。4年生と一緒に行ってもらえればと思います。
了解しました、日程決まり次第連絡いたします
- 西脇和哉
@Yonezawa Ryo
6日(火)の11時からにしようと思います、ご都合よろしいでしょうか？
大丈夫だと思います！ 調整ありがとうございます。
I’ve finally found imgcat that works in Linux environment…
https://pypi.org/project/imgcat/
it works pretty well and installed it to suikou server (you need mac and iterm2 though)
now you don’t need scp to check figures generated in cluster servers!
FYI, the original imgcat for the local iTerm2
https://iterm2.com/utilities/imgcat
そうみたいですよ
トリプシンって誰か使ってたりしますか？ もしあれば、使いたいのですが…
細胞培養用のやつだったら0.25%のTrypsin-EDTA(フェノールレッド入)と0.5%Trypsin-EDTA持ってます。
- RINA MIYASHITA
@Yonezawa Ryo
細胞培養用のやつだったら0.25%のTrypsin-EDTA(フェノールレッド入)と0.5%Trypsin-EDTA持ってます。
免疫染色で使いたいんですよね…
情報ありがとうございます。
普通に免疫染色でも使えるんじゃないかと思うんですけどまぁ使いたかったら分注するんで言ってください😊
たぶん他にも困っていた人いたのではないかと思うので、話題に上げてくれてよかったと思います。
stLFR+Bionanoで伸長したアユのゲノムについて、私のほうで少し調べてみました。
読んだアユは40代ほど群馬水試で継代されていて、ゲノムはほぼホモ接合なのではないかと考えられる個体です。
まず、アセンブル結果についてです。以前N50が10Mbp近かった！と思っていたのは、Bionanoで伸長できたスキャッフォールドだけを見たときの数字でした。（誰かがちゃんと調べるだろうと思って適当に見ていた結果をここに貼り付けていたと思うので申し訳ないです。）
イルカの場合は30%くらいのコンティグを整列できていましたが、アユは56％整列できているので、イルカよりは割合は高いです。ただ、やはりまだ半分近くを整列できていないので、やっぱり連鎖解析などが必要なのだなぁという印象です。それでも半分以上のコンティグを29本のスキャッフォールドにまとめられているというのはすごいと思います。
それから、29本のスキャッフォールドについて、カバレッジ（青）とSNPの密度（赤）のcircosプロットを描いてみました。カバレッジが0の領域がそれなりに見えますが、そこはBionanoのデータはあったけど、対応するstLFRのコンティグを見つけられなかったことを意味します。
SNP密度は高いところもあれば（基本的にはヘテロなSNPでした）、全くない領域もあり、半分程度はホモ接合になっているという感じかなという印象です。アユを40回継代してもこのくらいはヘテロ接合が残るのですね。
スタート時の集団サイズなどにも依るんでしょうね。継代に使ってきた個体数などのデータがあるのかどうか、わかりませんが。
このヘテロ接合度は、群馬系アユ同士をつかって連鎖解析できる程度なのでしょうか？
この集団での連鎖解析は不可能ではないかもしれませんが、短いコンティグだとマーカーが一つもとれないコンティグが50%くらいにはなりそうなので、他の集団を使った方が良いかなと思います。
了解です。群馬県水試に他の系統や野生個体との掛け合わせについて聞いてみます
宜しくお願い致します。
試験的に251の部屋でProxyサーバを立ててみました。Proxyの設定をスマホ、PCなどで行うとWEBブラウザがこのProxyサーバを通って通信するので、自宅でストレスなく文献や学内専用ページにアクセスできます。設定すると、すべての通信が大学を経由することになって遅くなったりするので、必要なときだけ設定してください。また、この試験的なProxyサーバは予告なく停止します。
Proxyサーバアドレス：meta.fs.a.u-tokyo.ac.jp
Port: 3128
User: suikou
Password: [suikougwと同じ、毎年変わるパスワード]
新しく参加したメンバーも参加以前のトーク内容を確認できます。
4年・Ｍ1で学校来てて暇な方は311の、70%エタノールの作成と蒸留水の補充をお願いします。
セミナー後に告知しましたが、産業医巡回の対策で3Ｆと4Ｆ廊下に出ているものを整理します。また、パルスフィールドゲル電気泳動装置のセッティングも行いたいと思います。
時間は14時ごろからにしたいと思います。
緊急事態宣言も出ていますし、授業等もあるでしょうから、都合のつく人は来てください。
サンプリングに電子天秤1つ持っていきます。ご了承ください。
There is one bottle in 311 on the shelf just behind the q-PCR machine.
理研Hi-Cで有名な工樂先生の発表@PacBioユーザミーティング2021
工樂先生たちが作っているWEBサービスでBUSCOなどを使ったアセンブル結果評価が簡単にできるらしい。
http://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2020/03/04/073000
gVolante
gvolanteは使いやすいです
15GBの大きなゲノム用のHiFiアセンブラーはHifiasmを使っているらしい。
5月18日（火）13-15時で紫水会（水圏生物科学専修・専攻のOB会）の作業でアルバイトを数名募集します。作業内容は封筒への袋詰めです。場所は弥生キャンパス内です。単純作業ですので、どなたでも結構です。アルバイト代を支払います。参加したい人は私に連絡をください。
5月18日（火）13時からの紫水会のアルバイトですが、実験や授業等がなくて時間があれば手伝ってもらえないでしょうか。アルバイト代が出ます。きつい仕事（少なくとも体力的に）はありません。2時間くらいで終わると思いますが、一時間だけ参加などでも結構です。
その他の皆さん、5-6名確保したいので、まだ募集中です。よろしくお願いします。
- Shigeharu KINOSHITA
@溝端秀彬 @吉田一馬 @佐藤荘志
5月18日（火）13時からの紫水会のアルバイトですが、実験や授業等がなくて時間があれば手伝ってもらえないでしょうか。アルバイト代が出ます。きつい仕事（少なくとも体力的に）はありません。2時間くらいで終わると思いますが、一時間だけ参加などでも結構です。
その他の皆さん、5-6名確保したいので、まだ募集中です。よろしくお願いします。
承知しました。参加させていただきます。
- 溝端秀彬
- 承知しました。参加させていただきます。
よろしくお願いします。13時から2号館の水圏会議室（第一講義室の奥の部屋）です
- 佐藤荘志
- 13:15から3限があるので参加できません。すみません。
了解です。大丈夫です
はい、よろしくお願いします
皆さん
紫水会アルバイトは必要人数集まったので、募集終了します。ありがとうございました。
紫水会のアルバイトですが、荷物を運ぶので、12時50分頃に私の居室（2号館別館の251室）に来てもらえると助かります。
- Shigeharu KINOSHITA
@溝端秀彬 @吉田一馬
紫水会のアルバイトですが、荷物を運ぶので、12時50分頃に私の居室（2号館別館の251室）に来てもらえると助かります。
13時頃になります。申し訳ありません。
オッケーです
到着したのですが、既に3号館にいらっしゃるのでしょうか？
to 4年生, M1
明日、水産化学の中尾君とオートクレーブの掃除をします。手が空いてる方は勉強のためにも来ると良いでしょう。
時間は特に決めてはいませんが、お昼頃（12-1時頃：オートクレーブの空き状況にもよります）に洗剤を入れてオートクレーブし、夕方にクレーブ内を清掃します。
洗剤を入れるところは私がやっておきますので、夕方に来てくれればいいです。
オートクレーブを使ったことが無く、覚えたい人がいればついでに使い方を教えます。
to 4年生
手隙な時にチップを詰めて貰えると助かります。かなり空き箱が出てきています。
to all
また、たくさんチップを使ってる人は4年生の仕事だと思わず、チップを詰めてもらえると助かります。
これからオークレの掃除します
手隙な方は手伝ってください
https://www.nhk.jp/p/chicochan/ts/R12Z9955V3/schedule/
２０２１年５月２８日（金）１９時５７分～２０時４２分 NHK総合「チコちゃんに叱られる！」で、共同研究先の日大の糸井史朗教授の研究（ＴＴＸやヒラムシ）が紹介される予定です。 おそらく年始に放送された「ダーウィンが来た」で紹介された内容に近いものが放送されるはずです。「ダーウィンが来た」では初学者にも分かりやすい内容で紹介されていましたので、見ておくと良いかもしれません。
興味がある方はぜひ見てもらえればと思います。
小型の超音波洗浄機（2.8L)を導入しました。 ハサミやピンセット等の小型の器具の洗浄に使ってください。
Have installed a small ultrasonic cleaner (2.8L) in 311. Use it to clean small instruments such as scissors and tweezers.
NHK津放送局にデカデカと貼られていた浅井君の写真が無くなったので調べてみたら、どうやら東京に戻っていて、なんとサイエンスZEROのキャスターに抜擢されていました。
浅井君は水圏生物工学研究室の卒業生です。
三重で会えなかったので残念です。
https://www.google.co.jp/amp/s/www.nhk.jp/p/zero/ts/XK5VKV7V98/
あさイチのレポーターもしてますよ。たまに見かけます
https://drive.google.com/file/d/1VonDTtD1BJ8IwFOOS3WDKyTFY5hPTBBp/view?usp=drivesdk
During today's sampling, I caught a ケヤリムシ.
I'm not sure if I can use it, but I'll keep it.
It also cut myself, so I saved the tissue.
こないだ紹介していた種かは分かりませんが。I don't know if this is the species you were referring to in your progress report.
- Longson Pang
- Wow, this fan worm is so beautiful! Thank you for letting me know!
For now, I am not quite sure whether this is one of the candidate species in my study.
If you undecid the date to come to Japan, I will do it for you that if there are universal primer for worm then I will do PCR and sanger sequencing.
please check primer and let me know.
こないだ、泳動槽の残存DNAを壊すためにUVを当ててたと思いますが、311内の電子レンジの下にあるUVクロスリンカーが動いたのでそちらでやると良いかもしれません。
- Ryo Yonezawa
@佐藤荘志 @Kazutoshi Yoshitake こないだ、泳動槽の残存DNAを壊すためにUVを当ててたと思いますが、311内の電子レンジの下にあるUVクロスリンカーが動いたのでそちらでやると良いかもしれません。
ありがとうございます。泳動槽自体はUV照射ではコンタミを除けなさそうなので自作するつもりですが、チップとか、チューブとか照射しておいたら良いかなと思っています。
明後日（1時くらい）に50xＴＡＥの作り方を教えますので来てください。
Competent cell protocol- https://www.eppendorf.com/product-media/doc/en/045153_Protocol/Eppendorf_Cell-Technology_Protocol_Escherichia-coli-DH5a_Protocol-No-4308-915512-Escherichia-coli-DH5a.pdf
グライナーの10μLのロングチップが市場に出回らないので、258にもショートチップとそれ用のBOXを用意しましたのでロングチップが無くなったらそっちを使ってください
Greiner’s10 ul long tips still not purchase because COVID-19 thus prepare the short tip and tip-box in 258.
if you will finish used long tip then please use short tip.
メッセージが見つかりません。
RNA Shieldはオッケーだったということでしたね。DNAとRNAの両方に使える保存試薬を探していたので、RNA Shieldが良さそうです。
- Shigeharu KINOSHITA
- RNA Shieldはオッケーだったということでしたね。DNAとRNAの両方に使える保存試薬を探していたので、RNA Shieldが良さそうです。
はい。その通りです。一カ月段階？での比較しかしていませんがNucleo protect と同等の結果です。
- Ryo Yonezawa
- はい。その通りです。一カ月段階？での比較しかしていませんがNucleo protect と同等の結果です。
ただ試供品で試したので、新しく購入する必要はあります。
渡部先生から400サンプルほどblastxの高速版diamondを急いで実行してほしいと依頼があって、研究室のサーバで、diamondを実行しているのですが、LANを10Gbps＋SSD 16TBに増強しておいてよかったという良い例が取れたので、紹介します。
下記の図は、サーバのCPU（上段）とネットワーク（下段）の負荷状況をzabbixという監視ツールで見たものです。
CPUは青い状態が100%になっていれば、上手にCPUを100％使用できているという意味で、緑は遊んでいる状態、黄色は（今回は）共有ディスクへの書き込み待ち状態です。23:00ごろを境に、m768のHDDの共有ディスクから、m32sのSSDの共有ディスクへ結果の出力先を変更してdiamondを実行しました。共有ディスクに書き込みがあると、下段のネットワークのグラフが緑色になります。m768のHDDは1Gbps程度の書き込み速度しかありませんが、m32sのSSDでは2Gbps程度の書き込み速度があります。（まだm32sでは余裕があって、4Gbps程度は出たと思います。）m32sへの書き込みに移行してからは、どのサーバもCPUが青い状態で100%となり、フルパワーで計算していることがわかります。
サーバのディスクIOが律速の場合は、zabbixではこのように黄色に見えたりするので、急いで計算したいときは、ボトルネックを解消できるなら解消して計算してあげると良いです。
言い忘れてましたが、、、と書きかけて丁度よい質問ありがとうございます。
m32sは、~ (ホームディレクトリ）のことなので、普通にホームディレクトリに適当なディレクトリを作ってその中で解析すればよいです。ただし、ホームディレクトリは全サーバで共有されているため、並列計算が終わったファイルは、各サーバのディスク~/workなどに退避させてください。
具体的に設定ファイルから説明するなら、m32sの/m2/homeフォルダを全サーバの/homeにマウントしています。
df -h /home
などで、確認できます。
そして、各ユーザの/home/yoshitake/workなどは、/data/yoshitake/workにシンボリックリンクが張られていて、各サーバ固有のディスクへのリンクになっています。
すべてのサーバーの~/workにdbのコピーと出力ディレクトリを置いて終わったあとに全サーバーの出力ファイルをマージするのが以前の最速のやり方だったと思うんですが、それより速そうですか？
あとサーバーのAdmin系のメールが送られてくるのですが来ても対応できないので誰かに引き継ぎたいです
おそらく、今でも~/work以下にdbのコピーなど全てのファイルを置いておくほうが速いです。ただ、コピーするのも大変とか、そもそも~/workの空き容量が100GBしかないサーバがあるとか、そういう状況になると~/直下を使うほうが楽に速くできます。
Admin系はそうですね、一旦木島さんのメールアドレスを外しておこうと思います。
まとめておくと、研究室のクラスターサーバーで解析する際のディスクの選び方
・普通は/suikou/files/mXXX/yoshitake/work/以下を使う。ディスク容量が60TBとかあるサーバもあるし、使い潰しても（あまり）他の人へ迷惑がかからない。
・急ぎたいときは、/home/yoshitake/以下を使う。ディスク容量は16TB程度。SSDで速いけど、容量を使い切ってしまうとその他全員のジョブもエラーとなり危険。
グリッドエンジンを使っている人には自明だと思うけど、/home/yoshitake <- yoshitakeはそれぞれ自分のユーザ名に置き換えてください。
研究室のHPを更新したくて、Qubicの画像を載せられたら良いなと思っています。
あまり秘密にしなくて良さそうな画像で、綺麗なものがあったら送ってくれると嬉しいです。
イルカ関係の写真でHPに使っても良い写真を持っていたりするでしょうか？
自分で取った写真となると背鰭に穴が空けられたかわいそうなイルカしかないですね笑
腹ビレイルカの写真は私以外の腹ビレイルカプロジェクトの誰かが撮ったやつを使っていいならあります。
- Kazutoshi Yoshitake
@溝端秀彬 @林健太朗
研究室のHPを更新したくて、Qubicの画像を載せられたら良いなと思っています。
あまり秘密にしなくて良さそうな画像で、綺麗なものがあったら送ってくれると嬉しいです。@RINA MIYASHITA @Ashley Rinka Smith
イルカ関係の写真でHPに使っても良い写真を持っていたりするでしょうか？
私は生死を問わなければ色々あります
- RINA MIYASHITA
@Kazutoshi Yoshitake
自分で取った写真となると背鰭に穴が空けられたかわいそうなイルカしかないですね笑
腹ビレイルカの写真は私以外の腹ビレイルカプロジェクトの誰かが撮ったやつを使っていいならあります。
かわいそうな写真は物議を醸しそうなので却下ですかね。他の方が撮ったものは許可をとるのが面倒かなと思うので、今回は遠慮しておこうかと思います。
- Ashley Rinka Smith
- 私は生死を問わなければ色々あります
なるべくなら、生きている写真が無難かなと思っていますが、なにか良さげな写真があれば、何枚か送ってくださいm(_ _)m
生きてるのはどこかしら病気あるやつしか今のところ撮ってないです…
大丈夫そうな写真をファイルにまとめて共有するのでよろしくお願いします
微妙なやつでも彩度下げてもらえたら多分平気だと思います！
- Ashley Rinka Smith
- 生きてるのはどこかしら病気あるやつしか今のところ撮ってないです…
大丈夫そうな写真をファイルにまとめて共有するのでよろしくお願いします
微妙なやつでも彩度下げてもらえたら多分平気だと思います！
ありがとうございます！よろしくおねがいします。
ありがとう！カッコイイですね。
露光時間が長いのか、ネガコン光りまくってますねｗ HP掲載用には丁度よさそうです。ありがとうございます！
ありがとうございます！抑えたほうも綺麗ですね。
https://drive.google.com/drive/folders/1AyR3LxmgUy66ihJC-FRSZymR0lN5qNEJ
最近の適当にファイルにまとめたんですが…とりあえず分からないのでよろしくお願いします
ありがとうございます！血の部分は適当にぼかして使おうかなと思いました。
研究室のトップページは送ってくれた画像に一部差し替えたスライドショーを設定してみました。
研究内容のほうも更新したいなと思ってます。
多分皆さん読んでると思いますが一応共有しておきます
https://elifesciences.org/articles/53898
スレ違いでした
ありがとうございます。読んだ気もしますが、あまり覚えてないので見直しておきます。
Fig2, メタゲノムの論文で初めて説得力を感じたｗ
- Kijima Yusuke
- Fig2, メタゲノムの論文で初めて説得力を感じたｗ
たしかにそうですね。ヒラムシもこのように地域で毒量に明確な差があればやりたいというという感じですね（現在、日大と地域差があるのかを見るために日大に千葉と茨城の個体は渡していますし、今秋とかに同タイミングで採取を行って似たようなこともできるのかなと思いました（人手が必要なことを除いては…）
ちなみに、抗生物質実験の際に行った飼育海水からの細菌培養で培養できた細菌もFig.2DのOregon（TTX+）で含まれている細菌が出てきます（まあ、strainとか関わってくるとは思うのでこの論文のイモリとどこまで関わってくるかは怪しいところですが…）
まあ属名レベルで流石に反省は難しいから培養した細菌の毒量測定まで行かないと確かなことは言えないよなあ
ただTTXの分子構造があんまり真核生物っぽくない（？）+ヒラムシの場合無毒給餌下でも有毒化する可能性があるなら
・共生細菌
・細菌からの生合成パスウェイの水平伝搬
あたりが候補になるんかな？
- Kijima Yusuke
- ただTTXの分子構造があんまり真核生物っぽくない（？）+ヒラムシの場合無毒給餌下でも有毒化する可能性があるなら
・共生細菌
・細菌からの生合成パスウェイの水平伝搬
あたりが候補になるんかな？
微量ならば細菌培養でもTTXは作れるとしても、フグ同様に体内のTTX存在量には遠く及ばないので、どこかから生産パスウェイにヒラムシが関わると考えています。
木島さんが提案している点も着目するポイントだとは思います。
そうですね。米澤の最初の学振の提案書だと結構ヒラムシ側の産生説に寄っている印象を受けたので意見してみました
kryptoprotein的なこともあり得ると思うので細菌の細胞数だけでは議論できないかな？
https://www.dropbox.com/s/2d8nig48och2kl7/fish_bioluminescence.pdf?dl=0
- Kijima Yusuke
- そうですね。米澤の最初の学振の提案書だと結構ヒラムシ側の産生説に寄っている印象を受けたので意見してみました
書き始めた後の実験結果で細菌が関わりそうであるとでてきたので、お見せした時よりは細菌のことも書いています。
最終版送ったつもりでしたが送ってませんでした…
👍
- 浅川修一
- よね 微量でも、追試された細菌はあるのか？
木島さんが挙げてくれた論文では検出できているので、微量と書きましたが追試してる論文はまだ見たことありません。
- 浅川修一
- どの論文？
細菌だけだと、生産と分解・他の化合物への変換との平衡で微量だが、トランスポーターや他の結合たんぱくと結合することで蓄積するとこともあるかもしれない。
多分皆さん読んでると思いますが一応共有しておきます
https://elifesciences.org/articles/53898
こちらです。
- 浅川修一
- どの論文？
細菌だけだと、生産と分解・他の化合物への変換との平衡で微量だが、トランスポーターや他の結合たんぱくと結合することで蓄積するとこともあるかもしれない。
どの論文かはすぐに思い出せないですが、産生していると思われた細菌がTTXを徐々に分解するという報告もあったはずです。
- 浅川修一
- これ読んだなかったけど、重要な論文が出てたらタイムリーに教えてね。それでやはり広い細菌種でTTXが産生してるってことだけど、いままでの150種くらいの報告とは一味違うのか？
はい。承知しました。
一味違うまでは言えませんが、海水起源のものでは同定されておらず、淡水特有の細菌ではないかと言及されています。また、resultではスクリーニングした菌株を培養・測定していますがその大部分がTTXは産生されなかったと言及していますので、これまでの細菌と大きな違いはないのかなと感じています。
ただ、重要なポイントとなってくるので改めて細菌株の最新情報を調べます。
もしそうだとしたら、各菌で共通する生化学的プロセスのby productとして、結構ブロードの菌種で産生されるってことかもね。それであればポイントは結合たんぱくによる蓄積と安定化なのかもしれない。ならばプロテオームの世界のなるかも。しかしこの場合は耐性ナトリウムチャネルと、結合タンパクが、蓄積種特異的に共進化する必要があるね。結合たんぱくだけなら死んじゃうからね。
１ TTXが毒になる進化系統は？脊椎動物だけ？
２ TTX耐性はあるけどと蓄積しない上記１は多いのか？
しかしそんな都合の良い共進化、あるかな？
案外、ナトリウムチャネルがＴＴＸのエンドサイトーシスを行うという新説はとうだろうか？そのなかで耐性チャネルはエンドサイトーシスのみでチャネルのブロックはされず、細胞内にＴＴＸが蓄積するが、通常のチャネルはエンドサイトーシスされるよりもブロック効果の方が高くて死んでしまう。
この説が正しいとしたら、TTX耐性のある生物は蓄積する。ないのは蓄積しない。違ってるとしたら、TTX耐性はあるけど蓄積しないっていう生物がそこそこいてもいいんじゃないかと思うが。ポイントは蓄積なら耐性は真だが、耐性なら蓄積が真かどうかということになる。
- 浅川修一
- もしそうだとしたら、各菌で共通する生化学的プロセスのby productとして、結構ブロードの菌種で産生されるってことかもね。それであればポイントは結合たんぱくによる蓄積と安定化なのかもしれない。ならばプロテオームの世界のなるかも。しかしこの場合は耐性ナトリウムチャネルと、結合タンパクが、蓄積種特異的に共進化する必要があるね。結合たんぱくだけなら死んじゃうからね。
１ TTXが毒になる進化系統は？脊椎動物だけ？
２ TTX耐性はあるけどと蓄積しない上記１は多いのか？
しかしそんな都合の良い共進化、あるかな？
案外、ナトリウムチャネルがＴＴＸのエンドサイトーシスを行うという新説はとうだろうか？そのなかで耐性チャネルはエンドサイトーシスのみでチャネルのブロックはされず、細胞内にＴＴＸが蓄積するが、通常のチャネルはエンドサイトーシスされるよりもブロック効果の方が高くて死んでしまう。
この説が正しいとしたら、TTX耐性のある生物は蓄積する。ないのは蓄積しない。違ってるとしたら、TTX耐性はあるけど蓄積しないっていう生物がそこそこいてもいいんじゃないかと思うが。ポイントは蓄積なら耐性は真だが、耐性なら蓄積が真かどうかということになる。
先生がおっしゃっている通り、蓄積が大切になってくるのかもしれません。
1→TTXは電位依存性Naチャネルに作用するので、脊椎動物以外にも効果はあるはずです。実際、イソガニにおいて抗TTX作用を持つ高分子成分が見つかっていたりもします（フグ・イモリ・カニの耐性は論文か読み物で見ましたが、その他の生物については詳しくないので勉強しておきます）
2→耐性があるかどうかは貝であまり研究された事例はなかったと思うのですが、無毒の食用貝でTTXが検出される事例は報告されています。
先生が考えた説に似ているものがあるか調べてみます。
また、少し古い文献ではありますがTTX研究で有名な野口先生は（TTX 保 有生 物 の Na
チ ャ ン ネ ル は 全 て TTX 耐 性 で あ る とは 言 い きれ な い の
で ，そ れ 以 外の 要 因 ，例 え ば ，TTX を チ ャ ン ネル に 結
合 す る 前 に TTX と特 異的に 結合 して 毒性を 緩和す る化
合物の 存在 も 考え られ る。）と述べております。
- 浅川修一
- TTXが細胞のどこにいるのか、細胞内か、細胞間なのかなど、分かってる知識は？
その点はあまり明らかになっていない点です（保有生物のどの部位に毒があるかまでしか言及されていないと思います）。細胞とは関係ありませんが、私が知る限りでTTXと結合するものの名称が出ているのはフグ血漿内のタンパクとイソガニの体液中に存在するタンパクです。
承知しました。
To international studens
this is a request from our faculty office
【Request of the Survey regarding information disseminated by GSALS and FA/農学生命科学研究科・農学部からの情報に関するアンケート調査依頼】
*Japanese follows English
To all international students and researchers:
Last year our graduate school adopted a Declaration of Language Policy to accelerate the bilingual dissemination of administrative information in both Japanese and English.
To implement and improve this service, GSALS Language Policy Working Group has decided to conduct a survey of our international students and researchers to learn more about their information needs. A questionnaire has been prepared for this purpose.
We ask for your cooperation and hope to hear back from as many of you as possible.
