トーク

平西くん、吉武さん
イヌザメのゲノムシーケンスデータのありかを教えてください。
浅川

すみません、イヌザメってどなたのデータでしたでしょうか？？　silvaさんでしたでしょうか？

すみません、silvaさんは全ゲノムを読んだ記憶がないので、もう少し情報を頂けますでしょうか。

いえ、平西くんの発表でゲノムデータのあるサメにおいて、長寿遺伝子の有無を調べていた中にイヌザメが入っていたので、どこかからダウンロードしてのかと思います。

@平西滉太 くん、お願いします。

本日16時よりYang君の練習をします、
Shuichi Asakawaさんがあなたを予約されたZoomミーティングに招待しています。

トピック: yang
時間: 2021年3月25日 04:00 PM 大阪、札幌、東京

Zoomミーティングに参加する
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/j/91866862735?pwd=T3Vzb0t4WVpDK1g3b2xsK1BJT0YvUT09

ミーティングID: 918 6686 2735
パスコード: 551394

浅川先生の要望で水産学会のラボ関係の発表を集めました。

Above  PDF is the 2021 spring meeting program for only our Lab.

入学、進学以外の大学院生の皆さん　便覧／資料が私のところにありますので取りに来て。

For those of you who are not going on to Master and Doctor(this means students who are M1, D1, 2,3, 4 by March 31), the handbook/materials are available at my office for you to pick up.

4月より月、金が勤務日になります。

The working days will be changed to Monday and Friday from April.

研究室の年度始めは４月５日10時からでです。10時から全員参加してください。
The beginning of the lab year is April 5th at 10:00 a.m. All students/members are expected to attend from 10:00 a.m.

Rabab, Dum, Afsana, Could you come 11:00 tomorrow for biologging experiments?

yes Sensei I will come

Ok sensei, I will come

Yes Sensei, I will come.

http://www.suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp/blog/en/members/

Our homepage was renewed. Please check your name.

@KINOSHITA Shigeharu
Pang Longson Tsz Hinさん追加しました。

311のPCを3/5(月)の15時から行います。希望する学生は15時に311室に集合してください。

今日から令和3年度の研究室を開始します。10時のZoomに入って下さい。
Lab in the one year period of 2021.4~2022.3 starts today, please join Zoom at 10am.

すみません、本日のセミナーのURLですが、出席管理の関係上、下記の方でお願いします。
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/j/95884856106?pwd=QXU0ZmliY2h2N0hsOEZlT1E1ckxEZz09

https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/j/95884856106?pwd=QXU0ZmliY2h2N0hsOEZlT1E1ckxEZz09

Please add your published papers and conference presentations above the sheet.

@MIYASHITA RINA
液体窒素タンクは10L以上120L以下とのことです。
http://www.crc.u-tokyo.ac.jp/gyomu/cryo/ln2/index.html
今のタンクが10Lなので、あれより小さいのはダメのようですね。でも取っ手が無くて運びにくいのは確かなので、新しいものを注文すると良いと思います。容器は登録が必要なので、購入が決まったら教えてください。

@KINOSHITA Shigeharu
そうなんですね、分かりました。比較的持ち運びやすいものを調べてみます。
調べていただきありがとうございました。

@All
昨日説明しましたが、緊急連絡先名簿を作る必要があります。各自下記からダウンロードして、自分のカラムを記入して、私宛てにメール（akino@mail.ecc.u-tokyo.ac.jp）で送ってください。
As I explained yesterday, we need to make an emergency contact list. You can download it from the following link, fill in your own column, and send it to me by email (akino@mail.ecc.u-tokyo.ac.jp).

https://www.dropbox.com/s/b1rt5c0l8tb8au9/4-1%E7%B7%8A%E6%80%A5%E9%80%A3%E7%B5%A1%E5%85%88.xlsx?dl=0

DNA私の部屋に来てます。

米, rabeb, dum and afsana. Can you do today? It is not OK not full members.

It is OK to do by some member.

yes Sensei, I can do it today.

I'm also ok

3～4時頃には行きます。
遅い場合は先に行っていただければと思います。

今年の仮の座席表です。
https://docs.google.com/presentation/d/19ELSDsMIwziDB087PBPabnb90mXyxhs4-eKED7DSPms/edit#slide=id.g91b288c16a_2_75
4年生はとりあえず311の「B4」のところを使ってください。

@Yoshitake Kazutoshi
@浅川修一
@KINOSHITA Shigeharu
安齋君から席が無いという連絡がありました。251と4階の空いている席のどちらですか？

満山先生と同じ部屋なら251 になりますが、空いている席ありますでしょうか?　村さんの席は空いていると思うので、251 が空いてなければ、とりあえず村さんのところを使って頂ければと思います。

251室ですが、伊藤君の隣は実験台で、机ではないので引き出しなどがありません。広さはありますが、、

251は當間君の隣が空いています。

藤澤君が戻ってくる予定なので、そこは確保しておきたいです

4階の小林さんの席は机が大きくて良いと思います。

すみません、パソコンも今のところ空きがなさそうですが、明日調整します。

お手数をおかけしますがよろしくお願いいたします。

僕んとこ使っていいですよ

@安齋宏紀
それでは木島さんの席を使ってください。251です。

@Yusuke Kijima
PCは遠隔で使っていたりしますか？もし使っていなければ、安齋さんのユーザを作って使ってもらおうかと思います。

使ってないので好きにしてください！

了解です！

ありがとうございます！

m8bは11時にshutdownします。

Shut down the m8b server at 11:00AM.

As I said, we need to keep our samples more clearly, robustly to identify anyone can find them according to your records. For this, we extensively purchase boxes on your request. So tell us what you need. Enter all samples and tubes in the boxes.

https://drive.google.com/file/u/1/d/1WE1-iWllSxg1h5RqS9H6GW6-LSCsZXDg/view?usp=drivesdk&huid=bjjCj4t-RhEbt0ZHc61_eQ

Yesterday when I arrived room 405, the door was left open. First I think it is because someone was using the cell culture room. However when I left the lab I can't find the room key.

4階の鍵が見つからないそうだけど、誰か持って行ってない？　Chani can't find the key to the fourth floor. Has anyone taken it?

