トーク

大事な話が流れていくと困るので、全員に見返してもらう必要がない呟きなどはこちらに書きましょう。

推奨は、この雑談トークの通知設定を「自分がメンションされたトークのみ通知」にしておくことかなと。

コロナ対応関連の連絡もグループ作った方が良いかもしれないですね

それはAll Laboでも良いかなと思っていますが、別につくりましょうか？

コロナ対応関連連絡が多量に来ていた時は、通常の連絡とごちゃまぜになってわかりにくかったですが、今はだいぶ減ってきたので大丈夫ですかね

https://www.ecc.u-tokyo.ac.jp/announcement/2020/04/15_3156.html

@Senevirathna Duminda Please see the document for mobile WiFi support uploaded by Su-san.

Yes sensei, I will check it.. thank you

こんにちは！D2の木島です。今年もよろしくお願いします。
全員基本在宅で作業ということでせっかくだし論文の輪読会をやりませんか？ルールは簡単で、毎週月曜の午後15:00(仮)から各自が持ち寄った論文を簡単に紹介(1人~10分)します。ゼミでもなんでもないので、選んだ論文が微妙でも理解が足りてなくても鬼詰めされるようなことはありません（ゼミでもないけど）。論文を読む習慣を付けつつ、内容を素早く理解するトレーニングをするというのが趣旨です。分野はオミクス、水産生物の生化学、バイオインフォ、そのへんです。興味ある人は何らかの反応をください。四年生もぜひ！最初は見学のみでも可能です。
Hi, I’m Yusuke Kijima, D2. We are planning to hold a paper club to keep catching up new technology and knowledge. Every Monday afternoon(15:00? not decided yet) the participants briefly present the paper which you selected. It’s just for a training and not required super high quality presentation. If you are interested in, contact me. just joining without presentation is also ok at first.

いいですね。私もゆるく参加しようかな

参加してみようと思います！

I will be attending it.

参加したいです

I want to join.

I would like to join it.

見学から参加したいです。

I wish to join for learning.

見学してみたいです

私も見学してみたいです！

もし飼育実験が一段落できたら参加してみたいです

見学に案内ください。

グループ作ったので後で参加したい人いたら教えて下さい〜

幼生が産まれつつあるので林同様、飼育等が落ち着いたら参加します。

@Yonezawa Ryo 研究室のAmazonアカウント教えて。

@浅川修一
本日の水圏生物工学特論ですがutas上のzoom URLが一昨日のものと変わっておらず、また一昨日のurlは無効になっているそうです。

lmsも更新されていないそうです

If you can't find the key, go there.

lmsも更新されていないそうです

If you can't find the key, go there.

lmsも更新されていないそうです

If you can't find the key, go there.

すみません。ちょうど今更新されたそうです。

私も見学してみたいです

I would like also to join the journal club.

I will join

@浅川修一
輪読会始まってますか？

だれも参加者がいません

Daily meetingのzoomアドレスでやってますか？

I could not access

I can’t join, professor. It says the host has another meeting.

same situation here Sense, it is said the host has another meeting.

輪読会用のzoomアドレスとは違うmeeting（daily meetingのもの）になっているようです

Different form daily meeting.

Shuichi Asakawaさんがあなたを予約されたZoomミーティングに招待しています。

トピック: Reeding circle 20200417
時間: 2020年4月17日 02:00 PM 大阪、札幌、東京

Zoomミーティングに参加する
https://zoom.us/j/98425512620?pwd=bzRxaFd1eTVvZVNKQWRzdStwUE1IZz09

ミーティングID: 984 2551 2620
パスワード: 004428
ワンタップモバイル機器
+81345781488,,98425512620#,,#,004428# 日本
+81524564439,,98425512620#,,#,004428# 日本

所在地でダイアル
       +81 3 4578 1488 日本
       +81 524 564 439 日本
       +81 342 339 241 日本
ミーティングID: 984 2551 2620
パスワード: 004428
市内番号を検索: https://zoom.us/u/aegVP5jyr7

SIPで参加
98425512620@zoomcrc.com

H.323で参加
162.255.37.11 (US West)
162.255.36.11 (US East)
221.122.88.195 (China)
115.114.131.7 (India Mumbai)
115.114.115.7 (India Hyderabad)
213.19.144.110 (EMEA)
103.122.166.55 (Australia)
209.9.211.110 (Hong Kong)
64.211.144.160 (Brazil)
69.174.57.160 (Canada)
207.226.132.110 (Japan)
パスワード: 004428
ミーティングID: 984 2551 2620

論文輪読会出たいので招待してけださい〜@Yusuke Kijima

輪読会用の固定アドレスって設定できますか？

時間が決まれば予定入れますが、いつも固定のアドレスにできれば一番いいんですがね。

ほかにもやり方はあると思いますが、例えば「ホスト前の参加を有効にする」にしておけば、定期ミーティングにしていなくてミーティングが終わった後も、いつでも入れる部屋になるみたいなので、それでも良いのかなと思います。

ただ、出席を便利に取ろうとするならば、「登録」を「必須」とする必要があり、なおかつ予定している時間内のみしか集計されません。

なるほど。輪読会、私がいない場合もあるから、決まった時間に誰でもは入れて、進められるようなできればいいんだがね。その場合とか、最初からホスト以外も共有可能にできれば、いいんだが。

ZoomのHPで「設定」ー＞「画面共有」をオンにすれば可能です。

Thanks!

https://www.r-ccs.riken.jp/category/field02/field02-class01/field02-class01-05

CBI学会からメールで上記の講義が送られてきました。興味がある方は見てみると良いと思います。

@Yoshitake Kazutoshi

大学から与えられらエイリアス((10桁の数字から成る共通ID)@g.ecc.u-tokyo.ac.jp)でZoomにサインインすべきところを、ECCSクラウドメールのアドレス(自分の名前@g.ecc.u-tokyo.ac.jp) でサインインしていたため、昨日ログインが停止されたようでした。