1．Filling out the questionnaire
You can access the questionnaire from the link given below.
https://forms.gle/to3ATRvSeM9saM4Q9
２．Survey period
June 14 (Mon.) - July 5 (Mon.), 2021
Responsible group:
GSALS Language Policy Working Group
******************************
留学生・外国人研究者 各位
本研究科では昨年度に「英語併用宣言」（Declaration of Language Policy）を採択し、具体的な対応のひとつとして「事務文書の英語化」について検討してきました。
英語併用宣言ワーキンググループでは、留学生及び外国人研究者の皆さんに、研究科内の事務部からの情報発信についての意見収集を目的として下記のとおりアンケート調査を実施いたします。
多くの皆さんのご協力をよろしくお願いいたします。
記
１．回答方法
以下のURLから回答して下さい。
https://forms.gle/to3ATRvSeM9saM4Q9
２．実施期間
2021年6月14日（月）～7月５日（月）
【本件担当】
英語併用宣言ワーキンググループ
258室のキーエンスの蛍光顕微鏡でcerataという写真は溝端君が撮影したウミウシの組織でしょうか？先ほどキーエンスの飯草さんが顕微鏡のメンテナンスに来てくれて、きれいな写真だと感心していましたが、もっときれいに取る方法がある＋赤色蛍光の部分（葉緑体？）の面積を簡単に出すソフトを紹介できる、とのことです。必用だったら飯草さんに連絡します。
そうです！(といっても大部分は林さんに撮っていただいたものですが…)
撮影法+面積測定、非常に興味があります。飯草さんへお取り次ぎいただけると幸いです。
- 溝端秀彬
- そうです！(といっても大部分は林さんに撮っていただいたものですが…)
撮影法+面積測定、非常に興味があります。飯草さんへお取り次ぎいただけると幸いです。
了解です
よろしくお願いします。
https://www.hc.u-tokyo.ac.jp/covid-19_vaccine/
東大でもワクチン接種が7月中に始まるそうです。 ようやく少しは安心できそうですね（副作用を除けば）
先週ファイザーの一発目打ちましたが、翌日は大事な予定とか実験を入れないほうがいいと思います
腕上がらなくなって頭痛がしました
これが五十肩か〜となりました
1回目でもそうなったりするんですね…
カナダ、すでに成人の70%以上が一回目打ってるらしいのですが、周りの人の話聞く限りこの副作用の割合とだいたい一致する感じがします
https://www.mhlw.go.jp/content/000770985.pdf
接種後の副作用50％以上あるんですね…
to 4年生、M1
暇な時で構いません。 使用済みトナーを今度捨ててきてください。
場所は本郷の電化製品が売っている購買で捨てれるらしいです（私は捨てたことがないので、詳しい方いたら教えてください）
- 伊藤拓己
@Ryo Yonezawa 全く詳しくないのですが、今日本郷側に１８時くらいに行く用事があるのでその時に捨てに行こうかなと思うのですがいかがでしょう？？（１８時だと閉まってますかね？？）
ごめん、俺も知らないや
http://www.utcoop.or.jp/s1/
17:30までみたい？
http://www.utcoop.or.jp/news/news_detail_5598.html
17:30みたいですね！！（捨てる場所は外かもしれないですが、しまっていたら辛いので17:30前には捨てに行きます！）
また、近いうちに医療系廃棄物の捨て方を教えます。
なんでも良さそうですね。
来週捨てに行きましょう
入れています。何故でしょうか…
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/j/85408696950?pwd=V0hubXMydVlrM2pDek5BcnpzMGNudz09
一応私が入ったリンクをお送りします。
すいません、ロックされてたみたいですね。外しました。。今は入れますか？
どれくらいロックされてたんですかね、、、他に入れなかった人がいないといいんですが。
- 伊藤拓己
- ＠B4,M1,M2の方へ
本日16時ごろインクカートリッジの廃棄を手伝える方とかいらっしゃいますか？？
インクカートリッジを本郷に捨てに行きたいのですが、思ったより量が多く、一人では厳しいのでどなたかお手伝いいただけると助かります。僕含めて3人ほどいたらうれしいです。もし人が集まらなければ別の日に捨てに行きます。
多分行けると思います
スマホをWebカメラにできるソフトでとりあえず「Iriun Webcam」を試しましたが、良さそうでした。
https://ahtapae.work/how_to_use_iriun_webcam/
311、4Ｆの人はsuikou-g, suikou-aに接続したら、デスクトップPCと同じネットワークになっているはずなので、普通に使えると思います。
251の人は、現状はUSB接続しかできないと思いますが、近いうちにWiFiルーターを交換してブリッジモード接続にする予定で、そうしたら使えるようになると思います。
別にこのソフトをじっくり検証したわけではないので、ほかに良さそうなWEBカメラ化ソフトを知っている人がいたら教えてください。
https://jsfs.c-cloud.co.jp/
水産学会の秋大会は口頭発表のみらしいです。
（若手の会の会議（5月）出た時に上がった話としては、開催時期の感染状況によっては中止にすることも考えているようです）
締切は7月23日です
- 満山進
- https://www.cell.com/current-biology/fulltext/S0960-9822(21)00752-1
年齢形質は一様でなく、野生動物の年齢を知ることは難しいことがわかりますね。特に海洋にはとんでもなく長命な動物がまだまだいるのだろうなと想像します。
劉さんが組織をすり潰す手動式のホモジナイザー使いたいそうなので、場所を教えてあげてもらえますか。午後で結構です。
- Shigeharu KINOSHITA
@Ryo Yonezawa
劉さんが組織をすり潰す手動式のホモジナイザー使いたいそうなので、場所を教えてあげてもらえますか。午後で結構です。
承知しました
last week I looked it near tapestation
LoopSeqのアンプリコン用ライブラリ調整キットが2020年12月で販売中止になっていたのですが、なんと、精子シングルセルで使っている10xのCNVキットも2020年12月で販売中止になっていたとは…
https://www.10xgenomics.com/jp/products/single-cell-cnv
LoopSeqの代わりは、Nanoporeでより良く置換できそうで、既に結果も出ているのですが、10x CNVの代わりも開発しないとダメなのか…
SPLiT-seqで96ウェルに何度も分けてバーコードを付ける方法で何とか置き換えられないかなと検討中に、10x CNVのキットってどうやって全ゲノム増幅していたのだっけ？と確認しようとして販売中止を発見してしまったorz
10xはゲノムに関して切り捨てすぎ…
- Ryo Yonezawa
- https://jsfs.c-cloud.co.jp/
水産学会の秋大会は口頭発表のみらしいです。
（若手の会の会議（5月）出た時に上がった話としては、開催時期の感染状況によっては中止にすることも考えているようです）
リマインドです。水産学会秋大会（函館）の登録は明日までです。要旨の締め切りは８/６です。
https://www.nebj.jp/f/959
nebがNGS関連のキャンペーンをしてます。
ライブラリ調製キットやｒRNA除去（ポリAではない）・NANNOPOREで使う試薬などは頼んで試してみてもいいかもしれませんね。
キャンペーンの冊子が311にあるので興味がある方は見るといいかも
https://www.nebj.jp/products/detail/2177
自由に対象の rRNA を除去できるカスタム rRNA 除去キットがあるみたいです。除去プローブを作成する必要があるようなのでde novoには難しいでしょうが…
水産学会はみなし開催になってしまいましたね…
若手の会で現在、学生に発表機会を与えるためにオンラインのポスターセッションを設けようかという話になっています。詳細が決まりましたら改めて告知いたします。
また、私と林君はユニーク会という研究会に参加しようと思っています。
https://sites.google.com/view/animal-geeks/
マイナーな生物種を扱っている人は参加するといいかも
面白そう
これ聞くだけでも参加できんのかな
聞くだけでも大丈夫でしたよ
サンクス
参加フォームで選べたはずです
I will be practing a presentation for ICFA 2021 conference tomorrow at 7.00 pm - 7.15 pm... If you have a free time please join... https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/j/8474034783?pwd=eXRzWWY2SW5kQ2FHV0t5T2h4RnJzQT09
水産化学に置いているビーズ式ホモジナイザーですが、まだ蓋の修理の目途がついてません（当初の予定はお盆前の予定でした）…
しかし、3サンプルずつになってしましまいますが、小型のホモジナイザーのデモ機を2週間借りたので多量にやるのは大変ですはRNA抽出することは可能ですので、お使いください。
23-25のどこかで抽出やりましょう
PrimeSTAR® （https://catalog.takara-bio.co.jp/product/basic_info.php?unitid=U100009503）にも早い伸長時間のものが販売されてるみたいですね（repliQa HiFi ToughMixよりは遅いですが価格はこちらのが安価ですね）」
水産学会若手の会からのお知らせです。
https://jsfs-young-committee.jimdosite.com/%E3%81%8A%E7%9F%A5%E3%82%89%E3%81%9B/
学会自体はみなし開催で行われませんが、若手の会主催でシンポジウムとオンラインポスターセッション（※業績にはなりません）が行われます。
会員でなくとも参加できます。 M2以下の学生の発表練習としてポスターセッションに参加してみてもいいかもしれませんね
先週の審査でご指摘いただいた258室の換気口と258および251の謎の通気口に不織布を設置しました。
排水溝へのネット設置は、ネットの余りが見受けられなかったので、今度設置いたします。
セミナーで林君が練習をさせていただきましたが、私も同じ研究会で発表を行いますので練習を行いたいと思います。
本日の18時ごろから開始予定です。 都合が良い方は参加していただければ幸いです。
2495387091@utac.u-tokyo.ac.jpさんがあなたを予約されたZoomミーティングに招待しています。
トピック: Zoom meeting invitation - 2495387091@utac.u-tokyo.ac.jpのZoomミーティング
時間: 2021年9月7日 06:00 PM 大阪、札幌、東京
Zoomミーティングに参加する
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/j/81075658013?pwd=K1JvOTJ3YU1MeWtKaEJ0eXNITi80UT09
ミーティングID: 810 7565 8013
パスコード: 149093
ワンタップモバイル機器
+81363628317,,81075658013#,,,,*149093# 日本
+81524564439,,81075658013#,,,,*149093# 日本
所在地でダイアル
+81 363 628 317 日本
+81 524 564 439 日本
+81 3 4578 1488 日本
ミーティングID: 810 7565 8013
パスコード: 149093
市内番号を検索: https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/u/kd8WlT8avr
これから行いたいと思います。 良かったら参加してご意見いただけると幸いです。
今週水木金、来週月火水で水産化学がキーエンスの顕微鏡を使うようです（タイムラプスを撮るそうです）。
水産化学には旧型のキーエンスの顕微鏡がありますので、撮る必要がある方はそちらを借りるなどの対応をしてください。
JSTの新しい学生支援プログラムの情報が解禁されました。
https://www.u-tokyo.ac.jp/focus/ja/articles/z1304_00202.html
まだ読んでませんが、自分の場合どうGXに繋げるか悩みどころです…
締切は10月5日のようです。
そういえば、先週ある学会に参加して、当研究室OBで現University of Houston-Victoriaの金子元先生と一緒だったのですが、金子元先生は同位体を使って生物体内の代謝産物を追跡できるMRSを使っていて、TTXの生合成についてもそれが出来るのではないかなーと思って聞いてみたところ、以前そういうことを考えたことがあるけれどまだやっていないとのことでした。ヒラムシに同位体でラベルしたTTXの前駆物質を与えて、ヒラムシで同位体を含むTTXが作られれば、ヒラムシ体内でTTXが作られているという直接的な証拠になると思います。また、同位体を含むTTXがどの部位にあるかによって、ヒラムシ自身か腸内の共生バクテリアかもある程度分かるのではと思いました
- Shigeharu KINOSHITA
@Ryo Yonezawa
そういえば、先週ある学会に参加して、当研究室OBで現University of Houston-Victoriaの金子元先生と一緒だったのですが、金子元先生は同位体を使って生物体内の代謝産物を追跡できるMRSを使っていて、TTXの生合成についてもそれが出来るのではないかなーと思って聞いてみたところ、以前そういうことを考えたことがあるけれどまだやっていないとのことでした。ヒラムシに同位体でラベルしたTTXの前駆物質を与えて、ヒラムシで同位体を含むTTXが作られれば、ヒラムシ体内でTTXが作られているという直接的な証拠になると思います。また、同位体を含むTTXがどの部位にあるかによって、ヒラムシ自身か腸内の共生バクテリアかもある程度分かるのではと思いました
ありがとうございます。
春くらいの話ですが、糸井先生もＲＩを使ってラベルする実験をする（企画してる）とかは話してたので今度日大に行った時には聞こうと思っていたところでした。
実際、抗生物質で毒が減ることは分かったので、減らした状態でラベルした前駆体を投与して作れるかや若い個体のうちに投与してどうなるかといった実験はしたいと思ってます（方法があまり分かってないので、調べてみます）。
- Ryo Yonezawa
- ありがとうございます。
春くらいの話ですが、糸井先生もＲＩを使ってラベルする実験をする（企画してる）とかは話してたので今度日大に行った時には聞こうと思っていたところでした。
実際、抗生物質で毒が減ることは分かったので、減らした状態でラベルした前駆体を投与して作れるかや若い個体のうちに投与してどうなるかといった実験はしたいと思ってます（方法があまり分かってないので、調べてみます）。
もし興味があるなら、金子先生に連絡していろいろ聞いてみるとよいでしょう。研究室OBですので、気軽に相談に乗ってくれると思います。
- Shigeharu KINOSHITA
- もし興味があるなら、金子先生に連絡していろいろ聞いてみるとよいでしょう。研究室OBですので、気軽に相談に乗ってくれると思います。
ありがとうございます。
行いたいことを整理して連絡してみます。
https://www.yodosha.co.jp/jikkenigaku/book/9784758122535/index.html
実験医学からロングリードの取得方法から解析方法まで紹介されているナノポアの本が出るみたいですね
- Ryo Yonezawa
- https://www.yodosha.co.jp/jikkenigaku/book/9784758122535/index.html
実験医学からロングリードの取得方法から解析方法まで紹介されているナノポアの本が出るみたいですね
情報ありがとうございます。購入して研究室の本棚に置いておきたいと思います。（私のほうで発注します。）
ありがとうございます。
https://www.cis-trans.jp/spring_gx/index.html
springGXの申請書が公開されました。該当者は確認しましょう。
申請書は2Pで「グリーントランスフォーメーションの中での自らの研究の位置づけと提案」と「研究活動の状況」でした。
- Ryo Yonezawa
- https://www.yodosha.co.jp/jikkenigaku/book/9784758122535/index.html
実験医学からロングリードの取得方法から解析方法まで紹介されているナノポアの本が出るみたいですね
誰かスキャンしてくれたら嬉しいです…
今日は吉武先生のお誕生日でした！
先生おめでとうございます🎉
https://www.dropbox.com/sh/321kpjzxabp2j0x/AADIs5Tg6oRABa33CCOhYL1Na?dl=0
40代へようこそ
ついに40代になってしまいました💦 皆さんありがとうございました🎂
それから、本日停電後の復旧は無事に完了しました。今回の停電で何も壊れていないようでしたが、なにか不具合を感じたら教えて下さい。
(＾＾；
おめでとうございます🎉㊗️
ありがとう！でもそろそろ誕生日を素直に喜べない歳になってきたというか
ケーキにろうそく40本立てましょう！
^^；
新しく参加したメンバーも参加以前のトーク内容を確認できます。
以前研究室で担当した実験医学の連載が本になったようです
僕は空間トランスクリプトミクスの項を担当しています
https://www.yodosha.co.jp/jikkenigaku/book/9784758122528/index.html
皆さんの机のデスクトップPCと同じ構成のPCでテストすると、特に変更することなく、無事にWindows11へのアップデートが完了しました。ただ、どのような不具合があるかわからないので、まだしばらくはWindows10のまま使うようにしてください。
- 伊藤拓己
@Rabeb Teber
do you know where it is?
it is usually located on the top of this flask.
下記は昨年の日程です。
今年はまだ決まってないですが、例年大体同じような日程になります。
11月上旬に今年度の正式な日程が決まる予定です。
論文題目、論文審査員の提出 12月4日
論文要旨の提出 1月8日 13時
論文の提出（主査・副査計3部）1月19日
発表用ファイルの提出 1月29日 12時
発表会 2月1日 2月2日
新しく参加したメンバーも参加以前のトーク内容を確認できます。
大きな地震ありましたが、311は特に問題ありませんでした。
There seems to be no problem with the Biotron.
There seems to be no problem with the breeding room.
someone left a purse on the fridge, 311
本、高すぎてクレームが来てるのか抽選でプレゼントしてるらしいです
https://twitter.com/yodosha_em/status/1458619993520697345?s=21
I heard that the book is too expensive and they are giving it to you by lottery.
https://twitter.com/yodosha_em/status/1458619993520697345?s=21
谷内江先生もプレゼント用を自腹購入してるんですねｗ
Mr. Taniuchi also buys presents for himself, doesn't he?w
わろた
straw mat
来年度の授業日程を見ると、なぜか11/3は今年度同様に「祝日授業日」となっていて、世間ではお休みなのに学生実験をしないといけないようです？
Looking at the schedule for next year's class, for some reason, 11/3 is a "holiday class day" just like this year, and even though it's a holiday, it seems that we have to do a student experiment?
2019年3月29日にDNBSEQは特許違反でIlluminaから既に訴えられていたのですね。
https://jp.illumina.com/company/news-center/press-releases/2019/2392777.html
その後ずっと争っているのか、今年の1月にはIlluminaは逆にMGIから反トラスト法違反で訴えられているようです。
https://kyodonewsprwire.jp/release/202102241409
Illuminaのシーケンス時に一塩基ずつ読むという特許が一体どんなものか分かりませんが、日本だと3年くらいで結論出るようなので、そろそろ結果が出る頃でしょうか？
On March 29, 2019, DNBSEQ was already sued by Illumina for patent violations.
https://jp.illumina.com/company/news-center/press-releases/2019/2392777.html
Perhaps they have been fighting ever since, but it seems that Illumina was sued by MGI for violating the antitrust law in January this year.
https://kyodonewsprwire.jp/release/202102241409
I don't know what kind of patent it is to read one base at a time during Illumina's sequence, but in Japan, it seems that it will be concluded in about three years, so is it about time the results come out?
”MetaSearch”使ってみました。CorrelationとJaccard Distanceにはどんな違いがあるのか誰か教えていただけませんか？
I tried Meta Search.Could anyone tell me the difference between Correlation and Jacquard Distance?
ご利用ありがとうございますｗ 下記のような違いがあります。
Correlation-＞DB中の組成と相関係数の高いものを抽出
Jaccard Distance->1％以上の割合の生物を「存在した」として扱い、共通して存在した生物の割合が多いDB中のサンプル（距離としては0に近いほう）を抽出
どっちが良いかはサンプル次第な印象です。
Thank you for using it.There are the following differences.
Correlation -> Extract composition and correlation coefficients in DB
Jacquard Distance -> More than 1% of organisms are treated as "existent" and samples (near zero in distance) are extracted from DB with a large proportion of organisms in common.
It depends on the sample which one is better.
ありがとうございます！
あと要望ですがKrona chartのデータをテーブルでダウンロードできたり，Blastの結果をダウンロードできたりすると嬉しい気がします。
Thank you!
Also, I would appreciate it if you could download Krona chart data from the table and download Blast results.
コメントありがとうございます。
Kronaの元データをダウンロードするのは比較的簡単に実装できそうです。ただ解析自体は速度との兼ね合いでデータを1万件しか使わないようにしているので、他の目的で利用するのはどうかなという気もしますが、次のバージョンアップ時には対応できるように検討したいです。
Thank you for your comment.
Downloading Krona's original data seems relatively easy to implement.However, I try to use only 10,000 data for speed, so I don't think it's good to use it for other purposes, but I'd like to consider it so that I can handle it next time I upgrade the version.
そうなんですね。
I see.
今回はエビの腸内細菌のデータだったんですが，marine metagenomeのSSRがヒットしているなど興味深かったので，うまく活用できればなかなか発展的な考察ができそうですね。
アップデート，期待しております。
This time, the data on shrimp intestinal bacteria are very interesting, such as the success of Marine Metagenome's SSR, so if it can be used well, it will be considered developmentally.
I look forward to the update.
今年度の学生実験では、海、川、池のメタゲノムデータを取ってみて、MetaSearchDBに投げてみると、まぁそれなりに似たようなサンプルにヒットしていて、出てきたバクテリアがどういった環境に多いのか考えるきっかけにはなるなと思いました。
期待してたのは、日本のメタゲノムデータがヒットするのではないかと思ったのですが、100万サンプルを既にDBとして蓄えていますが、それでもそこまで近いデータは登録されていなかったようです。
In this year's student experiment, we took meta-genome data from oceans, rivers, and ponds and threw it into MetaSearchDB, and we thought it would be an opportunity to think about what kind of environment bacteria are coming out.
What I was expecting was that the Japanese meta-genome data would be a hit, but I already have 1 million samples stored as DB, but it seems that the data that is that close was not registered.
ポスドク募集についての情報です。
＞ノルウェー生命科学大学の当研究室で、２年間のポスドクを募集しております。
https://drive.google.com/file/d/1dfd2vmxFldFSXsvUKVdVhcIMpSG82XNV/view
The main purpose of the post-doctoral position is to qualify for work in high-level scientific positions. The goal of this project is to reveal the functional impact of target structural variants on early development in Atlantic salmon using CRISPR-Cas9 and/or Tol2 transgenesis in embryo and/or cell lines. To achieve this goal, the recruited researcher/postdoc will collaborate with the ongoing Atlantic salmon genomics project team at CIGENE.
The candidate will:
Participate in the selection process of targets from the candidate list
design, develop and perform CRISPR experiments and Tol2 transgenesis of salmon embryos and/or cell lines
investigate phenotype in Atlantic salmon embryo, skin and liver cell lines
Illumina-based DNA, RNA sequencing in collaboration with bioinformatics researchers
disseminate research in leading scientific journals in the field
Work with other researchers, including PhD and master’s students
Planned starting date is April 1st. 2022.
給与は年収710万円相当が最低ラインです。研究費は別途確保しています。
ノルウェーの研究環境などについては、インフォーマルなエッセイですが下記をご参照いただけますと幸いです。
https://sites.google.com/site/mariesaitou/essay
--
Marie SAITOU, Ph.D.
Tenure-Track Principal Investigator,
Centre of Integrative Genetics (CIGENE),
Faculty of Biosciences,
Norwegian University of Life Sciences
https://sites.google.com/view/saitou-lab
ポスドク募集についての情報です。
>ノルウェー生命科学大学の当研究室で、2年間のポスドクを募集しております。
https://drive.google.com/file/d/1dfd2vmxFldFSXsvUKVdVhcIMpsG82XNV/ビュー
博士後期職の主な目的は、高度な科学職への就職資格を得ることです。 このプロジェクトの目的は、胚および/または細胞株におけるCRISPR-Cas9および/またはTol2トランスジェネシスを使用して、大西洋サケの初期開発におけるターゲット構造変異体の機能的影響を明らかにすることである。 この目標を達成するために、採用された研究者/ポストドックは、CIGENEの現在進行中のアトランティックサーモンゲノムプロジェクトチームと協力します。
候補者は次のことを行います。
候補リストからターゲットを選択するプロセスに参加する
サケ胚および/または細胞株のCRISPR実験およびTol2トランスジェネシスの設計、開発、および実行
大西洋サケの胚、皮膚、肝細胞株の表現型を調べる
IlluminaベースのDNA、RNAシーケンシング、バイオインフォマティクス研究者との共同研究
その分野の主要な科学雑誌に研究を広める
博士課程や修士課程の学生を含む他の研究者との協力
開始予定日は2022年4月1日です。
給与は年収710万円相当が最低ラインです。研究費は別途確保しています。
ノルウェーの研究環境などについては、インフォーマルなエッセイですが下記をご参照いただけますと幸いです。
https://sites.google.com/site/mariesaitou/essay
--
MarieSaitou博士
テニュア·トラック·プリンシパル·インベスター
統合遺伝学センター(CIGENE)、
生命科学部
ノルウェー生命科学大学
https://sites.google.com/view/saitou-lab
年収710万円～なんですね… いいなぁ
My annual income is 7.1 million yen... That's great.
BGIのブースで色々聞きました。
stLFRはシーケンスの1レーンではなくて、1ランの試薬を全部変更しないといけないから、4サンプル必要。
アンプリコンシーケンスは、Illumina用と違って、自分で勝手に6塩基とかのインデックスを付けたPCR産物を混ぜて送ればOKとのことなので、RADseqとかも簡単に頼めそう。
I heard a lot about it at the BGI booth.
The stLFR is not one lane of the sequence, but all reagents in one run must be changed, so 4 samples are required.
Unlike Illumina, the amplicon sequence is OK to mix PCR products indexed with 6 bases and so on, so RADseq is easy to order.
久しぶりに対面の学会に参加できました。1日目の最後にAlphafoldのワークショップがあったので参加しました。Twitterで見かけていた内容で間違ってはいなかったかなと思いましたが、まとめますと、
・Alphafoldでできること
Blastではノーヒットのタンパク質でも、Alphafold->DALIで構造からホモロジー検索することでタンパク質の機能が推定できる場合があるので、ウェットの研究者もBlastを使うのと同様に使うべき
疾患の遺伝子変異については、予測された構造で表面にあるのかなどは確認する価値がありそう
Hisタグなどを融合させる前にはAlphafoldで予測すべし
・使う際の工夫
シグナルペプチドは切断してから構造予測をかける
・今のAlphafoldではできないこと
DNA, RNAの構造は今のAlphafoldは予測できないので、それらとの結合については不明。
低分子化合物とタンパク質の相互作用も計算できない（ただし、ATPなどの補因子との結合はすでに可能になっているらしい）
点変異などを入れても、立体構造はWTとほぼ同じになるらしく、変異自体の評価には向かない（ただし、別のツールと組み合わせて評価しようとしている人たちはいるみたい）
抗体の立体構造予想は精度が良くない（でも、重要なのは明白なので、絶対誰かが近いうちに改良するだろうとのこと）
・よくわからない仕様らしきもの
もっともらしさの指標として、pLDDTとPAEという指標があるけど、それを計算するためには別のモデルファイルを使う必要があるけど、そうすると予測精度が下がるらしい
研究室のサーバにもインストールしてあるので、是非使ってみて下さい。
http://www.suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp/dokuwiki/doku.php?id=alphafold%E3%81%AE%E4%BD%BF%E3%81%84%E6%96%B9#alphafold%E3%81%AB%E3%82%88%E3%82%8B%E3%82%A2%E3%83%9F%E3%83%8E%E9%85%B8%E9%85%8D%E5%88%97%E3%81%8B%E3%82%89%E3%82%BF%E3%83%B3%E3%83%91%E3%82%AF%E8%B3%AA%E7%AB%8B%E4%BD%93%E6%A7%8B%E9%80%A0%E4%BA%88%E6%83%B3
I was able to participate in a face-to-face meeting for the first time in a whileI attended the Alpha Fold workshop at the end of the first day.I thought there was nothing wrong with what I saw on Twitter, but to sum it up,
·What Alpha Fold can do
Wet researchers should use Blast as well as Blast because even non-hit proteins can sometimes be deduced by homology retrieval from the structure using Alphafold->DALI."
As for genetic variation of the disease, it seems worth confirming whether it is on the surface with the predicted structure.
Alphafold should be used to predict before merging His tags, etc.
·Development when using
Signal peptides cut off and then predict their structure.
·What you can't do with Alphafold today
The structure of DNA and RNA is unpredictable, so the binding to them is unknown.
The interaction between low molecular compounds and proteins cannot be calculated (although binding to cofactors such as ATP seems to be already possible).
Even with point mutations, the stereostructure seems to be almost the same as WT, so it is not suitable for evaluating the mutation itself (although some people seem to be trying to evaluate it in combination with another tool).
Antibody stereostructure prediction is not accurate (but it's obvious that it's important, so someone will definitely improve it in the near future).