定位置に置いてありました。今開けました。
@Wongwarangkana Chaninya
I opened 4th floor door.

chani, i guess you don’t know the regular position. Ask it someone.

I knew it but last night I can't find .

CLC, geneiousなどをインストールしていたm384サーバの名前について、メモリ容量(768GB)をわかりやすくするためにm768cに変更しました。影響のある人が多いと思います。今後CLCを使いたい場合はm1536もしくはm768cにログインして使ってください。m384へのシンボリックリンクを張っていた人はリンクが切れていると思うので、再度リンクを作成してください。

The name of the m384 server where CLC, geneious were installed has been changed to m768c to make the memory capacity (768GB) easier to understand. I think many people will be affected by this change. If you want to use CLC in the future, please login to m1536 or m768c.

岡田先生から下記のメールがありましたので転送します。

==================================
浅川先生、潮先生、木下先生、渡邊先生、吉武先生、小南先生、中谷様
CC　松永先生

いつも大変お世話になりありがとうございます。
水圏天然物化学研究室の岡田です。
恒例となっておりました水圏３研究室の顔合わせ会が、コロナ禍のため昨年から中断しております。
松永先生から「廊下ですれ違う人が分からないね、Zoomでも良いから最低の顔合わせ会をしたら？」というご提案がありました。
そこで担当は当研究室ということで企画をさせていただきたいと思います。

一番ご都合がつきにくそうな潮先生のご予定を伺ったところ、4月20日（火）17:00以降なら大丈夫そうと伺いましたので、他の先生方には事後承諾をお願いする事になり申し訳ございませんが、取りあえず同日時で開催できればと考えます。

後ほど以前の顔合わせ会で使用したのと同様の名簿の雛形をお送りいたしますので、そちらに各研究室のメンバーを記入頂き、当日は以下のURLで各自待機いただき、名簿順で各研究室の准教授にメンバーをご紹介いただき、当人が一瞬（一人当たり１０秒程度で名前を名乗るくらい？）顔を見せていただくということで如何でしょうか？

よろしくお願い申し上げます。

Shigeru Okadaさんがあなたを予約されたZoomミーティングに招待しています。



トピック: 農学部2号館水圏3研究室顔合わせ会

時間: 2021年4月20日 05:00 PM 大阪、札幌、東京



Zoomミーティングに参加する

https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/j/82018491361?pwd=WmJYVHBBem1PZ29WbS9RWTNtbmlZQT09

We will do a mixer, welcome party via Zoom with the members of our labo, and the next two laboratories.

Attendance of this is a kind of required subject because this is the only opportunity to learn the member of our department in this 2nd building.

So, do not miss it.

20210420 from 05:00 PM

https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/j/82018491361?pwd=WmJYVHBBem1PZ29WbS9RWTNtbmlZQT09

We would like to ask all members what experiments will you do this two or three weeks.
Our aims are to give the newcomers opportunities to learn various experiments.

So tell us your plans what experiments will you do in this two or three weeks.

It is not OK that the plans are not strict, I beg to hear only rough plans.

Ex.
Dum: Competent cell preparation, electroporation, plasmid extraction,
Rabeb: DNA extraction, Sanger sequencing, agarose gel electrophorsis
Yone: Observation using microscope,
Liu: Feeding, water exchange

Something like that:
Please reply.

3番目の日本語、わからないね

厳密な計画でなくても構いません。大まかな計画で構いません。

以前送りましたが、新入生の方は下記の「動物実験講習/遺伝子組換え講習」を受講してください。これに合格しないと実験が出来ません。英語版は今作成中とのことでした。
https://drive.google.com/file/d/1IvukOX3jd5KaNI_K9TUgSuen_HLnLgGW/view

それから、新入生の方は下記の「2021年度環境安全講習会・見学会」も受講してください。
https://drive.google.com/file/d/1v36rJxoj0ibRL6hahGgrqmXnst8wUPkR/view

これらの2つを受講して初めて実験が出来ます。
上記の安全講習会は英語版もあるそうです。（案内のメールは日本語なので、Google翻訳などを使ってください。。。）

あと、寒剤取り扱い講習とかもあるのでしたっけ。液体窒素を使うなら受講する必要があるはずです。

あれ、PCで見てると英語訳が自動で付いていたけど、スマホで見ると付いてない。。。他の人はどう見えているのだろう？

I saw both the Japanese and English version in my PCs and smartphone for every message =)

Hi-Cのサンプルとしては、固定していない凍結サンプルを200mg送ることになりそうです。

Lectures/tests for ethical regulation. Foreign students who have not got licences of DNA modified/animal/micororganisms/ experiments, get the licences.

● 3992101 農学ライフサイエンス講習【動物実験】Animal

https://itc-lms.ecc.u-tokyo.ac.jp/lms/course?idnumber=202139921010302



● 3992102 農学ライフサイエンス講習【遺伝子組換え】DNA modified

https://itc-lms.ecc.u-tokyo.ac.jp/lms/course?idnumber=202139921020302



● 3992103 農学ライフサイエンス講習【研究用微生物】Microoganisms

https://itc-lms.ecc.u-tokyo.ac.jp/lms/course?idnumber=202139921030302

Stundets who got the licences within 5 years, no need.

@All
As annoucned Yoshitake sensei, on April 20 (tomorrow!), from 5:00 p.m., there will be a meeting of the three laboratories (Marin Biochemistry, Aquatic Natural Products Chemistry, Aquatic Molecular Biology and Biotechnology) of the Department of Aquatic Biosciences on the 3rd floor of Building 2. Its purpose is to know each other. Don'T miss to join the meeting from the zoom below and introduce yourself briefly.
先に吉武先生からアナウンスがありましたが、明日4月20日（火）17時から、下記zoomで農学部2号館3階の水圏生物科学専攻3研究室（水産化学、天然物化学、水圏生物工学）の顔合わせ会があります。お互いの顔を認識しようというのが目的です。一人ずつ簡単な自己紹介をしてもらいますので、参加するようにしてください。

Zoomミーティングに参加する
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/j/82018491361?pwd=WmJYVHBBem1PZ29WbS9RWTNtbmlZQT09

https://drive.google.com/file/d/1ck9d6sW3tidsrEi2h2QHF9UXV4AvqP7g/view?usp=drivesdk