お騒がせしました。

解決して良かったです。私も同じミスして、Zoomでアカウントのパスワード再発行を行いました。

Researchers in Human Cell Atlas share their latest results realtated to COVID-19 here https://youtu.be/gHqBoU4s63U

https://utelecon.github.io/zoom/zoom_signin

COVID-19やウイルス感染にはTMPRSS2が関与しているんですね。全然知りませんでした。ちなみにTMPRSS3は我々がKeio Univ.時代にがHearing lossの原因遺伝子として見つけた遺伝子です。

Ace2とTmprss2はかなり注目されてますね。

I’ve not watched all of the video but this ggplot2 lecture part1 and 2 seems to be super… You should watch if you want to make clear and attractive figures using R. https://www.youtube.com/watch?v=h29g21z0a68

Thank you.. that will be nice

https://videocast.nih.gov/

@Yonezawa Ryo バイオトロン用にスプレーボトルとエタノールもらいました

へい。

@Yusuke Kijima

先生が購入したものがあまり使ってない流しに入ってます（まだ充填してないです）

後は311には両方の扉につけてあるのでそれを持ってて貰えればと思います。

あ、流しのやつに勝手に充填してもってったわ、あざす

了解です

Corona Virusと関係があるのはTMPRSS2です。

TMPRSSは15あります。TMPRSS8は。pseudogeneです。TMPRSS11=TMPRSS13です。

２と３、似てるね。アライメント図を出してくれる？あとコロナのコートタンパクのアライメントもね。いくつかの変異体があるようだが、分かれば全部ね。

NP_005647.3 transmembrane protease serine 2 isoform 2 [Homo sapiens],
NP_001128571.1 transmembrane protease serine 2 isoform 1 [Homo sapiens]
NP_001243246.1 transmembrane protease serine 3 isoform 4 [Homo sapiens]
NP_076927.1 transmembrane protease serine 3 isoform 1 [Homo sapiens]
NP_115780.1 transmembrane protease serine 3 isoform 2 [Homo sapiens]
NP_115781.1 transmembrane protease serine 3 isoform 3 [Homo sapiens]

満山先生　11578とか入ってるとかえってわかりにくいね。

ぼちぼちだね。２の機能は何？

https://www.omim.org/entry/602060?search=TMPRSS2&highlight=tmprss2

呼吸器上皮に発現している宿主のタンパク分解酵素

あらら！３の近くやん。遺伝子重複の賜物だな。

https://www.niid.go.jp/niid/ja/basic-science/virology/9486-virology-2020-2.html

ダイレクトの個人の方でやってください。
お願いします。

学術的な話なので

他のTMPRSSも聴覚障害に関係しているって、出ているね。３はコロナと無関係なんだろうか？

そうですね。
すごくよくわかります。
雑談のスレットじゃなくて他の学術雑談みたいなのがあるといいのかもしれません。

ここは何の雑談なの？

あれどうなった？
とか、本当に雑談です。
先生の話は、ねw

先生の話は、New paper  and thecs の方がふさわしいかなと思います。

興味はあるのでそちらで話していただけた方が真面目にチェックできます。

我々分子生物学をやってるから、コロナの話だって分野外の人よりすこし学術的に勉強しておきたいと思うけど、あくまで専門外の雑談ていうところかな。だからNew papersにいれるとかえって攪乱するかと思うので、適当なトークルームが建つならそこでいいよ。

それいいですね。
検討しましょう！

五十嵐君が立てない限り進まないよ。

お待たせしました。
short discussionというグループを作りました。

Zoomを見るだけなら問題ない人が多いと思いますが、発表する場合の注意点を書いてみました。コメント等歓迎です。

・無線環境は不安定になることが多いので、有線で繋げられる経路はなるべく優先で接続する。個人的な経験としては、他の家族がYoutubeなどを見るなどしているとルーターが不安定になってルーターの再起動したり、マンションだと隣の家の人の電波と干渉して急に不安定になるなどがあり、WiFiで24時間安定に接続するのは普通は難しいと思っています。USBタイプではないモバイルルータを使っている人はPCとモバイルルータを直接有線でつなぐなども検討してみてください。

・Zoom使用中は電子レンジを使用するとWiFiの2.4GHz帯と重なり切れることがあるので、家族に使わないようにお願いするか、5GHz帯を使用する。もしくはなるべくルーターの近くに行って、他の干渉があっても問題ないほど電波の強い状態にしておく。

・マイクからの音声はきちんとZoomに認識されているか調べておく。例えばZoomアプリの右上の歯車マークから設定を開いて「オーディオ→マイク→入力レベル」が話すたびにバーが動くことを確認しておくとか、自分で適当なミーティングを作って録画してみる。

・ノートPCの内臓マイクは広く音を拾ってしまい雑音が多いので、できることならマイクの使用を推奨。一度自分の発表を録画して、変に響いていないか確認してみると良いかも？

・マイク付きイヤホン（イヤホン機能がメイン）の場合、イヤホンとして使用か、ヘッドセットとして使用かを選択でき、イヤホンとして使用を選ぶとマイクが機能しなくて音声を拾ってくれないので、’ヘッドセットとして使用’を選ぶ必要あり。私はそれで失敗しました。

東大は学生にもZoomの有償版を購入しているので、制限なしでZoomミーティングの主催者になることも可能です。
ただし、その場合正しくg.ecc.u-tokyo.ac.jpのアカウントでZoomの最初に1回目にログインしないといけません。一番最初に「UTアカウント（数字のみ）@g.ecc.u-tokyo.ac.jp」ではなく、「自分の付けたID@g.ecc.u-tokyo.ac.jp」でログインしてしまうと、そのままにしていては有償版にアクティベートされません。
私は間違ってしまったのですが、その時は下記の「回復方法2: 自力で回復する」で無事にアクティベートすることが出来ました。
https://utelecon.github.io/zoom/create_account#%E5%9B%9E%E5%BE%A9%E6%96%B9%E6%B3%952-%E8%87%AA%E5%8A%9B%E3%81%A7%E5%9B%9E%E5%BE%A9%E3%81%99%E3%82%8B