·It seems that I don't understand the specifications.
As an indicator of plausibility, there are indicators called pLDDT and PAE, but in order to calculate it, you need to use a different model file, but if you do that, it seems that the accuracy of the prediction will decrease.
It is also installed on the laboratory server, so please try using it.
http://www.suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp/dokuwiki/doku.php?id=alphafold%E3%81%AE%E4%BD%BF%E3%81%84%E6%96%B9#alphafold%E3%81%AB%E3%82%88%E3%82%8B%E3%82%A2%E3%83%9F%E3%83%8E%E9%85%B8%E9%85%8D%E5%88%97%E3%81%8B%E3%82%89%E3%82%BF%E3%83%B3%E3%83%91%E3%82%AF%E8%B3%AA%E7%AB%8B%E4%BD%93%E6%A7%8B%E9%80%A0%E4%BA%88%E6%83%B3
大掃除に必要な掃除道具がありましたら、オーダーシートに載せておいてください。
とりあえず、パイプユニッシュみたいなものは買うつもりでいます。
If you need cleaning tools for general cleaning, please put them on the author's sheet.
For now, I'm going to buy something like pipe unish.
If you need cleaning tools for general cleaning, please put them on the order sheet.
For now, I'm going to buy something like pipe unish.
If you need cleaning tools for general cleaning , please put them on the author ' s sheet .
For now , I ' m going to buy something like pipe unish .
311's wifi router was rebooted and restored.
311のWi-Fiルータがリブートされ、復元されました。
311内の掃除の流れ
椅子など外に出せるものは外に出す。エアコンフィルターの清掃・棚実験台の清掃（ついでに照明を外す。）床掃除、流し掃除を行い、外に出したものを中に戻す。
不要物の整理という形で行っていきます。
Cleaning Flow in 311
Take out chairs and other things you can take out.Cleaning the air conditioner filter and cleaning the shelf laboratory (while removing the lighting)Floor cleaning, sink cleaning, and return what has been taken out to the inside.
We will organize unnecessary things.
掃除お疲れ様でした。ドーナツも来ると思いますが、どら焼きを311の入り口に置いてあります。
Thank you for your hard work cleaning.I think donuts will come, but Dorayaki is at the entrance of 311.
ドーナツ311にあります
It's in Donut 311.
Nagaya-sensei give the key to the right door of R405 and put it in the original box outside the door. If it disappears again, please report it immediately. Please close the door when you are the lastest one to leave, and put it back.
永谷先生はR405の右のドアの鍵を渡し，ドアの外の元の箱に入れる。 もしそれがまた消えたら、すぐに報告してください。 あなたが一番最後に出て行く時にドアを閉めて戻してください。
知り合いがなんと今10xにいるらしいのですが、販売中止になった10x CNVのキットは特許問題だったらしく、訴えたのはBioRAD+Illuminaの下記のddseq関係らしいです。
https://www.bio-rad.com/ja-jp/life-science/digital-pcr/single-cell-sample-preparation-for-ngs/ddseq-single-cell-isolator
My acquaintance seems to be in 10x now, but it seems that the discontinued 10x CNV kit was a patent problem, and it seems that BioRAD+Illumina's complaint is related to the ddseq below.
https://www.bio-rad.com/ja-jp/life-science/digital-pcr/single-cell-sample-preparation-for-ngs/ddseq-single-cell-isolator
私も何が出来るのか知らないのですが、ドキュメントには似たようなことができそうな図がありました。
I don't know what I can do, but there was a diagram in the document that I could do something similar.
新しく参加したメンバーも参加以前のトーク内容を確認できます。
今年のM2の方の修論を読んで、そういえば論文の書き方について文章化されたものをまずは読んでから書いたほうが良いのかなと思ったので、来年のM2の方に向け参考になりそうなサイトを貼り付けておきます。
論文を書くときの全体的な考え方：
https://nsec.jaea.go.jp/ers/environment/envs/koarashi_thesis.pdf
http://hiraizumi.my.coocan.jp/starthp/subpage08.html
人によって差異はあるでしょうけど、大体上のような感じでしょう。
上には書いてありませんでしたが、日大の卒論マニュアルで見かけた「図表は貼り付けるだけではダメ、ちゃんと本文で説明するように」というのは徹底してほしいと個人的には思いました。
あと、生物系の論文の細かいお作法的なことは下記にあり、通常は順守する必要があるので読んでおきましょう。（引用文献はzoteroなどのプラグインを使って自分でWordに直接書き込まないようにしたほうが良いとは思いますが。）
http://kuchem.kyoto-u.ac.jp/seika/shiraishi/note/report.html
それから単位については、下記のジャーナルの投稿規定に書いてありますが、
https://www.jstage.jst.go.jp/guide/jjprotozool/8/295/-char/ja/regulation_ja.pdf
特に注意してほしいところは下記の項目かなと思います。（ジャーナルによって多少ポリシーが違うかもしれません。）
a. 生物名：初出箇所において正式な学名をイタリックで記し，他の属名と混同する可能性がなければ，属名はその後イニシャルのみに省略する．生物の通俗名を用いる場合は，初出時に正式な学名を併記する．
c. 遺伝子名ならびに遺伝子産物の名称：原則として遺伝子名はイタリックで書き，その産物であるタンパク質名はイタリックにしない．なお，それぞれの生物種で用いられている命名法および表記法に従い，適切に記述すること．
d. 単位の書き方：g（グラム)，h（時間)，min（分)，s（秒)，yr（年)，mo（月)，wk（週)，ml（ミリリットル)，L（リットル)，×g（相対遠心加速度)，S（スベドベリ単位)，mm（ミリメートル)，cm（センチメートル)．
e. 記号の書き方：数学的記号と数字の間には半角スペースを入れる（例，1 + 2，1 < 2)．次のような場合は半角スペースを入れない．2×TBE, −85°C, 10%, 360°, 1–100.
f. 数字の書き方：1,000（1000 と書かない)．
When I read this year's M2 essay, I thought it would be better to read the written paper first, so I will paste a site that will be helpful for next year's M2.
Overall thinking when writing a paper:
https://nsec.jaea.go.jp/ers/environment/envs/koarashi_thesis.pdf
http://hiraizumi.my.coocan.jp/starthp/subpage08.html
It may vary from person to person, but it's generally like above.
It wasn't written above, but I personally wanted you to be thorough about the fact that you saw it in the graduation manual of Nihon University, "You can't just paste the chart.
Also, the detailed etiquette of biological papers is as follows, and it is usually necessary to observe them, so let's read them.(I think it's better not to use plugins such as zotero to write directly into Word.)
http://kuchem.kyoto-u.ac.jp/seika/shiraishi/note/report.html
Also, the unit is written in the following journal posting regulations.
https://www.jstage.jst.go.jp/guide/jjprotozool/8/295/-char/ja/regulation_ja.pdf
I think the following items should be noted in particular.(The policies may vary slightly depending on the journal.)
a. Biological name: The official scientific name is recorded in italics at the first appearance. If there is no possibility of confusion with other genus names, the generic name of the genus will be omitted only in the initial form.
c. Genetic names and product names: In principle, genetic names are written in italics, not in italics, but in accordance with the nomenclature and notation used in each species.
d. How to write units: g (gram), h (time), min (min), s (seconds), yr (year), mo (month), wk (week), ml (milliliters), L (liter), × g (relative centrifugal acceleration), S (Sbedberg unit), mm (mm), cm (cm).
e. How to write symbols: Insert half-width spaces between mathematical symbols and numbers (e.g., 1+2, 1<2). Do not include half-width spaces in the following cases. 2×TBE, -85°C, 10%, 360°, 1–100.
f. How to write numbers: 1,000 (not 1000).
それから、数字と単位の間はスペースを空けてください、ただし幾つか例外はあって%とか°Cとかはスペースをあけない人が多い気がします。
Also, leave a space between the number and the unit, but there are a few exceptions, and I think many people don't leave a space for % or °C.
I forgot how I found out about it and even when I applied for this lottery campaign from Integra (pipette company), but it seems I won a pipette controller. Does anyone have any suggestions where I should keep it? There’s already 2 in 311, but there are none in 258 and the one in the cell culture room seems very old (and a piece of it is broken too).
インテグラ（ピペット会社）から宝くじキャンペーンに応募しても、どうやって知ったのか忘れていましたが、ピペットコントローラーが当たったようです。 どこに保管しておくべきか、誰か提案はありますか？ 311にはすでに2つありますが、258にはありません。細胞培養室にあるのはとても古いようです(そして、その一部も壊れています)。
そういえば405の電子レンジが全然機能しなくなってしまったんですけど、電子レンジってどっからお金出してましたっけ？
Come to think of it, the 405 microwave doesn't work at all, but where did you pay for the microwave?
4階は分からんですけど、311は研究費か何かで買ってるはずです。
I don't know the 4th floor, but I think I'm buying 311 for research or something.
- Ryo Yonezawa
- 4階は分からんですけど、311は研究費か何かで買ってるはずです。
ありがとうございます！
研究費使うのもあれなので4階の住民でなんとかします笑
Thank you!
I don't want to spend my research money, so I'll do something about it as a resident on the 4th floor lol
LINEWORKSから5.5GB中4.48GB (81.53%)を使用との警告がありました。修論など大きなファイルはLINEWORKSにアップロードせずに、OneDrive, Google DriveなどにアップロードしてURLを共有してください。
LINEWORKS warned me to use 4.48GB (81.53%) out of 5.5GB.Instead of uploading large files such as Shuron to LINEWORKS, please upload them to OneDrive, Google Drive, etc. and share the URL.
水産学会の登録および要旨の提出が1/31まで延びた様です
It seems that the registration and submission of the main points of the Fisheries Society have been postponed until 1/31st.
水産学若手の会から連絡です
水産学会の初日（3/26㈯）にシンポジウムとナイトポスターセッションを行います。（私も携わっているので参加してもらえると嬉しいです）
シンポジウムでは、工学関連でゲノム選抜育種やゲノム編集、シングルセル解析で登壇される方がおりますので、勉強になるかと思います。
また、学部学生向けですが、50名まで無料で水産学会の春季大会に参加できる可能性がありますので、興味があれば4年生や稲橋君は応募すると良いかもしれません。
https://jsfs-young-committee.jimdosite.com/%E3%81%8A%E7%9F%A5%E3%82%89%E3%81%9B/
I'm contacting you from a group of young fisheries students.
The symposium and night poster session will be held on the first day of the Fisheries Society (March 26).(I'm also involved, so I'd appreciate it if you could participate.)
At the symposium, there are people who will appear in engineering-related genomic selection breeding, genome editing, and single-cell analysis, so I think it will be helpful.
Also, it is for undergraduate students, but up to 50 people may be able to participate in the spring convention of the Fisheries Society for free, so if you are interested, you may want to apply for it.
https://jsfs-young-committee.jimdosite.com/%E3%81%8A%E7%9F%A5%E3%82%89%E3%81%9B/
学会員じゃなくても参加できます
You can participate even if you are not a member of the university.
連鎖解析の時に使う新しい補助ツールを開発しているのですが、どのような環境なら動かせるのか知りたくてアンケート調査をしたいです。
下記のURLで動いているWEBアプリなのですが、GPUを使って高速化しているので、基本的にGPUがないと動きません。
http://suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp/test/seldla/seldla-map-arrange.html
M1 MacかNvidia GTX1650以降が搭載されたPCではOKでしたが、Nvidia GT710 (研究室の皆さんのデスクトップPC) や INTELの内臓GPUではNGでした。
他に、こんな環境で動いたよ、動かなかったよ、というのがあれば教えてもらえると嬉しいです。上記URLを開いて下記のような図が見えたらOKです。
We are developing a new auxiliary tool for chain analysis, and we would like to do a survey to know what kind of environment we can move in.
As for the web application running at the URL below, it is basically not working without GPU because it is high speed using GPU.
http://suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp/test/seldla/seldla-map-arrange.html
The M1 Mac or Nvidia GTX 1650 or higher PC was OK, but the Nvidia G710 (Laboratory Desktop PC) and Intel's built-in GPU were not OK.
I would appreciate it if you could let me know if there were any other things that worked or didn't work in this environment.If you open the above URL and see the picture below, it's OK.
おぉ！ ありがとうございます。2017年のIntelの内臓GPUならOKなのですね。
Oh! Thank you.Intel's built-in GPU in 2017 is OK, isn't it?
内蔵GPUで動くなら、色々と動きそう。。。私の持っているINTELは2010年ごろが多くて全滅でした。
If it works with an integrated GPU, I think it works a lot...There were a lot of Intel I had around 2010, so it was completely destroyed.
ファンがめちゃくちゃうるさいですけどね
The fans are really noisy.
MacBook Air 2020 はダメでした。
MacBook Air 2020 didn't work.
Dynabook問題なく開けました
Dynabook, I opened it without any problems.
NVIDA GeForce RTX 3060はOKでした。
The NVIDIA GeForce RTX 3060 was OK.
- Yoji Igarashi
- MacBook Air 2020 はダメでした。
皆様、ありがとうございます！
MacBook Air 2020で、Chromeでもダメでしょうか？MacBook Pro 2017でOKなら行けそうな感じもするのですが。。。
Thank you, everyone!
Can't I use Chrome for MacBook Air 2020?If MacBook Pro 2017 is OK, I think I can go...
- Ashley Rinka Smith
- (写真)
ありがとうございます！内蔵GPUなのかどうかわかると嬉しいのですが、五十嵐さんのようにタスクマネージャー開いてみることはできますか？
Thank you!I would appreciate it if you could know if it is an integrated GPU, but could you open a task manager like Igarashi?
Chromeでは開けました。
開くのに20秒ぐらいです。
I opened it in Chrome.
It takes about 20 seconds to open.
ちなみにmba2015ダメです
By the way, mba2015 is not working.
- Yoji Igarashi
- Chromeでは開けました。
開くのに20秒ぐらいです。
ありがとうございます。ブラウザのテストをしていませんでしたが、今のところChrome、新Edgeでは5秒くらいで開いて、Firefoxはゆっくり30秒くらい、でした。Safariも後でテストしてみようと思うけど、Chrome限定と書いておいた方が良さそうな感じがしました。
Thank you very much.I didn't test my browser, but for now, it opened in about 5 seconds on Chrome and the new Edge, and Firefox took about 30 seconds slowly.I'm thinking of testing Safari later, but I think it's better to write Chrome only.
- Kijima Yusuke
- ちなみにmba2015ダメです
ありがとうございます！
Thank you!
2017年以降のINTEL内蔵GPUでもOK、2015年以前はNGとわかって、だいぶ動作環境がはっきりしました。とても助かりました。
Intel integrated GPUs after 2017 are fine, and the operating environment has become quite clear since 2015 when it was found to be NG.It was very helpful.
余談といいますか、CとかJavaとかでGPUを使ったプログラミングは結構面倒だったのですが、最近のブラウザは扱いやすいJavascriptでGPUを使えるようになっていて、NativeアプリをCなどで下手に書くよりは、ブラウザのアプリを作ったほうが解析ツールとして速くて驚きました。NativeでGPU使おうとすると、NvidiaのCUDAのバージョンを開発者の環境と一致させたりとか結構面倒なんです。
By the way, programming using GPUs in C and Java was quite troublesome, but I was surprised that it was faster to make a browser app than to write a native app poorly in C.When I try to use GPU with Native, it's quite troublesome to match the CUDA version of Nvidia with the developer's environment.
Safariは3分待ってもダメですね。
ファンがうるさい。笑
Safari can't wait for 3 minutes.
Fans are noisy.Lol
- Yoji Igarashi
- Safariは3分待ってもダメですね。
ファンがうるさい。笑
ありがとうございます！GPU連携はChromeが優秀そうですね。
Thank you!Chrome seems to be excellent in GPU collaboration.
質問１
「CとかJavaとかでGPUを使ったプログラミングは結構面倒だった」のJava と「最近のブラウザは扱いやすいJavascriptでGPUを使えるようになっていて」のJavascript、違うのでしょうか？
質問２
「NativeアプリをCなどで下手に書くよりは、ブラウザのアプリを作ったほうが」、とは、「Cで書lこうと思ったNativeアプリ」と同等のものが、ブラウザのアプリの中にまあまあ見つかるので、まずは探して見たら、ということでしょうか？
Question 1
Is Java in "Programming with GPUs in C and Java quite troublesome" different from Javascript in "These days browsers are easy to handle and can use GPUs?"
Question 2
"Rather than writing Native apps poorly in C, etc., it's better to make a browser app," means that you can find something similar to Native apps that you wanted to write in C, so should you look for them first?
> 質問1
JavaとJavascriptは違う言語です。どちらもC派生言語なので、基本的には似ているのですが、主にJavaはサーバ側で、Javascriptのほうはユーザのブラウザ側で動く言語として使われます。
> 質問2
ブラウザアプリは制約も多くて、大半のNGSツールはブラウザで動かないと思います。これから開発していくメモリーを必要としない解析なら、ブラウザで動くアプリも良さそうだなと思いました。
CでGPUを使うのは、その手続きだけでも100行くらい書かないといけなかったような記憶があって、しかもユーザに使ってもらうときにドライバのバージョンを揃えてもらう必要などがあって中々難しいです。
ブラウザでGPUが使えると、多少オーバーヘッドで速度が犠牲になるにしても、ユーザ側からすると簡単に使えるし、プログラマー側からしても簡単に書けるライブラリがあるので良さそうだなと思いました。
> Question 1
Java and Javascript are different languages.They are both C-derived languages, so they are basically similar, but Java is mainly used on the server side and Javascript is used as the browser side of the user.
> Question 2
There are many restrictions on browser apps, and I don't think most NGS tools work with browsers.If you don't need the memory you're going to develop, I think an app that runs on a browser would be good.
It is very difficult to use GPU in C because I remember that I had to write about 100 lines just for that procedure, and I also need to have the driver version ready when I ask the user to use it.
If you can use GPU in your browser, even if it costs a little overhead and speed, I think it would be good because there is a library that can be used easily from the user's side and written easily from the programmer's side.
No problem and the PC is quiet~
問題ないし、パソコンも静かだし~。
- Xi Fu
- No problem and the PC is quiet~
Thank you！ Kijima's MacBook Air 2015 failed, but your Macbook Pro 2015 could open it. The difference is "Intel Iris Graphics 6000" or "6100". Hmmm.
ありがとう!木島のMacBookAir2015は失敗しましたが、MacbookPro2015では開くことができます。 違いは「IntelIrisGraphics6000」と「6100」です。 うーん
- Kazutoshi Yoshitake
- ありがとうございます！内蔵GPUなのかどうかわかると嬉しいのですが、五十嵐さんのようにタスクマネージャー開いてみることはできますか？
見落としていました、すみません。pcは無音なんですけどね…
I overlooked it, sorry.The pc is silent though...
- Ashley Rinka Smith
- (写真)
ありがとうございます。Macは2015-2017あたりより後は大丈夫そうなのですが、私の手元にあったWin11で2018年のIntel core i3 (Intel UHD Graphics 620)で試すと駄目でしたが、2021年のcore i7内蔵GPUならOKなのですね。
何が問題かまだよく分かりませんが、Winでも最新のIntel GPUなら大丈夫というのが分かって助かりました。
Thank you very much.Mac seems to be fine after 2015-2017, but I couldn't try it with Win11 (Intel UHD Graphics 620) in 2018, but the core i7 integrated GPU in 2021 is OK.
I'm not sure what the problem is yet, but it was helpful to know that Win is okay with the latest Intel GPU.
1月とかにフロンの回収依頼をされたりしましたか？
身に覚えのない請求書が工学宛（中谷さん宛）で届いていたのですが…
Shuichi Asakawa Shigehara KINOSHITA Kazutoshi Yoshitake Did you request the recovery of fluorocarbons in January?
An invoice I didn't remember arrived to engineering (Mr. Nakatani).
- Ryo Yonezawa
@浅川修一 @Shigeharu KINOSHITA @Kazutoshi Yoshitake 1月とかにフロンの回収依頼をされたりしましたか？
身に覚えのない請求書が工学宛（中谷さん宛）で届いていたのですが…
私はフロンの回収依頼はしておりません。
I have not requested the recovery of fluorocarbons.
いえ、ありません
No, I don't.
浅川先生お誕生日おめでとうございます🎂👏🏻
https://drive.google.com/drive/mobile/folders/1-6g-9WdHXumRL1QCGWEvHYwvXtk6zEpx
Happy birthday, Mr. Asakawa🎂👏🏻
https://drive.google.com/drive/mobile/folders/1-6g-9WdHXumRL1QCGWEvHYwvXtk6zEpx
承知しました。 ありがとうございます。
Kazutoshi Yoshitake Shigehara KINOSHITA
All right. Thank you.
311にカナダ土産のチョコレート置いときました。USAって書いてあるけど気にしないように
I left Canadian souvenir chocolate on 311.It says USA, but don't worry.
3月末まで日本にいる予定でちょこちょこラボに顔出すと思うのでよろしくお願いします
I plan to stay in Japan until the end of March, so I think I'll be in the lab often, so please take care of me.
thank you.. let's celebrate your arrival 
ありがとうございます。 あなたの到着をお祝いしましょう(moongrin)
伊藤くんのeDNAデータベース「MitoSearch」の修論の内容をBioRxivに投稿したものが昨日公開されました。
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.03.09.483700v1
データベースのほうはGoogle Analyticsを埋め込んでいてアクセス解析をしていますが、BioRxivを見て30人くらい新規に見にきてくれたようです。今のところ、見てくれた人は全員日本からだけですが、そのうち海外からもたくさんアクセスが来ると良いなぁ。
A post on BioRxiv about Ito's eDNA database MitoSearch was released yesterday.
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.03.09.483700v1
The database has Google Analytics embedded in it for access analysis, but it seems that about 30 new people came to see BioRxiv.So far, all the people who saw it are only from Japan, but I hope they will get a lot of access from overseas soon.
修論に書いている内容であれば、英訳すればそのままbioRxivには通るようなので、投稿論文は難しくてもbioRxivに投稿して成果を世に発表しておくと良いかも？
If it's written in the essay, it seems to pass bioRxiv as it is in English translation, so even if it's difficult to post a paper, it might be better to post it on bioRxiv and present the results to the world.
大きめの地震がありましたが、311は特に被害ありませんでした。
There was a big earthquake, but 311 was not particularly damaged.
- 溝端秀彬
- 大きめの地震がありましたが、311は特に被害ありませんでした。
気になってました。安心しました。ありがとうございます。
I was curious.I'm relieved. Thank you.
258も特に問題ありません
258 is no particular problem.
バイオトロンも大丈夫そうです。
Biotron seems to be fine.
251、飼育室も大丈夫そうです
251. The breeding room seems to be fine.
ハタのゲノムシーケンスをHiFiリードで読むように依頼しているのですが、その際に向こうでやってくれるクオリティチェックがBioanalyzerを使っていて、こちらのテープステーションの結果とだいぶ違っており、短いDNAが多いと指摘がありました。(下記添付図)
向こうでBluepippinを使った切り出し精製をしてくれるので問題にはならないはずですが、ナノポアを使う場合はテープステーションを信じてシーケンスすると短い結果になったことがあって、実際にはテープステーションで見ているよりも短いDNAが多いというのが正しいのかもしれません。ゲノムDNAのサイズ確認はテープステーションではなくて、普通の電気泳動のほうが良いのかも？
I asked them to read the sequence of the pigeon genome with HiFi lead, but they pointed out that the quality check they do over there was very different from the results of this tape station and that there are many short DNA.(Attached picture below)
It shouldn't be a problem because they use bluepippin for cutting and refining, but if you use nano-pore, you'll get short results if you trust the tape station and sequence it, and it's true that there are actually more short DNA than you see on the tape station.Is normal electrophoresis better than tape stations to check the size of genomic DNA?
311のサーバの電気代いくら位になるのだろうと何となく調べてみました。ワットメーターをつけているので使用している電気量は分かって、常時9000Wは使用していました。それを1年分使ったときの金額にすると。。。
I wondered how much the electricity bill would be for 311 servers.I knew how much electricity I was using because I had a wattmeter on, so I always used 9000W.If I were to use it for one year...
自宅では維持できませんね
You can't keep it at home.
これから3号館前で大学院修了者の写真撮影があります
There's going to be a photo shoot for graduate students in front of Building 3.
農学部改革でスペースチャージと共に電気代の利用者負担も検討されているようですが、間接経費はどうなるんでしょうね
It seems that the reform of the agricultural department is considering the cost of electricity as well as space charge, but I wonder what will happen to indirect costs.
https://www.gakkai-web.net/jsfs/kaikoku/symposium.html
本日13時から、若手の会主催のシンポジウムがあります。
会員じゃなくとも参加できますので、よかったら聞いてください。
ZoomID:850 4279 9929 PW:220499
https://www.gakkai-web.net/jsfs/kaikoku/symposium.html
There will be a symposium hosted by the Young People's Association from 1:00 p.m. today.
You can participate even if you are not a member, so please ask if you like.
ZoomID: 85042799929 PW: 220499
承知しました。
All right.
座長お疲れ様でした。
Thank you for your hard work.
ありがとうございますｗ
Thank you very much.
水産学会の講演会場へのアクセスについて、マイページにログインはできるんですが、会場へのアクセスをクリックするともう一度IDとPWを要求されてアクセスできません。私だけ？
Regarding access to the lecture hall of the Fisheries Society, I can log in to My Page, but when I click on access to the venue, I am asked for my ID and PW again, so I cannot access it.Am I the only one?
Chromeの機能拡張のどれかが邪魔をしていたようです。アクセスできるようになりました
One of Chrome's enhancements seems to have disturbed me.You can now access it.
新しく参加したメンバーも参加以前のトーク内容を確認できます。
@西脇和哉 西脇君と同時刻の工樂先生の発表を聞いてきました。HMWDNAの精製にはBioRAD CHEFまたはNucleobond AXGカラムを用いているようでした。
AXGカラムについては、Nucleobond HMWと似たようなシステムとなっています。
https://catalog.takara-bio.co.jp/product/basic_info.php?unitid=U100006701
BioRADのものは以下のリンクの製品が正しいか分かりませんが、ゲル包埋抽出の試薬みたいです。
https://www.bio-rad.com/ja-jp/product/chef-genomic-dna-plug-kits?ID=21f77550-a849-4d32-b90f-c9428fc7b425
論文等でもしかしたら既に知っているかもしれまんが共有した次第です。
@ Kazuya Nishiwaki I listened to the presentation of Mr. Kogaku at the same time as Mr. Nishiwaki.It seemed that BioRAD CHEF or Nucleobond AXG columns were used to refine HMWDNA.
The AXG column is similar to the Nucleobond HMW system.
https://catalog.takara-bio.co.jp/product/basic_info.php?unitid=U100006701
I don't know if the product in the link below is correct for BioRAD, but it looks like a reagent for gel embedding extraction.
https://www.bio-rad.com/ja-jp/product/chef-genomic-dna-plug-kits?ID = 21f77550-a849-4d32-b90f-c9428fc7b425
You may already know about it in your thesis, but I shared it with you.