@Smith Ashley Rinka DNA抽出をやるときいたけど、新4年生に教えながらできますか？

誰かRNA取りをやる人はいませんか？

本日１７：００から農学部２号館水圏３研究室Zoom顔合わせ会があります。
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/j/82018491361?pwd=WmJYVHBBem1PZ29WbS9RWTNtbmlZQT09

RNA抽出を近いうちに行う予定です、教えられるか少し不安はありますがそれでも大丈夫でしたら…

DNA抽出ですが、DNeasyのほうで大丈夫でしょうか
別のキットは半日かかるのですが

はい。4年生の諸君。DNA抽出をSmithさんが行います。DNAとりは共通して使う技術なので、よく学習してください。Smithさんスケジュールを伝えてください。
西脇くんもよろしくお願いします。スケジュールがわかれば知らせてください。

承知しました

承知しました

本日のCLC・BLAST練習は14:00から下記のURLで行います。
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/j/95884856106?pwd=QXU0ZmliY2h2N0hsOEZlT1E1ckxEZz09

内容は、下記にまとめました。
http://www.suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp/dokuwiki/doku.php?id=clc%E3%81%AE%E4%BD%BF%E3%81%84%E6%96%B9
http://www.suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp/dokuwiki/doku.php?id=blast%E3%81%AE%E4%BD%BF%E3%81%84%E6%96%B9

リモートデスクトップでm768cかm1536のどちらかにログインできる状態で参加してください。

@All 吉武先生が告知していたと思いますが、明日は粗大ごみの搬出があります。　311のものしか把握していませんが、ある場合は教えてください。　また、可能な人（2-3人くらい？）は10：30に311室に来てください。

本日のCLC練習でなぜかm768cに接続できていませんでしたが、特に何もせずとも今は接続できるようになりました。原因はよくわかりませんが、また同じ症状が発生したら調査したいと思います。ちなみにFilesフォルダを開こうとしてリモートデスクトップが固まってしまった場合、下記のページの手順でリセットできます。
http://www.suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp/dokuwiki/doku.php?id=%E3%83%AA%E3%83%A2%E3%83%BC%E3%83%88%E3%83%87%E3%82%B9%E3%82%AF%E3%83%88%E3%83%83%E3%83%97%E5%86%8D%E8%B5%B7%E5%8B%95

@KINOSHITA Shigeharu 別館は何か粗大ごみはありますでしょうか？
@Yoshitake Kazutoshi 廃棄のPCは全てバッテリーは抜いてましたよね？

4月28日に2号館は産業医の巡視があるようです。

311の部屋のWiFiルータを新しいものに交換しました。特にスマホなどの設定変更は必要ないはずです。

新たなゲノム解析（整列化）の方法をテストします。参加したいメンバーは名乗りをあげてください。必要な材料は100kb以上のDNAがある程度含まれているゲノムDNAです。組織からでもテストできるかと思いますので、希望者はまず問い合わせてください。
We will be testing a new method of genome analysis (alignment). Members who want to participate, please come forward. The material we need is genomic DNA that contains some amount of DNA over 100kb.
I think we can test this from tissue, so if you wish to do so, please contact me first.

本日10:25より小林敬典先生のメタゲノム関連の講義がありますので、授業ととっている人でなくても受講を進めます。
https://u-tokyo-ac-jp.zoom.us/j/89356026733?pwd=dGp4NzQxVFlVUDRxMU9ZWjlRMU15dz09

NTSという出版社から何ヶ月かまえに試供本を送ってきてるそうですが、どこにあるか誰か知ってますか？

すみません、4階に置いてあります。
返本します。

@Smith Ashley Rinka モニター一つで発表者ツールを使用する方法
https://zoom.les.cmc.osaka-u.ac.jp/2020/09/08/zoom-powerpoint%E3%81%AE%E7%99%BA%E8%A1%A8%E8%80%85%E3%83%84%E3%83%BC%E3%83%AB%E3%82%92%E8%A1%A8%E7%A4%BA%E3%81%95%E3%81%9B%E3%82%8Bwindows/

端的に言えば、画面を共有せずに、パワーポイントのウインドウを共有してから発表者ツールを使用すれば、Windows限定で画面一つでも発表者ツールを使えるようです。

東大は4月27日からレベル準1だそうです。
https://drive.google.com/file/d/1qyyqymQl8RiGqorqGSHMZvEFa8tuhDEs/view

ゲノム解析を行っている学生諸君
ゲノム解析に用いているDNAのサイズチェックをPFGEで行いますので、準備してください。
もうシーケンス済みのものも調べたいと思います。
ざっと思いつくもので
ヒラムシ
ハタ
イルカ
アユ
オンデンザメ
などでしょうか？
忘れてるものがあれば言ってください。
Students who are doing genome analysis
Please be prepared to use PFGE to check the size of DNA used for genome analysis.
We will also want to check those that have already been sequenced.
I can think of a few off the top of my head.
Flatworms
grouper
Dolphin
Ayu
Ondean shark
etc.?
If I'm forgetting something, please let me know.

今日の午後から4年生とRNA抽出をやります

西脇君　有難う！よろしくお願いします。

@吉田一馬 @溝端秀彬 @佐藤荘志 5月6日（木）10:00からPCRの練習として、eDNAのPCRを行います。

また、5月10日（月）あたりからWEB開発のトレーニングを行いたいなと思っています。4年生の方の都合が全員良さそうなのが月、水曜日だったので、その辺りの午後に合計10回くらい行うかなと思います。
去年行った内容・資料を下記にまとめてみました。今年は去年とほぼ同じ内容を行う予定です。

http://www.suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp/yosh/doku.php?id=nodejs%E3%82%A6%E3%82%A7%E3%83%96%E3%82%A2%E3%83%97%E3%83%AA%E3%82%B1%E3%83%BC%E3%82%B7%E3%83%A7%E3%83%B3%E9%96%8B%E7%99%BA_2020

本日サーバの電源を交換したいので、1名どなたか手伝ってもらえると助かります。

Thank you! Please come to 311.