あ、今きじまさんから、この手順ではダメだったと報告がありましたorz 人によって状況が違うのかもしれません。。。

東大では、Zoom以外に、「Webex」「Google Meet」も使えるのですね～。
https://utelecon.github.io/notice/webmeetingtools

今ログインし直したらライセンスが認証されました。ちょっと謎ですがよかったです。

木島くんがホストになれるなら、Paper clubは来週からそうして。

日本ジェネティクスが会員限定で5月末にマスク100枚無償配布するみたいです。
5月11日（月）までに登録をした全員が対象みたいです。

私は登録しているので、とりあえず100枚は研究室に届くとは思います。
マスクが手に入らなくて困っている場合は登録すると良いかも

詳細知りたい方はメール内容を転送いたします。

とりあえず日本ジェネティクスの会員登録をしてみましたが、何かキャンペーンに申し込む必要があるのでしょうか？

会員登録のみで、特にキャンペーンに申し込む必要はなさそうです。

登録した住所に届くみたいです。

それ目的で個人で登録しても大丈夫なんですかね？なんか申し訳ないですけど。

新型コロナウイルスの感染拡大が続く中、医療機関におけるマスクをはじめとした物資不足が未だ深刻な問題となっているのは皆さまご存知の通りです。
街中のドラッグストアでは依然としてマスクが入手できない状況が続いており、研究者の皆様・ご家族様におかれましてもお困りの状況が続いていることとお察しいたします。
弊社も輸入商社という立場を生かして何とか皆さまのお役に立てることは無いかと考えた結果、非医療用の一般マスクではございますが、ディスポーザブル保護マスクを大量に仕入れるルートを確保し、4月に急遽販売を開始したところでございます。
しかしながら初回調達数では全く追いつかず、現在は多くのお客様に5月下旬の入荷をお待ちいただいている状態です。誠に申し訳ございません。

非医療用であるにも関わらず、これほど多くのマスク需要があるという事実に改めて驚いたと同時に、弊社として更なる別の形で社会に少しでも貢献したいという想いを強くした出来事でもありました。どのような方法があるのか、社内でもさまざまなアイディアが飛び交いましたが、弊社が最終的に出した答えは、GeneF@N会員の皆さまにマスク100枚を無償配布させて頂こうというものです。

本来であれば、会員様に限定せず、マスクを必要とされている方全員に無償配布できれば一番良いのですが、なかなか現実的には難しく、何かしらのボーダーラインを設けさせて頂く必要があったことをご理解ください。

その代わりにと言うわけではありませんが、無償配布させていただく会員様は5月11日（月）までに登録をお済ませになった方全員を対象といたします。
これからの登録でも間に合いますので、同僚やお知り合いの方などでお困りの方がいらっしゃいましたら、ぜひこちらのメールを転送しご案内いただければと思います。

とのことなので大丈夫だと思います。

すごいですね、ありがとうございます

久々にサイト見たら結構イラストが増えていました。

トゲウオやGridIONなんかもありましたよ。

ありがとうございます！　Bingのライセンスフィルター付き検索結果に出てくれると便利なのですけどね。。。
https://www.bing.com/images/search?scope=images&sp=-1&pq=%u30a4%u30c8%u30e8&sc=7-3&cvid=8BF50C0CAFF54B7EB3524EFAC46AA581&cw=1903&ch=969&q=%e3%82%a4%e3%83%88%e3%83%a8&qft=+filterui:license-L2_L3_L4_L5_L6_L7&FORM=IRFLTR

近いうちに研究室内のサーバ約20台を10GBASE-Tの高速LANケーブルで接続します。そのためにPCI-eの拡張カードをサーバに刺さないといけないので、制限解除後にどなたかお手伝いをお願いします。
この10GBASE-Tで20台つなぐだけで50万円ほどというのは、だいぶ安くなったと言われますが、一般用の1GBASE-Tと比べるとけた違いです。その分RAIDでのHDDへのアクセス速度が5~10Gbps出ているところで、これまで1Gbpsで接続していたネットワークが律速となっていましたが、今後はそれが改善される予定です。

日にちをお伝えいただければ参ります。

来週の水曜以降でしたらお手伝いできます。

ありがとうございます。恐らく１台あたり２０分くらいはかかるかなと思うので、５人以上に手伝ってほしいと思っています。
まだ今月は実験禁止中なので、来月解除されるようであれば早速お願いしたいです。解除されるかどうか次第で日取りを決めて再度声をかけたいと思います。

Shuichi Asakawaさんがあなたを予約されたZoomミーティングに招待しています。

トピック: MM200522
時間: 2020年5月22日 10:00 AM 大阪、札幌、東京

Zoomミーティングに参加する
https://zoom.us/j/99434654326?pwd=YWRoWk9CVVQ5eXIxdkNSbVRreWZTUT09

ミーティングID: 994 3465 4326
パスワード: 973206
ワンタップモバイル機器
+81524564439,,99434654326#,,#,973206# 日本
+81342339241,,99434654326#,,#,973206# 日本

所在地でダイアル
       +81 524 564 439 日本
       +81 342 339 241 日本
       +81 3 4578 1488 日本
ミーティングID: 994 3465 4326
パスワード: 973206
市内番号を検索: https://zoom.us/u/aOQs2LnKp