新しく参加したメンバーも参加以前のトーク内容を確認できます。
新しく参加したメンバーも参加以前のトーク内容を確認できます。
産業医の巡回は明日です。
311は目に見える飲食物や廊下にあるゴミ箱は中に入れるなどしました。
私はサンプリングのため夕方まで明日は戻ってきませんので、よろしくお願い致します。
The industrial doctor's patrol is tomorrow.
311 put visible food and drink and trash cans in the hallway inside.
I won't be back tomorrow until evening due to sampling, so please take care of me.
- Ryo Yonezawa
- 産業医の巡回は明日です。
311は目に見える飲食物や廊下にあるゴミ箱は中に入れるなどしました。
私はサンプリングのため夕方まで明日は戻ってきませんので、よろしくお願い致します。
ありがとうございます。
Thank you.
完全に遊びなんですがマッコウクジラが死んだので筋肉貰うついでに脳油もそこそこ貰ってきました。
歴史の教科書とかにのってる脳油ランプができるのかやってみるので気になった人いたら声かけてください。
It's just a game, but the whale died, so I got some brain oil while getting muscles.
I'll try to see if there's a brain oil lamp on the history textbook, so if you're interested, please let me know.
やりたいです！！！
I want to do it!!!
白鯨思い出した
I remembered the white whale.
先生方、教職員メーリスで流れてる重要そうな情報は共有してもらえるとありがたいです。海外学振の締め切り逃してしまいました、、、まあ気づかなかった僕が悪いんですが。
Teachers, I would appreciate it if you could share the important information in the faculty email.I missed the deadline for studying abroad...I'm sorry I didn't notice.
すみません、学振の締め切りなど直接連絡がいかないのですね。
I'm sorry, but I can't contact you directly about the deadline for school vibration.
教職員限定だったみたいです
It seems that it was limited to faculty.
すいません、海外学振の募集、意識していませんでした、、、、学生が応募するものについては学生にも通知が行くように事務に聞いてみます
I'm sorry, but I wasn't conscious of recruiting overseas students... I'll ask the office so that students can be notified about the application.
今日はお疲れ様でした。 ヒラムシの飼育が2人にやりたいものの参考になるかは分かりませんが、次回来た時にでも声掛けてください。
ヒラムシを飼育している、7号館の飼育室を案内します。
Mihide Shimomura, Takashi Yusuke, thank you for your hard work today. I don't know if raising a hiramushi would be helpful for both of you, but please let me know the next time you come.
I will guide you to the breeding room of Building 7, where you can raise the clams.
our work is featured as a cover art of this month!
https://www.nature.com/nbt/
私たちの作品が今月のカバーアートとして特集されています!
https://www.nature.com/nbt/
FRACTALってどういうときに使えそうなのでしょうか？うちのラボで使ったほうがよさそうな例ってありますか？
When can I use FRACTAL?Are there any examples that I should use in our lab?
input配列がクソみたいに多い時だけなので、うちではあまりなさそうですね
It's only when there are so many input sequences, so it doesn't seem to be very common at home.
今Sars-cov2の登録配列全部ぶち込んで系統追跡しようとしてます。そういうスケールだと強みが活かせると思います
I'm trying to track the system by putting all the registered sequences of Sars-cov2.On that scale, I think we can make use of our strengths.
あぁ、なるほど、1000万配列とかでも動くのですよね。セットアップは大変そうでしょうか？
Oh, I see, it works even with 10 million sequences.Do you think the setup will be difficult?
いや、SuiikouのSGEで動くと思います
No, I think it will work with Suiikou's SGE.
木のトポロジーにもよるんですが、10Mくらいなら動くんじゃないかと思います。バランスの取れた二分技で235M(2億)配列まで動くことを論文でテストしました。
It depends on the topology of the tree, but I think it will work if it is about 10 meters.We tested in our paper that a balanced dichotomy moves up to a 235M (200 million) array.
大規模な系統樹作成はスパコン「京」とかでも良く試されていましたが、ノードをまたいだ並列化が可能なソフトはまだ開発されていなかったということなのですね。そこまでのデータを使うことになったら試してみたいです。
Large-scale tree-building was often tried at the spa computer "Kyo," but software that can be parallelized across nodes has not yet been developed.I'd like to try it if I use that much data.
そうですね。タスクを単純に分割するだけじゃなくて、木構造に注目して再起的にジョブを細分化していくことでこれまでにないスケールの計算ができるようになってます
まあアルゴリズム組んだのは筆頭著者の方なので細部の実装まで完全に理解しているわけではないんですが。（僕はFig4, 5の解析担当でした）
Well, it's not just dividing tasks, it's also focusing on the tree structure and then subdividing jobs again, so that we can calculate scales that we've never before.
Well, the head author is the one who set up the algorithm, so I don't fully understand the implementation of it.(I was in charge of analyzing Figs 4 and 5)
今プロトコル論文書いてるので、それが出ればもう少し使いやすくなると思います！
I'm writing a protocol paper now, so I think it'll be a little easier to use if it comes out!
ハタのHiFiシーケンス結果が返ってきましたので、hifiasmでアセンブルしてみました。そうすると、N50: 20Mb、ゲノムサイズ: 1.1Gb、コンティグ数: 586のとても長いコンティグがすんなり出来てしまいました。
Hi-Cも読んでいたので、Hi-Cも加えて染色体を作ろうとしていますが、これだけ長いコンティグが出来ていれば、容易に染色体にまとまるだろうと思われます。
70万円ほどかかりますが、DNAを送れば向こうで切り出し精製してシーケンスしてくれるので、キアゲンのキットでとったDNAなど普通の分解していないDNAであれば大丈夫そうな気がしました。
I received the result of HiFi sequence from Hata, so I tried assembling it with hifiasm.Then I could easily do a very long contiguration with N50:20Mb, genome size: 1.1Gb, and number of contigues: 586.
I've been reading Hi-C, so I'm trying to add Hi-C to make a chromosome, but with such a long contiguration, I think it'll be easy to put it together.
It costs about 700,000 yen, but if you send the DNA, it will be cut out, purified and sequenced over there, so I think it would be okay if it was normal undissolved DNA such as the DNA taken from the kit of Kiagen.
すみません、誤解のある書き方になっていたかもしれませんが、HiFiシーケンスが70万円で、デフォルトオプションで切り出し精製してくれます。こちらで送ったDNAはチャニンヤさんがキットで抽出したDNAで、普通に研究室でナノポアなどで読んでいるくらいの長さのDNAでした。
ゲノムサイズが1Gbだと、Hi-Cが40万円くらいなので、大体100万円あれば染色体レベルのゲノムが出来てしまうのかと戦慄しました。
I'm sorry, but the HiFi sequence is 700,000 yen, and the default option is to cut it out and refine it.The DNA I sent you was the DNA that Chaninya extracted from the kit, and it was as long as I usually read it in the laboratory with nanoparticles.
If the genome size is 1Gb, Hi-C costs about 400,000 yen, so I shuddered at the thought that about 1 million yen would make a chromosome-level genome.
- Kazutoshi Yoshitake
- すみません、誤解のある書き方になっていたかもしれませんが、HiFiシーケンスが70万円で、デフォルトオプションで切り出し精製してくれます。こちらで送ったDNAはチャニンヤさんがキットで抽出したDNAで、普通に研究室でナノポアなどで読んでいるくらいの長さのDNAでした。
ゲノムサイズが1Gbだと、Hi-Cが40万円くらいなので、大体100万円あれば染色体レベルのゲノムが出来てしまうのかと戦慄しました。
デフォルトで切り出し精製してくれるのであれば、西脇君のオンデンザメのDNAも低分子は気にせずに、現在のサンプルでHiFiシーケンスに出せばオッケーということですか？
If you can cut it out and refine it by default, do you mean that Nishibaki-kun's onden shark DNA can be put into the HiFi sequence with the current sample without worrying about low molecules?
- Shigeharu KINOSHITA
- デフォルトで切り出し精製してくれるのであれば、西脇君のオンデンザメのDNAも低分子は気にせずに、現在のサンプルでHiFiシーケンスに出せばオッケーということですか？
西脇くんのDNAくらいあれば、十分HiFiシーケンス出来そうな気がします。
I think I can do HiFi sequence enough with Nishibaki-kun's DNA.
ちょうど本日、共同研究先のかずさDNA研究所の白澤さんがマツタケのゲノムをHiFiで読んだ結果を送ってくれたのですが、そのやり取りでのコメントで、
「普段こちらで植物で実施している方法ですとN50が20-30 kbくらいは取れます。また、HiFiリードをゲノムサイズの60x以上を取ると数GbのゲノムでもT2Tのアセンブルができております。」
とのことで、数GbのゲノムでもHiFiだけで完全にゲノム解読が出来てしまう時代なのかもしれません。。。
Just today, Mr. Shirazawa of the Kazusa DNA Institute, a joint research partner, sent me the results of reading the genome of matsutake mushrooms on HiFi, and in the comments in the correspondence,
"We usually use plants here to get 20-30 kb of N50.In addition, if the HiFi lead is taken over 60x genome size, T2T can be assembled even in a few Gb genome."
So maybe even a few Gb genomes can be completely deciphered by HiFi alone...
三重県の事業でヒトエグサのゲノムを読む予定です。本年度から予算は付いてるので色々またご相談させてください！
I'm planning to read the genome of a human egusa at a business in Mie Prefecture.I have a budget from this fiscal year, so I would like to consult with you again!
先ほどゲノムサイズ150Mbのマツタケを共同研究者がHiFiで読んでアセンブルした結果を送ってくれたのですが、テロメア配列を調べると、13本中12本で両端にテロメアのリピート(TTAGGG)がついていたそうです。次に添付します。
HiFiアセンブルでは2倍体のゲノムのハプロタイプを一本ずつ分けて出してきますが、そのハプロタイプ同士を比較すると、1か所片方ではキメラに繋いでしまっているのがわかるので、やはりアセンブル結果を確認するHi-Cなり、連鎖解析は必要だと思いましたが、それにしてもテロメアまで本当につながってしまうとは…
A while ago, a co-researcher read 150 Mb of the genome size on HiFi and sent me the results of assembling it, and when I checked the telomere sequence, I found that 12 out of 13 had telomere repeat (TTAGGG) on both ends.Next, I will attach it.
HiFi assembles divide the haplotypes of diploid genomes one by one, and when comparing them, you can see that one of them is connected to a chimera, so I thought it was necessary to check the assembly results.
矢印がテロメアだそうです。
The arrow is telomere.
ニシオンデンザメはゲノムサイズが2Gbなので、1Gbのハタよりもリード数を倍にする必要がありますが、恐らく100万円ほどでHiFiリードが読めるのではないかなと思います。
The Nishiondeng shark has a genome size of 2Gb, so it needs to double the number of leads compared to the 1Gb pigeon, but I think you can probably read the HiFi lead for about 1 million yen.
オンデンザメはサンプル状態からHiCは無理そうですが、HiFiリードだけでもここまでつながるのなら、100万高くないですよね
It seems that HiC is impossible because of the sample condition of the Onden shark, but if the HiFi lead alone can connect to this point, it will not be 1 million yen.
新しく参加したメンバーも参加以前のトーク内容を確認できます。
HiFiではゲノムサイズが2GBでは、恐らく2セル読んだほうが良いのですが、その場合は税込みのお値段が150万円くらいするようです。円安の影響もあって去年よりも高いです。
下記はオンデンザメを依頼しようとして、見積もりを取った結果です。参考情報としてシェアします。
◆1セル：PacBio CCS (Hifi read) シーケンス [データ取得のみ]
├受入サンプルまたはデータ形式：DNA
├サンプル数：1
├アプリケーション：PacBio CCS (Hifi read) Sequencing
├利用機器：PacBio Sequel II
├取得データ量：1 SMRT Cell（データ量保証不可）
├概算料金： 770,000円+税/1検体
└参考納期： サンプルまたはデータの受領より8週～10週
◆2セル：PacBio CCS (Hifi read) シーケンス [データ取得のみ]
├受入サンプルまたはデータ形式：DNA
├サンプル数：1
├アプリケーション：PacBio CCS (Hifi read) Sequencing
├利用機器：PacBio Sequel II
├取得データ量：2 SMRT Cell（データ量保証不可）
├概算料金： 1,347,000円+税/1検体
└参考納期： サンプルまたはデータの受領より8週～10週
HiFi has a genome size of 2GB, so it's probably better to read 2 cells, but in that case, the price including tax seems to be about 1.5 million yen.It is higher than last year because of the yen's depreciation.
Below is the result of getting an estimate for the Onden Shark.I will share it for your reference.
◆ 1-cell: PacBio CCS (Hifi read) sequence [data retrieval only]
受 Accepted samples or data formats: DNA
サンプル Number of samples: 1
アプリケーション Applications: PacBio CCS (Hifi read) Sequencing
利用 Equipment used: PacBio Sequel II
取得 Amount of data retrieved: 1 SMRT Cell (data volume not guaranteed)
概 Approximate fee: +770,000 + tax / 1 specimen
参考 Reference Delivery Date: 8-10 weeks after receipt of samples or data
◆ 2-cell: PacBio CCS (Hifi read) sequence [data retrieval only]
受 Accepted samples or data formats: DNA
サンプル Number of samples: 1
アプリケーション Applications: PacBio CCS (Hifi read) Sequencing
利用 Equipment used: PacBio Sequel II
取得 Amount of data retrieved: 2 SMRT Cell (data volume not guaranteed)
概 Approximate fee: 71,347,000 + tax / 1 specimen
参考 Reference Delivery Date: 8-10 weeks after receipt of samples or data
HiFiについて、カバレッジの影響がどのくらいかのベンチマーク論文を調べてみますと、下記は酵母ゲノムでの結果になりますが、20xくらいでN50としては頭打ちになるけど(Fig. 6D)、10xのカバレッジではまだ伸びる余地があるという感じのようです。完全長の遺伝子数(Fig. 6E)も似たようなグラフになっています。
https://academic.oup.com/bib/article/23/3/bbac146/6576452
If you look at HiFi's benchmark paper on how much coverage affects you, the results below are in the yeast genome, but 20x is the lowest level for N50 (Fig.6D), but 10x coverage still has room for growth.The number of genes in full length (Fig.6E) is similar.
https://academic.oup.com/bib/article/23/3/bbac146/6576452
HiFiリードのデータ量ってどのくらいでしたっけ？
What was the amount of HiFi lead data?
1セルで20Gbaseくらいです。ハタはゲノムサイズが1Gbaseなのでちょうど20xくらいでした。
It's about 20 Gbase per cell.The pigeon has a genome size of 1 Gbase, so it was about 20x.
オンデンザメは2Gとすると、10×程度ということですね。でも予算との兼ね合いもありますので、悩ましいですね
Onden sharks are about 10x for 2G.But it's also a balance with the budget, so I'm worried."
お知らせする機会がないので、ここでハタゲノムの途中経過を書いておきます。
Chaninyaさんの行っていたハタのHiFi＋Hi-Cのアセンブル結果ですが、染色体24本＋リピートだらけの意味不明なコンティグの塊1本の計25本に最終的にまとまりました。手法としては20x HiFiデータをhifiasmでHiFiアセンブル(N50: 10.3Mbp) -> SALSAでHi-Cスキャッフォールディング -> SELDLA-GでHi-Cの手動伸長です。（データはChaninyaさんにも送っています。論文を書いているとお返事がありました。）
10Mbpくらいの長さのあるコンティグでないとHi-Cで向きを決めるのは難しいと思ったのと、Hi-Cは手動で好きなだけくっつけることが可能なので、どのくらい正しいのか客観的な評価は難しいと思いました。
2019年にナノポア＋Hi-Cで行われた既存のゲノムとの比較は下記となり、大体一致していますが、やはり何か所か異なっています。
新規ゲノムのコンタクトマップ：
http://suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp/chaninya/hata_final4.contactmap.png
ゲノム全体のドットプロット：
https://geccutokyoacjp-my.sharepoint.com/:i:/g/personal/akyoshita_g_ecc_u-tokyo_ac_jp/EcD7tHfuxNFFviK4YajhmhsBCeT7NQwSdeh_WGTaeCVpxQ?e=r1XN7F
シングルコピー遺伝子の対応関係：
https://geccutokyoacjp-my.sharepoint.com/:i:/g/personal/akyoshita_g_ecc_u-tokyo_ac_jp/EQWW-drremZNr1K000V72fgBZ34J-Uk_t4Gk2w9zU1iKRw?e=TyuaI8
今回構築したゲノムのBUSCOスコアは99.3%で、既存のは94.9%なので改善していると言えます。
リピートだらけのコンティグが集まった25番目の疑似染色体が出来てしまっているのは、何だろうと思っているところです。
ゲノムサイズ1Gbpのハタの場合は、HiFi1セル20Gbp、Hi-C 30Gbpで行いました。ゲノムサイズが2倍になると、Hi-Cのほうも倍以上必要になるのかもしれません。（コンタクトマップという2次元のデータに変換するので、本来は2x2=4倍必要？）
I don't have a chance to tell you, so I'll write down the progress of the pigeon genome here.
As for the assembly result of HiFi+Hi-C of Hata that Chaninya was doing, we finally put together a total of 25 pieces, including 24 chromosomes and one clump of meaningless contigues full of repeats.The method is to manually extend 20x HiFi data in hiFiasm (N50:10.3Mbp)->Hi-C Scaffolding->SALSA->SELDLA-G (I also sent the data to Chaninya).I got a reply while I was writing a paper.)
I thought it would be difficult to decide the direction with Hi-C unless it was a contigue about 10Mbp long, and I thought it would be difficult to objectively evaluate how correct it is because Hi-C can be manually attached as much as you like.
The comparison with the existing genomes performed in Nanopore + Hi-C in 2019 is roughly the same, but there are still some differences.
Contact map for new genome:
http://suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp/chaninya/hata_final4.contactmap.png
Genome-wide dot plot:
https://geccutokyoacjp-my.sharepoint.com/:i:/g/personal/akyoshita_g_ec_u-tokyo_ac_jp/EcD7tHfuxNFviK4YajhmhsBBeT7NQwSdeh_WGTaeCVpxQ?e=r1XN7F
Single copy gene correspondence:
https://geccutokyoacjp-my.sharepoint.com/:i:/g/personal/akyoshita_g_ecc_u-tokyo_ac_jp/EQW-drremZNr1K000V72fgBZ34J-Uk_t4Gk2w9zU1iKRw?e=TyuaI8
The BUSCO score for the genome we built this time is 99.3 percent, and the existing one is 94.9 percent, so it can be said that it has improved.
I'm wondering what the 25th pseudo-chromosome with a bunch of repeat-filled contigues is.
In the case of a pigeon with a genome size of 1 Gbp, HiFi 1 cell 20 Gbp and Hi-C 30 Gbp were used.If the genome size doubles, Hi-C may need more than double. (Originally, 2x2 = 4x because it is converted to two-dimensional data called contact maps?)
五月祭の水圏Tシャツの内部販売があるようです。
利益は来年の五月祭の資金となるようですので、是非購入してあげてください！
締め切りは5/30だそうです。
注文フォーム：https://forms.gle/7m6FiWkqsVdVwMRY6
There seems to be an internal sale of hydrosphere T-shirts for the May Festival.
It seems that the profits will be the funds for next May's festival, so please make sure to buy them!
The deadline is 5/30.
Order Form: https://forms.gle/7m6FiWkqsVdVwMRY6
↑こちら、今日が締め切りだそうです！来年以降の五月祭企画のためにご協力お願いいたします！
↑The deadline here is today!We ask for your cooperation in planning the May Festival after next year!
当研究室OBの三重大学の柿沼先生からシェルレーヌを頂きました。251室入口に置いていますので食べてください
I received a sherlene from Dr. Kakinuma of Mie University, a former member of our laboratory.We have 251 rooms at the entrance, so please eat them.
ハタのHi-Cを受託解析してくれていたレリクサでは、今後Hi-Cの受託を受けてくれないそうです。Hi-Cの条件検討が困難で大赤字を出したためとのことでした。
他のHi-Cの受託解析先としては、フィルジェンのProximo(TM) Hi-Cシークエンス受託解析サービス (Medium genome)が60万円くらいだったので、今後はそちらに出すか、ProximoのHi-Cキットは1サンプルあたり10万円くらいのようなので、キットを買って自分でライブラリ調整したほうが上手くいけば安いし、サンプル量が少なくても柔軟に対応できるかなと思いました。
Relixa, which was commissioned to analyze Hata's Hi-C, will not accept Hi-C's commission in the future.It was because it was difficult to consider the conditions of Hi-C and it caused a big deficit.
As for other Hi-C's consignment analysis destinations, Filgen's Proximo(TM) Hi-C sequence consignment analysis service (Medium genome) was about 600,000 yen, so I thought it would be cheaper to buy a kit and adjust the library by myself, even if the sample volume is small.
私たちのサンプルで大赤字だったのかはわからないのですが、Hi-Cは受付中止だそうです。
I don't know if our sample was in the red, but Hi-C has been canceled.
10月入学者（D1）が今年いるのか存じ上げませんが、springGXの10月入学者対象の新規募集（30名ほど）がそろそろ告知されるそうです。
I don't know if there are any students (D1) in October this year, but springGX's new recruitment (about 30 students) for October students will be announced soon.
お疲れ様です。
2号館別館258号室にエアコンの修理が行われています。施設の方は鍵をお持ちでないそうで、作業が終わり次第鍵を施錠せずに撤収されるそうです。
誰もおらず施錠されない時間が出るかもしれないので、念のためこちらにご連絡いたしました。
Is cheers for good work.
The air conditioner is being repaired in the annex 258 of Building 2.The facility doesn't seem to have a key and will be withdrawn without locking the key as soon as the work is finished.
I am contacting you just in case that there may be some time when there is no one and it will not be locked.
了解しました。ありがとうございます
All right. Thank you.
文献調べてるとサーバーエラーで繋がらないのですが、私だけですかね？
When I look up the document, I can't connect due to a server error, but am I the only one?
cloudflare全落ちです
Cloudflare is all over the place.
じゃあまた学内の問題ですかね。
ありがとうございます。
Then, I guess it's a problem on campus again.
Thank you.
deeplもwileyもscienceもですね。
学外でだめです。
Depl, wiley, and science.
I can't do it outside the university.
あー… 東大だけの問題じゃないんですね…
Ah... It's not just about the University of Tokyo...
ですー😞
Yes 😞
Thermoの製品が原材料の高騰等によって値上がりするようです。遺伝子解析関連製品、バイオサイエンス関連製品、ラボ用プラスチック製品を約4～5%増、バイオプロダクション関連製品は約15%増の価格改定となるそうです。https://www.thermofisher.com/jp/ja/home/about-us/news-gallery/release/2022/news060122.html
一部製品は6月末までキャンペーンをしてますので、値上がりする前に購入しようと思います。欲しい製品がある方は早めにオーダーシートに記載してください。
https://www.thermofisher.com/jp/ja/home/products-and-services/promotions/2022/062022-jun.html
The price of Thermo's products seems to rise due to soaring raw materials.It is said that the price of products related to genetic analysis, bioscience, and laboratory plastic products will increase by about 4-5 percent, and bio-production products will increase by about 15%.https://www.thermofisher.com/jp/ja/home/about-us/news-gallery/release/2022/news060122.html
Some products are being campaigned until the end of June, so I think I will buy them before the price goes up.If you have a product you want, please write it down on the order sheet as soon as possible.
https://www.thermofisher.com/jp/ja/home/products-and-services/promotions/2022/062022-jun.html
おはようございます。平田です。
10:30以降にメディウム瓶をオートクレーブしたいのですが、装置の中に三角フラスコが入っています。
フラスコが入っているバケツ？ごと、隣のシンクに置かせていただきます。
Good morning。This is Hirata.
I want to autoclave the medium bottle after 10:30, but there is a triangular flask in the device.
A bucket of flasks?I'll put the whole thing in the next sink.
ほんとに鍵ないですね！どこ行ったんでしょう？🤔
I really don't have a key!Where did it go?🤔
低温室からビールとチューハイが出てきて、産業医から場所を移動するよう指摘があったのですが、見たところ、当研究室の9年前のものでした。311室の流しに置いてあるので、処分したい人は持って行ってください。賞味期限は8年前に切れているので、処分の方法は自己責任で。
Beer and chuhai came out of the low greenhouse, and the industrial doctor pointed out that they should move from place to place, but it looked like it was nine years ago in our laboratory.It's in the sink of 311 rooms, so if you want to dispose of it, please take it with you.The expiration date expired eight years ago, so it's your responsibility to dispose of it.
お土産置いておきます（時間が無く、岐阜のお土産です笑）
先着15人です。
I'll leave some souvenirs (I don't have time, it's a souvenir from Gifu)
First 15 people.
研究室OBで明治製菓勤務の倉重（岩崎）さんからお菓子を頂きました。251室に置いています
I received sweets from Kurashige (Iwasaki), who works for Meiji Confectionery at a former laboratory.It's in 251 rooms.
教職員各位
お世話になっております。
本日は大量の桃を持って来られたため、12：35現在、まだ選べるくらいあります。
皆さんのお越しをお待ちしております。
-----Original Message-----
From: 【農】研究支援チーム <kenkyo.a@gs.mail.u-tokyo.ac.jp>
Sent: Thursday, July 28, 2022 12:16 PM
To: 【農】研究支援チーム <kenkyo.a@gs.mail.u-tokyo.ac.jp>
Subject: 【本日】桃の販売について（３回目）
教職員各位
お世話になっております。
12：15現在、桃まだありますので、皆さんお越しください。
教職員各位
お世話になっております。研究支援チームの中村と申します。
本日、生態調和機構で採れた桃の販売（３回目）を行いますのでご案内いたします。
時間：12：00～
場所：農学部３号館前
販売物：桃（3～4個）/１パック700円
＊なるべく小銭を準備いただき、おつりが無いようにお願いします。
また、１人あたりの販売数を制限する場合があります。
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113-8657
東京都文京区弥生1-1-1
東京大学農学部総務課研究支援チーム
中村 正俊
03-5841-5002(内25002)
kenkyo.a@gs.mail.u-tokyo.ac.jp
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Dear faculty and staff,
Thank you for your help.
You brought a lot of peaches today, so as of 12:35, you still have enough to choose from.
We are looking forward to your visit.
----- Original Message -----
From: [Agriculture] Research Support Team <kenkyo.a@gs.ma il.u-tokyo.ac.jp>
Sent: Thursday, July 28, 2022 12:16 PM
To: [Agriculture] Research Support Team <kenkyo.a@gs.ma il.u-tokyo.ac.jp>
Subject: [Today] About peach sales (third time)
Dear faculty and staff,
Thank you for your help.
As of 12:15, we still have peaches, so please come and see us.
Dear faculty and staff,
Thank you for your help.My name is Nakamura from the research support team.
Today, we are going to sell peaches from the Ecological Harmonization Organization (the third time).