4月１３、14日頃私宛に液体窒素タンクの登録シールが届いていると思いますが、誰か受け取りましたか？

すみません。ありました

東京都より大学及び短期大学における感染防止対策の徹底についてのお願い
https://drive.google.com/file/d/1AmFfmENC5tlaBTr_ih9BYoEnfjcaEVa5/view?usp=drivesdk

We will replace the router from 20:00 to 23:00 on May 17th. During that time, the network in the laboratory will be unavailable.

満山先生がルータの交換をしてくださいましたが、設定がまだ途中で251から311のコンピュータには接続できていないのと、外から311のコンピュータへの接続はできません。普通に251、311から外部に接続するのは問題ないはずです。
明日には設定を完了できると良いなと思っています。

ゲノム解析を行ってるものは、明日PFGE DNAを分析しますので、持って来てください。
The one doing genome analysis bring DNA. We will start to PFGE tomorrow.

研究室外からsuikougwへのssh接続が復旧しました。しかし、まだ研究室内用の幾つかの内部WEBサイト（ローカルBlastサーバ、zabbix、ファイル共有WEBサーバなど）のWEBサイトが研究室内からは利用できない状態になっています。復旧はまだ時間がかかりそうです。

何らかのゲノム解析を行っている者はゲノムDNAを本日米澤くんまで持って来てください。高分子用でなくても構いません。かならず持ってくるように。

If you are doing some kind of genome analysis, please bring your genomic DNA to Mr. Yonezawa today. It It does not matter if it is not  high molecular weight, but please make sure to bring it.

ゲルが固まったら、ＰＦＧＥをしますのでサンプルがあってまだ渡してない人は8時ごろに311室に来てください。
Once the gel has solidified, we will do the PFGE, so if you have a sample and haven't given it yet, please come to room 311 around 8:00.

PFGE、もう一度やりましょう。薄いサンプルはふやします。みなさん準備お願いします。
PFGE, let's do it again. We will increase the number of thin samples. Everyone, please prepare.

We will increase the quantities of thin samples. Everyone, please prepare.

環境調和農学国際卓越大学院10月採用のプログラム生募集について案内がありました。
M1, M2の学生は覗いてみたらどうでしょうか？

件名：東京大学「環境調和農学」国際卓越大学院（農学生命科学研究科）の
　　　学生募集及び説明会のお知らせ

「環境調和農学」国際卓越大学院では、添付「【募集要項／Application
Guideline】環境調和農学国際卓越大学院／Sustainable Agriculture Education Program （2021.10
enrollment）」のとおり、令和3年10月採用のプログラム生
の募集を行います。
　また、以下のとおり募集に関する説明会を開催します。応募にあたり説明会
への出席は必須ではありませんが、都合のつく限り参加してください。

○オンライン説明会
日　時：令和3（2021）年6月3日（木）、9日（水）　18:00～
　　　　※両日程とも同内容です。都合の良い方に参加してください。
参加希望者は、6月1日以降に「国際卓越大学院説明会参加希望」を件名として
下記へメールしてください。希望者には、ZoomのURLをメールで連絡します。
連絡先：農学系学生支援チーム（卓越大学院）
＜noutakuetsu.a@gs.mail.u-tokyo.ac.jp＞

○ホームページ　https://utsaep.wixsite.com/site
   ※募集要項及び申請様式はこちら
　　https://utsaep.wixsite.com/site/admissions

○連絡事務局　　農学系事務部教務課　農学系学生支援チーム（卓越大学院）
　　　　　　　　E-Mail　noutakuetsu.a@gs.mail.u-tokyo.ac.jp
　　　　　　　　Tel.　03-5841-5003

この半年くらいで使う、値段の高い消耗品を今月中に注文しますので、知らせてください。あとだと買えなくなるかもしれません。
Please let me know  by the end of this month, so I can order the pricey supplies that you will be using over the next six months or so. You may not be able to buy it later.

グライナーがピペットのキャンペーンをしています。　調子の悪いピペットがあれば教えてください。
Greiner is running a campaign for pipettes.　If you have a pipette that is Faulty, please let me know.

311は200のピペットが一つ調子が悪いので購入しようと思っています。

Does anyone need anything? 誰か欲しい人いますか？


譲渡先募集要項：
インキュベーターを譲渡いたします。
譲渡をご希望の方は、小川（atetsu@g.ecc.u-tokyo.ac.jp）宛に6月4日（金）までにご連絡ください。先着順でのお譲りとさせていただきます。
物品を予めご覧いただくことも可能です。


AC100V、2A
室温〜70℃まで設定可能（冷却機能無し）

Transferee application guidelines:.
We will transfer the incubator.
If you are interested in transferring the incubator, please contact Ogawa (atetsu@g.ecc.u-tokyo.ac.jp) by Friday, June 4. The items will be sold on a first-come, first-served basis.
It is also possible to see the items beforehand.


AC100V, 2A
Room temperature can be set up to 70℃ (no cooling function)

このLINE WORKSは全体で5.5GBしかファイルをアップロードすることができません。今既に2.9GB使っています。もし10MBを超えるようなファイルをアップロードしたい場合は、東大のgoogle driveかmicrosoft onedriveを使って共有リンクを貼り付けてくれたらと思います。
ご不便をおかけしますが、ご協力のほど宜しくお願いいたします。

研究室のVPNをリプレースしようとしてますが、まだ設定が煮詰まっておらず、不具合があるため、古いVPNに差し戻しました。

ＰＦＧＥ、来週の月曜にまたやりますのでサンプルを持っている人は月曜日に私に渡してください。

We will do the PFGE next Mon. If you join the this experiment then give me your samples until Mon.

ゴミ置き場の使用についての注意
https://drive.google.com/file/d/1tW5pV9Vq2I84fCBzXkqNsK9bKzdoHL0p/view

@Lanza Andre @Bhuiyan Afsana The method looks promising. I recommend step-by-step cloning, even if it takes time. Once you achieve some length, you won't have to go back.

ok sensei

Yes, sensei. At least the shorter lengths should be OK for the PCR and cloning. At the longer sequences, I'm not so sure but it's worth a try.