SIPで参加
99434654326@zoomcrc.com

H.323で参加
162.255.37.11 (米国西部)
162.255.36.11 (米国東部)
115.114.131.7 (インド ムンバイ)
115.114.115.7 (インド ハイデラバード)
213.19.144.110 (ヨーロッパ/中東/アフリカ)
103.122.166.55 (オーストラリア)
209.9.211.110 (香港特別行政区)
64.211.144.160 (ブラジル)
69.174.57.160 (カナダ)
207.226.132.110 (日本)
パスワード: 973206
ミーティングID: 994 3465 4326

311⇔405の間のネットワークは、現在は建物に敷設されている100Mbpsのケーブルを使っていますが、10Gbpsのケーブルを別途敷設することが10万円程度で可能とのことなので、工事を依頼しようかと思っていますが、その際に405の廊下に置いてあるロッカーが端子盤を塞いでいるため、ロッカーを移動させる必要があるそうです。こちらもいずれお手伝いをお願いいたします。

311⇔405はこれで分散コンピューティングの心配がなくなりましたが、311⇔251が100Mbpsで100倍速度が違ってくるので、こっちをどうしようかなと悩み中です。おそらくグリッドエンジンの設定として、「311の既存のサーバ、新しい311, 405のコンピュータ」からなるグループと、「新しい251のコンピュータ」のグループを分けて使うことになるのかなと思っています。
もしくは251の人はディスプレイは新しいのを使うけど、PCは堀田くん、平西くん、伊藤くん、Dumindaさんなどが今使っている古めのPCを使ってもらって、新しいPCは311に設置して一つのグループとするとかもありかな～と考えたりしています。古いけど裏で解析ジョブが走らないなら、そっちのほうが快適だったりしないかなと思ったりしますが、まぁどうでしょうか。

特に今のパソコンで不自由は感じてないので新しいのを311に固めてもらっても問題ないです

215室の無煙LANは、PLANEX  MZK-750HPで無線は433bpsですが、LAN,

@吉武先生
215室の無煙LANは、PLANEX  MZK-750HPで無線は433bpsですが、LAN側、WAN側が100Mbpsで遅いと思います。251室Localを10Gbpsまたは、1Gbpsになるようはできませんでしょうか?

@吉武先生
251室と311室は、別の建物ですのでローカル内に回線が無い限り無理ではないかと思われますが、方法はあります。ユーロなどと光回線の契約を2回線して311室と251室にルータをおけば可能と思います。１か月最低2～3万円と思います。住友電設などに相談してみては、いかがですか?

情報ありがとうございます。やはり一般回線を独自に引くしかないですかね。nuroとかなら10Gbpsの回線がありますが、維持費次第でしょうか。

Sensei, my old computer is working fine too, but I think the RAM is less than 8Gb.. I will check and let you know.. thank you

年30万ほどのコストで研究室全体のスピード化が図れるならそうしましょう。

251のグループ分けたとしてせいぜい100スレッド分くらいだと思うんですが、251に別途回線を契約しなきゃいけないほどサーバーの稼働率高くない気がするんですがどうでしょう？僕は重い計算は全部スパコンでやってますし

外部のプロバイダ契約すると311や4階も1Gbps以上になってメリットがあるかもしれません。

そうですね。一番のメリットは、外部のスパコンにつなぐ際にも10Gbpsとかで接続できるということになるかもしれません。

今、施設課に連絡しております。

まあ僕は2号館本館内のネットワークが速くなってDisk I/Oの問題が解決すれば251の回線速度はあんまり気にしません

たしかにスパコンにつなぐ時に回線が速いのは嬉しいですが、自分が研究室にいる時間を考えると費用対効果は薄いかと

他の人もガンガンサーバーとスパコン使いまくって、日常的にローカルのデスクトップで下流の解析して〜みたいな感じになれば良さそうですね

１ネットが早くてもDisk I/Oが律速になりますか？
２ちなみに、研究室内部とスパコンの計算量はどのくらいですか？

10 Gbpsくらいまではネットワークが律速になります。
スパコンまでが速くなると、今までとは別の使い方ができると思います。

例えば、研究室ではディスクだけ持っておいて、ジョブを大量にスパコンに飛ばすプログラムを作るとか。実際、遺伝研で今作っているプログラムはそんな感じで遺伝研スパコンをぶん回す感じだったりします。

あと、Portable Pipelineとかでサーバにジョブを投げるとき、Dumindaさんは311に来てサーバにアップロードしていますが、そういうのが不要になるとか。
ただ、年間30万円くらいで出来るのかもまだ不明ですので、まだ何とも言えませんが。

なるほど〜色んな使い方があるんすね

費用次第だと思うので、まだ期待しないでください。。。

あ、あと最大のデメリットは、学内ネットワークから外れてしまうので、文献を見るときどうするかってところで、コスト的に大丈夫だった場合、本当にどうしようかなぁと思っています。

ハイブリッドにできませんか？

恐らくそうするとは思うのですが、後はどのくらいの複雑度にするかで、一番良いのはルーティングをいじって研究室内間とスパコンのみ外部回線を使用することだと思いますが、トラブった場合が面倒そうです。
単純には、文献閲覧用の共通PCを置いてリモートでログインして使うとかがありますが、ユーザにとっては面倒です。

吉武先生か誰かが以前紹介してくれたと思うのですが、改めてDeepLという自動翻訳ツールは結構使えます。https://www.deepl.com/ja/translator

四年生などもこれから英語論文をたくさん読むことになると思いますが、こういうのをうまく活用すると効率よく読めるかもしれません。僕も論文のアブストをざっくり眺めるときよく使ってます（ちゃんと原文で読んだほうが理解しやすいのは間違いないですが）。

全ゲノム増幅→SRE→Nanopore
ってうまく行くと思いますか？

SREってなんでしたっけ？

SREでtotalのDNA量はかなり減る（ショートリードの量に依存するとは思いますが）ので、場合によっては全ゲノム増幅をかなりやらないといけないかもしれませんね。