Time: 12:00~
Place: In front of Agricultural Department Building No. 3
Items for sale: Peaches (3-4 pieces) / Pack 700 yen per pack
* Please prepare small change as much as possible so that there is no change.
We may also limit the number of sales per person.
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113-8657
Yayoi 1-1-1 in Bunkyo Ward, Tokyo
Research Support Team, General Affairs Division, Faculty of Agriculture, University of Tokyo
Masatoshi Nakamura
03-5841-5002 (25002)
kenkyo.a@gs.mail.u-tokyo.ac.jp
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桃販売中。まだまだありましたよ
Peaches are on sale. There are more.
研究室卒業生の李ジンヒさんが来て、千寿せんべいを頂きました。251室にあります
Lee Jinhee, a graduate of the laboratory, came and had Senju Senbei.It's in 251 rooms.
本日、大学院入試の合否発表があり、無事、合格しておりました。
母から差し入れがあり、311に置いておきますのでお食べください。（先着16名です。）
皆さま、今後ともよろしくお願いいたします🙇♂️
Today, there was an announcement of the acceptance or rejection of the graduate school entrance examination, and I passed without any problems.
My mother gave it to me, and I'll put it on 311, so please eat it. (First 16 people.)
Thank you for your continued support🙇♂️
AIが絵を描いてくれるStable diffusionというツールが公開されてニュースにもなってますね。webから簡単に試せて、
https://huggingface.co/spaces/stabilityai/stable-diffusion
が本家？、混んでいるので次のほうが速かったです
https://beta.dreamstudio.ai/dream
与えるキーワードとして、
「castle and lake」とか「delicious food」とかはきれいな絵を書いてくれましたが、「environmental DNA」とか「spawning of tuna」とかは悲惨な感じで、一般的に画像の多そうなカテゴリであればかなり使えそうでした。
誰か面白い絵が描けたら教えて下さい
A tool called Stable Diffusion, where AI draws pictures, has been released and it has become news.You can easily try it from the web.
https://huggingface.co/spaces/stabilityai/stable-diffusion
But the next one was faster because it was crowded.
https://beta.dreamstudio.ai/dream
Keywords to give are:
"They drew pretty pictures like ""castle and lake"" and ""delicious food"", but ""environmental DNA"" and ""spawning of tuna"" were miserable, and generally I could use them quite well if they were in a category with a lot of images."
Please let me know if anyone can draw an interesting picture.
怖い
scared
人を描かせると怖い絵になりますよね。（まだこれでも整っているほうに見えてしまう）
It's a scary picture if you let people draw. (It still looks like it's in order.)
beautiful guyとかのキーワードで描くとイケメンが出てきますけど、a boy having a gold fishとかは悲惨
If you draw with keywords like beautiful guy, you'll see a handsome guy, but a boy having a gold fish is miserable.
3年ぶりに実家に帰れたので、北九州のお土産を置いてあります。
I was able to go back to my parents' house for the first time in three years, so I have souvenirs from Kitakyushu.
翌週の学会の発表練習を行わせて頂きたく存じます。
浅川先生のご都合をお聞きしたところ、水曜日の会議（12-17時）の前後ならば問題ないとのことだったのですが、先生方の都合はいかがですか？
If you are ready to present, why not join us for a practice session?
Shigeharu KINOSHITA Kazutoshi Yoshitake I would like to practice presenting for the academic conference the following week.
When I asked Mr. Asakawa about his availability, he said there would be no problem if it was around the meeting on Wednesday (12:00-17:00), but would that be convenient for you?
Andre Lanza If you are ready to present, why not join us for a practice session?
- Ryo Yonezawa
@Shigeharu KINOSHITA @Kazutoshi Yoshitake 翌週の学会の発表練習を行わせて頂きたく存じます。
浅川先生のご都合をお聞きしたところ、水曜日の会議（12-17時）の前後ならば問題ないとのことだったのですが、先生方の都合はいかがですか？@Andre Lanza If you are ready to present, why not join us for a practice session?
水曜日の12時出発で群馬水試にサンプリングに行くので、それまでなら大丈夫です
I'm leaving at 12 o'clock on Wednesday and I'm going to go to the Gunma water test for sampling, so it's okay until then.
- Ryo Yonezawa
@Shigeharu KINOSHITA @Kazutoshi Yoshitake 翌週の学会の発表練習を行わせて頂きたく存じます。
浅川先生のご都合をお聞きしたところ、水曜日の会議（12-17時）の前後ならば問題ないとのことだったのですが、先生方の都合はいかがですか？@Andre Lanza If you are ready to present, why not join us for a practice session?
私は前後どちらでも大丈夫です。
I'm fine with either front or back.
ご返答ありがとうございます。
では、水曜の10時でお願いできますでしょうか？
後ほど、ZOOMのリンクを貼らせていただきます。
サンプリング前にご足労をかけますが何卒よろしくお願いいたします。
Shigeharu KINOSHITA Kazutoshi Yoshitake Thank you for your reply.
Then, can you make it Wednesday at ten o'clock?
I will attach a ZOOM link later.
I am sorry to trouble you before sampling, but I appreciate your cooperation.
- Ryo Yonezawa
@Shigeharu KINOSHITA @Kazutoshi Yoshitake 翌週の学会の発表練習を行わせて頂きたく存じます。
浅川先生のご都合をお聞きしたところ、水曜日の会議（12-17時）の前後ならば問題ないとのことだったのですが、先生方の都合はいかがですか？@Andre Lanza If you are ready to present, why not join us for a practice session?
Yes I would like to join too.
はい、私も参加したいです。
- Ryo Yonezawa
@Shigeharu KINOSHITA @Kazutoshi Yoshitake ご返答ありがとうございます。
では、水曜の10時でお願いできますでしょうか？
後ほど、ZOOMのリンクを貼らせていただきます。
サンプリング前にご足労をかけますが何卒よろしくお願いいたします。
水曜10時で了解です
Wednesday at 10 o'clock is fine.
以下リンクになります
Ryo Yonezawaさんがあなたを予約されたZoomミーティングに招待しています。
トピック: Zoom meeting invitation - Ryo YonezawaのZoomミーティング
時間: 2022年8月31日 10:00 AM 大阪、札幌、東京
Zoomミーティングに参加する
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/j/86236797897?pwd=ZjFYNGt1dzhHMVRDejJYaC83TVdNdz09
ミーティングID: 862 3679 7897
パスコード: 473085
ワンタップモバイル機器
+81363628317,,86236797897#,,,,*473085# 日本
+81345781488,,86236797897#,,,,*473085# 日本
所在地でダイアル
+81 363 628 317 日本
+81 3 4578 1488 日本
+81 3 4579 0432 日本
+81 3 4579 0545 日本
ミーティングID: 862 3679 7897
パスコード: 473085
市内番号を検索: https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/u/kxZRab0RW
We will begin at 10:00 a.m.
都合の良い方は参加してコメント頂けますと幸いです。
Shuichi Asakawa Shigeharu KINOSHITA Kazutoshi Yoshitake
Below is the link.
Ryo Yonezawa is inviting you to the Zoom meeting you reserved.
Topic: Zoom meeting invitation - Zoom meeting at Ryo Yonezawa
Time: August 31, 2022 10:00 AM Osaka, Sapporo, Tokyo
Join Zoom Meeting
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/j/86236797897?pwd=ZjFYNGt1dzhHMVRDejJYaC83TVdNdz09
Meeting ID: 86236797897
Passcode: 473085
one-tap mobile device
+81363628317,86236797897#,,,*473085#Japan
+81345781488,86236797897#,,,*473085#Japan
Dial at location
+81 363 628 317 Japan
+813 4578 1488 Japan
+813 45790432 Japan
+81345790545 Japan
Meeting ID: 86236797897
Passcode: 473085
Search for local code: https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/u/kxZRab0RW
Andre Lanza We will begin at 10:00 a.m.
We would appreciate it if you could participate and comment on it if it is convenient for you.
集中講義で浜名湖に行ってきたので、311にうなぎパイ置いておきました。
I went to Lake Hamana for an intensive lecture, so I left the eel pie on 311.
おはようございます。2号館別館258号室にある遠心機（SAKUMA M200-IVD）の下からなんらかの液体が流れ出て床が濡れています。
異常な状態なの否かは分かりかねますか、念のためご報告いたします。
Good morning。The floor is wet because some liquid flows out from under the centrifugal machine (SAKUMA M200-IVD) in room 258 of the annex building 2.
I am writing to let you know if the condition is abnormal or not.
宮崎のお土産、311に置いておきます
I'll leave Miyazaki souvenirs at 311.
I also left some omiyage from Miyazaki in 311. Please enjoy! 🥭
私も311年に宮崎からお土産を置いてきました。 お楽しみください！ 🥭
251室に宮崎土産を置いています
We have Miyazaki souvenirs in 251 rooms.
311に大島土産の牛乳煎餅、置いておきますのでどうぞお召し上がりください🤲
We will leave Oshima souvenir milk crackers on 311, so please enjoy them🤲
梨を切りましたのでよかったらどうぞ。311にあります。早い者勝ちで
I cut the pear, so if you don't mind, go ahead.It is located at 311.first come first served
小林先生からFoundryのアップルパイを差し入れで頂きました。251室に置いています
I received a Foundry apple pie from Dr. Kobayashi.It's in 251 rooms.
浅川先生からのお土産が311にあります
There are souvenirs from Dr. Asakawa at 311.
青森土産を251室に置いています
We have 251 Aomori souvenirs in our room.
一昨日は吉武先生のお誕生日でした！おめでとうございます！
https://drive.google.com/drive/folders/1-Wfjo_O44ylvXD5ZWeZOVshRakx-nmfL?usp=sharing
The day before yesterday was Yoshitake's birthday!Congratulations!
https://drive.google.com/drive/folders/1-Wfjo_O44ylvXD5ZWeZOVshRakx-nmfL?usp=sharing
新しく参加したメンバーも参加以前のトーク内容を確認できます。
本日ナノポアのユーザミーティングがあって情報収集してました。
気になった内容をメモしました。
CUI版EPI2ME nextflowワークフロー
https://github.com/epi2me-labs/wf-bacterial-genomes など
（感想：ちょっと使ってみたけど、エラーで動かなかった。データが悪い？）
[東大 上田宏生]
nanoDoc: RNAの修飾を検出するツール
https://github.com/uedaLabR/nanoDoc
[ジーンベイ]
ロングリードのSNV/INDEL解析ツール (ジーンベイで使用しているツール)
Minimap 2 + PEPPER-Margin-Deepvariant
ロングリード用のINS/DEL構造変異解析
Minimap 2 + Sniffles 2 (Mantaより良かったみたい)
Guppyのオプションで最新版でなければ下記のオプションでクオリティが大幅向上
--min_score_read_splitting 58
Kit 14の26bpsモードで、HiFiとほぼ似たような精度に！(IGVのマッピング結果で見ても似た精度が出ている！)
でもアセンブル結果のN50などはそこまで改善していない・・・
+MEDAKAによる補正を行えばBUSCOスコアはHiFi以上になっていた。
Kit 14のDuplexモードのスループットは10%弱になるけど、精度はHiFi以上？
[松前ひろみ]
スエヒロタケの種内多様性は17.7%（ヒトでは0.5%くらい？）
[OISTの藤江さん]
RNALaterを自作してふんだんに使って、サンプルを解剖するときにもつけながら解剖。（でも最終的にOD230nmが高いのでもしかしたらこのRNALaterの硫安が最後に入ってくるのかも→RNALaterのサンプルはまだシーケンスしたことないらしいけど、解剖時のDNA分解がかなり抑制されているとのこと）
BioMasherIIIでRNALator除去→BioMasherIIでサンプル破砕
ProKは２０分程度。５分おきに先太ピペットでゆっくりピペッティング
サンプル破砕はBioMasherIIが使い捨てで良いよ！
[内藤 健]
DNA抽出：NucleoBond HMW DNAよりも良い方法として
Low-Input High-Molecular-Weight DNA Extraction for Long-Read Sequencing From Plants of Diverse Families
https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fpls.2022.883897/full
CTAB法を２回行うなどの改良
サイズセレクション：ショートリードエリミネーター→ナノポア版Short Fragment Eliminator Expansionが登場
ライブラリープレップ：1/2ケチケチプロトコール
インプット2ug
FFPE, enzyme mix -> 1/2に、トータル量は変えず、反応時間を２倍に
https://photos.app.goo.gl/H6YmSLcEHg8UEm8C9
（写真１訂正：の３７度→ではなくて６５度）
LNBとリガーゼ付属の5x Ligation Bufferを50%で加える
https://photos.app.goo.gl/2PryXi6dxDyF6j9AA
（写真２補足：一番最後にLNBを加えると析出しづらい）
アダプターライゲーション後のAMPureは40->60-100ulにしとく
最後のウォッシュはLFBは１回分しかないので、１回目をSFB, ２回目をLFBでウォッシュ。本当は別売りのLFBがあると良いけど、売ってない。ウォッシュ時に完全に懸濁してしまわないのがコツ。
400ngのライブラリーをアプライ
アセンブル：
NECAT Assemble->Medaka->Purge_Haplotigs->NEFCAT Bridge->Medaka+Hypo
HiC YAHS
Filtlongで前処理
We had a Nanopore user meeting today, so we were gathering information.
I wrote down what I was curious about.
EPI2ME nextflow workflow for CUI
such as https://github.com/epi2me-labs/wf-bacterial-genomes
(Experience: I tried using it for a while, but it didn't work because of an error.Bad data?)
[Todai University student Ueda]
nanoDoc —Tool for detecting RNA modification
https://github.com/uedaLabR/nanoDoc
[Jean Bay]
SNV/INDEL ANALYSIS TOOL WITH LONG LEAD (TOOL USED IN JEAN BAY)
Minimap2+PEPPER-Margin-Deepvariant
INS/DEL STRUCTURE VARIATION ANALYSIS FOR LONG LEAD
Minimap2 + Sniffles2 (I think it was better than Manta)
If it's not the latest version of the Guppy option, the following options greatly improve the quality.
--min_score_read_splitting58
Kit14's 26bps mode has similar accuracy to HiFi! (IGV mapping results show similar accuracy!)
However, the N50 of the assembly results has not improved that much...
+ The BUSCO score was HiFi or higher when corrected by MEDAKA.
Kit14's Duplex mode throughput will be just under 10%, but is the accuracy higher than HiFi?
[Hiromi Matsumae]
17.7% of the species diversity of the red-spotted bamboo (about 0.5% in humans?)
[OIST's Fujie]
I made my own RNALater and used it a lot, and dissected it while attaching it to dissecting samples (although OD230nm is high in the end, maybe this RNALater's sulfate will be the last one → RNALater's samples have not been sequenced yet, but DNA decomposition during dissection has been suppressed).
Remove RNALator with BioMasherIII → Crushed Sample with BioMasherIII
ProK takes about 20 minutes.Slowly pipetting every 5 minutes with a tapered pipette
For sample crushing, BioMasherII is good for disposable use!
[Ken Naito]
DNA extraction: A better way than NucleoBond HMW DNA
Low-Input High-Molecular-Weight DNA Extraction for Long-Read Sequencing From Plants of Diverse Families
https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fpls.2022.883897/full
Improvements such as two CTAB procedures
Size Selection: Short Lead Eliminator → Nanopore Short Fragment Eliminator Expansion Available
Library Prep: 1/2 Ditch Protocol
Input 2ug
FFPE, enzymemix -> 1/2 to double the reaction time without changing the total amount
https://photos.app.goo.gl/H6YmSLcEHg8UEm8C9
(Photo 1 Correction: 65 degrees instead of 37 degrees → in )
Add LNB and ligase 5x Ligation Buffer at 50%
https://photos.app.goo.gl/2PryXi6dxDyF6j9AA
(Photo 2 Supplement: If you add LNB at the end, it will be difficult to precipitate.)
AMPure should be 40->60-100ul after adapter registration
The last wash has only one LFB, so the first wash is SFB and the second wash is LFB. Actually, it would be nice to have LFB sold separately, but they don't sell it.The trick is not to suspend it completely when washing.
Apply 400ng library
Assemble:
NECAT Assembly -> Medaka -> Purge_Haplotigs -> NEFCAT Bridge -> Medaka+Hypo
HiCYAHS
Filtlong preprocessing
R9のフローセルは２年経っても使えるけど、Q20以降のフローセルは１ヶ月程度しか持たないらしい。
The R9 flow cell can be used after 2 years, but the flow cell after Q20 only lasts about a month.
[新商品]
PromethION P2： フローセルを２枚だけ設置。フローセル８枚つき。2,082,200円
Pore-C: Hi-Cのナノポア版
[New product]
Promethion P2—Installed only two flow cells.Includes 8 flow cells.2,082,200 yen
Pore-C: Hi-C Nanopore Version
- Kazutoshi Yoshitake
- R9のフローセルは２年経っても使えるけど、Q20以降のフローセルは１ヶ月程度しか持たないらしい。
年度末とかに買いだめはできないですね…
I can't stock up on things like the end of the fiscal year...
新しく参加したメンバーも参加以前のトーク内容を確認できます。
内藤さんの1/2プロトコールは試してみても良いかなと思いました。DNA抽出は皆さん苦労していていろんなキットを使っていましたが、長いDNAを取るならProK処理は20分くらいにしたほうが良いと何人か発表していました。液体窒素で凍結破砕もロングリード用ならやめたほうが良いとか。
I thought it would be okay to try Naito's 1/2 protocol.Everyone was struggling with DNA extraction and using a variety of kits, but some people announced that ProK processing should take about 20 minutes to get long DNA.If it's for long leads, it's better not to freeze and crush with liquid nitrogen.
Panasonicの方が来校して、本郷第一購買部で１０月２４日(月)～２８日(金)にレッツノートの製品展示会をやる旨を共有して欲しいとのことでしたのでお伝えします。
自前のレッツノートを会場に持参すると点検もしてくれるそうです。パンフレットは各研究室に一部ずつ置いてあります。
I am writing to inform you that Panasonic would like you to share the fact that Hongo Daiichi Purchasing Department will hold a Let's Note product exhibition from Monday, October 24th to Friday, October 28th.
If you bring your own Let's Note to the venue, they will check it.Each laboratory has a part of the pamphlet.
おはようございます。
2号館別館258号室のオートクレーブ装置内にメディウム瓶が入っています。午前中に使いたいのですが、取り出してよろしいでしょうか。
Good morning。
There is a medium bottle in the autoclave device in the annex room 258.I'd like to use it in the morning, may I take it out?
- 平田麗
- おはようございます。
2号館別館258号室のオートクレーブ装置内にメディウム瓶が入っています。午前中に使いたいのですが、取り出してよろしいでしょうか。
当該のメディウム瓶ですが、オートクレーブの横の台に置かせていただき装置を使用したいと思います。
Regarding the medium bottle, I would like to put it on the stand next to the autoclave and use the device.
to 4年生や手が空いてる方へ
チップを詰めて頂けると助かります。
To 4th graders and those who are free.
I would appreciate it if you could fill the tip.
m768cのuser2de
m768c user2de
m768cのuser2でGeniousを開いて作業中の方がいれば、更新を行って欲しいです。
いなければ夕方以降にこちらで更新します。
If anyone is working on Genius with user2 of m768c, I would like you to update it.
If not, I will update it here in the evening.
FastGene Plasmid Mini Kitって258に残ってますかね？
もしかしたら学生実験で使うかもしれないので、ご存じであれば教えてください
Does RINA MIYASHITA FastGene Plasmid Mini Kit remain at 258?
I might use it in a student experiment, so please let me know if you know.
- Ryo Yonezawa
@RINA MIYASHITA FastGene Plasmid Mini Kitって258に残ってますかね？
もしかしたら学生実験で使うかもしれないので、ご存じであれば教えてください
見て来たので返答大丈夫です
I've seen it, so I'm fine with your reply.
小林先生から差し入れを頂いたので３１１においておきます
I received a present from Mr. Kobayashi, so I will leave it at 311.
学生実験の荷物運搬で赤いかごを使いたいので片付けお願いします。
後、かご内のボトルってハイターで洗ってあるんだよね？
Ashley Rinka Smith I'd like to use a red basket to carry my student's luggage, so please clean it up.
Also, the bottle in the basket is washed with a heater, right?
- Ryo Yonezawa
@Ashley Rinka Smith 学生実験の荷物運搬で赤いかごを使いたいので片付けお願いします。
後、かご内のボトルってハイターで洗ってあるんだよね？
すみません、片付けます。
使用したボトルは全てハイターで洗ってあります。
Excuse me, I'll clean it up.
All the bottles I used are washed with a heater.
- Ashley Rinka Smith
- すみません、片付けます。
使用したボトルは全てハイターで洗ってあります。
了解です。
I understand.
- Ryo Yonezawa
- 了解です。
でも半年以上使っていないものではあるので使う場合は水道で軽く濯いだほうがいいと思います。
よろしくお願いします。
But I haven't used it for more than half a year, so I think it's better to rinse it lightly with water.
Thank you.
シイタケプロジェクトで、DNBSEQとIlluminaで同じほぼ同じライブラリーを読んだのですが、DNBSEQは思ったよりも精度が悪そうでした。
eDNAバーコードを読む件ですが、DNBSEQはやめてMiSeqかHiSeqのほうが無難かもしれません。
On the shiitake project, I read the same almost identical libraries in DNBSEQ and Illumina, and DNBSEQ seemed to be less accurate than I thought.
Regarding reading the Kijima YusukeDNA barcode, it might be safer to stop DNBSEQ and use MiSeq or HiSeq.
なんかカバレッジもムラがある？感じでしょうか。Illuminaの方がきれいですね。
ちょっと検討してみます
Is there any uneven coverage?I wonder if it feels like that.Illumina is prettier.
I'll think about it a little bit.
カバレッジのムラはイルミナ用のアダプターだったのを変換キットでDNBSEQに変換した影響かなと思ってます。
I think the uneven coverage is due to the conversion of the adapter for Illumina to DNBSEQ in the conversion kit.
クオリティーについては他のシーケンスデータでも確認していて、クオリティー10以下の塩基がかなり出てました。マクロジェンに頼んだIlluminaだと大抵Q13が最低でした。
As for the quality, I checked other sequence data, and there were quite a few bases with a quality of 10 or less.For Illumina, which I asked for from Macrogen, Q13 was usually the worst.
アンプリコンでなくてもクオリティ低いのはやっぱり少し気になりますね。リード数の問題はありますがまずはMiseqで読んでみて少なくともQCするという作戦は悪くない気がします。あと油谷先生に頼めばすぐMiseqかけてもらえるので待ち時間が少ないというのもいいかもしれません
Even if it's not an amplifier controller, I'm a little worried about the low quality.There is a problem with the number of leads, but I don't think it's bad to read it on Miseq first and do QC at least.Also, if you ask Dr. Yutani, he will call you Miseq right away, so it might be a good idea to have less waiting time.
- 溝端秀彬
- 五月祭の水圏Tシャツの内部販売があるようです。
利益は来年の五月祭の資金となるようですので、是非購入してあげてください！
締め切りは5/30だそうです。
注文フォーム：https://forms.gle/7m6FiWkqsVdVwMRY6
Tシャツが届きました。ありがとうございます。代金支払ってないように思うんだけど、誰に支払えばよいですか？
The T-shirt has arrived.Thank you.I don't think I paid for it, but who should I pay?
- Shigeharu KINOSHITA
- Tシャツが届きました。ありがとうございます。代金支払ってないように思うんだけど、誰に支払えばよいですか？
僕もあまりよく分かっていないのですが、おそらく下村くんかと思います。
I don't really understand, but I think it's Shimomura-kun.
了解です
I understand.
251室に富士山(?)お土産を置いています
We have souvenirs of Mt. Fuji in 251 rooms.
柿をむいたので、良かったらどうぞ。
311にあります
I peeled the persimmon, so if you don't mind, go ahead.
It's on 311.
沖縄で開催された学会に参加してきたので、お土産を各部屋に置いてあります。311にちんすこう、251に紅芋タルト、4階にサーターアンダギーを置きました。ご自由にお取りください(サーターアンダギーは既に売り切れかけてます)。
Since I participated in an academic conference held in Okinawa, I have souvenirs in each room.We put the red potato tart on 3/11, the red potato tart on 251, and the sarter and daggy on the 4th floor.Please help yourself (sarter and daggy is already sold out).
池田理化の担当者って今どなたでしたっけ？連絡先知っていたら教えてください。
Ryo Yonezawa
Who is in charge of Ikeda Rika now?Please let me know if you know the contact information.
- Shigeharu KINOSHITA
@Ryo Yonezawa
池田理化の担当者って今どなたでしたっけ？連絡先知っていたら教えてください。
嵯峨さんが担当者です
以下連絡先です。
kohei.saga@ikedarika.co.jp
070-3971-1104
Mr. Saga is in charge.
Below is the contact information.
kohei.saga@ikedarika.co.jp
070-3971-1104
ありがとう
Thank you.
251号室のパソコンの横にチョコレートを置きました（昨日コストコに行ってきました。私のお気に入りのものです！）
ご自由にお取りください🤲🍫
I put chocolate next to my computer in room 251 (I went to Costco yesterday).It's my favorite!)
Help yourself 🤲🍫
和科盛商会さんから、お歳暮？としてリポビタンDを頂きました。
311に置いてあります。
I received Lipovitan D as a year-end gift from Mori Shokai Wakase.
It's on 311.
11-12時頃で手が空いてる人いますか？
本日飼育室の海水を発注したら、上記の時間頃に10t届くことになりました。
Is there anyone available between 11 and 12 o'clock?
If I ordered seawater from the breeding room today, it will arrive at 10 tons around the above time.
ターミナルで見ている画面をできるだけそのまま残したいというときに強力なコマンドを見つけました。
exec > >(tee log.txt) 2>&1
と入力すると、見ている画面をそのままlog.txtに保存可能です。
vimやnanoなどキーボード入力させるようなプログラムを途中で使うと変になりますが、とりあえず何をしたか記録に残すのが面倒と感じる方は、作業を始める前に上のコマンドを入力しておくと良いかもしれません。
I found a powerful command when I wanted to leave the screen I was looking at in the terminal as much as possible.
exec > > (teelog.txt) 2 > & 1
Enter to save the screen you are viewing to log.txt.
It would be strange if you use a program like vim or nano that lets you type in a keyboard, but if you feel uncomfortable recording what you did, you might want to type in the above command before you start.
これはめっちゃいいですね
That's really nice.
紫水会から内部進学の修士学生に問い合わせです。紫水会の会費の振込用紙が皆さんに届いていると思いますが、伊藤先生から連絡があったように、一部の人の振込金額が、学生（学生の年会費は500円）にも関わらず’2000円’となっていたようです。皆さんの振込用紙を確認し、振込金額（赤枠のところの金額）を教えてください。
他の学生で、紫水会の会費振込用紙の振込金額が「2000円」になっている人がいたら、連絡ください。
Kazuya Nishibaki Sato Shoji Mizubata Hideaki Yoshida Ichima
I'd like to ask a master's student who is going on an internal course from the Shisui Association.I think you have received the transfer form for the membership fee of the Shisui-kai, but as Dr. Ito informed me, it seems that the transfer amount of some people was 2000 yen even though the student's annual membership fee was 500 yen.Please check your bank transfer form and let me know the amount of the bank transfer (the amount in the red frame).