@Lanza Andre Sorry for the delay in response. I've added your email address (alanza@g.ecc.u-tokyo.ac.jp) to the shared Google Calendar.
Please open the following URL.
https://calendar.google.com/calendar/u/0?cid=c3VpY2EudS50b2t5b0BnbWFpbC5jb20

Thank you, sensei. I just received the email.

@Lanza Andre You can do it in parallel.
The significance of cloning is that you can use the best template in each step.

https://www.youtube.com/watch?v=EPuB4N55gPA&list=PLMe_i2H-kvryYHa82HMvoQWy2c29JEjjc&index=3

Waraさんですか！元気そうで何より

@Lanza Andre @Wongwarangkana Chaninya , and labo member,

Use the cleanbench in 305 for the bacterial works. Do not use 4F.

Yes, sensei. Understood. It was just for revival of the bacteria. Culturing is in 258. I sprayed everywhere with ethanol in the bench after finishing, but will spray again soon.

自作電気泳動槽用に2万円の3Dプリンターを購入しました。最近3Dプリンターの性能が良くなったと聞いてはいましたが、自宅で二年前に2万円で購入した3Dプリンターと比べると雲泥の差があって驚きました。とりあえず電気泳動槽用のコームを作ろうと思っていますが、色々使えそうなので、使い方を簡単にWikiにまとめました。
http://www.suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp/dokuwiki/doku.php?id=3d%E3%83%97%E3%83%AA%E3%83%B3%E3%82%BF%E3%83%BC
使いたい人は、初回は私の方に一声かけてください。

when you use 305 clean bench  ask kominami, how to use. they dont use fire and etoh in the bench.

Fro Bob,

Dear Asakawa sensei,
   This is Bob and Alice. Long time no contact, how are you doing?
    I have good news to share with you. I got hired as bioinformatician in a lab in Karolinska Institutet near to Alice's group last month. Before my official position, I was also participating in many projects in other labs.
    We miss you and Todai, and everything in Japan very much!  Hope you are doing well too.
    Best regards

Yours sincerely,
Bob Zhang (张翔) & Alice Wen (文雅)

@Ryo Yonezawa
今うちで使っている、RNAサンプルの保存試薬ってnucleoprotectでした？以前、RNA Shieldを試していたように思いますが、どうでしたっけ？

吉武さん　ミロスさんの何かコメントありますか？

6月30日に粗大ごみ回収があるそうです。
https://drive.google.com/file/d/1YWJucjxnUQKusazDdR4npyYxxVb6ZO2K/view?usp=drivesdk

伊藤くんに作ってもらっていたメタゲノム検索データベースが完成しました。
The metagenome search database that Ito-kun has been developing is now completed.

https://meta.fs.a.u-tokyo.ac.jp/metasearch_dev/

このデータベースは、メタゲノムのシーケンスデータ(FASTQ)をアップロードすると、それに似た微生物組成のデータを約200万件の公共データベースから探してきます。（今のところ200万件中60万件くらいが利用可能です。）
是非試しに使ってみてください。
何か気になることがあれば、些細なことでも教えてもらえると嬉しいです。
This database allows you to upload your metagenomic sequenced data (FASTQ) and search for registered samples which is similar microbial composition from about 2 million public databases. (At the moment, about 600,000 out of 2 million are available.)
Please try it.
If you have any questions or comments, even if they are trivial, I and Ito-kun would be happy to hear from you.
Please let me know if there is anything that you find strange, especially in English expressions.

試しに微生物がコンタミしていそうなゲノムシーケンスのデータなどを投げてみても面白いかもしれません。

伊藤君素晴らしいですね！
今微生物のコンタミが多い試料(海藻)扱ってて、試してみたいと思います。
逆に、ヒットしなかったリードだけ抽出出来ればバクテリア由来のリードのフィルタリングツールとしてめちゃくちゃ使えそうですね。

現在、m512bが故障しつつあり、頻繁に再起動しています。（でも、今回の再起動はブレーカーだったようなので関係なさそうですが。）
その代替機のつもりで、32スレッドのINTEL系の中古サーバを3台購入しました。（ヤフオクで1台なんと3万円）
これらのサーバに、メモリーを差し替えたりしたいのですが、明日手伝ってくれる人はいますか？
とりあえず、先週1台にはメモリを刺してみたのですが、24枚中5枚を認識していないようで、メモリーの不良なのか、マザーボード側の不良なのか、相性なのか？よくわかりませんが、手持ちの余っているメモリーを最大限使えるように、この3枚のマザーボードにメモリーを刺せる場所を探すのを手伝ってほしいです。

明日の午前中は健康診断等で手伝えませんが、午後に誰もいないようなら手伝います。

お二人共、ありがとうございます。
たぶん、何度も再起動しつつ確認することになって、一人で全部やると嫌になるだろうから、他の方もぜひ手伝ってください。

僕も15時に講義終わるので、その後お手伝いします！

私も14:45に3限が終わるのでそれ以降であればお手伝いできるかもしれません

さらにお二人、ありがとうございます。上記サーバ以外にもm512も実は32枚中4枚ほど認識していなかったりして、使っていないメモリーを抜いて、使えるサーバに刺しておきたいなと思っていたりします。
今の所、メモリーを変えても認識してくれないので、メモリーの故障というよりは、マザーボード側の問題か（m512の場合は、認識しないスロットを担当しているCPUだけがやけに温度が高い）、マザーボードとメモリーの相性みたいなのがあるのかなと思っていますが、今までなんとなく整理せずにいました。
この際なので、サーバーラックに入れるサーバのメモリーを最大限使えるように整理したいです。

About holding the 7th Environmental Safety Workshop [English]

https://drive.google.com/file/d/1x5jfLM19903mYYHvzh1yIjyZuBk1iRqx/view?usp=drivesdk