あぁ、、、そもそも全ゲノム→ナノポアで無理な気がします。　増幅される断片がせいぜい数百塩基になるのではないでしょうか。

https://www.funakoshi.co.jp/contents/63436

このキット10k以上増幅可能らしいのですが。
使えないかなと思いまして。

うわぉ！　面白いキットがあるのですね。これならいけそうな気がします。

SRE使うなら、SRExsを使う方が良さそうですね！

あ、それも聞きたかった。

平均長10kで読めればいいほうですかね。
ショートリードつなぐ際の取っ掛かりくらいにはなればいいんですが。

本当に10Kb以上が増えてくるのか、増やした後の電気泳動図がないので何とも言えないですかね？

普通にDNA取っても、平均10K行くのはそれなりに難しそうで、この前米澤くんに読んでもらったイトヨはSRE使っても平均6Kb程度だったと思います。

そんな気がします。
やってみないとわからないところです。
こっちにはTapeStationもパルスフィールドも無いので確認しようがないのですが。

普通の電気泳動は出来ますよ。

もし使うことになったら、高分子が本当に増えるのかぜひ教えてください！！

𠮷武先生がおっしゃったとおりですが、SREのマニュアルにも記載されており、xsで＞5kbあたりから残る感じになります

普通のSREをヒラムシで試した時は、7kbから山が始まり、30kbあたりがピークでした。
イトヨは5kbから山が始まり、14kbがピークでした。

了解しました。
情報ありがとうございます。

パワポでの日本語→英語自動翻訳は、今日米澤くんが使ってくれてましたが、やっぱり厳しいものがありますね。
種名などの専門用語はほぼ聞き取ってくれていないのと、一般用語も微妙なことが結構ありますね。

逆に英語の聞き取りを手助けしてくれる方法はないかと探してみました。
結論から言うと、英語の聞き取りも自分で聞いたほうがまだましな感じがしましたが、一応PCでの補助ツールの使い方を説明してみます。

以下はWindowsのみでの話です。
PCでの音声出力を、音声入力にする方法として、Windowsではステレオミキサーというのが使えます。
https://www.teradas.net/archives/31044/
を参考に、ステレオミキサーを有効にして、既定のデバイスとすると、今PCから出ている音声がPCにそのまま入力される状態になります。
（なので、普通に話したい場合は、ステレオミキサーを解除しないとマイクの入力が無視されてしまいます。)
ステレオミキサーを既定にした状態で、Google翻訳のページ
https://translate.google.com/?hl=ja&tab=TT
を開いて、左下の「音声入力をオンにする」を選ぶと、聞こえている音声を書き起こしてくれます。書き起こされた英語の文章はたまに理解の役に立ちました。
日本語の訳文は正直見る気になれませんでした。。。

さらに、表示されているスライドの知らない単語を調べるときに便利そうなツールで、下記のページで紹介されている
http://aow3.blog.fc2.com/blog-entry-108.html
「Capture2Text」が便利そうでした。
スクリーンショットから、OCRによる文字認識→翻訳までやってくれます。
ただ、欲を言えば、スマホのGoogle翻訳にあるカメラモードのPC版みたいなのがあると良いのですが、誰か知ってたりしますか～？

もう少し調べてみると、Microsoftが出してました。Microsoft Storeから「翻訳」アプリをインストールすると、画像のスクリーンショットを翻訳してくれました。

昨日10Gbpsのネットワークを一部のサーバに取り付けました。10Gbpsのネットワークにしたサーバ間は期待通り10Gbpsの速度が出ていました。ネットワークが高速になったことで期待通り他のサーバからも内蔵HDD並みの速度で見れるようになりましたが、各サーバの内臓HDD速度を計測したところ、1~3Gbpsと思っていたよりも内蔵HDDの速度が出ていなかったです。
現在ログインした直後のHOMEフォルダはSSDなのですが、合計1TBしかなく、また速度も1Gbps程度しか出ていませんが、今後M2.SSDのRAIDを組んで、合計18TB、速度も20Gbps程度のHOMEフォルダに変更する予定です。これまでは各自workフォルダ以下で解析を行っていると思いますが、今後はHOMEフォルダで解析を行って、解析が終わったら各自workフォルダへ移すほうが効率的になると思います。

あ、HOMEフォルダを持っているサーバを勘違いして測定していたので、現在のHOMEフォルダの速度は2Gbpsでした。

物理的なRAIDカードを使っているm768は、内臓HDD速度が10Gbpsくらい出てました。ソフトウェアRAIDは速度でない、というのは今でもそうなんですねぇ。

ソフトウェアRAIDは、CPUが仕事すればするほど遅くなるのは、仕方ないと思います。48coreのopternのスピードがどの位出ているか興味があります。

話についていえてませんが、工事やNuroの契約などはこれからですよね？

工事はまだこれからです。測定したのは311内のサーバ間です。Nuroなのかフレッツなのか、大学の施設科に問い合わせているところで、そんなに大掛かりな工事はしなくて良さそうという回答貰ったところです。ただ維持費がいくらかはまだ分からないので何ともかなと思います。東京医療センターでは年間1000万円という見積もりを出してきた業者もありました。

ゾンネンさんのアクリルの実験装置、3社に見積もりを取ったところ、24万円、70万円、170万円でした。みつもりは大事ですね。

m256とm512はケースを交換しようかと考えてましたが、マザーボードの規格が今は存在しない？SWTXという規格で、SWTXタワー型のケースでググっても自作しか現在は入手手段がなさそうでした。あのでっかい箱はまだ使うしかないのか…

サーバーは、通常E-ATXのケースで入るものが多いのですがいかがでしょうか？

Extended-ATXは基板サイズが305mm×330mmですが、SWTXはだいたい419 × 330 mmくらいらしいです。今となってはSupermicroもSWTXケースを販売してくれていない？ようです。

探せばありそうですが、ケースを買う分で、何か別の本体が買えるような気がします。

https://dotinstall.com/　
プログラミングの学習サービスでおすすめです。無料講座でUNIXコマンドとかローカル開発環境の構築とかがあるので暇な期間とかにいいかなと思います。

最新のナノポアの価格表をもらったのでシェアしておきます。

https://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/23802359.2020.1730255

私のオオツノヒラムシ・ツノヒラムシのミトコンドリアゲノムのショートペーパーが公開されました。
皆様の協力のおかげです、ありがとうございます。

👏👏👏

congratulations Yonezawa san

おめでとう！研究室HPのリストにもアップしましょう。

Congratulations

Congratulations!