All
Please let me know if there are any other students whose membership fee transfer form is 2000 yen.
- Shigeharu KINOSHITA
@西脇和哉 @佐藤荘志 @溝端秀彬 @吉田一馬
紫水会から内部進学の修士学生に問い合わせです。紫水会の会費の振込用紙が皆さんに届いていると思いますが、伊藤先生から連絡があったように、一部の人の振込金額が、学生（学生の年会費は500円）にも関わらず’2000円’となっていたようです。皆さんの振込用紙を確認し、振込金額（赤枠のところの金額）を教えてください。@All
他の学生で、紫水会の会費振込用紙の振込金額が「2000円」になっている人がいたら、連絡ください。
2000円になっています。
It's 2000 yen.
了解です。
I understand.
伊藤先生から連絡あったように、学生は500円ですので、2000円振り込む必要はありません（もし2000円振り込んだ場合は会費の先払いをしたことになり、今後3年間（学生の場合）の会費請求が0円になります）。
As Mr. Ito informed me, students do not need to transfer 2000 yen because it is 500 yen (if they transfer 2000 yen, they will have to pay the membership fee in advance, and the membership fee will be 0 yen for the next three years (for students).
承知しました。
I understand.
小林先生から差し入れを頂きました。虎屋の羊羹です。251室にあります
I received a present from Dr. Kobayashi.It is the yokan of Toraya.It's in 251 rooms.
マクロジェンのオーダーシートの最新版（溝端君が送ったもの）を共有フォルダに入れておきましたので、次回頼む方はそちらを参照してください。
I have put the latest version of the Macrozen order sheet (the one sent by Mizubata-kun) in the shared folder, so please refer to it for the next time you order.
おはようございます。オートクレーブについて質問させてください。
いつもは装置内の8角形のプレートとスチール籠の間に台のようなものがありプレートに籠は直置きされていなかった記憶があるのですが、この状態で使用してもよろしいのでしょうか。
装置に詳しくないためいつもと違う状態で使うのはこわいので、どなたかお教えいただけますと助かります。
Good morning。Let me ask you a question about autoclave.
I remember that there is usually something like a stand between the octagonal plate and the steel basket in the device, and the basket was not placed directly on the plate, but can I use it in this condition?
I'm not familiar with the device, so I'm afraid to use it in a different condition than usual, so I'd appreciate it if someone could tell me.
- 平田麗
- おはようございます。オートクレーブについて質問させてください。
いつもは装置内の8角形のプレートとスチール籠の間に台のようなものがありプレートに籠は直置きされていなかった記憶があるのですが、この状態で使用してもよろしいのでしょうか。
装置に詳しくないためいつもと違う状態で使うのはこわいので、どなたかお教えいただけますと助かります。
劉さんがご対応くださり解決しました。お騒がせいたしました。
It has been resolved thanks to Liu's response.Sorry for the trouble.
今日ラボにいる人いますか？僕の修士の修了証明書が事務室にあって取りに行ってもらいたいのですが、、
Is there anyone in the lab today?I have my master's certificate in the office, so I'd like you to pick it up.
- Kijima Yusuke
- 今日ラボにいる人いますか？僕の修士の修了証明書が事務室にあって取りに行ってもらいたいのですが、、
できます！事務室はどこですか？._.
Yes! Where is the office?._.
Just now when I tried to use the centrifuge in 258, the alarm light and the preset light came on at the same time after I pressed the Start button, and it could not start.
I'm not sure what caused the problem, or if the machine has been broken for some time?
I would appreciate it if anyone can help me with this🥲
先ほど258で遠心分離機を使おうとしたら、スタートボタンを押した後にアラームライトとプリセットライトが同時に点灯して起動できませんでした。
何が原因で故障したのか、機械が故障してからしばらく経っているのかわかりません。
どなたかお手伝いいただけると嬉しいです♡
僕の博士論文の誤字脱字等を探してくれるバイトを緩く募集してます、興味がある人がいたら教えてください
I'm looking for a part-time job that can help me find typographical errors and omissions in my Ph.D. thesis. Please let me know if anyone is interested.
251,311,405に北海道土産を置きました。ご自由にどうぞ！
I put Hokkaido souvenirs on 251, 311, 405.Help yourself!
I brought omiyage from Belize! It’s chocolate from Belizean Mayan grown cacao with some chunks of the cacao mixed in. I left in 405, 311 and 251 so feel free to take!
ベリーズからオミヤージュを持ってきました! ベリーズ産のマヤ栽培のカカオのチョコレートにカカオの塊が混ざっています 405、311、251で出発しましたので、ご自由にどうぞ！
- 林嘉慧
- Is anyone holding the key of 258? I cannot find the key in the usual place.
警備員さんに開けてもらいました
The security guard opened it for me.
分かりました。
所在が分かったのは安心しました。
I understand.
I'm relieved to know where it is.
to 日本人の学生または日本語を話せる留学生の方
明日の10-12時頃に手が空いている方はいらっしゃいますか？
Panさんの実験の手伝いで工学部に一緒に行ってもらいたいのですが
内容としてはバイオアナライザでsmallRNAの測定を行います。
工学部の教えてくれる方が日本人であることと、工学部等に入るのに電話しないと建物内に入れないので日本語が充分に話せる方が好ましいです。
to Japanese students or foreign students who can speak Japanese
Is there anyone available between 10 and 12 o'clock?
I'd like you to go to the engineering department with Mr. Pan's help with his experiment.
The content is to measure smallRNA with a bioanalyzer.
I prefer that the person who teaches me at the engineering department is Japanese, and that I can't enter the building without calling to enter the engineering department, so I prefer that I can speak enough Japanese.
工学部棟
engineering building
新しく参加したメンバーも参加以前のトーク内容を確認できます。
https://www.icg2023.com.au/call-for-abstracts
さっき知ったのですが、7月にオーストラリアのメルボルンで第23回国際遺伝学会(5年に1度開催)が行われるらしいです。
申し込み締め切りが2月20日までらしいので一応周知しておきますー
https://www.icg2023.com.au/call-for-abstracts
I just learned that the 23rd International Society of Genetics (held every five years) will be held in Melbourne, Australia in July.
Application deadline seems to be until February 20th, so I will let you know just in case.
Asia Pacific Marine Biotechnology Conferenceも今年オーストラリアで開催されます。
https://apmbc2023.com/
The Asia Pacific Marine Biotechnology Conference will also be held in Australia this year.
https://apmbc2023.com/
院生にメール回ってこなかったので知りませんでしたが、今日の卒論発表会、9時半から口頭発表、12時半からポスター発表のようです（合ってますか？）。上級生も見に行っていいものなんでしょうか？
I didn't know because I didn't send an email to the graduate students, but today's graduation presentation will be announced verbally from 9:30 and the poster will be announced from 12:30 (Is that right?). Is it okay for senior students to go see it?
行ってよいと思います。
I think you can go.
ポスター11:50からでしたね
The poster started at 11:50 a.m.
日付けは過ぎましたがバレンタインのお菓子（チョコクレープ）を251に置きました🍫ご自由にお取りください🤲
It's past the date, but I put Valentine's sweets (chocolate crepes) on 251🍫 Please help yourself🤲
あーすいません。
以前、買って冷やしてました。
今度どかしておきます
Oh, I'm sorry.
I bought it before and cooled it down.
I'll get you out of the way next time.
I haven’t tried it myself and don’t know if it works for the miniprep kit we are using in Japan but recently our lab has started trying out Miraprep protocol and seemingly it’s working pretty well. The protocol is just adding one volume of ethanol to the supernatant after neutralization and centrifuge… Everyone says they got 4-5 times more plasmid DNA than Thermo’s GeneJet miniprep kit and it just sounds comparable to midiprep. Try it if you clone plasmids!
https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0160509
私は自分で試してみたことがないので、日本で使用しているminiprepキットに合うかどうかわかりませんが、最近私たちの研究室でMiraprepプロトコルを試すようになり、かなりうまく機能しているようです。 プロトコルは中和と遠心分離の後、上澄みにエタノールを1体積加えるだけです… 誰もが、サーモのGeneJetミニプレップキットの4~5倍のプラスミドDNAを手に入れたと言っています。そして、それはmidiprepに匹敵するように聞こえます。 プラスミドを複製するなら試してみてください！
https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0160509
情報ありがとうございます。ミトコンドリアをアルカリSDSで取りたいなと思っていたところなので、試してみようと思いました。
Thank you for the information.I was thinking of getting the mitochondria with alkali SDS, so I thought I'd try it.
OD260/280について、適切な比率の理由を忘れてしまうので上の論文からのメモ
純粋な DNA の比率は 1.8 であるため、一般に、1.75 ～ 1.95 の比率が適切な DNA 調製物であると考えられています [ 10]。1.95 を超える比率は RNA の混入を示し、1.7 未満の比率はタンパク質の混入を示します。
Note from the paper above as you forget the reason for the appropriate ratio for OD260/280
Since the ratio of pure DNA is 1.8 a ratio of 1.75 to 1.95 is generally considered an appropriate DNA preparation [10].A ratio greater than 1.95 indicates RNA contamination, and a ratio less than 1.7 indicates protein contamination.
正直普段クローニングする時はOD比とかそこまで気にしないですね。したほうが理想的なんでしょうが
Honestly, I don't usually care about OD ratio when cloning.I think it would be ideal to
ミトコンドリアで使えるのかは不明ですが、使えたら教えてください！
I'm not sure if it can be used in mitochondria, but please let me know if it can be used!
パッと見たけど、イールドは1.5ｘEtOHのほうがかなり良さそうなので、量が必要なら1.5もありかもね。1.25くらいで試してみてもいいね。mtDNAをアルカリSDS法でとるのは、私の学生時代にレポートがありますのでやればとれるでしょう。BACサイズだとアルカリ法のNaOHを0.2Nでなく0.15か0.133くらいでやってましたがmtDNAはどうかな？DNAとしての精製度が必要なら超遠心を回すしかありませんが、まあ多くの目的ではそこまで必要ないと思う。超遠心は4階にあるので必要なら立ち上げます。
I took a quick look at the yield, but 1.5xEtOH seems to be much better, so if you need the amount, it might be 1.5 as well.You can try it around 1.25.I have a report when I was a student, so I think I can get mtDNA by using the alkaline SDS method.For BAC size, NaOH of alkali method was about 0.15 or 0.133 instead of 0.2N, but how about mtDNA?If the degree of purification as DNA is necessary, the only way to do this is to turn ultra-centrifugal, but for many purposes, I don't think it's necessary.The ultra-centrifuge is located on the fourth floor, so I will stand up if necessary.
なんかNanodropがバグるだけで本当の収量は対して変わらないって言ってる人もいるようなので、ちょっと慎重にQCした方が良さそうです。こちらでも何かわかったら共有します！
Some people seem to say that the actual yield does not change just because Nanodrop bugs, so it would be better to do QC carefully.I'll share it with you when I know something!
新しく参加したメンバーも参加以前のトーク内容を確認できます。
251、311と405に中国のお土産置きました。ご自由にお取り下さい🐼
I put Chinese souvenirs on 251, 311 and 405.Please feel free to take it🐼
Miniprepにエタノール入れてみました。泳動結果があまりきれいではないですが、エタノールを入れると短いDNAの回収効率が劇的に増えているようで、なるほどと思いましたが、これなら入れなくても良いのかなと思ったりもしました。
I put ethanol in Miniprep.The results of the swim are not very clean, but ethanol seems to dramatically increase the recovery efficiency of short DNA, so I thought it was OK, but I also wondered if I didn't have to put it in.
あーすいませんアップデート忘れてました。こっちでちゃんと比較してみたのですが、どうもnanodropがバグるだけみたいです
Sorry, I forgot to update.I compared it here, but it seems that nanodrop is only bugged.
RNAseが不活化してRNAがコンタミするんじゃないかという説があります
There's a theory that RNAse is inactivated and RNA is contaminated.
ということでボツになりました
And that's why I'm out of my mind.
RNaseはこっちのキットだと最初のバッファーに入っていて、遠心している間にも効いていそうな気はするので、RNAはエタノール入れても入れなくても分解していて、通常キャプチャされない低分子のDNAがキャプチャーされたのではと思ってますが、どうなのでしょうね。
RNase is in the first buffer with this kit, and it seems to work while centrifuging, so RNA breaks down regardless of whether ethanol is added or not, and I think it captures low-molecular DNA that is not normally captured, but what do you think?
うちもそうなんですけど、Nanodropの値をもとに等量ゲルにロードしてEtOH+/-で比較するとバンドの濃さにものすごい差が出てしまったので、他の核酸分子のコンタミなんじゃないかという結論になりました
As is the case with us, when we load it into an equal gel based on the value of Nanodrop and compare it with EtOH+/-, there was a huge difference in band density, so we concluded that it might be contamination from other nucleic acid molecules.
少分子の回収はもしかしたらいいのかもしれませんね。ゲル抽のときターゲットが短ければIsopropanol加えてから遠心しますし
It might be good to recover small molecules.When extracting gel, if the target is short, add Isopropanol and centrifuge.
NanoporeのQ20フローセルの古いほう(R10.4)を使って、Super acurateモードでベースコールすると、確かにQ20 (精度99%)出ていそうでした。1年以上前のフローセルでしたが、ポア数は特に減っていなかったので、R9.4.1などと同じようにまとめて買っておいても大丈夫かなと思いました。
When I made a base call in Superacurate mode using the older side of Nanopore's Q20 flow cell (R10.4), it certainly looked like Q20 (99% accuracy).It was a flow cell more than a year ago, but the number of poa did not decrease, so I thought it would be okay to buy them all together like R9.4.1.
図の上側はguppyのhigh accurateモードでベースコール、下側は全く同じデータをsuper accurateモードでベースコールしたものです。super accurateのほうが全体的に精度が上がってpassするリード数が倍くらいに増えていました。同じリードを上と下で比べると、明らかにしたのほうが綺麗です。
The top of the figure is a base call in high accurate mode on the guppy, and the bottom is a base call in super accurate mode on the exact same data.Overall, super accurate was more accurate and the number of leads passed was doubled.If you compare the same lead with the top and bottom, it's better to make it clear.
highとsuperで何が違うんですか？
What's the difference between high and super?
学習させたモデルの大きさが違うみたいで、実行時間が10倍くらい違うのだったと思います。今回のデータはたった？1Gbくらいの塩基数ですが、結構お高いGPUのRTX3080で実行して1時間かかりました。CPUだと数か月ですが、MinionMk1c付属のGPUでも数週間かかりそうでした。
The size of the model I learned seems to be different, and I think the execution time was about 10 times different.Did you get the data this time?The base number is about 1Gb, but it took me an hour to run it on RTX3080, a fairly expensive GPU.It takes a few months with the CPU, but the GPU that came with the MinionMk1c seemed to take a few weeks.
なるほど、時間かかるけど精度が上がるってことなんですね
I see, it takes time, but it improves accuracy.
紫色のがミスマッチですか？
Is the purple one a mismatch?
紫はインサーションです。ナノポアは挿入・欠失系のエラーが多いですね。
Purple is insulation.Nanopore has many errors in insertion and deletion systems.
あーなるほど。1塩基のコールの精度だけじゃなくてIndelに対しても改善するんですね
Oh, I see. It's not just about the accuracy of a single call, it's also about Intel.
I brought omiyage from Hokkaido and put them in 405, 311 and 251. Please feel free to take🥰
北海道からお土産を持ってきて、405、311、251に入れました。 お気軽にどうぞ🥰
I brought omiyage from Chiba, it’s in 405, 311, 251. Feel free!!
There’s nuts in it, if you’ve allergies please be careful
千葉から大宮司を持ってきました、405、311、251です。 ご自由に！！
ナッツが入っています、アレルギーの方はご注意ください
水産学会に発表者として参加費を払った方は中谷さんのとこに領収書を持ってきてください
If you paid the participation fee as a presenter at the Fisheries Society, please bring the receipt to Nakatani's place.
311, 251, 405にチョコレートを置いてあります。ご自由にどうぞ。
Chocolate is placed on 311,251,405.Please help yourself.
久しぶりにSNP解析ツールのアップデートでもしようかと思いGATKのHPを見たら、最近盛んに「Ultima Genomics」シーケンサー対応のアップデートがありました。どんなシーケンサーなんだろうと思ったら、100Gbpを1万円程度で読んでくれるシーケンサーなんですね。GATKが対応しているということは、近いうちに一般利用可能になりそうだと思いました。MGIのDNBSEQは思ったほど安くないなと残念に思っていましたが、もっと安いシーケンサーがまだ登場しそうだとは驚きました。
そのシーケンサーの原理を説明したのが下記の論文ですが、DVDみたいな円盤の上でDNAを伸長させる？？というぱっと見では何が何だか良く分からないシーケンサーに見えました。
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.05.29.493900v4.full
I was thinking about updating the SNP analysis tool for the first time in a while, so I looked at GATK's website and recently there was an update that supports the Ultima Genomics sequencer.If you wonder what kind of sequencer it is, it is a sequencer that reads 100 Gbp for about 10,000 yen.I thought that GATK's support would soon be available to the general public.I was disappointed that MGI's DNBSEQ was not as cheap as I thought, but I was surprised that cheaper sequencers were still coming out.
The following paper explains the principle of sequencer, but do you want to stretch DNA on a disk like a DVD?At first glance he looked like a sequencer who didn't quite understand what was going on.
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.05.29.493900v4.full
基本はSBSです。フローセルで試薬を流す代わりに円盤の上に試薬を垂らして高速で円盤を回転させることでフローセルを薄く均一にカバーして試薬の使用量を減らす手法です
It's basically SBS.Instead of flushing the reagent through the flow cell, we drop the reagent onto the disk and rotate the disk at high speed, covering the flow cell thinly and evenly to reduce the reagent usage.
先にアプリケーション先のscRNA-seqがPeer review済みとして出たのは謎なんですが
https://www.nature.com/articles/s41587-022-01452-6
It's a mystery that the application scRNA-seq came out as Peer Reviewed earlier.
https://www.nature.com/articles/s41587-022-01452-6
あとは確か蛍光ラベルされたdNTPの使用量を何％かに絞って節約するみたいな感じだった気が（だからMostly natural SBS）
Also, I think it was like saving by reducing the usage of fluorescently labeled dNTP to a few percent (so Mostly natural SBS).
まあBiorxivちらっと見ても正直全部は理解できなかったんですが
Well, Biorxiv, I couldn't understand everything at first glance.
僕はそれよりPacBioのSBB (Sequencing by binding)に注目してます
Rather than that, I pay attention to SBB (sequencing by binding) of PacBio.
リピートがめっちゃきれいに読めるらしい
It seems that you can read the repeat very beautifully.
どこかでPacがショートリードを出すというニュースを見たような気がしましたが、それなのですね。同程度のお値段でより高精度だと良いですが、何となくIlluminaよりもお高くなりそうな気が…
I felt like I saw the news that Pac would give a short lead somewhere, but that's it.It would be nice if it was more accurate at the same price, but somehow it seems to be more expensive than Illumina.
うーんそうですね、値段とかPacBioに何回か問い合わせてミーティングもしたんですけど全部情報隠されてHiFiゴリ押しされて萎えました笑
Well, I asked PacBio several times about the price, and we had meetings, but all the information was hidden and HiFi was pushed hard, so I was discouraged.
一応Illuminaとの違いは蛍光dNTPをつなげていくのではなく一回蛍光dNTPをくっつけてシグナル計測してからそれは洗い流して伸長を通常のdNTPでやるみたいな点だったと思います。論文出てないんで詳細知らないですが。
I think the difference from Illumina is that it doesn't connect fluorescent dNTP, but it's like measuring the signal by attaching fluorescent dNTP once and then washing it away and stretching it with normal dNTP.I don't know the details because the paper hasn't been published yet.
問い合わせてミーティングするなど、そこまで検討していたとは！
最近ヒトでHiFiたくさん読んでいるのですけど、平均リード長20kbp、Q50（1万塩基に1個ミス程度）の精度が出ているので、HiFiはしばらく必須のシーケンサーになるなと思います。
一度にくっつけて計測するのとそこまで違うのか、ぱっと見良く分かりませんでしたが、まぁ良いのでしょうね。
I didn't know you were considering that much, such as contacting and having a meeting!
Recently, I have been reading HiFi a lot in humans, but the average lead length is 20 kbp and Q50 (one out of 10,000 bases) accuracy is shown, so I think HiFi will be an essential sequencer for a while.
I wasn't sure if it was that different from the measurement by sticking it together at once, but I guess it's okay.
僕らのバーコードカセットかなりRepetitiveなので精度高いリードがほしいんですよね。
Genomicsの分野だともうHiFiは外せなそうですね。精度が欲しいので提案されたHiFiアンプリコンはあんまりテンション上がりませんでした
Our barcode cassette is quite repeatable, so we want a lead with high accuracy.
In the field of Genomics, it seems that HiFi cannot be removed anymore.The HiFi amplifier that you suggested was not very exciting because I wanted accuracy.
北米の文化なのか知らないですけど、ちょっと興味あるなくらいでも結構問い合わせてZoomでミーティングしますね、顔売っとくと割引してくれることも多いですし
I don't know if it's a North American culture, but even if you're not interested in it, I'll ask you a lot and have a meeting at Zoom. If you sell your face, you'll often get a discount.
めっちゃメールくるからうざいですけど
I get a lot of e-mails, so it's annoying.
そちらは最新のシーケンサーやシングルセル装置に触れる機会が多そうで羨ましいです。
最近のHiFiはGoogleが手伝ってあげているみたいで、ホモポリマーの補正精度もほとんど問題なさそうには見えました。
I envy you that you have many opportunities to come into contact with the latest sequencers and single cell devices.
Recently, HiFi seems to be helped by Google, and the correction accuracy of homopolymers seemed almost fine.
そうなんですね。見落としてたんですがQ50はすごいですね、アンプリコンのほうが難しいとはいえ
もうちょっと調べてHiFiも検討してみます、ありがとうございます！
I see.I overlooked it, but the Q50 is amazing, even though it's more difficult to use an amplifier computer.
I'll look into it a little more and consider HiFi, thank you!
水圏生物科学専攻教授会メンバーの先生方
おはようございます。深瀬です。
教務課長からのメールを転送いたします。
学生へのご指導をよろしくお願いいたします。
専攻支援チーム 深瀬
小山上席係長、廣本係長、岡野係長
皆様
お疲れさまです。
本日実施される、各専修ごとの授与式のおりに、学生に対して、
飲酒などについての注意喚起（節度を持って行うよう）を行っていただけるよう、
先生方にお伝えいただけますでしょうか。
大久保理事から堤研究科長にご依頼があったそうです。
（本研究科では該当者はおりませんでしたが）、
昨日そのような事があったようです。
どうぞよろしくお願いいたします。
榎本
Teachers of the Association of Professors of Aquatic Biological Sciences
Good morning。It's deep water.
I am forwarding an email from the section chief of the school affairs department.
Please give guidance to the students.
Major Support Team Deepwater
Chief of Staff Koyama, Chief of Staff Hiromoto, Chief of Staff Okano
ladies and gentlemen
Thank you for your hard work.
At today's awards ceremony for each specialized course, students will be invited to participate,
In order for you to call attention (to be moderate) to drinking, etc,
Could you tell the teachers?
Director Okubo asked Tsutsumi Research Department Director.
(There was no one in this research department.),
It seems that something like that happened yesterday.
I look forward to your kind cooperation.
Enomoto Corporation
みなさん
ほどほどに
Ladies and gentlemen
moderately
311に京都のお見上げを置きましたのでご自由にお取りください🤲
米澤さん、浅川先生は机に置かせていただきましたが、他の方は先着10名になります。
We have a look-up of Kyoto on 311, so please feel free to take it
Mr. Yonezawa and Mr. Asakawa put it on the desk, but the others will be the first 10 people.
インドネシアからのお土産、インドネシア風のラングドシャを311, 251, 405にを置きました。ご自由にどうぞ
We placed Indonesian-style Langdosha souvenirs on 311, 251, 405.Please help yourself
手が空いている人がいれば、椅子の組立お願いします
If anyone is free, please assemble the chairs
311室にあります
It's in 311 rooms
to 4年生
もし学校に来ていて手が空いてたら、チップを詰めてもらえると助かります
to 4th grade
If you're at school and you're free, I'd appreciate it if you could fill in the tips
PacBioのRevioのテストランとしてマクロジェンでニシオンデンザメのサンプルを読んで頂いておりますが、1回目は残念ながら失敗したようです。どうやら他のサンプルも全く出力がないそうで、シーケンサーの問題のようです。ライブラリーはまだ残っているらしく、再度テストランで実行できるか調整しているそうです。
As a test run for Revio of PacBio, you have read a sample of the python shark in Macrogen, but unfortunately the first one seems to have failed.It seems that the other samples have no output at all, so it seems to be a sequencer problem.It seems that the library is still there, and they are adjusting whether they can run it again in a test run.
- Kazutoshi Yoshitake
- PacBioのRevioのテストランとしてマクロジェンでニシオンデンザメのサンプルを読んで頂いておりますが、1回目は残念ながら失敗したようです。どうやら他のサンプルも全く出力がないそうで、シーケンサーの問題のようです。ライブラリーはまだ残っているらしく、再度テストランで実行できるか調整しているそうです。
ドキドキですね
My heart is pounding
どなたか糸井先生のラボは何号館の何号室なのか教えてください。。。ネットを調べたのですが見つけきれなくて。
Someone please tell me which building and which room is Itoi's lab...I searched the internet but couldn't find it.
10号館の3階上がって左に曲がった一つ目の部屋です
目の前に学科事務があるので助けてくれると思います
This is the first room that goes up the third floor of Building 10 and turns left
I have a department office right in front of me, so I think they will help me
日本大学生物資源科学部１０号館
https://maps.app.goo.gl/CA6Gadhf58GpY2547?g_st=ic
ここですね
Biological Resources Science Department No. 10 of Nihon University
https://maps.app.goo.gl/CA6Gadhf58GpY2547?g_st=ic
Right here
「糸井先生の部屋はこの奥です｣みたいなニュアンスの張り紙が貼ってあります。
There is a nuanced poster like "Mr. Itoi's room is in the back."
ありがとうございます!
Thank you!
ChatGPTが自動でWEB検索をしてまとめてくれるようになっていましたが、本日からウェブ検索のエンジンが良く分からない何か？からBing検索に切り替わったそうで、確かに回答の精度が上がっているように感じました。
使い方はChatGPTにログインして下記のように選択してから質問すれば良いです。
ChatGPT automatically searches the web and summarizes it, but from today on, I heard that I switched from something I don't know about the web search engine to Bing search, and I felt that the accuracy of the answers was improving.
To use it, you can log in to ChatGPT, select it as below, and ask questions.