承知しました

NanoporeのベースコールをGPUで行うと、なんと最も高精度のモデルでも3年前に購入した1万円台のGPU (GTX1050Ti)で3日間程度で終わりそうです。CPUだと、研究室の全サーバを使って4日間くらいかかりそうです。ただし、この量でもまだ塩基数が2Gbpなので、普通に10Gbpとか読んだ場合、GTX1050Tiではベースコールだけでも2週間とかかかります。
ということで、今後はNanoporeのベースコールには最新の速いGPUが必須です。NanoporeのデバイスをGUIでコントロールしてシーケンスからベースコールまでを行うMinKNOWというソフトは、Win, Mac, Linux版があるのですが、今の所GPU対応版はLinuxしかありません。
そのため、近いうちにGPU付きのLinux サーバを準備したいと思います。MinKNOWがUbuntu Linuxしか対応していないようなので、他のサーバ機とは違ってWSLなどと同じUbuntuにする予定です。
今のNanopore用Windowsマシンを流用して、パーツを追加しようかなと思っています。データのバックアップが必要な人は、7月の第一週までにバックアップしておいてください。

そういえば、最新のNanoporeのベースコールだと精度97%超えるというのは、やっぱりちょっと無理があるのではないかなという印象です。90％は超えていそうですが、AAAAなどといった繰り返し配列の前後が厳しいです。
次のスクリーンショットは、同一UMIのナノポアリードを16本マルチプルアライメントした先頭60bpの様子です。
Illuminaでは1塩基別の塩基として読んでしまう置換型のミスが多いのですが、ナノポアでは下記のように連続する数塩基をまとめて欠損してしまうケースが多いです。

連続する塩基が苦手というのは初期から言われていて、何度も読んで平均を出せばなんとか修正できるということなのだと思います。ただ、大きく挿入欠損するミスをしやすいというのは一分子シーケンサーのPacBioもNanoporeも共通で、インフォ的な修正が難しいから、最終的にはIlluminaで補正しないとBUSCOのスコアが伸びないなどと言われていました。最近は、PacBioはIllumina補正が必要ないほどHiFiリードの補正が良くなったようですが、今回の結果を見る限りではNanoporeはまだIlluminaによる補正が必要だと思われます。

なるほど。 理解しました。

クモ糸の遺伝子がロングリード推奨なのはアミノ酸配列がリピートになってるからショートリードだとアセンブルが難しいとかだったと思います

ナノポアでリピート領域が欠損してしまうのは原理的によく分かるんですが、イルミナだと置換になりやすいんですね。SBSの伸張過程で一個ずれちゃうみたいな感じ（=欠損）だと思ってました。

最近インテルよりNナントカの方が、会社としてでかくなってるっていうのはそういう背景もあるのですね。

7月12日に水銀系廃棄物回収があるそうです。
https://drive.google.com/file/d/1SK2hiZemmN3gk_T3_lJIGIJexdj6Md1c/view

@Ryo Yonezawa
粗大ごみの廃棄、ありがとうございました。
備品の廃棄手続きを済ませましたが、事務によると廃棄する備品の写真が必要とのことなので、次回廃棄する場合は、写真を撮っておいてください。
今回は大丈夫です。

@Kazutoshi Yoshitake @満山進
ラボにiMacってないですか？壊れていても良いのですが。

本日廃棄してもらいました。。。

ですよね

本日中にサーバのパーツが届く予定で、明日余っていたメモリーを使い尽くすために、もう一台サーバをパーツから組み立てます。今度は完成品ではなくて、パーツから作る必要があります。どなたか手伝って頂けませんでしょうか?

最近GPUを使う機会が増えてきたので、本日新しくm48gを導入しました。最新のNVIDIAのGPUの中では最もお手頃なRTX 3060を1枚使用しています。
先週ナノポアでシーケンスした2Gbpのデータをベースコールしてみますと、
研究室のサーバの全CPU：5 days
m208のGPU(GTX 1050 Ti): 3 days
m48gのGPU(RTX 3060): 3 hours
となり、圧倒的に速そうです。
m64gのGPU(GTX 1080 x 2)だとどのくらいになるのか、これから測定してみようと思いますが、おそらく10 hoursくらいではないかなと思っています。

m64g (GTX1080を2つ)で一晩回してみましたが、まだ終わっておらず、進捗状況から考えると10時間くらいかかりそうでした。
GTX1080は、4年前の最高峰のGPUで一枚20〜30万円したような記憶がありますが、最新のGPUにはディープラーニング用のTensor coreというのが載っているので、ディープラーニングするなら安くても最新世代で回したほうが良いのでしょう。
最新世代の最高峰のRTX3090だとRTX3060の3倍位速くなりそうなので、2Gbpのベースコールだと1時間くらいで終わりそうです。
CPUと違って、GPUはまだまだ速くなっているので、数年後にどうなっているのか楽しみです。

Today, someone ordered a vector once we bought.

Never do such a foolish thing!!!


Vector is  easily amplified. It costs only several hundreds yen.
The vector cost 100,000 yen or more.
The cost is not vector itself, but the right of use.

For instance, if OS, software have a troule, do you buy new package? Most people try to install again. What we buy is not the CD/DVD of software, but the right of use.

https://www.jstage.jst.go.jp/article/bunsekikagaku1952/43/10/43_10_731/_pdf

Sense: t'(AaGgTtCc) = 2.805051264

Antisence: t'(AaGgTtCc) = 2.967993502

配列：Silva’s Anti-Hen Egg Lysozyme vNAR antibody
GATCCCGCGAAATTAATACGACTCACTATAGGGAGACCACAACGGTTTCCCTCTAGAAATAATTTTGTTTAACTTTAAGAAGGAGATATACCAATGAATATTTTCTTGTTTTCGTGCCTTTTAGCCTGGTTACCAAATGTCTTTACTGCATGGGTGGAGCAAACACCGAGAATATCAACGAAGGAGGCAGGCGATTCGCTGACCATCAACTGTGATCTAAAAAGTTCTAACTGTGCATTGCATAAGACGAAATGGTATCTGACAAAATTGGATGCAACAACGTGGAGCCGCATATCAATTGGTGGACGATACTCTGAAATAGTGAACAAGGGATCAAAGTCCTTTTCTTTGCGAATTCGTGATCTGAGAGTTGAAGACAGTGGTGCATACAATTGTGAAGTGGATGTTGCTGAGTACAGTTGTGATGAAGATTGCAGGAACCATGTAGGAAGCGGCACTTTTCTAACAGTGAAACCTAGAGCATACCCTGGTGGCGGGTCTCACCACCATCATCATCACGGCGGTAGCAGGACGGGGGGCGGCGTGGAAA

https://drive.google.com/file/d/1rJC9ak7tAw1y-gTDyE873HC9rtSvhgx5/view

NPt for students,
浅川先生
今年度より、科研費の公募・内定時期が２カ月ほど前倒しされることになったようです。
他の種目も前倒し予定ですので、応募をお考えの場合はご留意のほどお願いいたします
ご参考までに学振のHPをお知らせいたします。
日本学術振興会からのお知らせ | 科学研究費助成事業｜日本学術振興会 (jsps.go.jp)
よろしくお願いいたします。
https://www.jsps.go.jp/j-grantsinaid/06_jsps_info/g_210408/index.html