おめでとうございます。????

ホームページの論文リストに追加しました。

ありがとうございます

@満山進 先生
論文リストの更新ありがとうございます。
追加ですが、
1．柿沼先生のin pressの論文ですが、掲載刊が確定しています。
https://link.springer.com/article/10.1007/s10126-019-09927-5
2．下記論文の追加をお願い致します。
https://www.mdpi.com/2079-7737/9/6/120

Congratulations!

@木下先生
ホームページに論文追加しました。

満山先生
ありがとうございます

@浅川修一
@KINOSHITA Shigeharu
@Yoshitake Kazutoshi
来週、サンプルを貰いに日大に行きたいと考えてるのですが、近距離の出張はもう行っても大丈夫ですかね？

１　先方の許可を得て、先方の基準を守ってください。
２　行き先、予定を当方に知らせて、実際の時間、経路を記録してください。
３　当方のレベル１の内容を守ってください。
以上の上、いって構いません。

承知しました。 ありがとうございます。

時代はnext generation sequencing youtuber https://www.youtube.com/watch?v=rLDwuBl5tK8

454解体する動画は普通に勉強になりそう笑　https://www.youtube.com/watch?v=XaumUp4GpCw

Metabarcoding in Marine Eukaryotes
24 June 2020, Wednesday
11:00 am - 12:00 pm (Seoul / Tokyo)
https://sapac.illumina.com/destination/Webinar-Metabarcoding-in-Marine-Eukaryotes.html

24日にイルミナのウェビナーで、海洋における真核生物のメタバーコーディングをやるみたいです。

水研の長井さんが発表されるのですね。メタゲノムで検索すると、この人のHPで説明してくれているメタゲノムの説明が上位にヒットします。
五條堀先生の赤潮メタゲノムプロジェクトでご一緒したことがあります。

https://www.youtube.com/watch?v=GsTjxfq0qFU

@Yusuke Kijima
オリンパス蛍光顕微鏡の蛍光顕微鏡でPCの電源が切れなくなる原因ですが、周辺機器を先に落とすと切れなくなることがあります。
Windowsにも問題があって順番通り周辺機器から落としても電源が切れない場合もあります。この場合は、PCの電源を抜くしかありません。

今コンセント抜いて再起動したら直ったっぽいです。ありがとうございます

ただサポート切れのWindowsですし謎の挙動をしたりするのでそろそろ限界っぽい気がします。

258の話で思い出しました。　滅菌庫横の遠心機の調子が良くないかも？

大抵Windows7はそのままWindows10にアップデートしてしまって問題ないので、研究室内の実験機器のWindows7をWindows10にアップデートしてしまいたいという気持ちはありますが、誰か手伝ってくれる人いますか？
そのまま使っても全然問題ないと個人的には思いますが、一応セキュリティの観点からWin7はネットワークに接続しなくても使わないことに基本はなっています。
アップデート後に動かなくなっては困るので、いったんHDDを取り出して、別のディスクにクローンを作って、その後アップデートになります。
問題があれば、元のイメージに書き戻すことになります。

Win10にアップデートする最大の懸念は勝手にWindowsアップデートで再起動してしまうことですが、オフラインで使うのであればアップデートされないので問題なかなと思っています。

OSアップデートで正常稼働しているかどうかは、普段その装置を使っている人でないとわからないので、普段使っている人がやりたい！と手を挙げてくれればお願いしたいと思います。

いいと思いますが、蛍光顕微鏡についてはXPです

顕微鏡のソフトウェアをインストールするCDが残っていれば、別のPCにセットアップすることが出来るか試してみると良いかもしれません。今度顕微鏡周りを見に行ってみます。

新しいPCを大量に購入するため、少し古めのWin10が何台か余ると思うので、こういう機器付属のPCをアップデートできるかやってみても良いかなと思います。

ありがとうございます

　RNA-Seqのraw dataからtRNAの情報を除去したいんですけど皆さん普段どこからtRNAの配列情報入手してます？（生物種によって違うと思いますが）

私はtRNA除去を目的にしたことはなく、ちゃんと読んでないのですが、この記事のtRNAscanとか使えそうな気がします。
http://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2019/05/07/073000
ツールが使用しているデータベースを使っても良さそうですね。

情報ありがとうございます！ちょっと使って確かめてみることにします

LINE WORKSはメールの転送が出来なくて不便ですが、メールをPDFにするツールを作ってみました。変換されたメールは研究室のGoogleアカウントのGoogle Driveに保存されます。添付ファイルもGoogle Driveに保存します。
使い方は簡単で、メールを「suikoucalender+pdf@gmail.com」あてに転送してください。1分後くらいに、PDFへの変換が終わったらPDFのURLが届くので、それをLINE WORKSに通知すれば良いです。

9月でGeneiousのStudentプラン更新のときなのですが必要ですか？そろそろ僕のアカウントじゃなくて引き継いでもいいと思うのですが

そうですね、次に期限が切れたら米澤くんに引き継いでもらえると良いかなと思います。

@Yonezawa Ryo どうしたらよいのかは後程お伝えします。

りょーかいです

どなたかUSB typeCの充電器持ってませんか…

持ってますけど11時過ぎに着きます…

着いたら貸してー

了解です！

MGIが小さくて安そうなシングルセル調整機器DNBelab C4というのを開発したようなのですが、価格とか知っっている人いますか?
https://en.mgitech.cn/products/solution/3/?utm_source=BenchmarkEmail&utm_campaign=Jul_06_2020_Email&utm_medium=email