研究室のアカウントとして、下記のID,パスワードでChatGPT Plusにログインできます。3時間で25回までの質問が可能です。
ID: suikoucalender@gmail.com
password: suikou0358417522
As a laboratory account, you can log in to ChatGPT Plus with the ID and password below.You can ask up to 25 questions in 3 hours.
ID: suikoucalender@gmail.com
password: suikou0358417522
ナノポアデーで自作RNAlaterの作り方を聞いたので、共有します。
EDTA: 7.44 g
クエン酸三ナトリウム 二水和物: 7.35 g
硫酸アンモニウム: 700 g
1Lにメスアップ
1Lの硫酸アンモニウムが完全に溶解するまで弱火で攪拌する（通常数時間かかる）
室温で冷却後、ph5.2に調整（発表者は硫酸で調整）
発表者は3Lくらいストックしてるらしい。
自作RNA later後のDNA抽出について
冷やした自作RNA later内で解剖（もしくは液体窒素を利用して磨砕しパウダーにして抽出まで−80度で保存）→バイオマッシャー2でホモジナイズ→Nanobindで抽出
上記方法で抽出した後にウルトラロングリードでライブラリ調整・シーケンシング→N50：80kb
※NANOBINDではなく、ゲル包埋抽出もあり（詳細が近日プレスリリースされるらしい大海研の新里研の論文を参照）
I've heard how to make my own RNLater on nano-poa day, so I'll share it with you.
EDTA: 7.44 g
Trisodium citrate dihydrate: 7.35 g
Ammonium sulfate: 700 g
Up to 1L
Stir over low heat (usually several hours) until 1L of ammonium sulfate is completely dissolved
After cooling at room temperature, adjust to ph5.2 (Presenter adjusted with sulfuric acid)
The presenter seems to have about 3L in stock.
DNA extraction after self-made RNA later
Anatomy in chilled self-made RNA later (or pulverized with liquid nitrogen, powder and preserved at -80 degrees Celsius) → Homogenize with Biomassher 2 → Nanobind
After extracting using the above method, use an ultra-long lead to adjust and sequencing the library→N50:80kb
*Not NANOBIND, but gel embedding extraction is also available (refer to the paper by Shinriken of Omi Ken, which will be released in press soon for details)
自作laterの参考文献（出先なので、中身は見れてないですが、一応載せておきます）
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/1755-0998.12108
Self-made later reference (I haven't seen the contents since I'm on the go, but I'll put it up just in case)
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/1755-0998.12108
今年のナノポアデーでは手法的に参考になりそうな発表がいくつかありました。
気になった内容を書いてみました。
慶應大 荒川和晴
ナノポアのヘテロゲノム用のアセンブルとしてはRAVENでアセンブル後にFlyeとするとヘテロ部分が潰されて上手いこと伸びるらしい。
10xを使って、独自にDNA一分子をMDAで全ゲノム増幅するプロトコルを確立したとのこと。あとでPDFを送ってくださるそうです。
横浜市立大 松本直通
ナノポアでのベースコールはlongshotというツールでフェージングして、Clair, SNVoterでSNPコールしているとのこと。
東大 鈴木穣
ナノポアのSVコールはNano SV以外は全くダメだそうです。
全体的な話題として、どうやって長いDNAをとっているかについて、米澤くんが書いてくれているほうが詳しいですが、OISTの藤江さんはNippiバイオマッシャーで破砕、自作RNAlatorをふんだんに使いつつ、などを挙げていました。
あと、ナノポア純正のショートフラグメントエリミネーターというのが登場したようです。ショートリードエリミネーターとそんなに違わないような気もしました。
他にはPuregene kitというDNA抽出キットが良いよと言っている人もいました。
色がついたDNAはNucleospin Inhibitor removal kitを使うと読める量が倍以上になるそうです。
もう一つの話題としては、ゲノムから直接メチル化を検出する解析が、がんでは当然になったようで、1年前ならMegalodon, 今はguppy後継のdoradoでコールするのが良いそうです。メチル化検出精度は96%。IGVで綺麗にメチル化アリルとそうでないアリルが区別されて表示されていました。遺伝子のプロモーター領域が選択的にメチル化されたり解除されたりする様子が複数サンプル読んでいると良くわかる感じでした。RNA-seqをしなくても発現変動している遺伝子がDNAからわかることもあるようでした。
それから、二本鎖の反対側と併せて読んでリード精度を99.9%にするDuplexというモードがありますが、いつものベースコール後にguppy、doradoなどで追加解析を行えば、大体10％くらいのリードがHiFi程度の精度のリードになるようなので、ルーチンでこの追加のベースコールもすべきだと思いました。メチル化検出と、duplexコールはルーチンでかけておくようにしようかと思いました。
PrometIONだけでT2Tを行う方法として、DuplexリードとUltra longリード、それからHi-CデータをPore-Cという手法で読んで、データをすべてverkkoに入れてアセンブルという流れがあるそうです。
それからDNAを入れればナノポアのライブラリー調整＆シーケンスまで自動でしてくれる装置としてVolTRAX後継のTRaxIONという装置が開発中とのことでした。
https://nanoporetech.com/traxion
This year's Nanopore Day featured several technically informative announcements.
I wrote down what I was curious about.
Kazuharu Arakawa, Keio University
As an assembly for the heterogenome of nanoparticles, if Flye is used after assembling with RAVEN, the hetero part is crushed and it grows well.
Using 10x, he established his own protocol to amplify the entire genome of a single DNA molecule with MDA. He will send you a PDF later.
Direct access to Yokohama City Daimatsumoto
The base call at Nanopore is fading with a tool called longshot, and SNP calls are made at Claire and SNVoter.
University of Tokyo Fertility Suzuki
Apparently, the nano-pore SV call is completely useless except for Nano SV.
Overall, Yonezawa-kun is more familiar with how to keep long DNA, but Fujie of OIST mentioned that he crushed it with a Nippi biomasher and used his own RNAlator in abundance.
Also, it seems that a nano-pore genuine short fragment eliminator has appeared.I didn't think it was that different from the short lead eliminator.
Others said a DNA extraction kit called Puregenekit would be good.
It is said that the amount of colored DNA can be read more than doubled by using Nucleospin Inhibitor removal kit.
Another topic is that analysis of methylation directly from the genome seems to have become a matter of course in cancer, and it would be better to call Megalodon a year ago and Dorado, the successor to guppy now.The accuracy of methylation detection was 96%, and IGV clearly distinguished methylated allyl from non-methylated allyl.When I read several samples, I felt that the promoter region of the gene was selectively methylated or released.It seemed that DNA could tell the genes that were changing expression without RNA-seq.
Also, there is a mode called Duplex that reads along with the other side of the double chain and increases lead accuracy to 99.9%, but if you do additional analysis such as guppy or dorado after the usual base call, about 10% lead will be about HiFi.I thought I'd try to make methylation detection and duplex calls in a routine.
As a way to do T2T with Prometion alone, there is a process of reading Duplex and Ultra long leads, and then Hi-C data using Pore-C, putting all the data into verkko and assembling it.
Then, as a device that automatically adjusts and sequences the nano-pore library when DNA is inserted, a device called TRaxION, the successor to VolTRAX, is under development.
https://nanoporetech.com/traxion
吉武先生、米澤君 ナノポアデーの情報共有ありがとうございます。以前RNAlaterは飽和硫安だと聞きましたが、やはりそうなんですね。
私も先週マリンバイオテクノロジー学会に行ってきましたので、幾つか皆さんに関連しそうな情報をシェアします。
今回のマリンバイオは東大の鈴木先生と北里大の安元先生のバイオミネラリゼーションとそれを利用した二酸化炭素の鉱物化の発表が白眉でしたが、
その他、
1．ヒドラと共生藻（岡山大の濱田先生）。サンゴとは異なる共生系で、共生藻ゲノムには共生に伴って遺伝子欠損や重複がある。ちなみに、一部の脊椎動物（サンショウウオ）も卵の時期にクロレラと共生しているそうです。
2．通常の環境DNAでは個体数推定が難しいということで、魚の発する音（鳴き声？）と環境DNA情報を統合して、種と個体数を検出しようという試みがありました（早稲田大の竹山先生グループ）。現状ではなかなか難しいようです。
3．細胞の自家蛍光は染色時には邪魔ですが、逆にそれを利用して、特定の細胞集団を人為的なラベルをすることなく分取できるという発表がありました。具体的には精巣の細胞集団から、特定の波長域の自家蛍光を発する細胞集団を分取することで、精原細胞を濃縮することができたそうです（海洋大吉崎先生グループ）
4．細胞膜透過ペプチドと核酸を結合させたCPP-PNAを用いて、菌や細胞に振りかけるだけでノックダウンするという発表が幾つかありました。
Professor Yoshitake, thank you for sharing the information about Yonezawa-kun Nanopo Day.I heard that RNLater is saturated ammonium sulfate before, but I see.
I also went to the Marine Biotechnology Society last week, so I will share some information that might be relevant to you.
The announcement of bio-mineralization by Suzuki from Tokyo University and Yasumoto from Kitasato University and carbon dioxide mineralization using it was the highlight of this marine bio,
Additionally,
1. Hydra and symbiotic algae (Mr. Hamada of Okayama University).It is a symbiotic system different from coral, and the symbiotic algae genome has gene defects and overlaps with symbiosis.Incidentally, some vertebrates (salamanders) also live in symbiosis with chlorella during the egg season.
2. Since it is difficult to estimate the population with normal environmental DNA, there was an attempt to detect species and populations by integrating the sound (crying?) of fish with environmental DNA information (Mr. Takeyama group at Waseda University).
3. Although autofluorescence of cells is a hindrance during staining, it has been announced that it can be used to separate specific cell populations without artificial labeling.Specifically, it is said that the testicular cells could be concentrated by separating the cell population that emits autofluorescence in a specific wavelength range from the testicular cell population (Oyoshizaki-sensei Kaiyo group)
4. There have been several announcements that using CPP-PNA, which combines cell membrane-permeable peptides and nucleic acids, it knocks down just by spraying them on bacteria and cells.
鈴木先生は貝殻バイオミネラリゼーションの基礎、安元先生はそうした貝殻形成のシステムを模倣して、ポリアミンを利用することで海水中の二酸化炭素を低コスト、低エネルギーで炭酸カルシウムに変えるというものでした。既にパイロットプラントが稼働していて、基礎から応用への明確な筋道が確立されているように思いました。
Mr. Suzuki was the foundation of shell biomineralization, and Mr. Yasumoto imitated such a shell-forming system to convert carbon dioxide in seawater into calcium carbonate at low cost and low energy by using polyamines.I thought the pilot plant was already in operation and a clear path from foundation to application had been established.
水圏生物工学卒業生でUniversity Houston Victoriaの金子元先生のお土産（なぜか千葉土産）、研究室を訪ねてきた北大の学生さんのお土産（六花亭）です。251室にあります
These are souvenirs (for some reason Chiba souvenirs) from former University Houston Victoria Kaneko, a graduate of hydrosphere biological engineering, and souvenirs (Rokkatei) from students at Kita University who visited the laboratory.It's in 251 rooms
The doorknob on the 1st floor of ２号館 has dropped off. I've picked it up and could anyone please tell me where or who should I turn to?
2階のドアノブが落ちています。 私はそれを拾ったのですが、誰かどこで誰に頼ればいいのか教えていただけますか？
I think turn to our office
事務所に戻ると思います
ありがとうございます。事務所、どこですか。
Thank you.Where is the office?
学生サービスセンター in 3rd building.
If you go there, the office staff will give it to the appropriate person.
学生サービスセンター in 3rd building。
そこに行けば、事務所の人が適切な人に渡してくれます。
PromethION 2 Solo(P2Solo)のプロトコルを作製し、共有フォルダのプロトコル集のNANOPOREフォルダに保存しました。
公式のチェックリストも保存してあります。
ちなみにですが、最初のInputのDNA量を増やすことで、一度のライブラリ調製で数回分のライブラリが作製でき、シーケンシングも問題なさそうです。
I created a protocol for Promethion 2 Solo (P2Solo) and saved it in the NANOPORE folder of the protocol collection in the shared folder.
The official checklist is also saved.
By the way, by increasing the amount of DNA in the first Input, you can create several libraries in one library preparation, and sequencing seems to be fine.
姫路のお土産311にあります
残り7個です
It's in Himeji souvenir 311
There are seven left
おはようございます。肩や手首を痛めてしまい、あまり手に力が入らない状態になってしまいました。飼育のための事故は慎重にしますが、落としてトラブルになるような作業や重いものは避けて作業は控えさえせていただきたいと思います。ご迷惑をおかけして申し訳ありません。どうぞよろしくお願いいたします。
Good morning。I hurt my shoulder and wrist, so I don't have much strength in my hands.I will be careful about breeding accidents, but I would like to refrain from working on things that might cause trouble by dropping them.I'm sorry for the inconvenience.I look forward to your kind cooperation.
最近大洗水族館に行った知り合いから、ベニクラゲがたくさん展示されていたと聞きました。
I heard from an acquaintance who recently went to Oarai Aquarium that there were many red jellyfish on display.
- 下村美秀
- 明日明後日大洗に採集行くので取れそうな気がします
すぐに返信貰えるか分からないけど、大洗水族館のお問い合わせページで採取場所聞いてみたらどうですか？
（クサフグの産卵場所聞いたら、返事は頂けたから）
I'm not sure if I can get a reply right away, but why don't you ask the location of the collection on the inquiry page of Oarai Aquarium?
(I asked where the pufferfish lay, and they answered me.)
来週の日曜日、遺伝研の工樂先生など日本の進化生物学界隈の人々とScienceのZoonomia 特集の輪読会をやります（Zoomです）
Next Sunday, we will have a round-trip reading of Science's Zoonomia feature with people in the Japanese evolutionary biology community, including Professor Koraku of Genetics Research (Zoom)
興味ある人いたら教えて下さい、多分参加できます
If you are interested, please let me know. Maybe I can participate
僕も論文一本担当します
I am also in charge of a paper
NextSeqのフローセルを頂けるようなのですが、谷内江研周りで日本でNextSeqを貸してくださりそうなところに心当たりはないですか？
I would like to receive a flow cell of Kijima Yusuke NextSeq, but do you have any idea where you can rent NextSeq in Japan around Yachi Eken?
油谷先生のところにNextseq1000/2000が入ったと聞きました
I heard that Nextseq1000/2000 came into Mr. Yutani's place
近いうちにクローニングする人いますかNEBから無料キャンペーンやってるので、やる人がいれば頼もうかと思います。
https://www.nebj.jp/f/731
普通のクローニングだけでなく、ssDNAのアセンブルもできるらしい？
Is there anyone who wants to clone it soon? NEB is running a free campaign, so I think I'll order it if there are people who want to.
https://www.nebj.jp/f/731
Apparently, ssDNA can be assembled as well as normal cloning?
Prof. Asakawa @Sri Lanka
and Silva san
とシルバサン
そういえば、ヒューレットパッカードのコンピュータを使って研究している研究者にSYNNEXという会社がインタビューをしていて、近いうちに下記のHPに掲載される予定です。
https://www.synnex.co.jp/casestudy/
その研究風景の写真を撮影しに、明日13:00にプロのカメラマンが来るらしいので、お時間がある方は一緒に写ってもらえると嬉しいです。
Come to think of it, a company called SYNNEX is interviewing researchers who are researching using Hewlett-Packard's computer, and it will be posted on the following website soon.
https://www.synnex.co.jp/casestudy/
A professional photographer will come tomorrow at 1:00 p.m. to take a picture of the research scene, so if you have time, I would appreciate it if you could take a picture with me.
新しく参加したメンバーも参加以前のトーク内容を確認できます。
横からすみません。工藤です。
20% PFAはおそらく固定用のパラホルムアルデヒドのことだと思いますが、通常は用事調製or最長1週間で使うものなので、研究室の方々の意見を聞くまでもなく捨ててしまってよいと思います。
廃棄方法は研究機関によって異なるので、確認してからの方が良いかもしれません。
ラベルなしの瓶は…謎ですね…。
Table of 佐藤荘志
Excuse me from the side.This is Kudo.
I think 20% PFA is probably a fixed paraformaldehyde, but it is usually used for errand preparation or up to a week, so you can throw it away without hearing the opinions of the laboratory staff.
Disposal methods vary depending on the research institution, so it might be better to check beforehand.
An unlabeled bottle... is a mystery...
先日取材で撮影して頂いた写真を使ったインタビュー記事の確認版が送られてきました。
https://1drv.ms/b/s!ApyvSGepW4Lkg940Vgpl2Nz2Rn9vIw?e=geGOYB
写真は別途送っていただける予定です。
プロの手にかかるとインタビュー内容など、こんな感じになるのだなと驚きました。（全然こんな風には話していない…！）
I received a confirmation version of the interview article using the photos you took the other day.
https://1drv.ms/b/s!ApyvSGepW4Lkg940Vgpl2Nz2Rn9vIw?e=geGOYB
You will be able to send the photos separately.
I was surprised that the contents of the interview would look like this when it comes to professional work.(I'm not talking like this at all...!)
- Kazutoshi Yoshitake
- 先日取材で撮影して頂いた写真を使ったインタビュー記事の確認版が送られてきました。
https://1drv.ms/b/s!ApyvSGepW4Lkg940Vgpl2Nz2Rn9vIw?e=geGOYB
写真は別途送っていただける予定です。
プロの手にかかるとインタビュー内容など、こんな感じになるのだなと驚きました。（全然こんな風には話していない…！）
記事が出たら研究室HPのNEWS欄にリンク張りましょう
When the article comes out, let's link it to the NEWS column on the laboratory website
スリランカ土産（レモンクッキーとココナツチョコレート）を4階、311、251に置いているので、食べてください。浅川先生、木下、劉君からです。
Sri Lankan souvenirs (lemon cookies and coconut chocolate) are on the 4th floor, 311, 251, so please eat them.It's from Asakawa Sensei, Kinoshita, and Liu.
インタビューの際の集合写真が届きました。
https://geccutokyoacjp-my.sharepoint.com/:i:/g/personal/akyoshita_g_ecc_u-tokyo_ac_jp/EQ8Atsnngi5IkdD7ZXaSty4BOsdDKtszTNw1fixZF09Jhg?e=JecLxm
https://geccutokyoacjp-my.sharepoint.com/:i:/g/personal/akyoshita_g_ecc_u-tokyo_ac_jp/EWrf3O3Q5JtOlJGXfBz87N0B7TOK2ZeU4Cg1WzCrPXqJUg?e=hswmwU
インタビューの際の集合写真が届きました。
https://geccutokyoacjp-my.sharepoint.com/ :i:/g/personal/akyoshita_g_ecc_u-tokyo_ac_jp/EQ8Atsnngi5IkdD7ZXaSty4BSDKtzTNw1fixZF09Jhg?e=JecLxm
https://geccutokyoacjp-my.sharepoint.com/ :i:/g/personal/akyoshita_g_ecc_u-tokyo_ac_jp/EWrf3O3Q5JtOlJGXfBz87N0B7TOK2ZeU4Cg1WzCrPxqJUg?e=hswmwU
Hello
I just put a souvenir, rusk, at 311 room and 405 room. Please feel free to have yourselves
こんにちは
311号室と405号室にお土産を置いてきました。 どうぞお気軽に
311のプリンター用に買い溜めしていたトナーが今年度なくなる見込みです。このタイミングで新しいプリンターにしたいと考えていて、405もプリンターとスキャナが別々なので同じ機種の複合機をそれぞれの部屋に設置したいと考えています。機種は下記で良いかなと思ったのですが、別の機種の方が良さそうであれば教えてください。
https://s.kakaku.com/item/K0001160573/
The toner we have stocked up on for 311 printers is expected to run out this year.I'm thinking of using a new printer at this time, and since 405 has different printers and scanners, I'd like to install the same type of multifunction machine in each room.I thought the model below would be good, but please let me know if another model looks better.
https://s.kakaku.com/item/K0001160573/
ZIP!
311に名古屋土産（ういろう）を置きましたので、ぜひ召し上がってください。
We have placed Nagoya souvenirs on 311, so please enjoy them.
各部屋にお土産置いて置いたのでよかったらどうぞ
I have left souvenirs in each room, so if you don't mind, go ahead
農学部からきゅうり🥒もらいました！好きにとってください。今朝収穫したばかりんで、新鮮です美味しい。4階においときます
I got cucumber🥒 from the agricultural department!Take whatever you want.I just harvested it this morning, and it's fresh and delicious.I'll be on the fourth floor
福岡のお土産です。各部屋に置きました。
It is a souvenir from Fukuoka.I put it in each room.
鶯ボール、各部屋に置いているので、ご賞味ください
We have nightingale balls in each room, so please enjoy them
251、311と405に中国のお菓子置きました。ご自由にお取り下さい。
I put Chinese sweets on 251, 311, and 405.Please help yourself.
I brought back some cakes from China and put them in 405, 311 and 251. Please feel free to take🥰
中国からケーキをいくつか持ってきて、405、311、251に入れました。 お気軽にどうぞ🥰
僕も函館のお土産(クッキー、煎餅)を311に置きました
I also put souvenirs (cookies, senbei) from Hakodate on 311
自分も京都のお土産を251に置きました
I myself put souvenirs from Kyoto at 251
孟さんに中国のお菓子をたくさん頂いたので、251室に置いています
Meng gave me a lot of Chinese sweets, so I put them in 251 rooms
学会で行ったシカゴとトランジットで寄った台湾のお土産を311に置きました。少量で申し訳ありませんが、先着順でお取りください。
I put souvenirs from Chicago and Taiwan that I visited at the academic conference on 311.I'm sorry for the small amount, but please take it on a first-come, first-served basis.
1年後にはLINEWORKSの無料でのメンバー数上限が100->30名に減らされるようで、当研究室は思いっきりこれに引っかかりますね。。。
It seems that the maximum number of free LINEWORKS members will be reduced to 100->30 in a year, so our laboratory will fall for this as much as possible...
本日、ゼミの前後にサーバー等の整備をすると思いますが、一部の人は311の壊れてしまった冷蔵庫の整理と廊下への運搬を手伝ってください。
よろしくお願いいたします。
冷蔵庫自体は明日届きます。
I think we will be maintaining the server before and after the seminar today, but some people would like to help clean up 311 broken refrigerators and transport them to corridors.
Thank you.
The refrigerator itself will arrive tomorrow.
新しく参加したメンバーも参加以前のトーク内容を確認できます。
アルバイト募集します。
日時：10月6日（金）の14－16時
場所：東大農学部内
作業内容：封筒の袋詰め作業
11月24－25日に真珠研究シンポジウム2023が開催されますが、そのポスターを全国の真珠関係の組合や研究機関に発送します。
その袋詰め作業です。2時間を予定しますがそんなにかからないと思います。早く終わっても2時間分のバイト代は支払います。
数名募集です。希望者は連絡をください。
All
We are looking for a part-time job.
Date and time: Friday, October 6 from 14:00 to 16:00
Location: Within the Agricultural Department of University of Tokyo
Contents: Envelope bagging operation
The Pearl Research Symposium 2023 will be held from November 24th to 25th, and the posters will be sent to pearl-related unions and research institutes nationwide.
It's that bagging work.It is scheduled to take two hours, but I don't think it will take that long.I will pay for the part-time job for two hours even if it finishes early.
We are looking for several people.If you wish, please contact us.
来年度から使えなくなるLINEWORKSに変わる連絡手段を少しずつ考えてみたいと思います。
個人的にはもうメールで良いのではと思いつつありますが、候補として
・Slack(utokyoアカウントを持たない人も参加可能か要調査、制限があるっぽい)
・普通のLINE
・有料版LINEWORKS年20万円以上
他に良さそうなのがあれば教えてください。
I'd like to think about the means of communication that will change to LINEWORKS, which will no longer be available from next fiscal year.
Personally, I think it's okay to send an e-mail, but as a candidate
·SlackutThere seems to be some restrictions on whether people who don't have utokyo accounts can participate or not要
·Regular LINE
·Paid version of LINEWORKS over 以上200,000 per year
Please let me know if there is anything else that looks good.
- Kazutoshi Yoshitake
- 来年度から使えなくなるLINEWORKSに変わる連絡手段を少しずつ考えてみたいと思います。
個人的にはもうメールで良いのではと思いつつありますが、候補として
・Slack(utokyoアカウントを持たない人も参加可能か要調査、制限があるっぽい)
・普通のLINE
・有料版LINEWORKS年20万円以上
他に良さそうなのがあれば教えてください。
①理科大生命研でラボ内連絡ツールとして「Slack」を用いているというのを聞いたことがあります。
②D社はこれから「Microsoft365」を導入して、社内情報共有の手段として「Teams」を採用し、チャット・ファイル共有・Web会議を1本化するそうです。
③オーソドックスに「メーリングリスト」では時代が古すぎますか？
何の参考にもならないと思いますが取り急ぎ…。
導入条件などお知らせいただければ、少しはお手伝いできるかもしれません。
<span translate="no"></span>①I've heard that University of Science and Life Research uses Slack as an in-lab communication tool.
②"Company D will introduce ""Microsoft365"" and adopt ""Teams"" as a means of internal information sharing, and unify chat, file sharing and web conferencing."
③Is the orthodox "mailing list" too old?
"I don't think it will be helpful, but I am in a hurry..."
If you let me know the conditions of introduction, I might be able to help you a little.
- Michiko Kudo
①理科大生命研でラボ内連絡ツールとして「Slack」を用いているというのを聞いたことがあります。
②D社はこれから「Microsoft365」を導入して、社内情報共有の手段として「Teams」を採用し、チャット・ファイル共有・Web会議を1本化するそうです。
③オーソドックスに「メーリングリスト」では時代が古すぎますか？
何の参考にもならないと思いますが取り急ぎ…。
導入条件などお知らせいただければ、少しはお手伝いできるかもしれません。
情報ありがとうございます。
個人的にはGoogle Groupsを使ったメーリングリストが結局すべてログも残るし良いかなと思っていますが、皆さんの意見を聞いてみたいです。
条件としては、下記のような感じでしょうか。
・できるだけ無料のもの。東大で契約しているSlackやマイクロソフトのサービスなどが使えるならば良いかも。ただ、東大で契約しているものはUTokyoアカウントがないと使えないような気がします。（日大の人や入学前の留学生などが困る）
・ログが永久に残る。（この点はLINEWORKSでは３年で消えるので合致していませんでした）
・新規の人でも過去のやり取りを全て閲覧可能
・出来れば予定共有もできると嬉しい
・既読機能があればなお良し
Thank you for the information.
Personally, I think it's good that all mailing lists using Google Groups will eventually be logged, but I'd like to hear your opinion.
The conditions are as follows.
·It's as free of charge.It might be good if you can use Slack or Microsoft services contracted by Tokyo University.However, I feel that I can't use the ones contracted at Tokyo University without a UTokyo account. (Nippon University students and foreign students before entering school are in trouble.)