研究支援　岩田

NPt >
Not

https://www.jiji.com/jc/article?k=2021070800906&g=soc&fbclid=IwAR12kIzG-zeA-Dy2zHWE9JoCTt5FjSYm2eeq2N7PsxUh2lRPnIdaiXVGa5w

明日、研究室サーバの/homeディレクトリを管理しているm32sのディスクを1台交換するため、午前中１時間ほどm32sを停止させます。
その間研究室サーバにログイン等できなくなりますので、ご注意ください。
実行中のジョブはその間ディスク待ち状態で待機するので問題ないと思いますが、何かエラーが出るかもしれませんので、もしエラーが出たら教えてください。

Tomorrow, I will stop m32s for about an hour in the morning to replace a disk in m32s that manages the /home directory of the lab server.
Please note that you will not be able to login to the lab server during this time.
The running jobs will be waiting for the disk IO during this time, so there should be no problem, but there may be some errors.

@All
田中三次郎商店から荷物が届いていないでしょうか？7月15日に届いているようなのですが。

東大のワクチン予約、今なら出来ました！！
https://reserve1.adm.u-tokyo.ac.jp/keep/health/day?r=2

リポビタンDあります。来てください。

@Kazutoshi Yoshitake ありがとう。予約しました。

@Kazutoshi Yoshitake ありがとうございます。予約しました。

https://www2.aeplan.co.jp/mbsj2021/

今もワクチン接種予約できそうです。まだの方は早めに見てください！
https://reserve1.adm.u-tokyo.ac.jp/keep/health/day?r=2

研究室の共有フォルダを、皆さんのu-tokyoアカウントのOneDriveからアクセスできるようにセットアップしてみました。
手順については、伊藤くんに手伝ってもらって、下記のページにまとめました。
http://www.suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp/dokuwiki/doku.php?id=%E5%85%B1%E6%9C%89%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%AB%E3%83%80win#windows%E3%81%8B%E3%82%89%E7%A0%94%E7%A9%B6%E5%AE%A4%E3%81%AE%E5%85%B1%E6%9C%89%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%AB%E3%83%80%E3%81%B8%E3%82%A2%E3%82%AF%E3%82%BB%E3%82%B9%E3%81%99%E3%82%8B_onedrive%E5%88%A9%E7%94%A8

Mac用のOneDriveクライアントをインストールする手順はまだ書いていませんが、クライアントをインストールすれば後はWindowsと同じだと思います。
File ExplorerやFinderから手軽に、しかしセキュリティは高く、ラボの共有フォルダにアクセスできるようになるので、是非皆さんも設定して使ってください。

I've set up the shared folders in the lab so that you can access them from OneDrive in your u-tokyo account. Please see the website above to set up and use it.

この共有フォルダは、研究室サーバでは/suikou/files/synologyでアクセス可能です。

共有フォルダは1日1回、30日間分バックアップが残っているので、万一消してしまっても、1日前のデータには復旧できます。

@佐藤荘志 @溝端秀彬 @吉田一馬 @Ashley Rinka Smith @西脇和哉
締切が明日までと急で申し訳ないのですが、学生実験で手伝ってもらうことになるB4, M1の学生全員は下記のファイルの黄色の部分について記入をお願いします。登録しないと給料を支払うことができません。

https://docs.google.com/spreadsheets/d/1UyE3uBncfDk8TKCLFl40JIt_mkhxG8-U/edit?usp=sharing&ouid=105231168187290187193&rtpof=true&sd=true

@All 博士課程の皆様へ
TAの登録をしておくと専攻から給料が支払われるそうです。（専攻全体？のTA予算が117万円らしいので、分前は多くなさそうです。）
自費か奨学金が切れてる学生は登録してください、とのことです。
該当する方は上記ファイルの「博士」シートの黄色の箇所に記入してください。

If you register as a TA, our major will pay you a small stipend.
Students who are self-financed or whose scholarships have expired are encouraged to register.
If applicable, please fill in the yellow cells of the "博士" sheet in the file above.

生年月日など、個人情報を記入したくない方は個別に私まで連絡してください。

博士の学生は、学振をもらっている人以外は基本全員記入しておいてください。

締切は明日までなので、早めに記入をお願いします。

@吉田一馬 @溝端秀彬 @Ashley Rinka Smith 学籍番号等、黄色のセルはすべて埋めてください。

B4, M1の皆様
ご協力ありがとうございます。

博士課程の皆様
TA登録の書類を本日の16:00に提出したいので、それまでに学振や奨学金を受け取っていない学生は下記の表に記入してください。

Dear doctoral students
I would like to submit the documents for TA registration today at 16:00, so please fill out the table below if you are a student who has not received academic scholarship or salary.

https://docs.google.com/spreadsheets/d/1UyE3uBncfDk8TKCLFl40JIt_mkhxG8-U/edit?usp=sharing&ouid=105231168187290187193&rtpof=true&sd=true

誰か動物行動学辞典、どこにあるかわかりませんか？

311においてあった共通書籍、どこに移りましたか？

311廊下の棚に移りました

ありました。

Duminda, when start？

now sensei

Dumの発表練習やってます!!

24日に各部屋、飼育室として査察あります。準備お願いします。できれば、ちょっと飼育スペースを区切るための仕切りがほしいところですが、手配できますか？

見に来ます

24日は午後でしょうか？私は22-24日と不在なのですが、24日の午後であれば立ち会えると思います

誰かいればいいと思います

８月２４日に実験室の査察が入ります。
１整理してください
２実験室に飲食物やそのゴミなどを置かないように。
The laboratory will be inspected on August 24th.
1. Please keep clean.
2.Do not leave any food or drink or its garbage in the laboratory.