よさげですね。買おう！

ただ論文とかパンフレットとか見たんですが、ぱっと見細胞の収率が書いてなかった気がするので気になります

ライブラリー作ってから最後pcrプライマー変えればイルミナで読めるんですかね？

現状のIlluminaよりはMGIのシーケンサーのほうが安いので、MGIのに外注することになると思います。

木島さんは読んだのでしょうけど、下の論文の図3を見ると、10xよりも検出される遺伝子数では良さそうですね。でも細胞間のコンタミ率(Multiplet rates)は10xの倍くらいですかね。
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/818450v1.full
scATAC-seqもできるとどこかで見たので、精子シングルセルもこれを使えればかなり安くなるのでは。。。
まずは値段と日本での販売時期を問い合わせてみます。

We just try that you can adjust the display by hand, but not the silver support.

what do you mean?

https://www.viewsonic.com/jp/products/lcd/VX3276-2K-MHD-7.php
の写真を何枚か見ると、前後の角度は調整できそうですかね。

https://www.viewsonic.com/jp/asset-files/images/lcd/32/scaled/VX3276-2K-mhd_S01_h.jpg

https://www.viewsonic.com/jp/asset-files/images/lcd/32/scaled/VX3276-2K-mhd_S02_h.jpg

できたw

@Yusuke Kijima 解説して

固いけど画面が動かせます

I checked the new screen with this video....it's amazing... https://youtu.be/Bey4XXJAqS8

@Yoshitake Kazutoshi Sensei, I want to connect home-computer with lab-server.
よろしくお願いします。

Do you want to connect your home-computer from lab?

Yes, of course if it is possible.

Hmm... If you can open ports of your home router, you can connect from lab, but if you don't know much about security, I wouldn't recommend it.

If you want to connect to lab servers from home, please see http://www.suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp/dokuwiki/doku.php?id=work_from_home
I think you already know that.

awk構文の外で回しているfor文の変数の${i}を何とかしてawk内部に組み込む方法ってないんですかねー。

for i in {1..2}; do; awk '{print ${i}"\t"$0}' index.txt > ${i}_index.txt; done
みたいなことがやりたくなるシーンによくぶち当たります（これ実際やってみるとうまくいかないんですが）

awk -v hensuu=$i

for i in 1 2 3 ; do awk -v hensuu=$i ‘{print hensuu}’ ; done　的な？

for i in 1 2 3 ; do echo "hoge" | awk -v hensuu=$i '{print $0,hensuu}' ; done

こういう風にもかけますよ〜
for i in {1..2}; do awk '{print "'${i}'\t"$0}' index.txt > ${i}_index.txt; done

-v 使うか、「'」をうまく閉じるか

‘と”の使い分けとエスケープ未だによくわかんなくて結局全通り試したりしてしまいます

「'」や「"」を一切使わずにawkでprint $0がかけるようになれば、bash->awkにどういう形で文字がわかっているのか理解できていると言えると思います。

ｘわかって
○伝わって

全部雰囲気でやってるので全く理解してないですね

(base) YusukenoMacBook-Pro:model4 yusukekijima$ cat test.tsv | awk {print\ \$\0}
a 10
b 100
c 3

‘’でくくって文字列として渡すか、スペースとか特殊文字を全部エスケープして文字列として渡すかってことですか

そうそう。awk '{}'の外側の「'」はbashによる展開を阻止するためだから、「'」の外側に出せばbashの変数展開を受けることができるので、bashに$iを解釈させたいか、awkに$を解釈させたいかで分けられます。　ただ、「'」の外側で「 （スペース）」が来る場合は、
'$i'
'"$i"'
としないといけません。

外側というか内側というか、、、全部書けば次のようにしないとだめです。
$iの中身にスペースなし：awk 'xxx'$i'xxx'
$iの中身にスペースなしorあり：awk 'xxx'"$i"'xxx'

bash変数を展開してawkに渡しつつ、スペースがbashの段階で解釈されないように何らかの方法でエスケープする必要があるってことですね

普通に頭爆発しそうですがなんとかやってます

(base) [nishiumi.shinya@m64k output]$ for I in `cat ../com/fishname.txt`; do awk '{a++; print ">'${I}'_'a'\t"$0}' ../finalfastq2/temp15_${I}.fastq > temp4_over_${I}.blastn; done
(base) [nishiumi.shinya@m64k output]$ head temp4_over_NT1_K.blastn
>NT1_K_a        GGAGAAGAGAGGGAGAAAGAAAGGT
>NT1_K_a        GGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGC
>NT1_K_a        GAGGAAGAGGAGAGGAAGAGGCTAGAGCCG
>NT1_K_a        CCCCATGACCCGCCGGGCAGCGTCCGGGAAACCAAAGTCTTTGGGTTCCGGGGGGAGCATGGTTGCAAAGCTC

おかげさまで方向性はつかめましたが、最後aのエスケープだけうまくいってないんでしょうか

aはawk変数だから””の外に出さないと

(base) [nishiumi.shinya@m64k output]$ for I in `cat ../com/fishname.txt`; do awk '{a++; print ">'${I}'_"a"\t"$0}' ../finalfastq2/temp15_${I}.fastq > temp4_over_${I}.blastn; done
(base) [nishiumi.shinya@m64k output]$ head -n 5 temp4_over_NT1_K.blastn
>NT1_K_1        GGAGAAGAGAGGGAGAAAGAAAGGT
>NT1_K_2        GGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGC
>NT1_K_3        GAGGAAGAGGAGAGGAAGAGGCTAGAGCCG
>NT1_K_4        CCCCATGACCCGCCGGGCAGCGTCCGGGAAACCAAAGTCTTTGGGTTCCGGGGGGAGCATGGTTGCAAAGCTC
>NT1_K_5        AAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCACTCCCGACTCGGGGAGGTAGTGACG