·Logs will remain permanently (this point did not match LINEWORKS as it disappears after 3 years)
·Even new people can view all past interactions
·If possible, it would be great if we could share our plans
·It would be even better if there is a read function
- Shigeharu KINOSHITA
@All
アルバイト募集します。
日時：10月6日（金）の14－16時
場所：東大農学部内
作業内容：封筒の袋詰め作業
11月24－25日に真珠研究シンポジウム2023が開催されますが、そのポスターを全国の真珠関係の組合や研究機関に発送します。
その袋詰め作業です。2時間を予定しますがそんなにかからないと思います。早く終わっても2時間分のバイト代は支払います。
数名募集です。希望者は連絡をください。
必要人数が集まりましたので、募集を締め切ります。参加表明の人は、金曜日よろしくお願いします。場所は別途連絡します。
We have gathered the necessary number of people, so we will close the recruitment.If you are announcing your participation, please take care of me on Friday.I will contact you separately about the location.
明日のアルバイトですが、14時に2号館一階の114号室に集まってください。
Table of Ashley Rinka Smith Longson Pang Shotaro Ogawa YIDA PAN 下村美秀 井原一生
I have a part-time job tomorrow, so please gather in Room 114 on the first floor of Building 2.
- Shigeharu KINOSHITA
@Ashley Rinka Smith @Longson Pang @Shotaro Ogawa @YIDA PAN @下村美秀 @井原一生
明日のアルバイトですが、14時に2号館一階の114号室に集まってください。
ポスターが届くのが14－15時とのことですので、すいませんが、集合は14：30に変更します。
The poster will arrive between 14:00 and 15:00, so I'm sorry, but the meeting will be changed to 14:30.
- Shigeharu KINOSHITA
- ポスターが届くのが14－15時とのことですので、すいませんが、集合は14：30に変更します。
荷物があるので、14:25頃に数名251室に来て下さい
I have some luggage, so please come to room 251 for a few people around 2:25 PM
アルブミン届いたみたいです
下村美秀 I think we got albumin
- Kazutoshi Yoshitake
- 情報ありがとうございます。
個人的にはGoogle Groupsを使ったメーリングリストが結局すべてログも残るし良いかなと思っていますが、皆さんの意見を聞いてみたいです。
条件としては、下記のような感じでしょうか。
・できるだけ無料のもの。東大で契約しているSlackやマイクロソフトのサービスなどが使えるならば良いかも。ただ、東大で契約しているものはUTokyoアカウントがないと使えないような気がします。（日大の人や入学前の留学生などが困る）
・ログが永久に残る。（この点はLINEWORKSでは３年で消えるので合致していませんでした）
・新規の人でも過去のやり取りを全て閲覧可能
・出来れば予定共有もできると嬉しい
・既読機能があればなお良し
Google Groupsというのは知らなかったのですが、ドライブやカレンダーと連携できて確かに便利そうですね。
只今私の数少ないいろいろなツテを使って聞いているところですので、まとまりましたらご連絡します。
それとは別ですが、、、
他大の学生や留学生も逆にUtokyoアカウントを取得すればよいのでは？と思った次第です。
といいますのも、その昔私が修士学生のときに「特別研究学生」として外研先機関でアカウントが取得できたな…と思いまして。
問い合わせは必要ですが、一応東大でもできるっぽいですよ？
https://utelecon.adm.u-tokyo.ac.jp/utokyo_account/#about
I didn't know about Google Groups, but it seems to be convenient because it works with drives and calendars.
I am currently listening to it using one of my few kinds of ivy, so I will let you know when it is finalized.
Apart from that,,,
I thought it would be better for students from other universities and international students to acquire a Utokyo account.
This is because I thought that long ago when I was a master's student, I was able to obtain an account at an external research institution as a "special research student."
I need to inquire, but it seems that the University of Tokyo can do it just in case, right?
https://utelecon.adm.u-tokyo.ac.jp/utokyo_account/#about
- Michiko Kudo
- Google Groupsというのは知らなかったのですが、ドライブやカレンダーと連携できて確かに便利そうですね。
只今私の数少ないいろいろなツテを使って聞いているところですので、まとまりましたらご連絡します。
それとは別ですが、、、
他大の学生や留学生も逆にUtokyoアカウントを取得すればよいのでは？と思った次第です。
といいますのも、その昔私が修士学生のときに「特別研究学生」として外研先機関でアカウントが取得できたな…と思いまして。
問い合わせは必要ですが、一応東大でもできるっぽいですよ？
https://utelecon.adm.u-tokyo.ac.jp/utokyo_account/#about
ありがとうございます。このアカウントを持っていない人というのは、研究生も含まれるのか？ですね。問い合わせてみようかなと思います。
Thank you.Does anyone who doesn't have this account include a research student?Well, I think I'll inquire.
うちの部屋ではGoogleの「チャット」を使ってますよ。
学生が大学アカウントでログイン出来るので。
We use Google Chat in our room.
Students can log in with their university account.
グループチャットだと既読が判らないと言う欠点がありますが…
There is a disadvantage of not being able to read it in group chat rooms...
- Yoji Igarashi
- うちの部屋ではGoogleの「チャット」を使ってますよ。
学生が大学アカウントでログイン出来るので。
情報ありがとうございます!
googleのチャットツール関係は迷走している感じがあって調べておりませんでしたが、Google Chatはよさそうですね。Slackはグループを新着順に並べ替えることが私はできず、使いにくい印象でした。
研究生などが大学のアカウントを発行してもらえるのか、深瀬さんから問い合わせてもらっているところです。
Thank you for the information!
I didn't look into Google's chat tool because it seems to be lost, but Google Chat sounds good.I had the impression that Slack was difficult to use because I couldn't sort groups by new arrival.
Mr. Fukase is asking if a research student or the like can issue a university account.
改めてMicrosoft Teamsを調べてみると、2020年から既読機能が追加されているし、UTokyoアカウントを持っていない外部ユーザもチャットに追加できるし、メッセージは無期限に保存可能なので、Teamsがよさそうな気がしてきました。チャットのデータ容量の制限がどうなっているのかよくわかってはいませんが、U-Tokyoアカウントの人がチャットを開始すれば大丈夫そうな気がしました。
When I looked into Microsoft Teams again, I thought Teams would be good because it has already added a read function since 2020, and external users who don't have a UTokyo account can be added to the chat room, and messages can be saved indefinitely.I don't really understand what the limitation of chat data is, but I thought it would be okay if someone with a U-Tokyo account started chatting.
- Kazutoshi Yoshitake
- ありがとうございます。このアカウントを持っていない人というのは、研究生も含まれるのか？ですね。問い合わせてみようかなと思います。
問い合わせたところ、「農学実験研習生は 、農学部独自で受け入れている非正規の学生であるため、Utokyoアカウントの作成は不可能となります。」とのことでした。ですので、U-Tokyoアカウントを持たない人も混ざった環境を考慮する必要があります。
近いうちにTeamsのテストをしてみようかなと思います。協力してくれる方は私までU-Tokyoアカウント(0123456789@utac.u-tokyo.ac.jpみたいなもの)を送ってください。どうぞよろしくお願い致します。
When I inquired, they said, "As agricultural experimental trainees are non-regular students accepted by the Faculty of Agriculture, it will be impossible to create an Utokyo account."Therefore, people who do not have a U-Tokyo account should consider a mixed environment.
I'm thinking of doing a Teams test in the near future.If you can help, please send me your U-Tokyo account (like 0123456789@u-tac.u-tokyo.ac.jp ).I look forward to your kind cooperation.
Teamsのテスト用にU-Tokyoアカウントを送ってくださった皆様ありがとうございます。何度か試しているのですが、どうやらU-Tokyoアカウントを直接指定してチャットを始めることが出来ないように見えます。以前は教員や学生の名前で検索しても追加出来ていたように思うのですがセキュリティが厳しくなったのかもしれません。
U-Tokyoアカウント自体は追加できませんが、それに紐づくメールアドレスだとおそらく可能かもしれないと思い始めたところです。mail.ecc.u-tokyo.ac.jpやg.ecc.u-tokyo.ac.jpのeccのメールアドレスではなく、私ならyoshitake.kazutoshi@mail.u-tokyo.ac.jpというアドレスです。どうやって確認するかというと、下記のマイクロソフトアカウントのページにU-Tokyoアカウント（0123456789@utac.u-tokyo.ac.jpみたいなID）でログインすると
https://myaccount.microsoft.com/?ref=MeControl
次のようなところに表示されています。
そのメールアドレスを何人か私まで送ってもらえると助かります。
どうぞよろしくお願いします。
Thank you to everyone who sent me a U-Tokyo account for testing Teams.I've tried several times, but it seems like I can't start chatting with a U-Tokyo account directly.In the past, I think I could add it by searching by the names of teachers and students, but security may have become stricter.
I can't add a U-Tokyo account itself, but I'm just starting to think that it might be possible with an email address linked to it.It's not the email address of g.ecc.u-tokyo.ac.jp or mail.ecc.u-tokyo.ac.jp , but I would say yoshitake.kazutoshi@mi-ail.u-tokyo.ac.jp .How do I check? If you log in to the Microsoft account page below with a U-Tokyo account (ID like 0123456789@u-tac.u-tokyo.ac.jp )
https://myaccount.microsoft.com/?ref=MeControl
It appears in the following places.
I would appreciate it if you could send some of those email addresses to me.
I look forward to your kind regards.
- Kazutoshi Yoshitake
- Teamsのテスト用にU-Tokyoアカウントを送ってくださった皆様ありがとうございます。何度か試しているのですが、どうやらU-Tokyoアカウントを直接指定してチャットを始めることが出来ないように見えます。以前は教員や学生の名前で検索しても追加出来ていたように思うのですがセキュリティが厳しくなったのかもしれません。
U-Tokyoアカウント自体は追加できませんが、それに紐づくメールアドレスだとおそらく可能かもしれないと思い始めたところです。mail.ecc.u-tokyo.ac.jpやg.ecc.u-tokyo.ac.jpのeccのメールアドレスではなく、私ならyoshitake.kazutoshi@mail.u-tokyo.ac.jpというアドレスです。どうやって確認するかというと、下記のマイクロソフトアカウントのページにU-Tokyoアカウント（0123456789@utac.u-tokyo.ac.jpみたいなID）でログインすると
https://myaccount.microsoft.com/?ref=MeControl
次のようなところに表示されています。
そのメールアドレスを何人か私まで送ってもらえると助かります。
どうぞよろしくお願いします。
ログインしてみました。スマホ版で見たので写真と様式がちがったのですが、マイアカウントというタブで出てくるのでしょうか。
私の場合「職員番号@utac.u-tokyo.ac.jp」のアドレスしか表示されませんでした。
I tried logging in.I saw it on my smartphone version, so the style was different from the photo, but does it appear on the My Account tab?
"In my case, only the ""staff number @u-tac.u-tokyo.ac.jp "" address was displayed."
- 平田麗
- ログインしてみました。スマホ版で見たので写真と様式がちがったのですが、マイアカウントというタブで出てくるのでしょうか。
私の場合「職員番号@utac.u-tokyo.ac.jp」のアドレスしか表示されませんでした。
情報ありがとうございます！全員が@mail.u-tokyo.ac.jpを割り当てられるわけではないかもと懸念しておりましたが、@utac.u-tokyo.ac.jpとなってしまうのですね。。。
因みに「職員番号@utac.u-tokyo.ac.jp」あてにメールを送って受信することは出来ますか？私は出来ませんが、それで受信できるならそれでも良いのかなと思ったりしました。
Thank you for the information!I was worried that not everyone would be able to assign @muhttp://tac.u-tokyo.ac.jp , but it turned out to be @uuhttp://ail.u-tokyo.ac.jp ...
"By the way, is it possible to send an email to ""staff number @u-tac.u-tokyo.ac.jp "" and receive it?"I can't do it, but I thought it would be okay if I could receive it.
- Kazutoshi Yoshitake
- 情報ありがとうございます！全員が@mail.u-tokyo.ac.jpを割り当てられるわけではないかもと懸念しておりましたが、@utac.u-tokyo.ac.jpとなってしまうのですね。。。
因みに「職員番号@utac.u-tokyo.ac.jp」あてにメールを送って受信することは出来ますか？私は出来ませんが、それで受信できるならそれでも良いのかなと思ったりしました。
私も「U-Tokyoアカウント@utac.u-tokyo.ac.jp」がマイアカウントで表示されます。
（※私の場合は本名が表示されます。）
そして、私の社用アドレスから「U-Tokyoアカウント@utac.u-tokyo.ac.jp」宛にメール送信したところ、いつも@g.ecc.u-tokyo.ac.jp宛てのメールを受信しているgmailで、@utac.u-tokyo.ac.jpのメールが受信できました。
I also see U-Tokyo account @u-tac.u-tokyo.ac.jp as my account.
(*In my case, my real name will be displayed.)
And when I sent an email from my company address to the U-Tokyo account @u-tac.u-tokyo.ac.jp , I was able to receive an email from @u-tac.u-tokyo.ac.jp via gmail that was sent to c.u-tokyo.ac.jp .
私の場合はU-Tokyoアカウント@utac.u-tokyo.ac.jpは受信できないのですが、連絡をくださった平田さん、工藤さん、黄さんは受信できるようですね。ただし、そのアドレスを使っても私のU-Tokyoアカウントからでは追加できませんでしたorz 東大としてはTeamsを使うことは想定していない感じでしょうか。
ただ、個人用の無料版TeamsアカウントであればU-Tokyoアカウントでも、もちろん個人用のMicrosoftアカウントでもチャットを作れて、今のところ制限としては問題なさそうなので、U-Tokyoアカウントでも、個人用のMicrosoftアカウントどちらかで無料版Teamsを使うというので良いかなと思いました。
In my case, I can't receive U-Tokyo account @u-tac.u-tokyo.ac.jp , but it seems that Hirata-san, Kudo-san and Hwang-san who contacted me can receive it.However, even with that address, I could not add it from my U-Tokyo account. Orz University of Tokyo doesn't expect to use Teams?
However, I think it would be good to use the free version of Teams account for both U-Tokyo account and Microsoft account for personal use, so there seems to be no problem as a limit.
黄さんより、そもそもU-TokyoアカウントでTeamsにログインできないという情報を頂きました。私は出来ますが（おそらくスタッフは可能？）、出来ない人のほうが多い気もします。
個人用のMicrosoftアカウントを皆さんに作ってもらうというので良いかなと思いつつあります。
I received information from Mr. Hwang that he cannot log into Teams with his U-Tokyo account in the first place."I can do it (probably the staff?), but I think there are more people who can't."
I am wondering if it would be good to have everyone create a personal Microsoft account.
- Michiko Kudo
- 仰るとおりログインできませんでした。
⇩のようなカンジになります。
情報ありがとうございますm(_ _)m
そうすると個人用のTeamsですかねぇ。
Thank you for the informationm(_ _)m
Then, I guess it's personal Teams.
2024年10月1日にこのLINEWORKSのグループは閉鎖してしまうので移行先を探していますが、個人用のTeamsが良さそうなので、テストしてみたいと思っています。
ひとまずテスト用のチャットルームを作ってみました。使い勝手をテストしてみたいので、ご協力お願いします。All Labo Members用の連絡を下記の新しいチャットルームにも転送する予定です。個人用のMicrosoftアカウントでTeamsを開いて下記のURLをウェブブラウザで開いてチャットルームを追加すればよいです。
https://teams.live.com/l/invite/FBAHGKgltCubBh2fwM
使ってみた感じは現在のLINEWORKSの使い勝手に似ていますが、既読の情報はメッセージを投稿した本人にのみ表示されるようです。
メッセージ保存期間の制限がないので使い勝手は上がりそうです。保存容量が5GBというのは誰のアカウントでの話なのかよくわかっていませんが、LINEWORKSも5GBなのでとりあえず十分かなと思います。（おそらく参加者が参加したチャットルームのメッセージをそれぞれ全部ダウンロードして、各自の保存容量を消費？）
宜しくお願いします。
This LINEWORKS group will be closed on October 1st, 2024, so I am looking for a place to move, but I would like to test it because personal Teams seems good.
First of all, I made a chat room for the test.I would like to test the usability, so please cooperate.I am planning to forward the contact for All Labo Members to the new chat room below.Open Teams with your personal Microsoft account, open the following URL in your web browser, and add a chat room.
https://teams.live.com/l/invite/FBAHGKgltCubBh2fwM
The feeling of using it is similar to that of LINEWORKS now, but the information you have already read seems to be displayed only to the person who posted the message.
There is no limit to the retention period of messages, so it will be easier to use.I'm not sure whose account the storage capacity is 5GB, but LINEWORKS is 5GB, so I think it's enough for now.(Probably downloading all the messages in the chat room that participants have joined and consuming their own storage space?)
Thanking you in advance。
- Kazutoshi Yoshitake
- 2024年10月1日にこのLINEWORKSのグループは閉鎖してしまうので移行先を探していますが、個人用のTeamsが良さそうなので、テストしてみたいと思っています。
ひとまずテスト用のチャットルームを作ってみました。使い勝手をテストしてみたいので、ご協力お願いします。All Labo Members用の連絡を下記の新しいチャットルームにも転送する予定です。個人用のMicrosoftアカウントでTeamsを開いて下記のURLをウェブブラウザで開いてチャットルームを追加すればよいです。
https://teams.live.com/l/invite/FBAHGKgltCubBh2fwM
使ってみた感じは現在のLINEWORKSの使い勝手に似ていますが、既読の情報はメッセージを投稿した本人にのみ表示されるようです。
メッセージ保存期間の制限がないので使い勝手は上がりそうです。保存容量が5GBというのは誰のアカウントでの話なのかよくわかっていませんが、LINEWORKSも5GBなのでとりあえず十分かなと思います。（おそらく参加者が参加したチャットルームのメッセージをそれぞれ全部ダウンロードして、各自の保存容量を消費？）
宜しくお願いします。
スマホだとteamsのアプリをダウンロードするように誘導されてWebブラウザで開けないのですが、アプリを入れてMicrosoftアカウント（@utac.u-tokyo.ac.jp）でログインすればよいでしょうか。
If I use a smartphone, I can't open it with a web browser because I'm guided to download the teams application, but should I insert the application and log in with my Microsoft account (@u-tac.u-tokyo.ac.jp )?
- 平田麗
- スマホだとteamsのアプリをダウンロードするように誘導されてWebブラウザで開けないのですが、アプリを入れてMicrosoftアカウント（@utac.u-tokyo.ac.jp）でログインすればよいでしょうか。
平田さんのU-Tokyoアカウントではもしかしたら開けるかもしれませんが、東大のTeamsはほとんど使えないように制限が入っているので、個人用のMicrosoftアカウントでログインして頂いたほうが良いかなと思います。
You may be able to open it with Mr. Hirata's U-Tokyo account, but there are restrictions on using the Teams of Tokyo University, so I think you should log in with your personal Microsoft account.
- Kazutoshi Yoshitake
- 平田さんのU-Tokyoアカウントではもしかしたら開けるかもしれませんが、東大のTeamsはほとんど使えないように制限が入っているので、個人用のMicrosoftアカウントでログインして頂いたほうが良いかなと思います。
承知しました。お教えいただきありがとうございます。試してみます。
All right. Thank you for letting me know.I'll try it.
先日の撮影中の写真を下記に保存しました。
\\share.s\Shared\ラボ写真\231116サイエンスZERO
Kazutoshi Yoshitake I saved the photos from the other day's photo shoot below.
\\share.s\Shared\Lab Photos\231116ScienceZERO
- Ryo Yonezawa
@Kazutoshi Yoshitake 先日の撮影中の写真を下記に保存しました。
\\share.s\Shared\ラボ写真\231116サイエンスZERO
ありがとうございます！子供から見たい～と言われていました＾＾；
Thank you!My child told me that he wanted to see it^^
来週の月曜日のゼミ終わり（16時過ぎまでに終われば）に、医療系廃棄物の捨て方を教えますのでB4,M1は311に集まってください
I will teach you how to throw away medical waste at the end of next Monday's seminar (after 16:00), so please gather B4 and M1 at 311
サイエンスZEROで使用予定の写真が届きました。
I have received the photos that I plan to use in Science ZERO.
どなたか258の鍵知りませんか？
All Does anyone know the key to 258?
sorry for that, I am in 251 now and return immediately.
稲橋京史郎申し訳ありませんが、私は今251にいて、すぐに戻ってきます。
- YIDA PAN
@稲橋京史郎 sorry for that, I am in 251 now and return immediately.
Thank you!
ありがとうございました！
https://cultureandbiology.com/volumes/01-makeup-kaijyu/
面白い生物系メディアでてるので貼っときます。近藤滋先生の顔に特殊メイクしてたりだいぶ遊んでるので気になる方は是非
https://cultureandbiology.com/volumes/01-makeup-kaijyu/
It's an interesting biological media, so I'll paste it.Shigeru Kondo's face is covered with special makeup and plays a lot, so if you are interested in it, please do so
小林先生からの差し入れです。311においてあります。
This is a gift from Dr. Kobayashi.It's on 311.
忘年会のあと(最中？)に何ですが、Twitterを見ていると、PCRの酵素に牛のDNAが混ざっていたようです。repliqaではないようです。
https://x.com/yamamotosatosi/status/1740308774781624749?s=61&t=yxRkIrwCdiKla-iiC2bHWQ
After the year-end party (in the middle?), I looked at Twitter and found that PCR enzyme was mixed with cow DNA.It doesn't seem to be repliqa.
https://x.com/yamamotosatosi/status/1740308774781624749?s=61&t=yxRkIrwCdiKla-iiC2bHWQ
なんじゃそりゃ！って感じ。ぱっと成分表を見たけど、BSAは入ってないようなので、成分に書いてあったモノクロ抗体を得るための細胞培養用の培地のCalf serumかFetus calf serum中のDNA
I was like, "Oh my gosh!"I took a quick look at the ingredient list and it seems that there is no BSA, so the DNA in Calfserum or Fetus calfserum of a culture medium for cell culture to obtain monochrome antibodies written on the ingredients
311と4階に干し芋を置いといたので、よかったら食べてください
I left dried sweet potatoes on the 311th and 4th floors, so please eat them if you like
この前取材のあったサイエンスZEROの放送日が決まったようです。
『サイエンスZERO 未来が加速する！DNA解読 ナノポアシークエンサー』
本放送：2024年1月28日（日）23:30～24:00（Eテレ）
再放送：2024年2月3日 （土）11:00～11:30（Eテレ）
It seems that the broadcast date of Science ZERO, which was covered the other day, has been decided.
"""Science ZERO, the future accelerates!"""DNA Decoding Nanopoietic Encounter
Broadcast: Sunday, January 28, 2024 from 23:30 to 24:00 (E-television)
Reruns: Saturday, February 3, 2024, 11:00-11:30 (E-television)
メタゲノムでバクテリアを調べていたら面白いサイトを見つけました。1ページにすべての生物が載っていて、検索ボックスに「Escherichia coli」などと入力してクリックするとアニメーションしながらジャンプしてくれます。「ニシオンデンザメ(Somniosus microcephalus)」とか検索してみると近縁種を調べるときに良いかも。
https://www.onezoom.org/life_expert/@Dalatiidae=250746?img=best_any&anim=flight#x868,y563,w0.7012
I found an interesting site while researching bacteria in the metagenome."All living things are listed on one page, and if you type ""Escherichia coli"" in the search box and click on it, it will jump while animating."If you search for "Somniosus microcephalus" or something like that, it might be a good idea to look up closely related species.
https://www.onezoom.org/life_expert/@Dalatiidae=250746?img=best_any&anim=flight#x868,y563,w0.7012
ミナミオンデンザメというのがいたんですね。知りませんでした。大崎君がよくつかってたPreziみたいですね。
I didn't know there was a southern shark.I didn't know.It looks like the Prezi that Osaki used a lot.
長らく粗大ごみ回収がないな～と思っていたら、農学部による粗大ごみ回収は資金難のため？9月以降なく、本日東大本部による不用物品回収というのがあったのですね。メールのタイトルに「粗大ごみ」とついていなかったので見落としていました。おそらく次回は半年～1年後になるのかもしれません。廊下に出している粗大ごみが溜まっていますが、メールを見落としてしまい申し訳ないです。
If you think that there has been no collection of large-scale garbage for a long time, is the collection of large-scale garbage by the agricultural department due to financial difficulties?There was a collection of unnecessary goods by the University of Tokyo headquarters today, not since September.I overlooked it because the title of the email didn't say "large trash."Maybe next time it will be 6 months to 1 year later.I'm sorry that I overlooked your e-mail even though there is a lot of garbage in the hallway.
↑ヘモグロビンとアンモニアは結合しないとの回答です
↑The answer is that hemoglobin and ammonia do not bind
修論発表おつかれさまです！
浅川先生がちょっとお金出してくれるらしいので修論おつかれさま会Part1をこの後やります！
時間は18:30～とかで大丈夫ですか？
あと場所どうします？🤔
All
Thank you for presenting your thesis!
Mr. Asakawa is going to pay a little money, so we're going to have part 1 of the Thanksgiving Study Group!
Table of 浅川修一
Is 18:30 okay with you?
What else would you like to do?🤔
4階でやるみたいですー！
It's like doing it on the 4th floor!
以降は下記のFacebook Messengerへ
https://www.facebook.com/messages/t/6786410301479301
From now on, please visit Facebook Messenger below
https://www.facebook.com/messages/t/6786410301479301
先ほど、深瀬さんから連絡がありました。
皆さんはTA登録がされているそうです。
働いていないと思っていても必ず書類を作成し、提出してください。
作成しないと、来年度以降に影響があるそうです（おそらく研究室だけでなく学科全体の問題になります）！！
詳細はメールを転送したので確認してください。
I just received a message from Ms. Fukase.
She said that you all have been registered as TAs.
Please be sure to complete and submit the paperwork even if you think you are not working.
If you don't create it, it will affect next year and beyond (Probably not just for the lab, but for the entire department)!
Please check the email I forwarded to you for more information!
Longson Pang Andre Lanza Liang-Jie Qiu Shotaro Ogawa
林嘉慧 黄馨田 Guanting LIU
I just got a call from Mr. Fukase.
Everyone is registered as a TA.
Even if you think you're not working, please make sure to fill out the documents and submit them.
If you don't make it, it will affect the next fiscal year and beyond (probably it will be a problem not only for the laboratory but also for the whole department)!!
I have forwarded the email for details, so please check it.
I just received a message from Ms. Fukase.
She said that you all have been registered as TAs.
Please be sure to complete and submit the paperwork even if you think you are not working.
If you don't create it, it will affect next year and beyond (Probably not just for the lab, but for the entire department)!
Please check the email I forwarded to you for more information!
書き方が悪かったので加筆します。
働いていないと思っていても、皆さんには試薬・器具の準備をしてもらっています。業務内容は、学生実験の補助および実験器具・試薬を準備としてください。
必ず書類を作成し、提出してください。
I am writing this because my writing style was bad.
Even though I don't think I'm working, everyone prepares reagents and instruments.Please prepare student experiment assistance and laboratory instruments and reagents for the work.
Please make sure to fill out the documents and submit them.
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