311室、258室は動物飼育室+遺伝子組み換え実験室
251室、327室は動物飼育室登録がされています。

1．遺伝子組み換え室については、「遺伝子組み換え実験室」「関係者以外立ち入り禁止」の張り紙が部屋の入口に必要で、これは大丈夫と思います。258室は流しに逃亡防止用のメッシュ（ゴミ取り用メッシュなどでOK）が必要。つけてあると思うのですが、確認が必要です。
2．311室、251室、327室について、現時点では魚等を飼育しているわけではないので、居住スペースと飼育スペースを分けるようにという指示があった場合はどのようにすれば良いか、視察に来た委員に聞いてみると良いかもしれません。

311はヒラムシを飼育していると思いますが、対策が必要でしょうか?

そういえば、ヒラムシいましたね。魚と同じ逃亡防止措置（流しにメッシュ）で良いと思いますがどうでしょうか。

@Ryo Yonezawa @林健太朗 対策お願いします。

承知しました。

承知しました

311のプリンターの廃トナーボックスを交換する必要があって、注文しています。その間に印刷が必要であれば、4階のプリンターを使って下さい。311からでもプリンタードライバをインストールすれば印刷できます。研究室のwikiを見てください

この手帳に心当たりのある方は、満山までご連絡ください。

If you have this notebook, please contact Mitsuyama.

We will be supplied an outstanding reagent to observe nucleolus in vivo. The reagent is not toxic, so we may be able to observe the formation/disformation of nucleolus, which may lead big progress in the basic science/biology. We may be also able to observe nucleolus in multi nucleus cells like muscle.
Who are volunteers to do this?

https://drive.google.com/file/d/1Oc1vWmZaxvNauvMIIpeL30p4JfB2H5ZR/view?usp=drivesdk

https://www2.aeplan.co.jp/mbsj2021/

高須賀先生から「博士課程学生支援プロジェクト (SPRING GX) / Support for Pioneering Research Initiated by the Next Generation (SPRING)」のメールが届いていると思いますが、D3も含めて対象者は必ず出してくださいとのことです。(特にD3は入れ替わりで来年貰えるであろうD1の予算確保のために出してほしいとのことです）

https://www.cis-trans.jp/spring_gx/index.html

Does anyone have pUC19?

SPRINGの学生の国際卓越大学院プログラム、応募資格のある学生には必ず応募するように。
International Graduate Program of Excellence for SPRING,  make sure to apply to those students who are eligible.

本募集案内はUTAS掲示板及びメール配信にて博士課程学生には周知済みとのことですが重要案件なの
でMLでも周知します。Although this information has already been announced to the PhD
students through the UTAS system and e-mails, I'm also sending this to you in
consideration of its importance.

次世代研究者挑戦的研究プログラム (SPRING) 事業「グリーントランスフォーメーション (GX) を先
導する高度人材育成プロジェクト (SPRING GX) の募集が開始しました。申請資格を確認の上、対象
となる者は応募して下さい。応募締切は10月5日(火)です。申請前に指導教員の許可を得ることと教
員の確認票が必要ですので、スケジュールには十分ご注意下さい。

The human resource development program ""Fostering Advanced Human Resources to Lead Green
Transformation (GX)" under the "Support for Pioneering Research Initiated by the Next
Generation (SPRING)" project is now calling for application. Please refer to the
application guideline and apply to this project as long as you satisfy the application
requirements. The deadline is October 5 (Tuesday). But be careful with the schedule, as
you will have to consult with your supervisor for permission and confirmation procedure.

@All Do you know where the key to the fourth floor is?
Dr. Matsunaga would like to use the culture room.
if anyone have the key then please replace to original position.

I could not find it too

新しく、日大の研修生の稲橋さんが加わりました。席は4階の黄さんの隣です。

水圏生命科学特論が月曜日午前中に開催されているそうで、セミナーと重なってしまっているので、セミナーの時間をしばらくの間、月曜日の午後に変更しようかという話が出ています。月曜日の午後だと別の講義をとっている人がどのくらいいるか把握したいので、もし午後から講義をとっている人は何限の講義なのか教えて下さい。

The lecture which is managed by Asakawa-sensei is being held on Monday mornings, so we think about changing the seminar time to Monday afternoons for a while. I would like to know how many people are taking other lectures on Monday afternoon, so if you are taking a lecture on Monday afternoon, please let me know what period it is.

18時から別の講義があります。

ゲルからのDNA抽出キットがよくないと聞きましたが、どのキット、どのロットがよくないか、情報を提供して下さい。もしそうなら必ず情報をシェアしてください。
現状存在するキットで使えるものとそうでないものを明らかにして、使えないものは処分してください。
まずは現存のキットのリストを作って、使えるかどうかを示してください。
I have heard that DNA extraction kits from gels are not good. Please provide information on which kits and which lots are not good. If so, please be sure to share the information.
Please identify the kits that currently exist that are usable and those that are not, and get rid of the ones that are not usable.
First, please make a list of existing kits and indicate whether they can be used or not.

@Naomi Hadisumarto @稲橋京史郎 水圏生物工学研究室へようこそ！まずは下記のページを見て、「農学部の個人調書(名簿)」と「在室確認システムにスマートフォンを登録する」を行ってください。
http://www.suikou.fs.a.u-tokyo.ac.jp/dokuwiki/doku.php?id=%E3%81%BE%E3%81%9A%E3%82%84%E3%82%8B%E3%81%93%E3%81%A8

学外から上記ページへのアクセスは、
ID: suikou
password: ttn5Kbud
が必要です。

吉武さん
歓迎の言葉をありがとうございます。

改めて自己紹介をさせていただきます。今月から入る研究生のナオミと申します。よろしくお願いします😊
夜でのメッセージをすみません

Let me introduce myself. My name is Naomi, a new research student starting this month. Looking forward to work with you all 😊
Sorry for the late message

中谷さんに聞いたところ、名簿は既に作っていないとのことでしたので、在室確認システムに登録だけしてもらえればと思います。