いけました！木島さん吉武先生ありがとうございます！

awkのオプションも今まで-fしか知りませんでした。勉強になります

-v, -f, -Fあたりはめっちゃ使うから覚えといたほうがいいかも

今回に関しては-vの方が直感的にはわかりやすかったですね、エスケープはまだまだ僕はむずいです

m256はCPUを交換すればSSE3以降も対応しているのですね。m256のマザーボードはH8QG6なので、Socket G34の最も速そうなOPTERON 6386 SE（Amazonで2.4万円 x 4個)にして、eBayでメモリ見たら規格があっていそうなメモリは32GB x 32個で25万円あれば購入できそうなので、計35万円あればm256, m512をメモリ1TBにできそうですね。
気になるのは、今回の1.5TBサーバ用のメモリはマザーボードメーカーで動作確認済みの型番がたまたま安く手に入ったので、他の組み合わせだと相性問題を調べないといけないのと、OPTERON世代でバイオインフォのツールが完全に動作するのかやっぱり不安に感じるところです。
交換のコストはm128、m384系のほうが安く済みそうなので、もしそれらを交換したあとでもメモリが足りなくて困っているという声があれば検討したいですが、AMD EPYC世代の64コアCPUを使って新品で組んでも、1TB100万円程度だったので、新しいのを組んだほうが速い＆長持ちする気もしています。

いまのx64の規格は元々AMD64の規格なのでOpteronでも問題はそれほど出ないと思います。これはAMDとIntelの提携に寄るものです。

AVX2が動かなくてAVXを使ったのはRAxMLでありました。

それはそうなんですけど、今でもAMDの仮想化支援はINTELの仮想化支援と比べるとWindowsでのHyper-Vの対応がいまいちですよね。そういうAMD独自拡張があると嫌だなぁとLinuxが認識しているm256とm384の命令セットを見比べて思っているところです。

今知ったんですがgzipファイルって普通にcatで連結できるんですね…毎回zcatで展開してから圧縮してた

@Senevirathna Duminda
Gill is involved in osmotic adjustment. As Ayu is amphidromous fish, I think it is important. And immunity is also important because gill is always in contact with outside.
Excuse me for late reply.

thank you it's a new information for me 😊

@浅川修一
Senescence-associated beta-galactosidase (SA-β-gal)染色ですが、1995年に老化細胞を特異的に染色する方法として報告されており、老化細胞でβガラクトシダーゼの発現が上昇していることがその原因とされていますが、なぜ老化細胞でそのような現象が起きているかははっきりしていないようです。

@KINOSHITA Shigeharu 有難うございました。そのメカニズムを知りたいところですね。

I want to use Geneious in the 384 server but it is already used by someone. If you finish your work, please let me know. Thank you

I killed user2's geneious. It started from June 15th.

thank you sensei, it is working now

@Nishiumi Shinya, @Yoshitake Kazutoshi @Asaduzzaman Md
@黄松銭 @PAN YIDA

セミナーでコメントしたシーケンシングの件で、うまくいかなかった原因を検証したいと思います。以下の1のポイントはカラーバランスではないかと思いますので、今回他のサンプルと混ぜたのなら解決できる可能性はあると思いますが、割合に依存するかもしれません。シルバさんのアンプリコンをシーケンスするとき最も気を使ったポイントで、カラーバランスがとれるように1塩基ずつずらした15種類のプライマーを設計しました。

またシーケンシング上の事以外に、miRNAのリードが少なかった原因はシーケンスに持ち込む前である可能性があると思ってます。エクソソーム画分をとるところからシーケンスにいたるまでのプロセスの検証を行いたく思います。

検証のポイントは
１　解読できた絶対量が通常の1%程度であった原因は？
２　それでも1％のデータが得られたわけは？
３　その中でmiRNAの割合は？また他のシーケンスは何か？
４　解読量が通常の量であれば、miRNAの解析に足るのか？
５　シーケンサ―に持ち込む前段階の問題かどうか？
６　Bioanalyzerのプロフィールとマッチしているのか？
７　どこかでsmall RNA画分をロスしていないか？
８　全部の実験プロセスを確認する。
９　適当な参照文献と比較する。（文献忘れましtが。確か、魚類ーエキソソームーmiRNA）の論文ありましたよね？

Please translate using DeepL or somethig.

データ取り直すなら非エキソソーム画分もポジコンとしてみた方がよりよいかと

おもいます

@Yusuke Kijima コメントありがとう。組織から直接取ったRNAも使ってみようと思う。

浅川先生　木島さん
ご連絡ありがとうございます。次のサンプリングを行う際は非exosome画分（要するに遠心の際の上澄み）も実験対象に取り入れようと考えています。
また、アコヤガイに限定した話にはなりますが、今までは血清からexosomeを採取していたところを、加えて組織そのもの（閉殻筋）より直接採取する手段についても考えているところです。

貝組織からexosomeを採取している論文としては以下のケースがありました
https://link.springer.com/article/10.1007%2Fs10126-019-09908-8

monoFAS DNA purification kit may have recovery rate more than 60%. Please try the kit and compare.

Looking at the product instructions, both MonoFas and QIAquick Gel Extraction Kit seem to have a recovery rate of more than 80% for 100bp to 10kbp DNA, do you have data to compare the two kits?

How many times did you compare them?

Sensei, I tried 2/3 times. I also tried to extract some strandards but did not work. Previously qiagen worked fine, maybe only this time the kit that we ordered might not be good.

asfana your descriotiin is unclear. describe as evetone understand.

and show actual data.